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雷州山羊体尺与体重指标的主成分分析
被引量:
2
1
作者
张仕唐
黄艳霞
+1 位作者
尹福泉
高振华
《现代畜牧科技》
2024年第1期22-26,共5页
目的:选育工作中以主成分为单位首先进行集团选择,再根据对主成分贡献率较大的单一性状进行筛选,以提高选育效率。根据雷州山羊体重和体尺性状之间的相关性进行主成分分析,可以为雷州山羊的选种提供重要参考依据。方法:该试验选取体重...
目的:选育工作中以主成分为单位首先进行集团选择,再根据对主成分贡献率较大的单一性状进行筛选,以提高选育效率。根据雷州山羊体重和体尺性状之间的相关性进行主成分分析,可以为雷州山羊的选种提供重要参考依据。方法:该试验选取体重相近且健康状况良好的雷州山羊公羔60只,采用放牧+补饲方式饲养至60日龄断奶,并进行体重、体高、体斜长等11个体尺指的测定及主成分分析。结果:雷州山羊公羔的腰角宽变异系数最大,有较大的选择潜力;体重与管围的相关系数为0.484,达到显著正相关的水平(P<0.05)。体重与体尺性状可区分为相对独立的4个主成分:躯体因子、匀称因子、特征类因子以及宽度因子。第一主成分的贡献率为31.727%,其中胸深、额宽、体斜长以及肢高的特征向量系数较大,分别为0.432、0.413、0.384以及0.361。结论:胸深、额宽、体斜长以及肢高是雷州山羊公羔的主要性状指标。
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关键词
雷州山羊
体重体尺性状
主成分分析
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职称材料
狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺全基因组关联分析
被引量:
1
2
作者
黄红艳
张力允
+8 位作者
黄智荣
伍仲平
张续勐
欧阳宏佳
陈俊鹏
林桢平
田允波
李秀金
黄运茂
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期3914-3924,共11页
旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多...
旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多样性指标,利用单标记回归混合模型开展SNPs与体重体尺性状的关联分析。本试验采用Bonferroni法校正,即全基因组水平阈值(0.05/总SNPs)和染色体水平阈值(0.05/染色体SNP数目),确定显著性SNPs位点,并对染色体水平显著性SNPs位点上、下游50 kb进行基因注释。经过质控,共计获得7577552个有效SNPs用于进一步分析。群体多样性分析显示,历史有效群体含量、最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度、期望杂合度和近交系数分别为234、0.25、0.34、0.26、0.34和0.22。共检测出6164个连续纯合片段,长度在1.0~2.0 Mb的纯合片段占比最多(74.4%)。体重体尺性状的全基因组关联分析发现38个染色体水平显著性SNPs,涉及90个基因。其中影响生长发育相关的基因有7个,即D 2HDH、THAP4、ESPNL、EPT1、TNPO3、MCF 2L、AIP 1。本研究利用二代基因组测序数据发现,狮头鹅群体存在一定程度近交现象,挖掘出与狮头鹅体重和体尺性状相关的7个候选基因,可为后续狮头鹅群体保种、功能基因研究和分子育种开展提供重要参考。
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关键词
狮头鹅
群
体
多样性
体重体尺性状
全基因组关联分析
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职称材料
大菱鲆体重和体尺性状联合GWAS分析
被引量:
5
3
作者
高进
杨润清
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2021年第2期63-70,共8页
为了揭示大菱鲆(Scophthalmus maximus)体重和体尺性状的分子遗传机制,探寻用于改良目标性状的分子标记及候选基因,本研究以大菱鲆育种群体为研究对象,分别测量其体重、体长、体宽和尾柄宽性状的表型值,利用简化基因组测序技术(2b-RAD)...
