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基于全蛋白质组的微生物系统发育树构建
被引量：
1
1
作者
张文
唐焕文
+2 位作者
方伟武
蔡旭
张伟伟
《大连理工大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005年第6期925-930,共6页
新近出现的信息离散性度量方法(简称FDOD方法)已在多个领域获得成功的应用,是一种非比对距离方法.随着越来越多的微生物全基因组测序任务的完成,人们开始在整个基因组水平上探讨物种的系统发育关系.因此,将FDOD方法应用于微生物系统发...
新近出现的信息离散性度量方法(简称FDOD方法)已在多个领域获得成功的应用,是一种非比对距离方法.随着越来越多的微生物全基因组测序任务的完成,人们开始在整个基因组水平上探讨物种的系统发育关系.因此,将FDOD方法应用于微生物系统发育分析是一项很有意义的工作.因为氨基酸序列比DNA序列更为保守,能为物种的进化分析提供更为有用的信息.对收集到的163个原核生物和5个真核生物,从完全蛋白质组出发去分析推断其系统的发育关系,所得的系统发育树包括145个细菌、18个古细菌和5个真核细菌,这与三界进化理论符合,大部分低层分支与权威的《伯杰氏系统细菌学手册》相同.并且对高层分支关系提出了一些新建议.
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关键词
微生物
原核生物
古细菌
系统发育
信息离散性度量
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职称材料
题名
基于全蛋白质组的微生物系统发育树构建
被引量：
1
1
作者
张文
唐焕文
方伟武
蔡旭
张伟伟
机构
大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所
中国科学院应用数学研究所
出处
《大连理工大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005年第6期925-930,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(9010303320176005)
文摘
新近出现的信息离散性度量方法(简称FDOD方法)已在多个领域获得成功的应用,是一种非比对距离方法.随着越来越多的微生物全基因组测序任务的完成,人们开始在整个基因组水平上探讨物种的系统发育关系.因此,将FDOD方法应用于微生物系统发育分析是一项很有意义的工作.因为氨基酸序列比DNA序列更为保守,能为物种的进化分析提供更为有用的信息.对收集到的163个原核生物和5个真核生物,从完全蛋白质组出发去分析推断其系统的发育关系,所得的系统发育树包括145个细菌、18个古细菌和5个真核细菌,这与三界进化理论符合,大部分低层分支与权威的《伯杰氏系统细菌学手册》相同.并且对高层分支关系提出了一些新建议.
关键词
微生物
原核生物
古细菌
系统发育
信息离散性度量
Keywords
microbe
prokaryote
archaea
phylogeny
FDOD
分类号
Q517 [生物学—生物化学]
Q349 [生物学—遗传学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于全蛋白质组的微生物系统发育树构建
张文
唐焕文
方伟武
蔡旭
张伟伟
《大连理工大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005
1
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