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基于时序加权PPI网络的关键蛋白质识别
被引量：
3
1
作者
胡健
朱海湾
毛伊敏
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2019年第23期150-162,共13页
关键蛋白质是生物体内一切生命活动中不可缺少的物质基础,关键蛋白质的识别不仅可以从理论上理解生命活动机理,同时在实际应用中为药物研制、疾病治疗提供重要基础。目前,现有的关键蛋白质识别算法大多应用在静态PPI网络上,忽略了蛋白...
关键蛋白质是生物体内一切生命活动中不可缺少的物质基础,关键蛋白质的识别不仅可以从理论上理解生命活动机理,同时在实际应用中为药物研制、疾病治疗提供重要基础。目前,现有的关键蛋白质识别算法大多应用在静态PPI网络上,忽略了蛋白质的动态性和保守性,只考虑网络拓扑结构,忽略了蛋白质的生物特性,并且未能完全解决PPI网络中假阳性和假阴性问题。针对以上问题,构建一种混合动态保守蛋白质的时序加权PPI网络,并提出一种名为JTBC(Joint Topological properties,Biological properties and Complexes information)的关键蛋白质识别算法。利用基因表达数据提取动态蛋白质和保守蛋白质的活性信息,以动态调整静态PPI网络进而构建时序PPI网络,有效降低了PPI网络中的假阴性;设计一种融合双重拓扑特性的点边凝聚度DEcc(node and edge cohesion coefficient),以衡量蛋白质在PPI网络中的拓扑特性,再结合带有生物特性的蛋白质结构域信息和皮尔逊相关系数为时序PPI网络加权,以准确描述蛋白质之间的相互作用,减少了假阳性的影响;根据关键蛋白质的聚集特性和共表达特性,设计一种共表达复合物中心性方法局部评估蛋白质的重要程度。综上考虑,整合权重信息和蛋白质复合物信息来综合衡量蛋白质的关键性。实验结果表明该算法能够从全局和局部特性较准确地识别关键蛋白质。
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关键词
关键
蛋白质
保守蛋白质
混合动态
保守蛋白质
的时序加权网络
蛋白质
结构域
共表达复合物中心性
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职称材料
双翅目昆虫(黑腹果蝇和冈比亚按蚊)内含子丢失的比较分析
被引量：
2
2
作者
金珊
胡广安
+1 位作者
张菁
曾庆韬
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第3期373-380,共8页
内含子插入和丢失的进化动力及机制尚存在许多疑问。通过对真核生物的105个同源基因的蛋白质高度保守区域内含子-外显子结构的研究,对人Homosapiens、小鼠Musmusculus、大鼠Rattusnorvegicus、黑腹果蝇Drosophilamelanogaster、冈比亚按...
内含子插入和丢失的进化动力及机制尚存在许多疑问。通过对真核生物的105个同源基因的蛋白质高度保守区域内含子-外显子结构的研究,对人Homosapiens、小鼠Musmusculus、大鼠Rattusnorvegicus、黑腹果蝇Drosophilamelanogaster、冈比亚按蚊Anophelesgambiae和秀丽隐杆线虫Caenorhabditiselegans的3574个内含子、1001个的内含子保守位点进行分析,推断出不同系统中内含子的变化途径。发现在进化早期,脊椎动物、双翅目昆虫和线虫的共同祖先中含有大量内含子,在进化过程中,双翅目昆虫和线虫发生了大量的内含子丢失,甚至在双翅目昆虫中内含子丢失较线虫更严重。线虫获得的内含子略多于丢失的内含子,而在双翅目昆虫中则显示出内含子的丢失明显多于内含子的获得。该结果合理地解释了内含子在脊椎动物、线虫及昆虫中数量的分布呈下降趋势。
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关键词
双翅目昆虫
脊椎动物
线虫
进化
内含子丢失
蛋白质
高度
保守
区域
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职称材料
题名
基于时序加权PPI网络的关键蛋白质识别
被引量：
3
1
作者
胡健
朱海湾
毛伊敏
机构
江西理工大学应用科学学院
江西理工大学信息工程学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2019年第23期150-162,共13页
基金
国家自然科学基金（No.41562019,No.41530640）
江西省自然科学基金（No.20161BAB203093,No.GJJ161566）