为了揭示大菱鲆(Scophthalmus maximus)体重和体尺性状的分子遗传机制,探寻用于改良目标性状的分子标记及候选基因,本研究以大菱鲆育种群体为研究对象,分别测量其体重、体长、体宽和尾柄宽性状的表型值,利用简化基因组测序技术(2b-RAD)获得相应基因型数据,进行全基因组关联研究(Genome-wide association study, GWAS),筛选与大菱鲆体重和体尺性状显著关联的数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotides, QTNs)遗传位点。结果显示,以多性状线性混合模型(mv LMM)对体重–体长和体长–体宽–尾柄宽2个性状组合进行多性状GWAS分析,分别检测到9个和2个一因多效QTNs;以单一性状线性混合模型(LMM)对各个性状进行GWAS分析,在体重性状中检测到4个与之显著关联的QTNs,在体长和体宽性状中各检测到1个QTN,而在尾柄宽性状中则没有检测到显著的遗传位点。比较2种模型的结果,发现mvLMM相较于LMM能够检测到更多QTNs,且检测到的QTNs为更具生物学意义的一因多效QTNs。本研究首次利用mvLMM和LMM对大菱鲆体重和体尺性状进行联合GWAS分析,共筛选到17个显著的QTNs,其中,有4个QTNs被重复检测到。以这些检测到的QTNs为探针,在大菱鲆全基因组上找到了距离其最近的12个候选基因,它们可能是影响大菱鲆体重和体尺性状的重要候选标记和功能基因,本研究为大菱鲆体重和体尺性状的分子标记辅助选育提供了理论素材和参考。
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关键词
大菱鲆
体重
和
体
尺
性状
全基因组关联分析
多
性状
线性混合模型
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职称材料
山羊GHRL基因多态性及其与体重、体尺性状的关系研究
被引量:
7
4
作者
罗开鹏
宋桃伟
+4 位作者
孙岩岩
刘彬
罗卫星
黄安志
张许
《广东农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期162-165,共4页
采用PCR-SSCP技术对贵州黑山羊和贵州白山羊GHRL基因进行单核苷酸多态性检测,并分析其多态与体重、体尺性状间的关联性。结果发现,在GHRL基因外显子4处存在1个同义突变位点(C345T),表现为2种基因型,分别命名为CC和CT。基因型与体重、体...
采用PCR-SSCP技术对贵州黑山羊和贵州白山羊GHRL基因进行单核苷酸多态性检测,并分析其多态与体重、体尺性状间的关联性。结果发现,在GHRL基因外显子4处存在1个同义突变位点(C345T),表现为2种基因型,分别命名为CC和CT。基因型与体重、体尺性状关联分析结果显示,在贵州黑山羊(麦坪)群体中,CT基因型个体的体重、体高和胸围均显著高于CC基因型个体,而在贵州黑山羊(纳雍)和贵州白山羊群体中差异不显著。研究结果揭示,GHRL基因突变位点(C345T)影响贵州黑山羊生长性状可能性较大,该位点有望作为山羊生长性状的一个标记辅助选择位点。
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关键词
贵州黑山羊
贵州白山羊
GHRL基因
体重
、
体
尺
性状
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职称材料
沿河铁叫鸡的体尺体重和蛋品质测定及相关性分析
被引量:
2
5
作者
杨礼
杨蛟
+5 位作者
崔进华
田小波
谯玉红
虞顺刚
陈磊
张依浴
《贵州畜牧兽医》
2022年第2期15-17,共3页
为了解沿河铁叫鸡的生长发育性能和蛋品质,试验对150日龄沿河铁叫鸡的体尺、体重和蛋品质指标进行测定,并分析同类指标的相关性。结果:(1)成年公、母鸡的体重分别为1 415.18、1 162.64 kg,体斜长分别为21.20、20.19 cm。公鸡体重、体斜...
为了解沿河铁叫鸡的生长发育性能和蛋品质,试验对150日龄沿河铁叫鸡的体尺、体重和蛋品质指标进行测定,并分析同类指标的相关性。结果:(1)成年公、母鸡的体重分别为1 415.18、1 162.64 kg,体斜长分别为21.20、20.19 cm。公鸡体重、体斜长、龙骨长、胸深、胸宽、胫长均极显著大于母鸡(P<0.01)。体斜长与龙骨长、胸角极显著正相关;胫长与胸角极显著正相关(P<0.01)。(2)平均蛋重37.26 g,蛋黄重13.87 g,蛋白高度2.78 cm,哈氏单位58.19。蛋重与蛋黄重、蛋壳重极显著正相关;蛋白高度与哈氏单位、蛋形指数极显著正相关(P<0.01)。结论:沿河铁叫鸡体型偏小,蛋品质为B级。
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关键词
沿河铁叫鸡
体
尺
体重
性状
蛋品质
相关性
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职称材料
题名
雷州山羊体尺与体重指标的主成分分析
被引量:
2
1
作者
张仕唐
黄艳霞
尹福泉
高振华
机构
广东海洋大学
出处
《现代畜牧科技》
2024年第1期22-26,共5页
基金
广东省现代草牧业(羊)产业技术体系项目(2019KJ127)。
文摘
