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寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎的活性成分、靶基因筛选和生物学功能分析 被引量:8
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作者 吉米丽汗·司马依 买买提明·努尔买买提 +3 位作者 季志红 艾尼瓦尔·吾买尔 买尔旦·玉苏甫 周文婷 《山东医药》 CAS 2020年第15期27-31,共5页
目的筛选寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎的活性成分、活性成分靶基因,探讨寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎靶基因的生物学功能及相关信息通路。方法通过TCMSP数据库收集寒喘祖帕颗粒包含9味共有靶基因药材的成分,通过ADME参数(OB≥30、BBB... 目的筛选寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎的活性成分、活性成分靶基因,探讨寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎靶基因的生物学功能及相关信息通路。方法通过TCMSP数据库收集寒喘祖帕颗粒包含9味共有靶基因药材的成分,通过ADME参数(OB≥30、BBB≥0.3、Caco-2≥-0.4)筛选其可能的活性成分及其靶基因。利用Cytoscape软件构建药材-活性成分-靶基因网络,利用CTD、TTD、DiSGeNET和DrugBank等数据库获取毛细支气管炎发病相关的靶基因,并通过STRING数据库筛选(Score≥0.9)其相关靶基因之间相互作用强大的靶基因作为毛细支气管炎发病相关主要靶基因。将寒喘祖帕颗粒活性成分靶基因与毛细支气管炎发病相关特异性靶基因进行交集,得到寒喘祖帕颗粒及毛细支气管炎共有的潜在靶基因。利用Cytoscape软件构建药材-潜在活性成分-潜在共有靶基因网络,最后对潜在共有靶基因通过DAVID数据库进行基因本体功能(GO)和KEGG信号通路分析。结果寒喘祖帕颗粒9味药材共收集到240个成分,ADME筛选得到β-谷甾醇、槲皮素、木犀草素、柠檬烯、咖啡酸、β-胡萝卜素、山奈酚、茴脑、HEX、Heptan、(L)-alpha-Terpineol、3-methylhexane和齐墩果酸等14个活性成分及197个活性成分靶基因。筛选得到419个毛细支气管炎发病相关靶基因,214个毛细支气管炎发病相关主要靶基因,50个寒喘祖帕颗粒-毛细支气管炎共有的潜在靶基因。50个潜在靶基因相关生物学功能主要参与炎症反应、免疫反应、凋亡过程等10个和主要信号通路有JAK/STAT信号通路、NOD样受体信号通路和TNF信号通路等21条。结论寒喘祖帕颗粒9味药材共收集到14个活性成分β-谷甾醇、槲皮素等及其197个靶基因,寒喘祖帕颗粒-毛细支气管炎共有潜在靶基因50个。药物疾病共有潜在靶基因主要参与炎症反应、免疫反应、凋亡过程等生物学功能,主要信号通路有JAK/STAT信号通路、NOD样受体信号通路和TNF信号通路等。 展开更多
关键词 中医药 寒喘祖帕颗粒 毛细支气管炎 网络药理学 生物学功能分析 基本本体功能分析 信号通路分析
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多发性骨髓瘤/浆细胞白血病差异表达基因生物学功能、关键基因表达水平及其与预后的关系 被引量:2
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作者 常慧娟 孟夜 +4 位作者 朱玉榕 班燕芳 章建国 王芝涛 秦慧 《山东医药》 CAS 2023年第3期44-47,共4页
目的筛选出多发性骨髓瘤(MM)与浆细胞白血病(PCL)之间的差异表达基因,了解其生物学功能,明确关键基因表达水平与MM预后的关系。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中下载MM与PCL芯片数据集GSE66291和GSE70323,在R软件中用Limma包分别筛选差... 目的筛选出多发性骨髓瘤(MM)与浆细胞白血病(PCL)之间的差异表达基因,了解其生物学功能,明确关键基因表达水平与MM预后的关系。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中下载MM与PCL芯片数据集GSE66291和GSE70323,在R软件中用Limma包分别筛选差异表达基因(DEGs)并取交集。利用基因本体(GO)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析对DEGs进行功能和通路注释,使用Sring对交集的DEGs构建蛋白质—蛋白质互作网络(PPI),筛选关键基因,使用Cytohubba插件筛选相关度前20位的关键基因,最后在GSE24080中根据关键基因的表达水平将MM患者分为高表达组及低表达组,比较高低表达组的总体生存率。结果共获取DEGs 389个,120个上调,269个下调。GO分析结果显示:在细胞组分方面主要与细胞膜外区域相关;在生物过程方面,参与白细胞游走、中性粒细胞聚集、体液免疫等;分子功能方面,主要与抗原结合相关。KEGG结果提示DEGs在细胞黏附分子、局灶性黏附等相关通路上富集。筛选出CDH1、CD44等20个关键基因,其中CXCL12、CDH1、RNASE3、LYZ、PPBP、VCAM1、QPCT、PECAM1与MM高表达组MM患者的总体生存率高于低表达组(P均<0.05)。结论MM与PCLD的DEGs中120个上调,269个下调。DEGs主要与细胞膜外区域相关,参与白细胞游走、与抗原结合、调控细胞黏附分子及局灶性黏附等相关通路。CXCL12、CDH1、RNASE3、LYZ、PPBP、VCAM1、QPCT和PECAM1可能是与MM患者预后相关的关键基因,其高表达组MM患者预后较好。 展开更多
