期刊导航
期刊开放获取
上海教育软件发展有限公..
期刊文献
+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
检索
高级检索
期刊导航
共找到
2
篇文章
<
1
>
每页显示
20
50
100
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
文摘
详细
列表
相关度排序
被引量排序
时效性排序
碱基对在DNA双螺旋链上分离的自由能计算（英文）
1
作者
伍绍贵
冯丹
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期1282-1288,共7页
DNA是大部分生物包括病毒的基因载体。DNA双螺旋链通过A=T和G≡C两种碱基对编码实现对遗传信息的存储。碱基对中的相互作用对DNA双螺旋链的稳定性起到重要作用,直接关系到基因的复制和转录。当前研究中,我们构建了四组不同结构的DNA双...
DNA是大部分生物包括病毒的基因载体。DNA双螺旋链通过A=T和G≡C两种碱基对编码实现对遗传信息的存储。碱基对中的相互作用对DNA双螺旋链的稳定性起到重要作用,直接关系到基因的复制和转录。当前研究中,我们构建了四组不同结构的DNA双螺旋链,进行了总共4.3μs的分子动力学模拟。通过伞形取样技术计算了DNA双螺旋链中碱基对分离的自由能曲线,并从分子尺度细节和相互作用能对自由能曲线进行解析。在碱基对G≡C的自由能曲线(PMF-PGC)上观察到三个峰,通过监测氢键数目的变化发现分别对应于G≡C三个氢键的断裂;而在A=T的自由能曲线(PMF-PAT)上只出现一个峰,说明A=T的两个氢键在分离过程中几乎同时断裂。PMF-PGC的总能垒比PMF-PAT高,主要是因为G≡C比A=T多一个氢键,更稳定。两条曲线的后段自由能仍然升高,而此时碱基对的氢键已断裂,这是DNA链骨架刚性所导致。我们还研究了碱基对稳定性受相邻碱基对的影响,发现邻近G≡C碱基对会增强A=T的稳定性,C≡G会削弱A=T的稳定性,T=A对A=T的影响较小。
展开更多
关键词
平均力势
氢键
分子动力学模拟
伞形取样
在线阅读
下载PDF
职称材料
分子动力学模拟3(5)-(9-蒽基)吡唑分子在自组装膜上的选择性沉积
被引量：
2
2
作者
张鲁格
薛泽旭
+1 位作者
张翀
延辉
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016年第3期505-512,共8页
采用平衡分子动力学和拉伸分子动力学模拟方法研究了模板诱导有机发光小分子3(5)-(9-蒽基)吡唑(ANP)在自组装膜上的选择性沉积,并利用伞形取样方法和加权柱状图分析法计算了沉积过程的均力势.模拟中以二氧化硅为底板分别构筑2种不同密...
采用平衡分子动力学和拉伸分子动力学模拟方法研究了模板诱导有机发光小分子3(5)-(9-蒽基)吡唑(ANP)在自组装膜上的选择性沉积,并利用伞形取样方法和加权柱状图分析法计算了沉积过程的均力势.模拟中以二氧化硅为底板分别构筑2种不同密度的烷烃链自组装膜模板,即低密度的液体扩展相和高密度的液体压缩相.平衡分子动力学结果显示,ANP分子容易沉积至低密度的液体扩展相中,难以沉积至高密度的液体压缩相中.拉伸分子动力学结果表明,当ANP分子沉积至液体压缩相表面时,在进入烷烃膜时遇到较大阻力,因而不易进入到烷烃链单层膜中;而ANP分子在进入液体扩展相的过程中受到的阻力较小.通过比较这2种不同密度自组装膜与ANP分子之间的结合自由能,发现ANP分子进入液体压缩相的能垒较高,而ANP分子与液体扩展相结合更加稳定,导致有机发光小分子在不同密度的模板上具有选择吸附性.所得模拟结果与实验现象一致,在分子水平上为实验提供了更加丰富的微观信息.
