生长相关优势基因型在大口黑鲈‘优鲈1号’选育世代中的聚合 被引量：8

1

作者 徐磊 白俊杰 +1 位作者 李胜杰 孙成飞 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期7-11,共5页

【目的】以先前研究所获得的8个与大口黑鲈生长性状相关的分子标记为检测目标，分析其优势基因型在大口黑鲈选育群体中的分布数量，探索生长相关分子标记应用于大口黑鲈基因聚合育种的潜在可行性．【方法】采用STR基因分型技术对大口黑... 【目的】以先前研究所获得的8个与大口黑鲈生长性状相关的分子标记为检测目标，分析其优势基因型在大口黑鲈选育群体中的分布数量，探索生长相关分子标记应用于大口黑鲈基因聚合育种的潜在可行性．【方法】采用STR基因分型技术对大口黑鲈‘优鲈1号’F2、F3、F5和F6选育群体的生长标记基因型进行检测，8个生长标记中含有4个单核苷酸多态性位点（分别位于IGF-I、POUIF1、PSS皿和MSTN基因上）和4个微卫星位点（分别是JZL60、JZL67、MisaTpw76和MisaTpw117）．【结果和结论】试验鱼所含优势基因型的数量为0—6个，F2、F3、F5和F6选育群体中优势基因型的分子标记平均数量依次为2．12、2．70、2．90和3．08，呈现逐代递增趋势；优势基因型的分子标记数量与大口黑鲈生长速度呈同步递增趋势，说明人工选育在一定程度上聚合了优势基因． 展开更多

关键词 优势基因型 聚合 STR 基因分型 大口黑鲈 选育

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大口黑鲈“优鲈1号”生长相关优势基因型的分析 被引量：2

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作者 徐磊 白俊杰 +1 位作者 李胜杰 樊佳佳 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2014年第1期24-28,共5页

大口黑鲈（Micropterus salmoides）“优鲈1号”是经多年选育获得的生长性状改良的养殖新品种，与非选育大口黑鲈相比，生长速度提高了17．8％一25．3％。为了研究具有生长相关优势基因型经聚合后对生长性状的改良起的贡献作用大小，本... 大口黑鲈（Micropterus salmoides）“优鲈1号”是经多年选育获得的生长性状改良的养殖新品种，与非选育大口黑鲈相比，生长速度提高了17．8％一25．3％。为了研究具有生长相关优势基因型经聚合后对生长性状的改良起的贡献作用大小，本研究从大口黑鲈“优鲈1号”与非选育大口黑鲈群体中各随机挑选140ind，应用STR基因分型技术检测8个生长相关分子标记在这两个群体中的分布情况。8个生长标记中有4个微卫星位点，分别为JZL60、JZL67、MisaTpw76和MisaTpwll7，其余4个是单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）位点，分别位于胰岛素样生长因子-I（insulin—like growth factor—I，IGF-I）、肌肉生长抑制素（myostatin，MSTN）、垂体特异性转录因子（pituitary specific transcription factorl，POUlFl）和生长抑素前体（preprosomatostatin，PSSIII）基因上。结果表明，“优鲈1号”与非选育群体中优势基因型的数量为1—6个，两个群体含有的平均数量分别为2．606、2．312，表明人工选育在一定程度上聚合了优势基因型，研究结果为下一步生长性状相关标记的聚合及辅助选育应用提供参考依据。 展开更多

关键词 大口黑鲈 短串联重复序列 基因聚合 优势基因型 基因分型

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半滑舌鳎生长相关的微卫星标记及优势基因型 被引量：2

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作者 鲁翠云 李超 +5 位作者 郑先虎 曹顶臣 程磊 崔恒全 毛成全 孙效文 《水产学杂志》 CAS 2016年第2期1-8,共8页

