盐胁迫下老芒麦叶片转录组SSR位点信息分析

1

作者 李德珍 德英 +2 位作者 穆怀彬 闫伟红 胡哲华 《中国草地学报》 北大核心 2025年第6期145-150,共6页

老芒麦是退化草地生态治理和草牧业中广泛应用的优良草种。本研究以中草28号老芒麦为研究对象,在250 mmol/L NaCl盐溶液胁迫0、2、4、6、12 h时取叶片进行转录组测序分析。结果表明,共获得149556条Unigenes序列,总序列长为130384898 bp;... 老芒麦是退化草地生态治理和草牧业中广泛应用的优良草种。本研究以中草28号老芒麦为研究对象,在250 mmol/L NaCl盐溶液胁迫0、2、4、6、12 h时取叶片进行转录组测序分析。结果表明,共获得149556条Unigenes序列,总序列长为130384898 bp;SSR位点信息分析显示,13299条Unigenes序列中含有16446个2~6个碱基的SSR重复序列,平均距离7928 bp,SSR的发生频率为8.89%,出现频率为11.00%。其中:三核苷酸重复SSRs序列是最主要的类型,占比55.22%,出现频率为6.07%;其次是二核苷酸重复SSRs序列,占比25.21%,出现频率为2.77%。SSRs基元的重复次数主要集中在4~7次,占比85.65%。SSRs位点包含279种重复基元,其中CCG/CGG重复基元数量最多,占总数的18.78%;其次是AG/CT重复基元,占总数的15.10%。重复序列长度≥20 bp的SSRs位点有5688个,占总数的34.59%。综上,盐胁迫下老芒麦叶片转录组中SSR位点表现出较高的多样性和多态性潜能,为老芒麦的遗传多样性研究、分子标记辅助育种提供了重要的标记资源。 展开更多

关键词 盐胁迫 老芒麦叶片 转录组 SSR位点信息

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黄瓜EST-SSR位点信息 被引量：12

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作者 胡建斌 李建吾 《江西农业学报》 CAS 2008年第11期58-60,68,共4页

从NCBI网站下载6344条黄瓜EST，通过前处理得到全长为2．91×10^6bp的无冗余EST6033条。利用SSRHunt-er软件从这些序列中搜寻到729个SSR，分布于667条EST中，出现频率为12．08％，分布频率为1／3．99kb。单、二和三核苷酸重复是主... 从NCBI网站下载6344条黄瓜EST，通过前处理得到全长为2．91×10^6bp的无冗余EST6033条。利用SSRHunt-er软件从这些序列中搜寻到729个SSR，分布于667条EST中，出现频率为12．08％，分布频率为1／3．99kb。单、二和三核苷酸重复是主导类型，三者共占总数的89．71％。A／T、AG／CT和AAG／CTT分别是单、二和三核苷酸的优势重复基元，分别占总数的29．77％、21．12％和14．95％。黄瓜EST-SSR以4～10次重复为主，基序长度主要集中于12～20bp。最后对这些EST-SSR的多态性潜能进行了评价。 展开更多

关键词 黄瓜 EST-SSR 位点信息

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红螯螯虾转录组中的SSR位点信息分析 被引量：6

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作者 李喜莲 郭建林 +3 位作者 李倩 施伟达 黄振远 顾志敏 《湖北农业科学》 2020年第7期207-211,共5页

对红螯螯虾转录组测序数据进行分析,并开发引物通过PCR扩增和毛细管电泳检测,进行了引物多态性和通用性分析。从67369条Unigenes中共检测到22727个简单重复序列(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。结果表明,红螯螯虾转... 对红螯螯虾转录组测序数据进行分析,并开发引物通过PCR扩增和毛细管电泳检测,进行了引物多态性和通用性分析。从67369条Unigenes中共检测到22727个简单重复序列(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。结果表明,红螯螯虾转录组中微卫星序列的类型较为丰富,其中二核苷酸和三核苷酸重复类型出现频率较多,分别占总SSR出现频率的52.67%和44.25%;四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复类型出现频率较少,分别占总SSR出现频率的2.62%、0.23%和0.24%。SSR重复类型共有68种,其重复次数的范围为5~84次。筛选出SSR引物5对,对浙江本地及台湾2个群体的60个样品进行遗传多样性分析,每对引物平均产生5.6个多态性片段。本研究结果为深入开发红螯螯虾功能性SSR标记奠定了基础,也为开展红螯螯虾分子标记辅助选育提供支持。 展开更多