+1 种基金
江西省教育厅科技项目（No.GJJ151528,No.GJJ151531）
省社科规划项目（No.13YD020）
文摘
关键蛋白质是生物体内一切生命活动中不可缺少的物质基础,关键蛋白质的识别不仅可以从理论上理解生命活动机理,同时在实际应用中为药物研制、疾病治疗提供重要基础。目前,现有的关键蛋白质识别算法大多应用在静态PPI网络上,忽略了蛋白质的动态性和保守性,只考虑网络拓扑结构,忽略了蛋白质的生物特性,并且未能完全解决PPI网络中假阳性和假阴性问题。针对以上问题,构建一种混合动态保守蛋白质的时序加权PPI网络,并提出一种名为JTBC(Joint Topological properties,Biological properties and Complexes information)的关键蛋白质识别算法。利用基因表达数据提取动态蛋白质和保守蛋白质的活性信息,以动态调整静态PPI网络进而构建时序PPI网络,有效降低了PPI网络中的假阴性;设计一种融合双重拓扑特性的点边凝聚度DEcc(node and edge cohesion coefficient),以衡量蛋白质在PPI网络中的拓扑特性,再结合带有生物特性的蛋白质结构域信息和皮尔逊相关系数为时序PPI网络加权,以准确描述蛋白质之间的相互作用,减少了假阳性的影响;根据关键蛋白质的聚集特性和共表达特性,设计一种共表达复合物中心性方法局部评估蛋白质的重要程度。综上考虑,整合权重信息和蛋白质复合物信息来综合衡量蛋白质的关键性。实验结果表明该算法能够从全局和局部特性较准确地识别关键蛋白质。
关键词
关键
蛋白质
保守蛋白质
混合动态
保守蛋白质
的时序加权网络
蛋白质
结构域
共表达复合物中心性
Keywords
essential proteins
conserved proteins
temporal weighted network with dynamic and conserved proteins
protein domain
co-expressed complex centrality
分类号
TP399 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
双翅目昆虫(黑腹果蝇和冈比亚按蚊)内含子丢失的比较分析
被引量：
2
2
作者
金珊
胡广安
张菁
曾庆韬
机构
湖北大学生命科学学院
南洋理工大学生命科学学院
出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第3期373-380,共8页
基金
国家自然科学基金项目(30470970)
文摘
内含子插入和丢失的进化动力及机制尚存在许多疑问。通过对真核生物的105个同源基因的蛋白质高度保守区域内含子-外显子结构的研究,对人Homosapiens、小鼠Musmusculus、大鼠Rattusnorvegicus、黑腹果蝇Drosophilamelanogaster、冈比亚按蚊Anophelesgambiae和秀丽隐杆线虫Caenorhabditiselegans的3574个内含子、1001个的内含子保守位点进行分析,推断出不同系统中内含子的变化途径。发现在进化早期,脊椎动物、双翅目昆虫和线虫的共同祖先中含有大量内含子,在进化过程中,双翅目昆虫和线虫发生了大量的内含子丢失,甚至在双翅目昆虫中内含子丢失较线虫更严重。线虫获得的内含子略多于丢失的内含子,而在双翅目昆虫中则显示出内含子的丢失明显多于内含子的获得。该结果合理地解释了内含子在脊椎动物、线虫及昆虫中数量的分布呈下降趋势。
关键词
双翅目昆虫
脊椎动物
线虫
进化
内含子丢失
蛋白质
高度
保守
区域
Keywords
Diptera
vertebrates
nematodes
evolution
intron loss
high conserved protein domain
分类号
Q966 [生物学—昆虫学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于时序加权PPI网络的关键蛋白质识别
胡健
朱海湾
毛伊敏
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2019
3
在线阅读
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职称材料
2
双翅目昆虫(黑腹果蝇和冈比亚按蚊)内含子丢失的比较分析
金珊
胡广安
张菁
曾庆韬
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006
2
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职称材料
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