鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析 被引量：7

1

作者 周丹 薛仁余 +4 位作者 张晓峰 杜科 马吉敏 顾颖 孙效文 《水产学杂志》 CAS 2013年第2期19-25,共7页

运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适... 运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)、基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)之间呈极显著的正相关(鲤和斑马鱼的相关系数分别为r=0.5946和0.7884、0.9772和0.9616、0.3356和0.5380、0.5424和0.8144),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.1241和0.3987)。实验表明:同义密码子第三位密码子碱基含量和组成直接影响着最优密码子使用偏性,基因的表达水平越高,对密码子的使用偏性越强。 展开更多

关键词 鲤鱼 斑马鱼 HOX基因家族 同义密码子使用偏性 最优密码子 GC含量

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一种基于密码子使用偏性的检测型基因芯片设计方法 被引量：3

2

作者 马建民 顾万君 +2 位作者 周童 孙啸 陆祖宏 《东南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第4期581-585,共5页

首先预测特定蛋白密码子使用概率表 ,以确定序列中各氨基酸的编码密码子 ,这样可以将芯片表面探针的数量减少为原来的 4.47% .然后进一步考虑密码子在编码时的C G选择性分离原则、G T配对原则 ,以进一步将芯片表面探针的数量减少至 4.2 ... 首先预测特定蛋白密码子使用概率表 ,以确定序列中各氨基酸的编码密码子 ,这样可以将芯片表面探针的数量减少为原来的 4.47% .然后进一步考虑密码子在编码时的C G选择性分离原则、G T配对原则 ,以进一步将芯片表面探针的数量减少至 4.2 5 % .在对探针特异性要求不高的情况下 ,可以采用最优密码子使用概率表 ,以求最大限度的降低探针的数目 ,这样芯片表面探针的数量可减少到原来的 0 .2 0 % .通过上述方法 。 展开更多

关键词 检测型基因芯片 设计方法 特定蛋白 密码子使用偏性 C-G选择性分离原则 G-T配对原则 探针优化 遗传密码

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鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析 被引量：10

3

作者 张晓峰 孙效文 《水产学杂志》 CAS 2010年第4期23-29,共7页

本研究利用鲤鱼454测序所获得的基因的表达序列和GeneBank中斑马鱼全部基因的编码序列,采用多重变量分析软件CodonW对鲤鱼和斑马鱼影响密码子用法的因素进行了分析。结果表明,两个在59种同义密码子中有27种为最优密码子。同时还指出,最... 本研究利用鲤鱼454测序所获得的基因的表达序列和GeneBank中斑马鱼全部基因的编码序列,采用多重变量分析软件CodonW对鲤鱼和斑马鱼影响密码子用法的因素进行了分析。结果表明,两个在59种同义密码子中有27种为最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率（Fop）与基因的G＋C含量（GC）,尤其是第三位密码子的G＋C百分含量（GC3S）、密码子适应指数（CAI）和密码子偏爱指数（CBI）之间均呈现极显著的正相关（鲤鱼和斑马鱼的相关系数分别为r=0.4108和0.4087、0.5354和0.5628、0.7547和0.7771、0.9803和0.9741）,而与有效等位基因数ENc存在显著负相关（相关系数r=-0.2832和-0.2390）。表明基因GC含量直接影响密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。 展开更多

关键词 鲤鱼 斑马鱼 同义密码子使用偏性 最优密码子 GC含量

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玉米同义密码子使用偏性分析 被引量：5

4

作者 于金海 《黑龙江农业科学》 2010年第7期1-4,共4页

利用玉米B73全基因组53 764个基因的表达序列数据,使用多重变量分析软件CodonW对影响密码子用法的因素进行分析。结果表明:在59种同义密码子中有27种为玉米最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率(FOP)与基因的G+C含量(GC),尤其是... 利用玉米B73全基因组53 764个基因的表达序列数据,使用多重变量分析软件CodonW对影响密码子用法的因素进行分析。结果表明:在59种同义密码子中有27种为玉米最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率(FOP)与基因的G+C含量(GC),尤其是第3位密码子的G+C百分含量(GC3S)、密码子适应指数(CAI)和密码子偏爱指数(CBI)之间均呈现极显著的正相关(相关系数分别为r=0.780 7、0.822 3、0.731 4和0.986 3),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.681 5)。表明基因GC含量直接影响玉米密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。27个最优密码子的首次确定将对玉米转基因具有重要指导意义。 展开更多