关键词 红螯螯虾 转录组 SSR 位点信息

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基于高通量测序的北柴胡根转录组SSR位点信息分析 被引量：4

4

作者 王彬彬 高妍夏 +3 位作者 郭欣慰 纪宏亮 王敬 王晖 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期707-717,共11页

以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明:从北柴胡根转录组中共筛选到31176个SSR位点,分布于21732... 以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明:从北柴胡根转录组中共筛选到31176个SSR位点,分布于21732条unigenes,出现的频率为20.08%,分布密度为3.20个/10 kb,主要重复基元类型以二核苷酸最为丰富,共21056个,占SSR位点总数的67.54%;其次是单核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的19.05%和12.07%;四核苷酸~六核苷酸重复基元数量均较少。不同核苷酸基序类型共有131种基元,重复基元次数在5~11次的数量最多,占SSR总数的91.7%,且长度基本小于15 bp,其中AT/AT和AC/GT这两种基元在二核苷酸中出现频率最高。2064条和1004条含有SSR位点的unigenes分别注释到GO和KEGG通路,获得注释的基因功能主要与基础代谢相关。从22090对具有潜在多态性的EST-SSR引物中,随机挑选20对引物对3个北柴胡种质DNA进行PCR扩增,扩增成功率最高达85%。北柴胡根转录组SSR位点丰富、可用性较强,将促进柴胡的种质资源评价及分子标记辅助育种等工作。 展开更多

关键词 北柴胡 根 转录组 SSR 位点信息

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基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析 被引量：10

5

作者 孟玮 蒋艳琳 +2 位作者 张林 杨天燕 周剑光 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2019年第6期10-14,共5页

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106084条。所有的Unigene中,共识别17619个SSR位点,包含SSR位点... 为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106084条。所有的Unigene中,共识别17619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10~66 bp均有分布,大部分集中在10~24 bp,占SSR总数的87.24%。 展开更多

关键词 江鳕(Lota lota) 转录组 RNA-SEQ SSR 位点信息

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怀菊转录组中SSR位点信息分析 被引量：2

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作者 邢冰 董诚明 +2 位作者 魏硕 李曼 李询 《江苏农业科学》 2020年第11期57-57,58-60,共4页

以转录组测序数据为基础,利用MISA软件对简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)进行检测及分析,分析怀菊转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测等提供参考。结果表明,共检测到8553个SS... 以转录组测序数据为基础,利用MISA软件对简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)进行检测及分析,分析怀菊转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测等提供参考。结果表明,共检测到8553个SSR位点,它们分布在7369条Unigene中,出现频率为2.83%,SSR位点的发生频率为2.44%;其中单核苷酸重复基序最多、其次为三核苷酸重复基序。怀菊转录组基序长度主要集中于12~19 bp,多具有中等多态性。对SSR序列设计引物,共得到25662对引物可供今后使用。总之,怀菊SSR位点类型丰富,具有良好的多态性潜力及可开发性。 展开更多

关键词 怀菊 SSR 位点信息 转录组

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基于RNA-seq技术的奥利亚罗非鱼转录组SSR位点信息分析 被引量：7

7

作者 周康奇 潘贤辉 +8 位作者 黄姻 覃俊奇 徐俊龙 杜雪松 文露婷 陈忠 潘志忠 邓潜 林勇 《河南农业科学》 北大核心 2020年第11期147-152,共6页

