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一种带有长度和位置约束的字符串索引方法
1
作者
于长永
高明
+1 位作者
柏禄一
赵宇海
《东北大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第7期959-963,共5页
提出了一种基于BWT(Burrows-wheeler-transform)的字符串集合的索引方法,以解决带有匹配字符串长度和匹配子串位置约束的子串确切匹配查找问题.讨论了BWT和基于BWT索引进行确切子串查找的基本原理.分析了字符串集合、匹配字符串长度和...
提出了一种基于BWT(Burrows-wheeler-transform)的字符串集合的索引方法,以解决带有匹配字符串长度和匹配子串位置约束的子串确切匹配查找问题.讨论了BWT和基于BWT索引进行确切子串查找的基本原理.分析了字符串集合、匹配字符串长度和匹配子串位置约束对原BWT索引的影响.重点解决了快速地从匹配后缀位置到字符串ID和匹配子串位置的计算问题.在3个真实的数据集上进行了比对实验,结果表明:所提出的基于BWT索引方法在没有增加原索引大小的情况下,大大提升了带有匹配字符串长度和匹配位置约束的确切子串的查找的性能,因此该算法更加适用于大规模的字符串集合的索引进行近似字符串匹配和连接.
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关键词
BWT
字符串索引
倒排链表
字符串近似匹配
序列比对
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职称材料
题名
一种带有长度和位置约束的字符串索引方法
1
作者
于长永
高明
柏禄一
赵宇海
机构
东北大学秦皇岛分校计算机与通信工程学院
东北大学计算机科学与工程学院
出处
《东北大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第7期959-963,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(61772124
61332014
+4 种基金
61401080
61402087)
河北省自然科学基金资助项目(F2015501049)
河北省教育厅项目(QN2014339)
中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(N150402002)
文摘
提出了一种基于BWT(Burrows-wheeler-transform)的字符串集合的索引方法,以解决带有匹配字符串长度和匹配子串位置约束的子串确切匹配查找问题.讨论了BWT和基于BWT索引进行确切子串查找的基本原理.分析了字符串集合、匹配字符串长度和匹配子串位置约束对原BWT索引的影响.重点解决了快速地从匹配后缀位置到字符串ID和匹配子串位置的计算问题.在3个真实的数据集上进行了比对实验,结果表明:所提出的基于BWT索引方法在没有增加原索引大小的情况下,大大提升了带有匹配字符串长度和匹配位置约束的确切子串的查找的性能,因此该算法更加适用于大规模的字符串集合的索引进行近似字符串匹配和连接.
关键词
BWT
字符串索引
倒排链表
字符串近似匹配
序列比对
Keywords
BWT （Burrows-Wheeler-transform）
string index
inverted list
string similarity match
sequence alignment
分类号
TP311.131 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一种带有长度和位置约束的字符串索引方法
于长永
高明
柏禄一
赵宇海
《东北大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018
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