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基于多特征尺度的大肠杆菌启动子预测
被引量：
1
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作者
杨乌日吐
林昊
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2010年第9期148-151,共4页
本文对实验证实的741条大肠杆菌Sigma70启动子的序列进行预测研究。首先,基于RNA聚合酶与DNA的相互作用,利用位置打分函数对序列中的保守位点进行了衡量;然后,根据启动子的序列特征,利用离散性指标对序列中不同的碱基信息含量进行测量;...
本文对实验证实的741条大肠杆菌Sigma70启动子的序列进行预测研究。首先,基于RNA聚合酶与DNA的相互作用,利用位置打分函数对序列中的保守位点进行了衡量;然后,根据启动子的序列特征,利用离散性指标对序列中不同的碱基信息含量进行测量;最后,利用多元非线性判别分析实现了对大肠杆菌启动子的预测。10折叠交叉检验结果显示,总体预测精度达到85%以上。与其它算法比较结果显示,我们开发的这一算法能够更好地预测大肠杆菌启动子。
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关键词
大肠杆菌启动子
位置关联打分函数
多样性指标
修正的马氏判别式
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职称材料
题名
基于多特征尺度的大肠杆菌启动子预测
被引量：
1
1
作者
杨乌日吐
林昊
机构
内蒙古大学研究生工作部
电子科技大学生命科学与技术学院
出处
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2010年第9期148-151,共4页
基金
内蒙古大学青年科学基金资助项目(ND0810)
电子科技大学科研启动费资助项目
文摘
本文对实验证实的741条大肠杆菌Sigma70启动子的序列进行预测研究。首先,基于RNA聚合酶与DNA的相互作用,利用位置打分函数对序列中的保守位点进行了衡量;然后,根据启动子的序列特征,利用离散性指标对序列中不同的碱基信息含量进行测量;最后,利用多元非线性判别分析实现了对大肠杆菌启动子的预测。10折叠交叉检验结果显示,总体预测精度达到85%以上。与其它算法比较结果显示,我们开发的这一算法能够更好地预测大肠杆菌启动子。
关键词
大肠杆菌启动子
位置关联打分函数
多样性指标
修正的马氏判别式
Keywords
E.coli promoter
position correlation score function
diversity index
modified mahalanobis discriminant
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于多特征尺度的大肠杆菌启动子预测
杨乌日吐
林昊
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2010
1
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