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鸭茅根组织实时定量PCR分析中候选内参基因的筛选
被引量：
7
1
作者
蒋晓梅
严海东
+2 位作者
张新全
张瑜
黄琳凯
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期847-853,共7页
实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术已成为研究基因表达的重要技术之一。以鸭茅(Dactylis glomerata)根组织为材料,利用qRT-PCR技术检测ACTIN(肌动蛋白酶)、TCTP(翻译控制肿瘤蛋白酶)、UBC(泛素结合酶)、ZTL(ZTL蛋白酶)、GAPDH(甘油醛-3-磷酸...
实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术已成为研究基因表达的重要技术之一。以鸭茅(Dactylis glomerata)根组织为材料,利用qRT-PCR技术检测ACTIN(肌动蛋白酶)、TCTP(翻译控制肿瘤蛋白酶)、UBC(泛素结合酶)、ZTL(ZTL蛋白酶)、GAPDH(甘油醛-3-磷酸-脱氢酶)和SAMDC(腺苷甲硫氨酸脱羧酶)6个候选内参基因在不同非生物胁迫环境下的表达情况,并运用Genorm 3.5,Delta-Ct method,NormFinder 0.953,Bestkeeper 1.0和RefFinder软件分析各候选内参基因在鸭茅根组织中的表达稳定性。结果表明:6个候选内参基因综合表达稳定性从高到低排序为ACTIN,TCTP,GAPDH,UBC,ZTL,SAMDC;在干旱胁迫、盐胁迫、涝胁迫、热胁迫与ABA处理条件下,表达稳定性最高的基因是ACTIN;在涝胁迫条件下,表达稳定性最高的基因是TCTP;在不同的胁迫条件下,表达稳定性最低的基因是SAMDC。综合分析可知,基因ACTIN和TCTP最适合作为鸭茅非生物胁迫研究的候选内参基因,这可为鸭茅非生物胁迫下各种基因表达研究奠定基础。
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关键词
鸭茅
实时荧光定量PCR
非生物胁迫
候选内参基因
根组织
在线阅读
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职称材料
用RT-qPCR方法评价4个不同猪品种骨骼肌候选内参基因
2
作者
陈薪全
潘宇恒
+6 位作者
敬云鸿
牛丽莉
甘麦邻
赵叶
陈蕾
沈林園
朱砺
《四川农业大学学报》
北大核心
2023年第6期1107-1115,共9页
【目的】寻找合适的规范化策略研究猪骨骼肌相关基因。【方法】筛选TATA结合蛋白(TBP)、次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT)、核糖体蛋白L4(RPL4)、肽基脯氨酸异构酶A(PPIA)、β-2微球蛋白(B2M)、酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋...
【目的】寻找合适的规范化策略研究猪骨骼肌相关基因。【方法】筛选TATA结合蛋白(TBP)、次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT)、核糖体蛋白L4(RPL4)、肽基脯氨酸异构酶A(PPIA)、β-2微球蛋白(B2M)、酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋白(YWHAZ)、β-肌动蛋白(ACTB)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)8个候选内参基因,选取国外引进的长白、约克与杜洛克公猪,进行三元杂交生产的商品猪(DLY),长白、约克猪进行二元杂交的商品猪(LY),成华猪和藏猪共4个品种进行基因表达正常化评价。采用geNorm、NormFinder和BestKeeper3种常用算法评估候选内参基因的稳定性。将3种常用算法的结果进行综合排名。【结果】8个候选内参基因在不同猪种中表现出较高的表达稳定性,但表达循环阈值不同。【结论】运用3种不同的评估算法可以筛选出相似的候选内参基因,该结果可为猪骨骼肌基因表达RT-qPCR分析内参基因的选择提供参考。
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关键词
RT-qPCR
候选内参基因
基因
表达稳定性
骨骼肌
猪
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职称材料
题名
鸭茅根组织实时定量PCR分析中候选内参基因的筛选
被引量：
7
1
作者
蒋晓梅
严海东
张新全
张瑜