关键词 玉米 同义密码子使用偏性 最优密码子 GC含量

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竹亚科叶绿体基因组的密码子使用偏性分析 被引量：48

5

作者 吴妙丽 陈世品 陈辉 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期9-14,共6页

以3种竹亚科植物的叶绿体基因组编码基因为研究对象,分析基因的密码子偏性形成的主要因素。结果显示:3种竹子具有相似的密码子使用模式,均偏爱以A或T结尾的密码子。奇偶偏好性分析进一步证实密码子第3位T的出现频率高于A。通过中性分析... 以3种竹亚科植物的叶绿体基因组编码基因为研究对象,分析基因的密码子偏性形成的主要因素。结果显示:3种竹子具有相似的密码子使用模式,均偏爱以A或T结尾的密码子。奇偶偏好性分析进一步证实密码子第3位T的出现频率高于A。通过中性分析发现,GC12与GC3并无显著相关性。奇偶偏好分析表明,4种碱基不成比例分布在密码子第3位上(CT>AG),说明选择压力可能起到重要作用。基于同义密码子的相对使用度(RSCU)的对应分析中,第1主向量轴仅解释了约10%的变异; 3种竹子的轴2一致地与CAI呈显著负相关(P<0.05);轴4与ENC、GC3呈极显著相关(P<0.05)。综合以上结果,竹亚科叶绿体基因密码子的使用偏性是由自然选择和碱基组成共同作用形成,选择压力起主要作用。 展开更多

关键词 竹亚科 叶绿体基因组 密码子使用偏性

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酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性分析 被引量：59

6

作者 胡晓艳 许艳秋 +1 位作者 韩有志 杜淑辉 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期621-628,共8页

通过分析枣属植物酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性,探讨影响其密码子使用偏性形成的主要因素。结果表明:酸枣叶绿体基因组有效密码子数(N ec)为47.72,密码子使用偏性较弱;中性绘图分析和使用的有效密码子数绘图分析(N ec-plot绘图分析)... 通过分析枣属植物酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性,探讨影响其密码子使用偏性形成的主要因素。结果表明:酸枣叶绿体基因组有效密码子数(N ec)为47.72,密码子使用偏性较弱;中性绘图分析和使用的有效密码子数绘图分析(N ec-plot绘图分析)结果表明,酸枣叶绿体基因组密码子使用保守性较高,选择压力对密码子使用的影响较大;最优密码子分析确定UUU、GUA、UCA、ACA、AAU、AGA、GGG等7个密码子为最优密码子;奇偶偏差分析表明,密码子第3位碱基的使用存在偏好性,嘌呤的使用比嘧啶更频繁;基于同义密码子相对使用度的对应性分析表明,酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性的影响因素中GC含量影响最大,其他因素也有一定影响。酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性的影响因素中,来自外界的选择压力起主要作用,核苷酸组成和其他因素也发挥一定的作用。 展开更多

关键词 酸枣 叶绿体基因组 密码子 使用偏性

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珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性分析 被引量：8