为了开发奥利亚罗非鱼有关耐盐性的分子标记,采用二代测序RNA-seq方法,挖掘奥利亚罗非鱼的微卫星标记。结果显示,拼接组装获得了71009条Unigenes,并在所有序列中共发现了10875个SSR位点,含有位点序列的数量为8315条,占总序列的11.71%。... 为了开发奥利亚罗非鱼有关耐盐性的分子标记,采用二代测序RNA-seq方法,挖掘奥利亚罗非鱼的微卫星标记。结果显示,拼接组装获得了71009条Unigenes,并在所有序列中共发现了10875个SSR位点,含有位点序列的数量为8315条,占总序列的11.71%。奥利亚罗非鱼转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到5种不同核苷酸重复类型和126种不同重复基序。其中,二核苷酸串联重复单元类型的含量最多(5779个),占总位点数的53.14%;而在二核苷酸重复类型中AC/GT基序类型出现频率最高(3954个,占36.36%)。此外,SSR位点以6次重复次数为主(3048个),占总位点数的27.77%;SSR位点序列长度分布于12~254 bp,其中具有高度多态性位点3480个(占比29.14%),中等多态性位点8462个(占比70.86%)。 展开更多

关键词 奥利亚罗非鱼 转录组 多态性 SSR位点信息 RNA-SEQ

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基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析 被引量：7

8

作者 林发壮 李锦烨 +5 位作者 安慧珍 黄琦 姚凤琴 钟琳珊 陈昌铭 郭芸玮 《福建农业科技》 2020年第11期1-6,共6页

为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘。结果表明:通过MISA软件从60563条unigenes检测出14928个SSR位点,分布于11932条unigenes中,出现频率为24.65%,平均分... 为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘。结果表明:通过MISA软件从60563条unigenes检测出14928个SSR位点,分布于11932条unigenes中,出现频率为24.65%,平均分布距离为3.43 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的63.44%、21.54%和14.06%。14928个SSR位点由73种重复基序构成,(A/T)、(AG/CT、AC/GT)、(AAT/ATT、AAG/CTT)分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸优势重复基元,分别占总SSR重复类型的62.31%、18.13%和6.93%。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物9535对,成功率为63.87%。非洲菊转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为非洲菊遗传多样性研究,分子标记辅助育种、遗传图谱构建以及功能基因挖掘等提供科学依据。 展开更多

关键词 非洲菊 转录组 SSR引物 位点信息

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PCA与随机森林相结合筛选高信息量SNP位点--应用于羊的品种鉴别 被引量：4

9

作者 刘月丽 覃锡忠 +4 位作者 贺三刚 李文蓉 王悦 贾振红 刘明军 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2018年第16期235-240,共6页

针对品种鉴别中面临的SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)数据高维小样本的难点,研究利用少数高信息量SNP位点正确鉴别品种的方法,提出了一种新的SNP位点筛选方法。先利用PCA提取SNP主要位点,随后使用随机森林方法,根据平均精度下降... 针对品种鉴别中面临的SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)数据高维小样本的难点,研究利用少数高信息量SNP位点正确鉴别品种的方法,提出了一种新的SNP位点筛选方法。先利用PCA提取SNP主要位点,随后使用随机森林方法,根据平均精度下降和Gini指数下降对主位点的重要性进行评估,训练分类模型。最后分别选取重要度排名前48和96的位点,以这些位点为分类特征,建立分类模型进行品种鉴别。将该模型应用于6种绵羊Illumina Ovine SNP50的SNP数据。实验表明,可以从46 013个位点中分别筛选出49、96个高信息量位点用于品种鉴别,鉴别准确率达到97%以上。该方法减少了用于品种鉴别的SNP位点个数,降低了品种鉴别成本。 展开更多

关键词 主成分分析(PCA) 随机森林 高信息量SNP位点 品种鉴别

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基于全长转录组测序的金乌贼微卫星位点筛选与特征分析 被引量：9

10

作者 张金勇 何暮春 +2 位作者 项子龙 柳淑芳 庄志猛 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2020年第6期149-155,共7页

