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芋[Colocasiaesculenta(L.) Schott]的倍性水平及基因组特征解析
被引量：
3
1
作者
殷剑美
王立
+4 位作者
蒋璐
韩晓勇
郭文琦
李春宏
张培通
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2019年第6期1284-1291,共8页
采用流式细胞术,对2个芋[Colocasiaesculenta(L.)Schott]品种苏芋1号和香蕉芋的倍性水平和DNA含量进行了测定,2倍基因组DNA含量分别为7.71 pg和5.25 pg,倍性分别为三倍体和二倍体。同时通过HiSeq 2500测序,分别获得240.53 Gb和87.69 Gb...
采用流式细胞术,对2个芋[Colocasiaesculenta(L.)Schott]品种苏芋1号和香蕉芋的倍性水平和DNA含量进行了测定,2倍基因组DNA含量分别为7.71 pg和5.25 pg,倍性分别为三倍体和二倍体。同时通过HiSeq 2500测序,分别获得240.53 Gb和87.69 Gb数据,芋基因组大小为2.08~2.38 Gb,GC含量为42.57%~42.75%,杂合度为0.52%~2.29%。根据苏芋1号的基因组数据,组装得到基因组序列为2.27 Gb,Contig N50为359 bp;共注释获得24302个基因,99.43%的基因可注释到6个公共数据库;筛选出928987个SSR位点。
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关键词
芋
流式细胞术
基因组测序
基因功能注释
倍型水平
基因组特征
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职称材料
题名
芋[Colocasiaesculenta(L.) Schott]的倍性水平及基因组特征解析
被引量：
3
1
作者
殷剑美
王立
蒋璐
韩晓勇
郭文琦
李春宏
张培通
机构
江苏省农业科学院经济作物研究所江苏省农业生物学重点实验室
出处
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2019年第6期1284-1291,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31501776)
江苏省农业生物学重点实验室项目(4911707Z201707)
文摘
采用流式细胞术,对2个芋[Colocasiaesculenta(L.)Schott]品种苏芋1号和香蕉芋的倍性水平和DNA含量进行了测定,2倍基因组DNA含量分别为7.71 pg和5.25 pg,倍性分别为三倍体和二倍体。同时通过HiSeq 2500测序,分别获得240.53 Gb和87.69 Gb数据,芋基因组大小为2.08~2.38 Gb,GC含量为42.57%~42.75%,杂合度为0.52%~2.29%。根据苏芋1号的基因组数据,组装得到基因组序列为2.27 Gb,Contig N50为359 bp;共注释获得24302个基因,99.43%的基因可注释到6个公共数据库;筛选出928987个SSR位点。
关键词
芋
流式细胞术
基因组测序
基因功能注释
倍型水平
基因组特征
Keywords
Colocasia esculenta
flow cytometry
genome sequencing
gene function annotation
ploidy level
genomic characterization
分类号
S632.3 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
芋[Colocasiaesculenta(L.) Schott]的倍性水平及基因组特征解析
殷剑美
王立
蒋璐
韩晓勇
郭文琦
李春宏
张培通
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2019
3
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