7

作者 孙月琪 李密密 周义峰 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1-10,共10页

为探究珊瑚菜(Glehnia littoralis F.Schmidt ex Miq.)叶绿体基因组密码子使用偏性及其影响因子,本研究基于珊瑚菜叶绿体基因组测序数据筛选到51个蛋白质编码基因,并对其密码子使用模式进行分析。结果显示:珊瑚菜叶绿体基因组密码子总G... 为探究珊瑚菜(Glehnia littoralis F.Schmidt ex Miq.)叶绿体基因组密码子使用偏性及其影响因子,本研究基于珊瑚菜叶绿体基因组测序数据筛选到51个蛋白质编码基因,并对其密码子使用模式进行分析。结果显示:珊瑚菜叶绿体基因组密码子总GC含量(G_(Call))为38.8%,密码子第3位碱基的GC含量(GC3)最低,仅为29.2%,3个位置碱基的GC含量均小于50%,表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子偏好使用A或U。珊瑚菜叶绿体基因组有效密码子数(ENC)为34.6~54.5,密码子适应指数(CAI)为0.100~0.270,密码子偏好指数(CBI)为-0.190~0.226,最优密码子使用频率(FOP)为0.276~0.550,表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性较弱;相关性分析结果表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子第3位碱基的组成对基因表达有很大影响。中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析和对应性分析结果表明珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性受自然选择和突变的共同影响,以自然选择为主;基于相对同义密码子使用度(RSCU)和高、低表达组的RSCU差值(ΔRSCU)共获得16个最优密码子,且大部分以A或U结尾。综合分析结果表明:珊瑚菜叶绿体基因组密码子使用偏性较弱,且主要受自然选择的影响。 展开更多

关键词 珊瑚菜 叶绿体基因组 密码子使用偏性 最优密码子

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银杏叶绿体基因组密码子使用偏性分析 被引量：5

8

作者 李薇 王倩 +1 位作者 胡晓艳 杜淑辉 《林业调查规划》 2021年第6期28-34,共7页

利用CodonW等软件,对银杏叶绿体基因组57个基因密码子的使用偏性及其影响因素进行研究。对银杏叶绿体基因组的ENC值、中性绘图、ENC-plot绘图、最优密码子、奇偶偏差、对应性分析的结果表明:影响银杏叶绿体基因组密码子使用偏性的因素,... 利用CodonW等软件,对银杏叶绿体基因组57个基因密码子的使用偏性及其影响因素进行研究。对银杏叶绿体基因组的ENC值、中性绘图、ENC-plot绘图、最优密码子、奇偶偏差、对应性分析的结果表明:影响银杏叶绿体基因组密码子使用偏性的因素,以自然选择压力为主,自身基因变异和碱基组成等也有一定影响。依据ENC值建立高低表达基因库,最终确定UUU、UUG、CUU、GUU、UCA、CCA、ACA、UAU、AAU、CGA、AGA等11个银杏叶绿体基因组的最优密码子。 展开更多

关键词 银杏 叶绿体基因组 密码子使用偏性 最优密码子 自然选择压力

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栽培大豆和野生大豆线粒体基因组密码子使用偏性的比较分析 被引量：9

9

作者 唐向民 杨守臻 +4 位作者 陈怀珠 孙祖东 赖振光 曾维英 韦清源 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期926-934,共9页

为分析栽培大豆和野生大豆线粒体基因组的密码子使用特征差异,该文以其线粒体基因组编码序列为研究对象,比较其密码子偏性形成的影响因素和演化过程。结果表明:(1)栽培大豆和野生大豆线粒体基因组编码区的GC含量分别为44.56%和44.58%,... 为分析栽培大豆和野生大豆线粒体基因组的密码子使用特征差异,该文以其线粒体基因组编码序列为研究对象,比较其密码子偏性形成的影响因素和演化过程。结果表明:(1)栽培大豆和野生大豆线粒体基因组编码区的GC含量分别为44.56%和44.58%,说明栽培大豆和野生大豆线粒体编码基因均富含A/T碱基。(2)栽培大豆和野生大豆线粒体基因组密码子第1位、第2位GC含量平均值与第3位GC含量的相关性均呈极显著水平,说明突变在其密码子偏性形成中的作用不可忽略;PR2-plot分析显示,在同义密码子第3位碱基的使用频率上,嘌呤低于嘧啶;Nc-plot分析中Nc比值位于-0.1~0.2区间的基因数占总基因数的95%以上;突变和选择等多重因素共同作用影响了大豆线粒体基因组编码序列密码子使用偏性的形成。(3)有20、21个密码子分别被确定为栽培大豆和野生大豆线粒体基因组编码序列的最优密码子,其中除丝氨酸TCC密码子外均以A或T结尾。综上结果认为,栽培大豆线粒体密码子偏性的形成受选择的影响要高于野生大豆,这可能是栽培大豆由野生大豆经长期人工栽培驯化的结果。 展开更多

