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基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析被引量：10: 1; 作者孟玮蒋艳琳 +2 位作者张林杨天燕周剑光《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2019年第6期10-14,共5页; 为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106084条。所有的Unigene中,共识别17619个SSR位点,包含SSR位点... 展开更多; 关键词江鳕(Lota lota) 转录组 RNA-SEQ SSR 位点信息; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析被引量：6: 2; 作者林发壮李锦烨 +5 位作者安慧珍黄琦姚凤琴钟琳珊陈昌铭郭芸玮《福建农业科技》 2020年第11期1-6,共6页; 为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘。结果表明:通过MISA软件从60563条unigenes检测出14928个SSR位点,分布于11932条unigenes中,出现频率为24.65%,平均分... 展开更多; 关键词非洲菊转录组 SSR引物位点信息; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于全长转录组测序的金乌贼微卫星位点筛选与特征分析被引量：8: 3; 作者张金勇何暮春 +2 位作者项子龙柳淑芳庄志猛《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2020年第6期149-155,共7页; 以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)的位点信息。结果显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在... 展开更多; 关键词金乌贼转录组 SSR 重复基元位点信息; 在线阅读下载PDF 职称材料

蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展被引量：10: 4; 作者王存新常珊 +3 位作者龚新奇杨峰李春华陈慰祖《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第4期751-758,共8页; 分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积... 展开更多; 关键词蛋白质-蛋白质分子对接打分函数打分策略结合位点信息; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析被引量：10: 1; 作者孟玮蒋艳琳张林杨天燕周剑光; 机构浙江省海洋水产研究所浙江海洋大学水产学院中国水产科学研究院长江水产研究所; 出处《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2019年第6期10-14,共5页; 基金农业农村部农业行业标准制定和修订项目(181721301092371106) 浙江海洋大学2016-2017年度人才引进科研基金项目浙江省重点研发计划项目(2019C02056); 文摘为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106084条。所有的Unigene中,共识别17619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10~66 bp均有分布,大部分集中在10~24 bp,占SSR总数的87.24%。; 关键词江鳕(Lota lota) 转录组 RNA-SEQ SSR 位点信息; Keywords Lota lota transcriptome RNA-seq SSR loci information; 分类号 S917.4 [农业科学—水产科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析被引量：6: 2; 作者林发壮李锦烨安慧珍黄琦姚凤琴钟琳珊陈昌铭郭芸玮; 机构三明市农业科学研究院三明市林木种苗站厦门市农业技术推广中心; 出处《福建农业科技》 2020年第11期1-6,共6页; 基金三明市林业科学研究项目(明林计财〔2017〕49号) 福建省科技计划星火项目(2018S0031) 2019年度中央引导地方科技发展专项资金项目(2019L3025)。; 文摘为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘。结果表明:通过MISA软件从60563条unigenes检测出14928个SSR位点,分布于11932条unigenes中,出现频率为24.65%,平均分布距离为3.43 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的63.44%、21.54%和14.06%。14928个SSR位点由73种重复基序构成,(A/T)、(AG/CT、AC/GT)、(AAT/ATT、AAG/CTT)分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸优势重复基元,分别占总SSR重复类型的62.31%、18.13%和6.93%。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物9535对,成功率为63.87%。非洲菊转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为非洲菊遗传多样性研究,分子标记辅助育种、遗传图谱构建以及功能基因挖掘等提供科学依据。; 关键词非洲菊转录组 SSR引物位点信息; Keywords Gerbera jamesonii L. Transcriptome SSR primer Information of loci; 分类号 S682.1 [农业科学—观赏园艺]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于全长转录组测序的金乌贼微卫星位点筛选与特征分析被引量：8: 3; 作者张金勇何暮春项子龙柳淑芳庄志猛; 机构中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室南京农业大学无锡渔业学院中国海洋大学海洋生命学院上海海洋大学水产与生命学院; 出处《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2020年第6期149-155,共7页; 基金国家自然科学基金项目(31672645) 中国水产科学研究院基本科研业务费专项(2019HY-JC02) 山东省泰山学者建设工程专项共同资助。; 文摘以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)的位点信息。结果显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在64,933条Unigene中,SSR位点发生频率为36.49%,出现频率为90.66%。其中,最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%。SSR包含的重复基元中,A/T是单核苷酸的优势重复基元,AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型。66,004个重复基元长度≥20 bp,占SSR总数的40.91%,且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)的SSR位点数量占优。以上结果表明,金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高,研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考。; 关键词金乌贼转录组 SSR 重复基元位点信息; Keywords Sepia esculenta Transcriptome SSR Repeat motif Loci information; 分类号 S917 [农业科学—水产科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展被引量：10: 4; 作者王存新常珊龚新奇杨峰李春华陈慰祖; 机构北京工业大学生命科学与生物工程学院华南农业大学信息学院清华大学生命科学学院; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第4期751-758,共8页; 基金国家自然科学基金(10974008 31171267) +1 种基金科技部国际合作项目(2010DFA31710)资助~~; 文摘分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.; 关键词蛋白质-蛋白质分子对接打分函数打分策略结合位点信息; Keywords Protein-protein docking Scoring function Scoring scheme Binding site information; 分类号 O629.73 [理学—有机化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析	孟玮蒋艳琳张林杨天燕周剑光	《淡水渔业》 CSCD 北大核心	2019	10	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析	林发壮李锦烨安慧珍黄琦姚凤琴钟琳珊陈昌铭郭芸玮	《福建农业科技》	2020	6	在线阅读下载PDF 职称材料
3	基于全长转录组测序的金乌贼微卫星位点筛选与特征分析	张金勇何暮春项子龙柳淑芳庄志猛	《渔业科学进展》 CSCD 北大核心	2020	8	在线阅读下载PDF 职称材料
4	蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展	王存新常珊龚新奇杨峰李春华陈慰祖	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2012	10	在线阅读下载PDF 职称材料