目的:选育工作中以主成分为单位首先进行集团选择,再根据对主成分贡献率较大的单一性状进行筛选,以提高选育效率。根据雷州山羊体重和体尺性状之间的相关性进行主成分分析,可以为雷州山羊的选种提供重要参考依据。方法:该试验选取体重相近且健康状况良好的雷州山羊公羔60只,采用放牧+补饲方式饲养至60日龄断奶,并进行体重、体高、体斜长等11个体尺指的测定及主成分分析。结果:雷州山羊公羔的腰角宽变异系数最大,有较大的选择潜力;体重与管围的相关系数为0.484,达到显著正相关的水平(P<0.05)。体重与体尺性状可区分为相对独立的4个主成分:躯体因子、匀称因子、特征类因子以及宽度因子。第一主成分的贡献率为31.727%,其中胸深、额宽、体斜长以及肢高的特征向量系数较大,分别为0.432、0.413、0.384以及0.361。结论:胸深、额宽、体斜长以及肢高是雷州山羊公羔的主要性状指标。
关键词
雷州山羊
体重体尺性状
主成分分析
Keywords
Leizhou goat
body weight and body size traits
principal component analysis
分类号
S826.4 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺全基因组关联分析
被引量:
1
2
作者
黄红艳
张力允
黄智荣
伍仲平
张续勐
欧阳宏佳
陈俊鹏
林桢平
田允波
李秀金
黄运茂
机构
仲恺农业工程学院动物科技学院/广东省水禽健康养殖科技创新平台
广东省汕头市白沙禽畜原种研究所
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期3914-3924,共11页
基金
广东省地方特色物种狮头鹅育种联合攻关项目(2023-XDY-00-001)
广东省现代农业水禽产业技术体系创新团队(2022KJ137)。
文摘
旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多样性指标,利用单标记回归混合模型开展SNPs与体重体尺性状的关联分析。本试验采用Bonferroni法校正,即全基因组水平阈值(0.05/总SNPs)和染色体水平阈值(0.05/染色体SNP数目),确定显著性SNPs位点,并对染色体水平显著性SNPs位点上、下游50 kb进行基因注释。经过质控,共计获得7577552个有效SNPs用于进一步分析。群体多样性分析显示,历史有效群体含量、最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度、期望杂合度和近交系数分别为234、0.25、0.34、0.26、0.34和0.22。共检测出6164个连续纯合片段,长度在1.0~2.0 Mb的纯合片段占比最多(74.4%)。体重体尺性状的全基因组关联分析发现38个染色体水平显著性SNPs,涉及90个基因。其中影响生长发育相关的基因有7个,即D 2HDH、THAP4、ESPNL、EPT1、TNPO3、MCF 2L、AIP 1。本研究利用二代基因组测序数据发现,狮头鹅群体存在一定程度近交现象,挖掘出与狮头鹅体重和体尺性状相关的7个候选基因,可为后续狮头鹅群体保种、功能基因研究和分子育种开展提供重要参考。
关键词
狮头鹅
群
体
多样性
体重体尺性状
全基因组关联分析
Keywords
Lion-head goose
population genetic diversity
body weight and size traits
genome-wide association study
分类号
S835.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
大菱鲆体重和体尺性状联合GWAS分析
被引量:
5
3
作者
高进
杨润清
机构
南京农业大学无锡渔业学院
中国水产科学研究院生物技术研究中心
出处
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2021年第2期63-70,共8页
基金
中国水产科学研究院基本科研业务费项目“鲆鲽鱼分子标记辅助配套选育技术”(2017A001)资助。
文摘
为了揭示大菱鲆(Scophthalmus maximus)体重和体尺性状的分子遗传机制,探寻用于改良目标性状的分子标记及候选基因,本研究以大菱鲆育种群体为研究对象,分别测量其体重、体长、体宽和尾柄宽性状的表型值,利用简化基因组测序技术(2b-RAD)获得相应基因型数据,进行全基因组关联研究(Genome-wide association study, GWAS),筛选与大菱鲆体重和体尺性状显著关联的数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotides, QTNs)遗传位点。结果显示,以多性状线性混合模型(mv LMM)对体重–体长和体长–体宽–尾柄宽2个性状组合进行多性状GWAS分析,分别检测到9个和2个一因多效QTNs;以单一性状线性混合模型(LMM)对各个性状进行GWAS分析,在体重性状中检测到4个与之显著关联的QTNs,在体长和体宽性状中各检测到1个QTN,而在尾柄宽性状中则没有检测到显著的遗传位点。比较2种模型的结果,发现mvLMM相较于LMM能够检测到更多QTNs,且检测到的QTNs为更具生物学意义的一因多效QTNs。本研究首次利用mvLMM和LMM对大菱鲆体重和体尺性状进行联合GWAS分析,共筛选到17个显著的QTNs,其中,有4个QTNs被重复检测到。以这些检测到的QTNs为探针,在大菱鲆全基因组上找到了距离其最近的12个候选基因,它们可能是影响大菱鲆体重和体尺性状的重要候选标记和功能基因,本研究为大菱鲆体重和体尺性状的分子标记辅助选育提供了理论素材和参考。