关键词 栽培大豆 野生大豆 线粒体基因组 密码子使用偏性 最优密码子

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大蒜全基因组WOX基因家族鉴定及密码子使用偏性分析 被引量：8

10

作者 董新玉 邓浪 +2 位作者 张亚春 陈国发 李树锋 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第2期285-293,共9页

【目的】在大蒜(Allium sativum)全基因组中鉴定WOX基因家族,并进行密码子使用偏性分析,为进一步研究大蒜WOX基因家族的功能提供重要依据。【方法】利用生物信息学方法,鉴定分析大蒜WOX基因家族及其密码子使用偏性。基于GEO测序(RNA-seq... 【目的】在大蒜(Allium sativum)全基因组中鉴定WOX基因家族,并进行密码子使用偏性分析,为进一步研究大蒜WOX基因家族的功能提供重要依据。【方法】利用生物信息学方法,鉴定分析大蒜WOX基因家族及其密码子使用偏性。基于GEO测序(RNA-seq)数据,分析大蒜WOX基因家族在大蒜鳞茎不同发育时期及其他组织中的表达模式。【结果】从大蒜基因组中鉴定到16个大蒜WOX基因家族。系谱进化分析发现:大蒜WOX基因家族被划分为3个进化支,分别属于远古支、中间支和WUS支。保守结构域分析发现:它们均含有68个氨基酸组成的保守结构域。密码子使用偏性分析发现:该基因家族密码子使用偏性较弱并受GC3s的影响,同时,该基因家族存在27个高频密码子和14个最优密码子,且大多数偏向于A/U结尾。基于RSCU值和CDS序列聚类发现:基于CDS序列聚类能更加准确表达该基因家族之间的进化关系。ENC-Plot和PR2-plot分析发现:该基因家族密码子使用偏性主要受选择压力的影响。最佳外源表达系统发现:拟南芥更适合用于该基因家族的外源表达系统。表达谱分析发现:该基因家族在鳞茎发育不同时期、叶片、假茎和根中存在差异表达。【结论】本研究为进一步弄清大蒜WOX基因家族在大蒜生长发育过程中的作用提供了科学依据。 展开更多

关键词 大蒜 全基因组 WOX基因家族 密码子使用偏性

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三种块菌(松露)全基因组密码子使用偏性及其影响因素 被引量：3

11

作者 韩利红 田雪莲 +2 位作者 刘潮 付小林 王远献 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第7期1439-1448,共10页

块菌又称松露,为珍稀野生药食兼用的大型真菌,具有极高的营养保健价值。密码子使用偏性分析可为块菌的遗传进化与资源开发提供理论依据。基于黑孢块菌(Tuber melanosporum)、白块菌(T.magnatum)和波氏块菌(T.borchii)的基因组数据,利用C... 块菌又称松露,为珍稀野生药食兼用的大型真菌,具有极高的营养保健价值。密码子使用偏性分析可为块菌的遗传进化与资源开发提供理论依据。基于黑孢块菌(Tuber melanosporum)、白块菌(T.magnatum)和波氏块菌(T.borchii)的基因组数据,利用CodonW 1.4.2、Mega X软件和EMBOSS在线网站,系统分析3种块菌基因组密码子使用特征及其影响因素。结果显示,3种块菌基因组密码子使用模式高度相似,密码子第3位偏好鸟嘌呤或胞嘧啶(G/C),有效密码子数值较高,其中,黑孢块菌与波氏块菌密码子使用性相似度最高,白块菌鸟嘌呤或胞嘧啶碱基相关参数均较高。3种块菌最优密码子中G/C结尾的分别占81.8%、78.9%和61.9%,三者共有的高频密码子24个,共有的最优密码子14个,均偏好鸟嘌呤或胞嘧啶或胸腺嘧啶结尾的密码子,但总体偏好性不强。奇偶偏性、ENC-GC3s关联、中性绘图和对应性分析显示,3种块菌密码子使用偏性形成受选择压力等多种因素影响,其中黑孢块菌主要受翻译选择压力影响,白块菌主要受翻译选择外的其他因素影响,波氏块菌受选择压力影响相对较弱。研究表明,3种块菌基因组密码子使用模式相似,偏性较弱,表达潜力较低,受多种因素影响,研究结果可为块菌的物种演化研究和遗传育种提供理论基础。 展开更多