关键词 多发性骨髓瘤 浆细胞白血病 差异基因 基因本体功能分析 京都基因与基因组百科全书信号通路分析 预后
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Cardiotrophin-1 promotes cardiomyocyte differentiation from mouse induced pluripotent stem cells via JAK2/STAT3/Pim-1 signaling pathway 被引量:2
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作者 Tong LIU Ran ZHANG +8 位作者 Tao GUO Sai MA Dong HAN Xiu-Juan LI Yan JIN Miao-Miao FAN Ya-Bin WANG Yun-Dai CHEN Feng CAO 《Journal of Geriatric Cardiology》 SCIE CAS CSCD 2015年第6期591-599,共9页
Background The induced pluripotent stem cell (iPSC) has shown great potential in cellular therapy of myocardial infarction (MI), while its application is hampered by the low efficiency of cardiomyocyte differentia... Background The induced pluripotent stem cell (iPSC) has shown great potential in cellular therapy of myocardial infarction (MI), while its application is hampered by the low efficiency of cardiomyocyte differentiation. The present study was designed to investigate the effects of cardiotrophin-1 (CT-1) on cardiomyocyte differentiation from mouse induced pluripotent stem cells (miPSCs) and the underlying mechanisms involved. Methods The optimal treatment condition for cardiomyocyte differentiation from miPSCs was established with ideal concentration (10 ng/mL) and duration (from day 3 to day 14) of CT-1 administration. Up-regulated expression of cardiac specific genes that accounted for embryonic cardiogenesis was observed by quantitative RT-PCR. Elevated amount of a-myosin heavy chain (ct-MHC) and cardiac troponin I (cTn I) positive cells were detected by immunofluorescence staining and flow cytometry analysis in CT- 1 group. Results Transmission electron microscopic analysis revealed that cells treated with CT- 1 showed better organized sacromeric structure and more mitochondria, which are morphological characteristic of matured cardiomyocytes. Western blot demonstrated that CT-1 promotes cardiomyocyte differentiation from miPSCs partly via JAK2/STAT3/Pim-1 pathway as compared with control group. Conclusions These findings suggested that CT-1 could enhance the cardiomyocyte differentiation as well as the maturation of mouse induced pluripotent stem cell derived cardiomyocytes by regulating JAK2/STAT3/Pim-1 signaling pathway. 展开更多
关键词 Cardiac differentiation CARDIOTROPHIN-1 Mouse induced pluripotent stem cells PIM-1
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