黄琳凯
机构
四川农业大学草业科学系
出处
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期847-853,共7页
基金
国家973计划(2014CB138705)
国家现代牧草产业技术体系(CARS-35-05)
国家级大学生创新计划(201310626002)资助
文摘
实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术已成为研究基因表达的重要技术之一。以鸭茅(Dactylis glomerata)根组织为材料,利用qRT-PCR技术检测ACTIN(肌动蛋白酶)、TCTP(翻译控制肿瘤蛋白酶)、UBC(泛素结合酶)、ZTL(ZTL蛋白酶)、GAPDH(甘油醛-3-磷酸-脱氢酶)和SAMDC(腺苷甲硫氨酸脱羧酶)6个候选内参基因在不同非生物胁迫环境下的表达情况,并运用Genorm 3.5,Delta-Ct method,NormFinder 0.953,Bestkeeper 1.0和RefFinder软件分析各候选内参基因在鸭茅根组织中的表达稳定性。结果表明:6个候选内参基因综合表达稳定性从高到低排序为ACTIN,TCTP,GAPDH,UBC,ZTL,SAMDC;在干旱胁迫、盐胁迫、涝胁迫、热胁迫与ABA处理条件下,表达稳定性最高的基因是ACTIN;在涝胁迫条件下,表达稳定性最高的基因是TCTP;在不同的胁迫条件下,表达稳定性最低的基因是SAMDC。综合分析可知,基因ACTIN和TCTP最适合作为鸭茅非生物胁迫研究的候选内参基因,这可为鸭茅非生物胁迫下各种基因表达研究奠定基础。
关键词
鸭茅
实时荧光定量PCR
非生物胁迫
候选内参基因
根组织
Keywords
Orchardgrass
qRT-PCR
Abiotic stress
Candidate reference genes
Root tissue
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
用RT-qPCR方法评价4个不同猪品种骨骼肌候选内参基因
2
作者
陈薪全
潘宇恒
敬云鸿
牛丽莉
甘麦邻
赵叶
陈蕾
沈林園
朱砺
机构
四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室
出处
《四川农业大学学报》
北大核心
2023年第6期1107-1115,共9页
基金
国家重点研发计划(2021YFD1200801)
四川省科技支撑计划(2021ZDZX0008、2021YFYZ0007、scsztd-2023-08-09)
国家生猪产业技术体系(CARS-pig-35)。
文摘
【目的】寻找合适的规范化策略研究猪骨骼肌相关基因。【方法】筛选TATA结合蛋白(TBP)、次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT)、核糖体蛋白L4(RPL4)、肽基脯氨酸异构酶A(PPIA)、β-2微球蛋白(B2M)、酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋白(YWHAZ)、β-肌动蛋白(ACTB)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)8个候选内参基因,选取国外引进的长白、约克与杜洛克公猪,进行三元杂交生产的商品猪(DLY),长白、约克猪进行二元杂交的商品猪(LY),成华猪和藏猪共4个品种进行基因表达正常化评价。采用geNorm、NormFinder和BestKeeper3种常用算法评估候选内参基因的稳定性。将3种常用算法的结果进行综合排名。【结果】8个候选内参基因在不同猪种中表现出较高的表达稳定性,但表达循环阈值不同。【结论】运用3种不同的评估算法可以筛选出相似的候选内参基因,该结果可为猪骨骼肌基因表达RT-qPCR分析内参基因的选择提供参考。
关键词
RT-qPCR
候选内参基因
基因
表达稳定性
骨骼肌
猪
Keywords
RT-qPCR
candidate reference gene
gene stability
skeletal muscle
pig
分类号
S828.2 [农业科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
鸭茅根组织实时定量PCR分析中候选内参基因的筛选
蒋晓梅
严海东
张新全
张瑜
黄琳凯
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
用RT-qPCR方法评价4个不同猪品种骨骼肌候选内参基因
陈薪全
潘宇恒
敬云鸿
牛丽莉
甘麦邻
赵叶
陈蕾
沈林園
朱砺
《四川农业大学学报》
北大核心
2023
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