关键词 块菌 基因组 密码子使用偏性 最优密码子 选择压力

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亚洲带绦虫基因组密码子使用偏性分析 被引量：3

12

作者 杨兴 刘西 +2 位作者 盛梦诗 刘秋艳 姜丹丹 《动物医学进展》 北大核心 2021年第7期57-63,共7页

为了解亚洲带绦虫基因组的密码子用法及影响密码子使用模式的主要因素,以亚洲带绦虫基因组注释的13323条CDS序列为数据来源,利用CodonW软件对其密码子碱基组成、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用频率(RSCU)各项指标进行统计分析... 为了解亚洲带绦虫基因组的密码子用法及影响密码子使用模式的主要因素,以亚洲带绦虫基因组注释的13323条CDS序列为数据来源,利用CodonW软件对其密码子碱基组成、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用频率(RSCU)各项指标进行统计分析。结果显示:①从亚洲带绦虫基因组数据中筛选获得11203条CDS序列,平均长度为1386 bp,GC含量在25.9%~74.1%之间,变化范围较大;②同义密码子第3位出现G或C的频率为50.11%,比出现A或T的频率高;③有效密码子数介于20.64~61.00,平均为51.06;④ENC-plot分析、中性分析、PR2分析及相关性分析结果表明,影响亚洲带绦虫密码子使用偏性的因素除了突变和选择两种力量外,还包括GC含量、基因长度、蛋白质的亲水性和芳香度;⑤最终共有25个密码子被确定为最优密码子,绝大部分以G或C结尾。结果说明,亚洲带绦虫基因组中大部分基因密码子使用偏性较弱,仅少部分基因具有较强偏性,偏好使用以G或C结尾的密码子,且这一现象是由突变、选择、碱基组成等多重因素共同作用形成的,该结果为进一步研究该物种遗传背景和分子进化提供了一定的科学依据。 展开更多

关键词 亚洲带绦虫 基因组 密码子使用偏性 最优密码子

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2种羌活药用植物的叶绿体基因组密码子使用偏性分析 被引量：3

13

作者 王琳璇 王高烽 +2 位作者 谷威 赵志敏 马永贵 《安徽农业科学》 CAS 2022年第3期95-101,共7页

对羌活(Notopterygium incisum)与宽叶羌活(N.franchetii)的叶绿体编码基因的密码子使用偏性(codon usage bias)及其影响因素进行了分析。结果表明:羌活和宽叶羌活的叶绿体基因组总ENC值分别为49.79和49.70,偏性较弱,密码子第3位碱基倾... 对羌活(Notopterygium incisum)与宽叶羌活(N.franchetii)的叶绿体编码基因的密码子使用偏性(codon usage bias)及其影响因素进行了分析。结果表明:羌活和宽叶羌活的叶绿体基因组总ENC值分别为49.79和49.70,偏性较弱,密码子第3位碱基倾向于使用A/T。PR2-plot分析表明,选择压力和突变都是影响2种羌活叶绿体密码子使用偏性的主要因素;而中性绘图分析和ENC-plot分析表明选择压力是影响2种羌活叶绿体密码子使用偏性的主要因素。相对同义密码子使用度(RSCU)分析确定了2种羌活中使用频率较高的30个高频密码子,几乎都以A或U结尾,只有UUG以G结尾。羌活的最优密码子9个,宽叶羌活的最优密码子7个。2种羌活有5个最优密码子相同,分别是UUG、CAU、CGU、AGU、GGA。该研究结果为后续药用羌活植物的基因表达、蛋白质翻译和遗传育种研究提供了研究依据和基础数据。 展开更多