以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)的位点信息。结果显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在... 以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)的位点信息。结果显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在64,933条Unigene中,SSR位点发生频率为36.49%,出现频率为90.66%。其中,最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%。SSR包含的重复基元中,A/T是单核苷酸的优势重复基元,AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型。66,004个重复基元长度≥20 bp,占SSR总数的40.91%,且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)的SSR位点数量占优。以上结果表明,金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高,研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考。 展开更多

关键词 金乌贼 转录组 SSR 重复基元 位点信息

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苦参转录组SSR位点及基因功能注释分析 被引量：4

11

作者 张宁 尹美强 +3 位作者 谭青青 温银元 王玉国 王金荣 《江苏农业科学》 2019年第7期41-44,共4页

分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息,为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估,再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤,利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的read... 分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息,为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估,再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤,利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装,之后使用基因组装完整性评估(BUSCO)软件对转录组组装的序列进行质量评估,并分析组装的conting序列的开放阅读框(open reading frame,简称ORF);利用MicroSAtellite(MISA)软件对无冗余独立基因(unigene)进行SSR搜索。利用Trinity软件最终筛选得到23074条ORF信息;使用MISA软件从unigenes序列中发现8 798个SSR位点,分布于7 339条unigene中,总体上unigenes序列中SSR占比为2.16%,SSR位点平均间隔是5.28 bp,其中占比最高的是单核苷重复基序,为50.53%;其次是出现频率分别为22.28%、24.73%的二、三核苷酸。苦参转录组中SSR类型众多,出现频率高,在后续的苦参遗传性状分析,及次生代谢(苦参碱和黄酮等次生代谢产物)途径等相关基因定位等方面具有很好的应用潜力。 展开更多

关键词 苦参 转录组 SSR 位点信息 基因功能 分子标记

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单管直扩38重祖先信息InDels体系的构建及其在微流控芯片系统的应用 被引量：8

12

作者 韩俊萍 赵蕾 +7 位作者 王庆国 江丽 谢何鑫 庄斌 赵丽健 李唐松 吴瑾 李彩霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2020年第9期968-981,共14页

本文基于插入-缺失多态性(insertion-deletion polymorphism,InDel)遗传标记,从相关文献和dbSNP库中筛选出38个在东亚、欧洲、非洲人群中具有等位基因频率差异的祖先来源InDel位点,同时整合Amelogenin位点和Y染色体STR(DYS439)位点,以... 本文基于插入-缺失多态性(insertion-deletion polymorphism,InDel)遗传标记,从相关文献和dbSNP库中筛选出38个在东亚、欧洲、非洲人群中具有等位基因频率差异的祖先来源InDel位点,同时整合Amelogenin位点和Y染色体STR(DYS439)位点,以辅助未知样本的性别鉴定,采用PCR-CE技术构建了可以区分三大洲际人群的单管直接扩增复合检测体系,该体系可与微流控芯片系统相结合,1.7 h内完成DNA样本自动化扩增和电泳分型,利用公共数据库1000Genomes中16个人群1 607名个体的分型数据对筛选的38个InDel位点进行初步评估;同时对构建的38-plex InDels体系的灵敏度、准确性、直接扩增能力进行验证评估;检测5种不同人群的779份样本和215份唾液卡、血卡的直接扩增样本,采用聚类分析和主成分分析方法,评价体系的推断准确性.结果表明该38-plex InDels复合检测体系分型准确,灵敏度达157 pg,能够对唾液卡和血卡直接扩增,可以区分三大洲际人群及其混合人群,能够准确推断待测样本的族群来源、估算祖先成分,且通过集成细胞裂解步骤将有望2h实现"样本进-结果出"式快速自动化InDel分型. 展开更多

关键词 法医物证学 插入-缺失多态性 祖先信息位点 微流控芯片

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基于转录组数据的密花香薷SSR位点特征分析 被引量：13

