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低温离体保存黄独微型块茎转录组、蛋白质组和代谢组的关联分析
被引量：
6
1
作者
洪森荣
吴夏俊鹏
+7 位作者
徐文慧
占学林
谢妮妮
蒋妍
汪金华
凌飞
吴丽霞
万琳
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2017年第11期1827-1834,共8页
为探究黄独微型块茎低温离体保存的内在机理,对其转录组、蛋白质组和代谢组进行关联分析。结果表明:黄独微型块茎低温和常温离体保存的转录本比例和蛋白比例的log2值均呈现正态分布,十分类似,符合真实生物样品的要求;差异蛋白和差异转...
为探究黄独微型块茎低温离体保存的内在机理,对其转录组、蛋白质组和代谢组进行关联分析。结果表明:黄独微型块茎低温和常温离体保存的转录本比例和蛋白比例的log2值均呈现正态分布,十分类似,符合真实生物样品的要求;差异蛋白和差异转录本韦恩图结果表明,84个转录本在两者中均有差异,表明大多数差异的转录本在蛋白组数据均有差异;差异蛋白和差异转录本的log2对数热图分析结果表明,相对于蛋白质组来说,转录组差异程度更大,两者的差异转录本多数一致,少数不同;差异蛋白和差异转录本log2散点关联密度图分析结果表明,两者的比例在0附近居多,左下角和右上角(转录本和蛋白的上下调关系一致)相对左上角和右下角(转录和蛋白上下调关系不一致)更多,表明两者差异表达趋势一致性的程度更高。低温离体保存黄独微型块茎转录组、蛋白质组和代谢组的关联分析结果表明,低温离体保存的黄独微型块茎主要涉及碳代谢、氨基酸生物合成、糖酵解途径、淀粉蔗糖代谢和丙酮酸代谢等途径,这为黄独微型块茎的低温离体保存和低温破除休眠提供了理论依据。
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关键词
黄独
微型块茎
低温离体保存
转录组
蛋白质组
代谢组
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职称材料
黄独微型块茎低温离体保存的转录组分析
被引量：
2
2
作者
洪森荣
吴辉
+3 位作者
钟露
熊思敏
罗霞
刘行
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期100-109,共10页
以黄独微型块茎为材料,进行了4℃低温离体保存,并对其进行了转录组分析。结果表明:原始数据进行质量预处理后,对照组(Con25)和处理组(Con4)的reads有效比分别为98.67%和98.69%;对拼接序列去重复后最终得到了219 792个长度大于200 bp的tr...
以黄独微型块茎为材料,进行了4℃低温离体保存,并对其进行了转录组分析。结果表明:原始数据进行质量预处理后,对照组(Con25)和处理组(Con4)的reads有效比分别为98.67%和98.69%;对拼接序列去重复后最终得到了219 792个长度大于200 bp的transcripts(177 Mb)和161066个Unigenes(99 Mb);Unigenes的NR注释数目最多的10个物种分别为出芽短梗霉EXF-150、葡萄、可可、水稻粳稻组、无油樟、谷子、出芽短梗霉变种namibiae CBS 147.97、麻疯树、短至生黑醋杆菌CBS 110374和无花果拟盘多毛孢w106-1;样本注释基因最多的5个KOG是一般的功能预测、信号转导机制、翻译后修饰和蛋白质周转以及伴侣、翻译和核糖体结构和生物合成、能源生产和转换;样本KEGG注释Unigenes最多的5个pathway分别为碳代谢、氨基酸生物合成、糖酵解途径、淀粉蔗糖代谢和丙酮酸代谢。