关键词 羌活 宽叶羌活 叶绿体基因组 密码子使用偏性 最优密码子

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滇黄精叶绿体全基因组序列及其密码子使用偏性分析

14

作者 石乃星 谢平选 +1 位作者 李立 文国松 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期336-348,共13页

为探究滇黄精(Polygonatum kingianum)叶绿体全基因组特征和密码子使用偏性,利用第二代测序技术对滇黄精嫩叶进行测序,再经组装与注释后得到其叶绿体基因组全序列,通过MISA、EMBOSS和CodonW等软件对滇黄精叶绿体全基因组的SSR位点、系... 为探究滇黄精(Polygonatum kingianum)叶绿体全基因组特征和密码子使用偏性,利用第二代测序技术对滇黄精嫩叶进行测序,再经组装与注释后得到其叶绿体基因组全序列,通过MISA、EMBOSS和CodonW等软件对滇黄精叶绿体全基因组的SSR位点、系统发育及密码子偏好性进行分析。结果表明,滇黄精完整叶绿体基因组长度为155852 bp,基因组平均GC含量为37.7%,其大、小单拷贝区(LSC)长度分别为84633和18525 bp,反向重复区长度为26347 bp,注释了132个基因,包括86个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个核糖rRNA基因。叶绿体基因组中共有69个SSR位点,绝大多数属于单碱基重复的A/T类型。系统发育分析表明滇黄精与格脉黄精(P.tessellatum)亲缘关系近,可能与分布地域有关。密码子偏好性分析表明,滇黄精叶绿体基因组密码子使用模式受到自然选择影响大于突变因素,最终确定9个最优密码子。因此,滇黄精叶绿体基因组遗传结构和系统发育位置及其密码子偏倚的分析,为叶绿体基因工程研究提供理论依据。 展开更多

关键词 滇黄精 叶绿体基因组 密码子使用偏性 最优密码子

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沙枣叶绿体全基因组序列及其使用密码子偏性分析 被引量：59

15

作者 王婧 王天翼 +2 位作者 王罗云 张建国 曾艳飞 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1559-1572,共14页

该研究以2株野生沙枣(Elaeagnus angustifolia Linn.)嫩枝经温室水培后的嫩叶为材料,采用CTAB法分别提取总DNA,并利用第二代测序技术进行总DNA从头测序,组装后得到2株沙枣叶绿体基因组全序列,并详细分析了其蛋白质编码基因密码子使用的... 该研究以2株野生沙枣(Elaeagnus angustifolia Linn.)嫩枝经温室水培后的嫩叶为材料,采用CTAB法分别提取总DNA,并利用第二代测序技术进行总DNA从头测序,组装后得到2株沙枣叶绿体基因组全序列,并详细分析了其蛋白质编码基因密码子使用的偏好性及其原因,为沙枣叶绿体基因工程和分子系统进化等研究奠定基础。结果显示:(1)组装得到沙枣叶绿体基因组序列全长150546 bp,由长度为81113 bp的长单拷贝(LSC)区域和25494 bp的短单拷贝(SSC)区域,以及1对分隔开它们的长18445 bp的反向重复序列(IRS)组成;注释共得到132个基因,包括86个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。(2)沙枣叶绿体基因组蛋白编码基因密码子的第三位碱基GC含量(GC 3)为28.47%,明显低于整个叶绿体基因组GC含量(37%),也低于第一位(GC 1)和第二位(GC 2)碱基的GC含量,说明密码子对AT碱基结尾有偏好性;其中,UCU、CCU、UGU、GCU、CUU、GAU、UCA和UAA为最优密码子。(3)同义密码子相对使用频率(RSCU)分析发现,影响密码子使用模式的因素并不单一,密码子的偏好性受到突变、选择及其他因素的共同影响,并且自然选择表达引起的序列差异比突变对密码子偏好性的影响要显著;中性绘图分析、有效密码子数(ENC-plot)分析和奇偶偏好性(PR2-plot)分析表明,沙枣叶绿体基因组使用密码子的偏性受选择的影响更大。(4)通过最大似然法、最大简约法和贝叶斯方法对胡颓子科6个物种和1个枣的叶绿体基因序列构建系统发育树,与它们使用密码子偏性聚类的结果一致,表明叶绿体基因组使用密码子偏性与物种的亲缘关系相关。 展开更多