本研究利用SPSS 19.0的GLM模型分析28个微卫星标记与半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis生长性状的相关性,结果获得14个与半滑舌鳎体质量(BWe)、体长(BL)或体宽(BWi)显著相关的微卫星标记。与雄性个体生长性状显著相关的7个标记中,cse56与... 本研究利用SPSS 19.0的GLM模型分析28个微卫星标记与半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis生长性状的相关性,结果获得14个与半滑舌鳎体质量(BWe)、体长(BL)或体宽(BWi)显著相关的微卫星标记。与雄性个体生长性状显著相关的7个标记中,cse56与体质量、体长和体宽3个性状均显著相关(P<0.05);csou24、hncyse68、hncyse147和hncyse148与体质量和体宽显著相关(P<0.05)。与雌性个体生长性状显著相关的10个标记中,cse151和csou56与3个性状均显著相关(P<0.05);csou33、csou39和hncyse108等5个标记与其中2个性状显著相关(P<0.05)。csou24、hncyse147和hncyse148在雄、雌群体中均表现出与生长性状的相关性。本研究共筛选出17个对雄性个体生长具有显著正面影响的优势基因型,29个雌性个体的优势基因型。 展开更多

关键词 半滑舌鳎 微卫星标记 优势基因型

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草鱼生长相关优势基因型的聚合效果分析 被引量：4

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作者 孙雪 李胜杰 +3 位作者 杜金星 姜鹏 周家辉 白俊杰 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2021年第5期40-46,共7页

为研究草鱼(Ctenopharyngodon idella)生长性状相关分子标记聚合效果,本研究选择利用候选基因关联分析方法获得10个与生长性状相关SNP标记,分别位于草鱼载脂蛋白A-I-1基因(apoA-I-1)、丙酮酸激酶1型(PKL)、羧肽酶A1(CPA1)、柠檬酸合酶(... 为研究草鱼(Ctenopharyngodon idella)生长性状相关分子标记聚合效果,本研究选择利用候选基因关联分析方法获得10个与生长性状相关SNP标记,分别位于草鱼载脂蛋白A-I-1基因(apoA-I-1)、丙酮酸激酶1型(PKL)、羧肽酶A1(CPA1)、柠檬酸合酶(CS)、醛缩酶B(Aldo-B)、生长催乳素α(SLα)和肌球蛋白重链(MYH)基因上。先在24尾雌鱼和24尾雄鱼亲本中对各标记进行基因型检测,挑选1对最有利于不同优势基因型发生聚合的亲鱼构建家系。在7月龄时,对子代进行生长性状测量和各SNP标记的基因型分型,采用一般线性模型分析含不同优势基因个数的组别生长差异。结果显示,家系子代个体中含生长相关优势基因型的数量为0、1、2、3、4、5、6、7个,对应的个体数量依次为44、67、83、85、44、38、15和6尾,对应的平均体质量依次为129.66、144.45、151.33、153.53、154.77、160.50、167.50和176.67 g,生长相关优势基因型的聚合个数与草鱼生长速度呈正相关。子代中优势基因型的平均数量为2.58,与亲本群体的优势基因型平均数量(1.00)相比显著提高。研究表明,对草鱼生长相关优势基因进行聚合可获得生长性状优良个体,为草鱼分子标记辅助育种应用提供理论依据。 展开更多

关键词 草鱼 生长性状 分子标记 优势基因型 基因聚合

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广州东部HPV基因型分布及其优势基因型E6／E7核酸序列分析 被引量：15

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作者 余南 辜为为 +3 位作者 刘红娥 孙洪青 詹希美 陈小坚 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期220-224,228,共6页

目的研究广州东部人乳头瘤病毒基因型分布特征,并获取优势基因型早基因E6/E7的核酸序列,进行变异分析,为本课题组下一步新型分子诊断方法的研发提供目标序列。方法通过导流杂交基因芯片技术进行宫颈脱落细胞标本的人乳头瘤病毒基因分型... 目的研究广州东部人乳头瘤病毒基因型分布特征,并获取优势基因型早基因E6/E7的核酸序列,进行变异分析,为本课题组下一步新型分子诊断方法的研发提供目标序列。方法通过导流杂交基因芯片技术进行宫颈脱落细胞标本的人乳头瘤病毒基因分型检测,分析本地区基因型分布特征,确定优势基因型;根据GenBank序列设计特异性引物,用于扩增优势基因型的早基因E6/E7的编码区序列,克隆后测序并对序列进行变异分析。结果通过导流杂交基因芯片技术进行宫颈脱落细胞标本的分型检测,检测了536份宫颈脱落细胞标本,HPV阳性占27.2%(146/536),其中多基因型感染占29.5%(43/146),高危型感染中52型为优势基因型,频数达23.3%(37/159)。HPV感染与52型HPV感染的年龄分布显示低年龄组(即A组,≤25岁)妇女最高。3份52型HPV感染阳性标本的核酸模板,通过特异性引物均成功扩增出大小接近750bp的目的序列;分别克隆到T载体上并测序,得到3条人乳头瘤病毒52型早表达基因E6/E7的编码区序列,克隆后测序并对序列进行变异分析;3条序列经BLAST分析,与GenBank数据库HPV52型序列(Accession:X74481)的E6/E7编码区序列一致性均为99%,三条序列(EU924143、EU924144、EU924145)存在6种碱基置换,其中2种可引起所编码的相应氨基酸残基改变。结论本研究可确认广州东部地区妇女宫颈感染HPV中A组(17-25岁)具有最高的感染率;宫颈感染HPV的优势基因型为52型;我们通过克隆策略得到了与HPV高危型52型X74481高度相似的E6/E7编码序列,为课题组后续进行的HPV致病机制和新型分子检测方法研究提供了重要基础。 展开更多