13

作者 富贵 刘玉萍 苏旭 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期654-663,共10页

利用MISA软件对密花香薷转录组42362条Unigene进行SSR位点搜索,并对其SSR序列结构及分布特征进行了分析。结果表明:(1)密花香薷转录组Unigene序列中共检测到17564个SSR重复序列,分布于11903条Unigene上,出现频率为28.10%,平均每3200 bp... 利用MISA软件对密花香薷转录组42362条Unigene进行SSR位点搜索,并对其SSR序列结构及分布特征进行了分析。结果表明:(1)密花香薷转录组Unigene序列中共检测到17564个SSR重复序列,分布于11903条Unigene上,出现频率为28.10%,平均每3200 bp出现一个SSR位点。(2)单、二、三核苷酸重复类型为密花香薷转录组SSR位点的主导基序类型,占总SSR位点的97.27%,3种主导基序类型中,单核苷酸所形成基元类型数量最多,共检测到169个基元类型(51.22%),单核苷酸(A/T)n基元类型占明显优势,二核苷酸重复类型(AG/CT)n基元类型占优,分别占总SSR位点的50.60%和12.17%。(3)单核苷酸SSR位点所包含重复次数最多(49),重复次数介于10~66,同一基序类型不同重复次数所形成的SSR位点数量差异较大,随重复次数的增加,SSR位点数呈下降趋势。(4)密花香薷转录组二至六核苷酸基序SSR序列长度集中在12~30 bp区间,共包含有8190个SSR位点,占所统计SSR位点的95.60%,1589(≥20 bp)个SSR序列具有极高的多态性,占所统计SSR位点的18.54%。综合出现频率、分布密度、基元重复次数和长度变异等多个研究结果发现,密花香薷转录组检索到的SSR序列表现出较高的多态性潜能,具有较大的开发价值。该研究为后续密花香薷SSR分子标记引物开发奠定了理论基础。 展开更多

关键词 转录组 密花香薷 SSR 位点信息

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蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展 被引量：10

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作者 王存新 常珊 +3 位作者 龚新奇 杨峰 李春华 陈慰祖 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第4期751-758,共8页

分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积... 分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望. 展开更多

关键词 蛋白质-蛋白质分子对接 打分函数 打分策略 结合位点信息

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‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽的转录组SSR特征分析 被引量：6

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作者 李树战 王艺儒 +2 位作者 孙鹏 李华威 傅建敏 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期171-177,186,共8页

【目的】旨在了解雄全同株性别类型‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽转录组中的SSR位点及序列特征,为SSR分子标记开发提供理论依据。【方法】基于雄全同株种质‘龙岩野柿1号’花芽分化的两个形态学关键时期的雄花和两性花花芽转录组序列... 【目的】旨在了解雄全同株性别类型‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽转录组中的SSR位点及序列特征,为SSR分子标记开发提供理论依据。【方法】基于雄全同株种质‘龙岩野柿1号’花芽分化的两个形态学关键时期的雄花和两性花花芽转录组序列,运用MISA软件的默认参数即单碱基类型SSR重复数≥10、双碱基类型重复数≥6和三、四、五、六碱基类型重复数≥5对转录组获得的unigenes序列中的SSR位点进行搜索,分析SSR位点的序列特征。【结果】对‘龙岩野柿1号’转录组的82910条unigenes进行搜索,共在25349条unigenes上获得了38751条SSR序列,发生频率为30.57%,出现频率为46.74%,平均每2.94 kb会出现1个SSR序列;双碱基重复类型SSR位点数目最多,占总SSR数的50.59%,单碱基重复类型SSR数目次之,占比24.59%;单碱基重复至三碱基重复类型的优势重复基元分别为A/T、AG/CT和AAG/CTT,分别占比22.8%、35.15%和7.77%,四碱基重复至六碱基重复类型的优势重复基元分别为AAAG/CTTT、AAAAG/CTTTT和AGGGCG/CCCTCG,占比分别为0.45%、0.09%和0.05%;SSR位点的基元重复次数以5~20为主,序列长度变化范围较大,为10~94 bp,共有11731个SSR位点的序列长度≥20 bp,占比为30.27%。【结论】‘龙岩野柿1号’花芽的转录组中SSR位点丰富,具有较高的多态性,在柿属植物性别类型相关的分子标记开发、分子标记辅助育种和遗传多样性分析中具有较大的应用潜力。 展开更多