关键词 沙枣 叶绿体基因组 密码子使用偏性 最优密码子 系统发育关系

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20个物种同义密码子偏性的比较分析 被引量：37

16

作者 刘庆坡 冯英 董辉 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2004年第7期67-71,共5页

　对6种双子叶植物、4种单子叶植物、7种多细胞真核动物、2种单细胞真核生物及1种原核生物(大肠杆菌)的编码序列(CodingDNASequence,CDS)进行了比较研究。结果发现,各供试物种密码子的用法存在明显的位置依赖,编码区域不同区段对密码子... 　对6种双子叶植物、4种单子叶植物、7种多细胞真核动物、2种单细胞真核生物及1种原核生物(大肠杆菌)的编码序列(CodingDNASequence,CDS)进行了比较研究。结果发现,各供试物种密码子的用法存在明显的位置依赖,编码区域不同区段对密码子选择使用的程度差异很大,表明基因的同义密码子偏性与其编码区不同区域的碱基环境密切相关;基因组差异是造成密码子使用偏性的首要因素。对"翻译起始区"和"翻译终止区"的特征分析发现,大部分供试物种编码序列中的"翻译起始区"碱基偏置强烈,"翻译终止区"相对较弱,暗示"翻译起始区"的密码子使用对提高蛋白翻译的效率和精确性更为重要。不同物种中G+C含量对其同义密码子偏性的贡献率差异很大,但并非是影响同义密码子使用偏性的唯一因素。可以认为,基因编码区域密码子偏性的研究能为搜寻物种进化的分子机理提供线索。 展开更多

关键词 密码子使用偏性 位置依赖 G+C含量

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翅果油树叶绿体基因组密码子偏好性分析 被引量：4

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作者 郭媛婷 张敏 +2 位作者 杨玉洁 胡晓艳 杜淑辉 《山西农业科学》 2023年第3期233-240,共8页

为明确翅果油树叶绿体基因组密码子使用偏好性,从Gen Bank数据库下载翅果油树叶绿体基因组序列,筛选出合适长度的序列并进行密码子使用偏好及其影响因素分析;使用Codon W软件分析序列得出A_(3)、T_(3)、C_(3)、G_(3)、GC_(3)、有效密码... 为明确翅果油树叶绿体基因组密码子使用偏好性,从Gen Bank数据库下载翅果油树叶绿体基因组序列,筛选出合适长度的序列并进行密码子使用偏好及其影响因素分析;使用Codon W软件分析序列得出A_(3)、T_(3)、C_(3)、G_(3)、GC_(3)、有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用度(RSCU)等重要参数,并进行相关指数分析、中性绘图分析、ENC-plot绘图分析、PR2-plot分析及最优密码子的确定。结果表明,翅果油树叶绿体基因组密码子不同位点上GC含量分布差异较大,其大小表现为GC_(1)(41.08%)>GC_(2)(38.17%)>GC_(3)(36.55%);ENC平均值为50.95,表明密码子使用偏好性较弱;密码子偏好使用A或U结尾,最终选出的20个最优密码子也均以A或U结尾。中性绘图和ENC-plot绘图分析发现,翅果油树叶绿体基因组密码子内部碱基组成之间不具有显著相关性,选择压力远胜于突变压力;PR2-plot绘图分析表明,在突变压力之外翅果油树叶绿体基因组密码子使用还受到了强烈外界压力的影响,自然选择是影响翅果油树叶绿体基因组密码子使用模式的最主要因素。 展开更多

关键词 翅果油树 叶绿体基因组 密码子使用偏性 最优密码子

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不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用 被引量：9

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作者 顾万君 马建民 +2 位作者 周童 孙啸 陆祖宏 《东南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第3期362-366,共5页