关键词 人乳头瘤病毒 优势基因型 年龄分布 变异

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阿里牦牛经济性状相关遗传标记基因型频率研究 被引量：7

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作者 张强 洛桑顿珠 +7 位作者 鲜莉莉 平措占堆 索朗多吉 巴多 旦巴 旦巴加参 支张 巴桑旺堆 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期1209-1215,共7页

【目的】进一步明确西藏阿里牦牛生态类群(Ali[AL])重要经济性状分子遗传改良潜力。【方法】利用SNaPshot基因分型技术对AL类群内7个已被证实与牦牛生长和泌乳经济性状显著相关的候选SNPs标记的基因型分布进行研究。【结果】在阿里牦牛... 【目的】进一步明确西藏阿里牦牛生态类群(Ali[AL])重要经济性状分子遗传改良潜力。【方法】利用SNaPshot基因分型技术对AL类群内7个已被证实与牦牛生长和泌乳经济性状显著相关的候选SNPs标记的基因型分布进行研究。【结果】在阿里牦牛群体内2个SNP位点(MyoD1_C1710T和ACSL1_G2409A)是中度多态位点(0.25<PIC<0.5),4个SNP位点(ACSL1_A2079T、Hesx1_T226C、TMEM-18_C1267T、TMEM-18_C4447T)为低度多态位点(0.25<PIC<0.5),另外Hesx1-G618C位点在全部个体中均为纯合子(G/G)。除Hesx1-G618C位点外,其他全部位点在阿里牦牛群体内均未显著偏离哈代温伯格平衡(P>0.05)。阿里牦牛群体内与生长相关的标记MyoD1_C1710T和TMEM18_C4447T位点均携带高频率的优势基因型。另外,有17.7419%的阿里牦牛个体在HesxI_T226C位点携带与牦牛12月龄体质量、体高和胸围相关的优势基因型(T/C),有11.2903%个体携带与牦牛产乳量和乳品质相关标记ACSL1_G2409A的优势基因型A/A。【结论】本研究结果表明阿里牦牛在多个已知经济性状相关SNP标记中携带高比例优势基因型,进一步明确了阿里牦牛分子选育遗传改良的潜力,同时为今后牦牛分子育种标记体系建立提供数据参考。 展开更多

关键词 阿里牦牛 经济性状 单核苷酸多态性 分子标记 优势基因型

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牛病毒性腹泻病毒分型一步法RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量：2

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作者 金艳 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2023年第4期67-73,共7页

为了建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分型检测方法,并掌握长春地区BVDV的流行规律。本研究根据BVDV-1型和BVDV-2型的5’-UTR基因序列差异设计鉴别检测引物,经一步法RT-PCR反应条件的优化,建立了BVDV分型一步法RT-PCR检测方法,并应用该方... 为了建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分型检测方法,并掌握长春地区BVDV的流行规律。本研究根据BVDV-1型和BVDV-2型的5’-UTR基因序列差异设计鉴别检测引物,经一步法RT-PCR反应条件的优化,建立了BVDV分型一步法RT-PCR检测方法,并应用该方法对长春地区采集的380份样品进行检测。结果表明:该方法最佳退火温度为51℃,最佳模板含量为5.7μg,检测牛肠道病毒(BEV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛轮状病毒(BRV)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)均为阴性;对BVDV-1型和BVDV-2型的检测灵敏度可以分别达到0.58 ng RNA和0.51 ng RNA,相对于病毒分离方法的符合率为92.31%,长春地区BVDV阳性率为24.21%,其中BVDV-1和BVDV-2阳性率分别为15.53%和7.37%。以上结果表明,本研究建立的BVDV分型一步法RT-PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和准确性,长春地区BVDV的流行优势基因型为BVDV-1型。 展开更多