注释到的Unigenes个数为26 006,注释到的不同酶数为1 177,映射到的不同pathway数为327;样本基因的功能在Biological Process分类中主要聚集于cellular process和metabiolic process,在Cellular Component分类中主要聚集于cell和cell part,在Molecular Function分类中主要聚集于binding和catalytic activity;在黄独微型块茎低温离体保存中,共获得164 145个差异表达基因,其中有63 305个基因表达上调,有100 840个基因表达下调;差异表达基因部分极其显著的GO term有液泡继承、单链断裂修复、纺锤体伸长、麦芽糖分解代谢过程、甘露糖基转移酶的活性、甘露糖磷酸转移酶活性、细胞壁甘露糖蛋白的生物合成过程、G1期细胞有丝分裂周期早期细胞芽和有丝分裂纺锤体定位的建立;差异表达基因部分极其显著的pathway有原发性胆汁酸的生物合成、类固醇激素的合成、氯代环己烷和氯苯降解、双酚A降解、氟苯甲酸降解、糖胺聚糖合成硫酸软骨素、糖胺聚糖合成硫酸乙酰肝素、甲苯降解、萘的降解和核黄素代谢。本实验结果可为黄独微型块茎的种质保存和后续萌发提供理论依据。
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关键词
黄独
微型块茎
低温离体保存
转录组分析
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职称材料
黄独微型块茎低温离体保存的GC/MS代谢组学分析
3
作者
尹明华
邓红根
+4 位作者
蒋妍
万琳
吴丽霞
凌飞
汪金华
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期238-246,共9页
GC/MS检测方法采用初步探明黄独低温离体保存微型块茎的差异代谢物。与黄独微型块茎25℃离体保存相比较,黄独微型块茎4℃离体保存的差异性代谢物有丙氨酸(Alanine)、儿茶素(Catechin)、N,N-双(2-羟乙基)甲胺(N,N-Di-(2-Hydroxyethyl)-me...
GC/MS检测方法采用初步探明黄独低温离体保存微型块茎的差异代谢物。与黄独微型块茎25℃离体保存相比较,黄独微型块茎4℃离体保存的差异性代谢物有丙氨酸(Alanine)、儿茶素(Catechin)、N,N-双(2-羟乙基)甲胺(N,N-Di-(2-Hydroxyethyl)-methanamine)、水杨酸(Salicylic acid)、柠檬酸(Citric acid)和山梨糖(Sorbose)等。在黄独微型块茎4℃离体保存中,丙氨酸(Alanine)参与氰基氨基酸代谢;儿茶素(Catechin)参与次生代谢产物生物合成、黄酮类化合物的生物合成和苯丙素的生物合成;水杨酸(Salicylic acid)参与多环芳烃降解、微生物在不同环境中的代谢、植物激素信号转导、次生代谢产物生物合成、二恶英降解、苯丙氨酸代谢、芳烃降解、植物激素生物合成、铁载体组非核糖体肽合成和苯丙素的生物合成等。柠檬酸(Citric acid)参与来自鸟氨酸、赖氨酸和烟酸的生物碱生物合成、组氨酸和嘌呤的生物碱生物合成、微生物在不同环境中的代谢、植物次生代谢产物的生物合成、2-氧代羧酸代谢、萜类和类固醇的生物合成、原核生物固碳途径、次生代谢产物生物合成、来自莽草酸途径的生物碱生物合成、来自萜类化合物和聚酮的生物碱生物合成、柠檬酸循环(TCA循环)、植物激素生物合成、乙醛酸和二羧酸代谢、双组分系统、苯丙素的生物合成以及来自鸟氨酸,赖氨酸和烟酸的生物碱生物合成等。黄独低温离体保存微型块茎差异代谢物的初步发现为进一步了解其低温离体保存的分子机制奠定了基础,也为低温离体保存黄独微型块茎的破除休眠以及其后续萌发提供了理论依据。
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关键词
黄独
微型块茎
低温离体保存
GC/MS
代谢组学分析
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职称材料
题名
低温离体保存黄独微型块茎转录组、蛋白质组和代谢组的关联分析
被引量：
6
1
作者
洪森荣
吴夏俊鹏
徐文慧
占学林
谢妮妮
蒋妍
汪金华
凌飞
吴丽霞
万琳
机构
上饶师范学院生命科学学院
出处
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2017年第11期1827-1834,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31360072)
文摘