关键词
大菱鲆
体重
和
体
尺
性状
全基因组关联分析
多
性状
线性混合模型
Keywords
Turbot
Body mass and morphological traits
Genome-wide Association Analysis
Multivariate linear mixed models
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
山羊GHRL基因多态性及其与体重、体尺性状的关系研究
被引量:
7
4
作者
罗开鹏
宋桃伟
孙岩岩
刘彬
罗卫星
黄安志
张许
机构
贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室
出处
《广东农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期162-165,共4页
基金
贵州省农业科技攻关项目(黔科合NY字[2012]3006号)
文摘
采用PCR-SSCP技术对贵州黑山羊和贵州白山羊GHRL基因进行单核苷酸多态性检测,并分析其多态与体重、体尺性状间的关联性。结果发现,在GHRL基因外显子4处存在1个同义突变位点(C345T),表现为2种基因型,分别命名为CC和CT。基因型与体重、体尺性状关联分析结果显示,在贵州黑山羊(麦坪)群体中,CT基因型个体的体重、体高和胸围均显著高于CC基因型个体,而在贵州黑山羊(纳雍)和贵州白山羊群体中差异不显著。研究结果揭示,GHRL基因突变位点(C345T)影响贵州黑山羊生长性状可能性较大,该位点有望作为山羊生长性状的一个标记辅助选择位点。
关键词
贵州黑山羊
贵州白山羊
GHRL基因
体重
、
体
尺
性状
Keywords
Guizhou Black Goat
Guizhou White Goat
GHRL gene
boby weight and body size traits
分类号
S827 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
沿河铁叫鸡的体尺体重和蛋品质测定及相关性分析
被引量:
2
5
作者
杨礼
杨蛟
崔进华
田小波
谯玉红
虞顺刚
陈磊
张依浴
机构
沿河土家族自治县农业农村局
贵州大学
出处
《贵州畜牧兽医》
2022年第2期15-17,共3页
基金
“沿河铁叫鸡本品种选育”农业动植物育种专项:贵州省农业动植物育种项目(黔农育专字[2019]012号)。
文摘
为了解沿河铁叫鸡的生长发育性能和蛋品质,试验对150日龄沿河铁叫鸡的体尺、体重和蛋品质指标进行测定,并分析同类指标的相关性。结果:(1)成年公、母鸡的体重分别为1 415.18、1 162.64 kg,体斜长分别为21.20、20.19 cm。公鸡体重、体斜长、龙骨长、胸深、胸宽、胫长均极显著大于母鸡(P<0.01)。体斜长与龙骨长、胸角极显著正相关;胫长与胸角极显著正相关(P<0.01)。(2)平均蛋重37.26 g,蛋黄重13.87 g,蛋白高度2.78 cm,哈氏单位58.19。蛋重与蛋黄重、蛋壳重极显著正相关;蛋白高度与哈氏单位、蛋形指数极显著正相关(P<0.01)。结论:沿河铁叫鸡体型偏小,蛋品质为B级。
关键词
沿河铁叫鸡
体
尺
体重
性状
蛋品质
相关性
分类号
S831.1 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
雷州山羊体尺与体重指标的主成分分析
张仕唐
黄艳霞
尹福泉
高振华
《现代畜牧科技》
2024
2
在线阅读
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职称材料
2
狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺全基因组关联分析
黄红艳
张力允
黄智荣
伍仲平
张续勐
欧阳宏佳
陈俊鹏
林桢平
田允波
李秀金
黄运茂
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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职称材料
3
大菱鲆体重和体尺性状联合GWAS分析
高进
杨润清
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2021
5
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职称材料
4
山羊GHRL基因多态性及其与体重、体尺性状的关系研究
罗开鹏
宋桃伟
孙岩岩
刘彬
罗卫星
黄安志
张许
《广东农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2014
7
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职称材料
5
沿河铁叫鸡的体尺体重和蛋品质测定及相关性分析
杨礼
杨蛟
崔进华
田小波
谯玉红
虞顺刚
陈磊
张依浴
《贵州畜牧兽医》
2022
2
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职称材料
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