关键词 牛病毒性腹泻病毒 分型 一步法RT-PCR检测方法 流行优势基因型

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不同被毛颜色成年斯布牦牛生长性能比较及分子育种潜力分析 被引量：1

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作者 朱勇 阮鹏程 +8 位作者 俄广鑫 信金伟 张强 陈晓英 曹涵文 姜辉 鲜莉莉 陆东祥 张成福 《中国饲料》 北大核心 2024年第5期32-38,共7页

斯布牦牛作为我国青藏高原重要牦牛资源,其种质资源特性挖掘与遗传改良提升对西藏牦牛产业提质增效具有重要意义。本研究旨在通过挖掘不同被毛颜色斯布牦牛类群成年阶段生长性能特点,明确重要经济性状相关联候选标记的优势基因型分布,... 斯布牦牛作为我国青藏高原重要牦牛资源,其种质资源特性挖掘与遗传改良提升对西藏牦牛产业提质增效具有重要意义。本研究旨在通过挖掘不同被毛颜色斯布牦牛类群成年阶段生长性能特点,明确重要经济性状相关联候选标记的优势基因型分布,评估斯布牦牛分子育种潜力。结果显示:5~7岁龄黑色斯布牦牛的管围及体高指标均极显著(P<0.01)高于棕色类群,群体组间体重及体斜长差异不显著(P>0.05)。然而,棕色牦牛各年段的成年体重均值略优于黑色群体。另外,5个分布于ACSL1、MyoD1及TMEM18基因的已知与牦牛生长和泌乳等经济性状相关的标记在两个斯布牦牛类群中均存在较高比例的优势基因型,特别是TMEM18_C4447T和MyoD1_C1710T位点。两个斯布牦牛群体内各位点均未显著偏离哈代温伯格平衡(P>0.05),表明斯布牦牛群体在历史上尚未经历强烈的关于经济性状的人工选择。本研究明确了不同被毛颜色斯布牦牛成年生长特性,解析了一系列经济性状相关遗传标记在斯布牦牛种群内的育种潜力,为探索斯布牦牛适时出栏技术及提升斯布牦牛选育进程提供了理论参考。 展开更多

关键词 斯布牦牛 被毛颜色 生长性能 遗传标记 优势基因型

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鲁西牛群体遗传多样性与生长发育性状的微卫星标记研究 被引量：6

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作者 毕伟伟 陈维云 +2 位作者 王慧 王中华 张沅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期481-488,共8页

以120头鲁西牛为研究对象,选用分布于牛60条染色体的30对微卫星引物中多样性丰富的8对微卫星位点,探讨与鲁西牛生长发育性状相关联的分子遗传标记。本研究采用微卫星标记技术和最小二乘线性模型,检测了鲁西牛群体的遗传多样性和分析了... 以120头鲁西牛为研究对象,选用分布于牛60条染色体的30对微卫星引物中多样性丰富的8对微卫星位点,探讨与鲁西牛生长发育性状相关联的分子遗传标记。本研究采用微卫星标记技术和最小二乘线性模型,检测了鲁西牛群体的遗传多样性和分析了与鲁西牛生长发育性状相关的标记效应。结果,共检测到34个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数为3～6个,平均等位基因数为4.25,该群体的基因平均杂合度(H)为0.561 3,多态信息含量(PIC)为0.498 3。结果表明,7个微卫星座位的不同基因型之间的差异达到显著(P<0.05)或极显著水平(P<0.01)。影响相应性状的最有利基因型分别是ETH185座位的AE与体高,BM711座位的CC和BM1824座位的BB与体长,TGLA53座位的AD和BM711座位的CC与管围,BM1824座位的BB和DVGA55座位的AB与腹围,TGLA53座位的AC、ETH185座位的BD、BM711座位的AB、DVGA46座位的AC、DVGA44座位的BB和DVGA55座位的BB与体质量。而对生长不利的基因型有:DVGA46的AD型,DVGA44的AD型,DVGA55的AA型和ETH185的BC型。研究结果为鲁西牛的标记辅助选择和早期基因型选种提供了可借鉴的分子标记。 展开更多