为探究黄独微型块茎低温离体保存的内在机理,对其转录组、蛋白质组和代谢组进行关联分析。结果表明:黄独微型块茎低温和常温离体保存的转录本比例和蛋白比例的log2值均呈现正态分布,十分类似,符合真实生物样品的要求;差异蛋白和差异转录本韦恩图结果表明,84个转录本在两者中均有差异,表明大多数差异的转录本在蛋白组数据均有差异;差异蛋白和差异转录本的log2对数热图分析结果表明,相对于蛋白质组来说,转录组差异程度更大,两者的差异转录本多数一致,少数不同;差异蛋白和差异转录本log2散点关联密度图分析结果表明,两者的比例在0附近居多,左下角和右上角(转录本和蛋白的上下调关系一致)相对左上角和右下角(转录和蛋白上下调关系不一致)更多,表明两者差异表达趋势一致性的程度更高。低温离体保存黄独微型块茎转录组、蛋白质组和代谢组的关联分析结果表明,低温离体保存的黄独微型块茎主要涉及碳代谢、氨基酸生物合成、糖酵解途径、淀粉蔗糖代谢和丙酮酸代谢等途径,这为黄独微型块茎的低温离体保存和低温破除休眠提供了理论依据。
关键词
黄独
微型块茎
低温离体保存
转录组
蛋白质组
代谢组
Keywords
Dioscored bulbifera L.
microtuber
conservation in vitro at low-temperature
transcriptome
proteome
metabolome
分类号
S632.1 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
黄独微型块茎低温离体保存的转录组分析
被引量：
2
2
作者
洪森荣
吴辉
钟露
熊思敏
罗霞
刘行
机构
上饶师范学院生命科学学院
出处
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期100-109,共10页
基金
国家自然科学基金项目(31360072)~~
文摘
以黄独微型块茎为材料,进行了4℃低温离体保存,并对其进行了转录组分析。结果表明:原始数据进行质量预处理后,对照组(Con25)和处理组(Con4)的reads有效比分别为98.67%和98.69%;对拼接序列去重复后最终得到了219 792个长度大于200 bp的transcripts(177 Mb)和161066个Unigenes(99 Mb);Unigenes的NR注释数目最多的10个物种分别为出芽短梗霉EXF-150、葡萄、可可、水稻粳稻组、无油樟、谷子、出芽短梗霉变种namibiae CBS 147.97、麻疯树、短至生黑醋杆菌CBS 110374和无花果拟盘多毛孢w106-1;样本注释基因最多的5个KOG是一般的功能预测、信号转导机制、翻译后修饰和蛋白质周转以及伴侣、翻译和核糖体结构和生物合成、能源生产和转换;样本KEGG注释Unigenes最多的5个pathway分别为碳代谢、氨基酸生物合成、糖酵解途径、淀粉蔗糖代谢和丙酮酸代谢。注释到的Unigenes个数为26 006,注释到的不同酶数为1 177,映射到的不同pathway数为327;样本基因的功能在Biological Process分类中主要聚集于cellular process和metabiolic process,在Cellular Component分类中主要聚集于cell和cell part,在Molecular Function分类中主要聚集于binding和catalytic activity;在黄独微型块茎低温离体保存中,共获得164 145个差异表达基因,其中有63 305个基因表达上调,有100 840个基因表达下调;差异表达基因部分极其显著的GO term有液泡继承、单链断裂修复、纺锤体伸长、麦芽糖分解代谢过程、甘露糖基转移酶的活性、甘露糖磷酸转移酶活性、细胞壁甘露糖蛋白的生物合成过程、G1期细胞有丝分裂周期早期细胞芽和有丝分裂纺锤体定位的建立;差异表达基因部分极其显著的pathway有原发性胆汁酸的生物合成、类固醇激素的合成、氯代环己烷和氯苯降解、双酚A降解、氟苯甲酸降解、糖胺聚糖合成硫酸软骨素、糖胺聚糖合成硫酸乙酰肝素、甲苯降解、萘的降解和核黄素代谢。本实验结果可为黄独微型块茎的种质保存和后续萌发提供理论依据。
关键词
黄独
微型块茎
低温离体保存
转录组分析
Keywords
Dioscorea bulbifera L.