展开更多
关键词
自组装膜(SAM)
定位沉积
拉伸分子动力学
伞形取样
3(5)-(9-蒽基)吡唑
低密度的液体扩展相
高密度的液体压缩相
均力势
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
碱基对在DNA双螺旋链上分离的自由能计算（英文）
1
作者
伍绍贵
冯丹
机构
四川师范大学化学与材料科学学院
中国科学院理论物理研究所
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期1282-1288,共7页
基金
supported by the National Natural Science Foundation of China(11405113)
Science and Technology Plan of Sichuan Province
+2 种基金
China(2010JY0122)
Science Research Fund of Sichuan Normal University
China(10MSL02)
文摘
DNA是大部分生物包括病毒的基因载体。DNA双螺旋链通过A=T和G≡C两种碱基对编码实现对遗传信息的存储。碱基对中的相互作用对DNA双螺旋链的稳定性起到重要作用,直接关系到基因的复制和转录。当前研究中,我们构建了四组不同结构的DNA双螺旋链,进行了总共4.3μs的分子动力学模拟。通过伞形取样技术计算了DNA双螺旋链中碱基对分离的自由能曲线,并从分子尺度细节和相互作用能对自由能曲线进行解析。在碱基对G≡C的自由能曲线(PMF-PGC)上观察到三个峰,通过监测氢键数目的变化发现分别对应于G≡C三个氢键的断裂;而在A=T的自由能曲线(PMF-PAT)上只出现一个峰,说明A=T的两个氢键在分离过程中几乎同时断裂。PMF-PGC的总能垒比PMF-PAT高,主要是因为G≡C比A=T多一个氢键,更稳定。两条曲线的后段自由能仍然升高,而此时碱基对的氢键已断裂,这是DNA链骨架刚性所导致。我们还研究了碱基对稳定性受相邻碱基对的影响,发现邻近G≡C碱基对会增强A=T的稳定性,C≡G会削弱A=T的稳定性,T=A对A=T的影响较小。
关键词
平均力势
氢键
分子动力学模拟
伞形取样
Keywords
Potential of mean force
Hydrogen bond
Molecular dynamics simulation
Umbrella sampling
分类号
Q503 [生物学—生物化学]
O641.3 [理学—物理化学]
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
分子动力学模拟3(5)-(9-蒽基)吡唑分子在自组装膜上的选择性沉积
被引量：
2
2
作者
张鲁格
薛泽旭
张翀
延辉
机构
聊城大学化学化工学院
聊城大学药学院
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016年第3期505-512,共8页
基金
国家自然科学基金(批准号:21203084)
山东省自然科学基金(批准号:13LB21)资助~~
文摘
采用平衡分子动力学和拉伸分子动力学模拟方法研究了模板诱导有机发光小分子3(5)-(9-蒽基)吡唑(ANP)在自组装膜上的选择性沉积,并利用伞形取样方法和加权柱状图分析法计算了沉积过程的均力势.模拟中以二氧化硅为底板分别构筑2种不同密度的烷烃链自组装膜模板,即低密度的液体扩展相和高密度的液体压缩相.平衡分子动力学结果显示,ANP分子容易沉积至低密度的液体扩展相中,难以沉积至高密度的液体压缩相中.拉伸分子动力学结果表明,当ANP分子沉积至液体压缩相表面时,在进入烷烃膜时遇到较大阻力,因而不易进入到烷烃链单层膜中;而ANP分子在进入液体扩展相的过程中受到的阻力较小.通过比较这2种不同密度自组装膜与ANP分子之间的结合自由能,发现ANP分子进入液体压缩相的能垒较高,而ANP分子与液体扩展相结合更加稳定,导致有机发光小分子在不同密度的模板上具有选择吸附性.所得模拟结果与实验现象一致,在分子水平上为实验提供了更加丰富的微观信息.
关键词
自组装膜(SAM)
定位沉积
拉伸分子动力学
伞形取样
3(5)-(9-蒽基)吡唑
低密度的液体扩展相
高密度的液体压缩相
均力势
Keywords
Self-assembled monolayers（SAM）
Site-selective deposition
Steered molecular dynamics
Umbrella sampling
3（5）-（9-Anthryl） pyrazole
Low intensity liquid expanded phase
High intensity liquid condensed phase
Potential of mean force
分类号
O641 [理学—物理化学]
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
碱基对在DNA双螺旋链上分离的自由能计算（英文）
伍绍贵
冯丹
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
分子动力学模拟3(5)-(9-蒽基)吡唑分子在自组装膜上的选择性沉积
张鲁格
薛泽旭
张翀
延辉
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
上一页
1
下一页
到第
页
确定
用户登录
登录
IP登录
使用帮助
返回顶部