关键词 龙岩野柿1号 花芽转录组 SSR 位点信息

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27重SNP系统推断种族来源的效能 被引量：3

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作者 冯杏玲 孙启凡 +5 位作者 刘宏 魏以梁 杜蔚安 李彩霞 陈玲 刘超 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期555-562,共8页

目的验证和评估27-plex SNPs复合扩增系统(简称27重SNP系统)推断种族来源的效能。方法验证27重SNP系统的灵敏度和种属特异性;用该系统检测非洲、华南地区汉族、回族、苗族、彝族、藏族、维吾尔族、欧洲、中亚、西亚、南亚、东南亚、南... 目的验证和评估27-plex SNPs复合扩增系统(简称27重SNP系统)推断种族来源的效能。方法验证27重SNP系统的灵敏度和种属特异性;用该系统检测非洲、华南地区汉族、回族、苗族、彝族、藏族、维吾尔族、欧洲、中亚、西亚、南亚、东南亚、南美洲等13个人群的533份样本,将其分型数据与Hap Map数据库的东亚(CHB)、欧洲(CEU)、非洲(YRI)3个代表人群的分型数据进行聚类分析,分析祖先成分,计算匹配概率;分析46份盲测样本的种族来源。结果该系统灵敏度达0.125 ng;除猩猩和猴子分别检出20和6个位点,其余动物样本仅在rs10496971位点检出扩增产物;该系统可以进行洲际人群区分,但是无法区分东南亚与东亚人群,无法细分广东汉族与彝族、回族、苗族和藏族等少数民族人群;盲测样本洲际人群推断的准确率为100%。结论27重SNP系统灵敏度高、特异性好,可准确区分个体的非洲、欧洲或东亚祖先成分。该系统不具备亚人群区分效力,有待后续筛选更多的特异性祖先信息标记,以满足区分东南亚人群以及中国不同族群的需要。 展开更多

关键词 法医物证学 SNP 祖先信息位点 种族来源推断

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南-北方汉族人、韩国人和日本人遗传划分机器学习模型优化方案 被引量：1

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作者 孔永强 刘金凯 +4 位作者 顾佳琪 徐景怡 郑雨诺 魏以梁 伍少远 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1028-1043,共16页

中国汉族人、韩国人和日本人作为东亚主体人群,其中中国汉族人呈现由北向南的梯度混合,在遗传结构上存在不同程度的差异。为实现对中国南-北方汉族人、韩国人和日本人的高分辨率遗传划分,本研究收集和分析了文献报道和实验室前期数据筛... 中国汉族人、韩国人和日本人作为东亚主体人群,其中中国汉族人呈现由北向南的梯度混合,在遗传结构上存在不同程度的差异。为实现对中国南-北方汉族人、韩国人和日本人的高分辨率遗传划分,本研究收集和分析了文献报道和实验室前期数据筛选出的1185个东亚人群祖先信息性SNPs(ancestry informative SNPs,AISNPs),应用softmax与随机森林两种机器学习算法构建族群遗传划分模型,然后利用系统发育树、STRUCTURE和主成分分析方法进一步评估不同模型AISNPs位点组合的族群分类效果,最终筛选出234-AISNP的最优组合,softmax模型准确率为92%,实现了南方汉族人、北方汉族人、韩国人和日本人的高精度区分。本研究测试的两种机器学习算法模型为近距离人群的高分辨率划分提供了重要参考,可作为法医DNA族群推断体系位点开发的重要工具。 展开更多

关键词 法医遗传学 祖先信息位点 机器学习 东亚人群 南北方汉族

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