对 1 95个编码不同折叠类型蛋白 (5 0种全α结构蛋白 ,6 6种全 β结构蛋白 ,3 7种α +β结构蛋白 ,42种α/β结构蛋白 )基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明 ,不同折叠类型蛋白的密码子使用偏性有着显著的区别 .特定折叠类型的蛋白... 对 1 95个编码不同折叠类型蛋白 (5 0种全α结构蛋白 ,6 6种全 β结构蛋白 ,3 7种α +β结构蛋白 ,42种α/β结构蛋白 )基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明 ,不同折叠类型蛋白的密码子使用偏性有着显著的区别 .特定折叠类型的蛋白有着特定的编码基因的密码子使用模式 .这一结果表明 ,在蛋白质折叠类型和蛋白质二级结构的预测过程中 ,编码基因的密码子使用偏性可以作为蛋白质一级结构以外的一项重要的预测标准 . 展开更多

关键词 编码基因 密码子 蛋白质 折叠类型 二级结构 预测 方差分析 使用偏性 氨基酸

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长囊水云叶绿体基因组密码子使用特征分析 被引量：4

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作者 刘福利 王飞久 邵展茹 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期587-594,共8页

长囊水云(Ectocarpus siliculosus)是一种重要的海洋褐藻,是褐藻研究的模式生物。以其叶绿体全基因组序列为基础,对密码子使用特征进行分析。结果显示,叶绿体基因组的GC尤其是GC3值较低,分别为31.8%和17.32%,偏向使用以A或T碱基结尾的... 长囊水云(Ectocarpus siliculosus)是一种重要的海洋褐藻,是褐藻研究的模式生物。以其叶绿体全基因组序列为基础,对密码子使用特征进行分析。结果显示,叶绿体基因组的GC尤其是GC3值较低,分别为31.8%和17.32%,偏向使用以A或T碱基结尾的密码子;全基因组具有较小的有效密码子数(ENC)值和较高的密码子适应指数(CAI)值,表明其具有较高的同义密码子使用偏性;密码子使用特征受到基因表达水平上的自然选择以及基因碱基组成中性突变的双重影响,其中选择的作用对高表达基因密码子使用偏性的影响比较突出,而突变是低表达基因密码子使用偏性的主要影响因素。另外,首次确定UUU,GUU,UCA等12个密码子为长囊水云叶绿体基因组的最优密码子。 展开更多

关键词 长囊水云 叶绿体基因组 密码子使用偏性 最优密码子

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2种楠属植物叶绿体基因组特征及系统发育

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作者 戴前莉 朱恒星 +3 位作者 魏卓 卢敏 黄飞逸 陈本文 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期58-63,84,共7页

应用Illumina Novaseq 6000高通量测序平台进行测序,组装了完整的崖楠(Phoebe yaiensis)和红毛山楠(Phoebe hungmoensis)叶绿体基因组,并对其基因组特征、基因构成、序列重复、边界收缩、密码子偏好性及系统发育进行分析。结果表明:崖... 应用Illumina Novaseq 6000高通量测序平台进行测序,组装了完整的崖楠(Phoebe yaiensis)和红毛山楠(Phoebe hungmoensis)叶绿体基因组,并对其基因组特征、基因构成、序列重复、边界收缩、密码子偏好性及系统发育进行分析。结果表明:崖楠和红毛山楠叶绿体基因组呈现典型的四分结构,总长度分别为154144和152671 bp,2种植物叶绿体基因组注释了包含83个编码蛋白、36个tRNA和8个rRNA在内的共127条基因,均检测到118个SSR位点。密码子偏好性分析显示,均有31个高频密码子,且都偏好以A/T结尾;与近缘种叶绿体基因组对比分析发现2种植物叶绿体基因组序列都高度保守;楠属植物叶绿体基因的Ka/Ks值基本小于1,rpl16基因在所有楠属基因组相互对比组合中为正选择,可能与楠属植物对环境的适应性有关。系统发育关系显示,楠属分为3个聚类组,崖楠与粗柄楠、白楠聚为一类;红毛山楠与粉叶楠、大果楠聚为一类;竹叶楠与楠属亲缘关系比润楠属更近。 展开更多

关键词 崖楠 红毛山楠 叶绿体基因组 SSR 密码子使用偏性 系统发育

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