关键词 鲁西黄牛 微卫星标记 遗传多样性 生长性状 优势基因型

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生长相关分子标记在翘嘴鳜五代中的富集 被引量：6

10

作者 宋易 梁旭方 +2 位作者 田昌绪 吕丽媛 赵程 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期951-957,共7页

为进一步了解人工选育对翘嘴鳜生长相关遗传标记的影响作用,研究以翘嘴鳜"华康1号"的5代选育群体为实验材料,对具有生长相关优势基因型的5个标记的6个位点进行扩增,通过直接测序和聚丙烯酰胺凝胶电泳两种方法分型后,统计其优... 为进一步了解人工选育对翘嘴鳜生长相关遗传标记的影响作用,研究以翘嘴鳜"华康1号"的5代选育群体为实验材料,对具有生长相关优势基因型的5个标记的6个位点进行扩增,通过直接测序和聚丙烯酰胺凝胶电泳两种方法分型后,统计其优势基因型个体数目在翘嘴鳜5代中的变化。结果显示,在5代群体中,2个单核苷酸多态性位点和4个微卫星位点优势基因型的数目的分布范围为0—4,从F1到F5代,这6个位点优势基因型的平均值分别为0.36、0.71、0.68、0.77和0.94,优势基因型的平均含量随选育世代的增加呈现递增趋势,从侧面反映了人工选育在一定程度上富集了优良基因。此外,对微卫星位点进行了遗传相似性和遗传距离分析,结果显示,随着选育的进行,后续世代与F1的遗传距离有明显的增大趋势,遗传相似性减小,这符合育种的客观规律。但相邻世代间的遗传距离则逐代减小,遗传相似性逐代增大,说明人工选育将遗传相似性较大的群体保留下来了,这种相似性表现在表型上包括生长快、体重大、体长增加等。F1到F5代处于中度遗传多样性的稳定状态,说明群体还存在选育空间。 展开更多

关键词 优势基因型 富集 微卫星 单核苷酸多态性 翘嘴鳜

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大口黑鲈生长相关标记的聚合及其效果分析 被引量：4

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作者 李胜杰 姜鹏 +2 位作者 白俊杰 樊佳佳 费志平 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期962-968,共7页

为了解与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状相关分子标记优势基因型的聚合效果,研究选择先前已获得的13个与生长性状相关的分子标记,位于PCK1、HSBP1、FOXO3b、MYH、HSC70-1、CTSB、HBP、POU1F1、PACAP、IGF-I、ghrelin、Apoprot... 为了解与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状相关分子标记优势基因型的聚合效果,研究选择先前已获得的13个与生长性状相关的分子标记,位于PCK1、HSBP1、FOXO3b、MYH、HSC70-1、CTSB、HBP、POU1F1、PACAP、IGF-I、ghrelin、ApoproteinA1和MSTN基因上。在40尾亲本群体中对各标记的基因型进行检测,选择可聚合优势基因型最多的2对亲本分别构建家系。在9月龄时,从2个家系子代中分别采集305尾和266尾个体进行生长性状测量和各标记的基因型分析。家系1子代个体中含生长相关优势基因型的数量为0—6个,对应的个体数依次为8、26、75、74、76、35和11,对应的平均体质量依次为185.03、196.46、198.73、212.59、222.66、235.54和261.27 g。家系2子代个体中含生长相关优势基因型的数量为1—6个,对应的平均体质量依次为184.43、213.17、243.77、249.98、252.11和266.00 g。个体中生长相关优势基因型聚合数量多少与生长性状呈正相关,提示通过对生长相关优势基因型进行聚合可获得生长性状优良的大口黑鲈,为大口黑鲈分子标记辅助育种的应用提供科学依据。 展开更多

关键词 大口黑鲈 生长性状 分子标记 优势基因型 聚合

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