microtuber
conservation in vitro at low temperature
transcriptome analysis
分类号
S632.1 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
黄独微型块茎低温离体保存的GC/MS代谢组学分析
3
作者
尹明华
邓红根
蒋妍
万琳
吴丽霞
凌飞
汪金华
机构
上饶师范学院生命科学学院
出处
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期238-246,共9页
基金
国家自然科学基金资助目(31360072)~~
文摘
GC/MS检测方法采用初步探明黄独低温离体保存微型块茎的差异代谢物。与黄独微型块茎25℃离体保存相比较,黄独微型块茎4℃离体保存的差异性代谢物有丙氨酸(Alanine)、儿茶素(Catechin)、N,N-双(2-羟乙基)甲胺(N,N-Di-(2-Hydroxyethyl)-methanamine)、水杨酸(Salicylic acid)、柠檬酸(Citric acid)和山梨糖(Sorbose)等。在黄独微型块茎4℃离体保存中,丙氨酸(Alanine)参与氰基氨基酸代谢;儿茶素(Catechin)参与次生代谢产物生物合成、黄酮类化合物的生物合成和苯丙素的生物合成;水杨酸(Salicylic acid)参与多环芳烃降解、微生物在不同环境中的代谢、植物激素信号转导、次生代谢产物生物合成、二恶英降解、苯丙氨酸代谢、芳烃降解、植物激素生物合成、铁载体组非核糖体肽合成和苯丙素的生物合成等。柠檬酸(Citric acid)参与来自鸟氨酸、赖氨酸和烟酸的生物碱生物合成、组氨酸和嘌呤的生物碱生物合成、微生物在不同环境中的代谢、植物次生代谢产物的生物合成、2-氧代羧酸代谢、萜类和类固醇的生物合成、原核生物固碳途径、次生代谢产物生物合成、来自莽草酸途径的生物碱生物合成、来自萜类化合物和聚酮的生物碱生物合成、柠檬酸循环(TCA循环)、植物激素生物合成、乙醛酸和二羧酸代谢、双组分系统、苯丙素的生物合成以及来自鸟氨酸,赖氨酸和烟酸的生物碱生物合成等。黄独低温离体保存微型块茎差异代谢物的初步发现为进一步了解其低温离体保存的分子机制奠定了基础,也为低温离体保存黄独微型块茎的破除休眠以及其后续萌发提供了理论依据。
关键词
黄独
微型块茎
低温离体保存
GC/MS
代谢组学分析
Keywords
Dioscorea bulbifera L.
microtuber
low temperature conservation
GC/MS
metabonomics analysis
分类号
R932 [医药卫生—生药学]
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职称材料
题名
作者
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发文年
被引量
操作
1
低温离体保存黄独微型块茎转录组、蛋白质组和代谢组的关联分析
洪森荣
吴夏俊鹏
徐文慧
占学林
谢妮妮
蒋妍
汪金华
凌飞
吴丽霞
万琳
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2017
6
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职称材料
2
黄独微型块茎低温离体保存的转录组分析
洪森荣
吴辉
钟露
熊思敏
罗霞
刘行
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2018
2
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职称材料
3
黄独微型块茎低温离体保存的GC/MS代谢组学分析
尹明华
邓红根
蒋妍
万琳
吴丽霞
凌飞
汪金华
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
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引证文献
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