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1个侵染贵州火龙果的仙人指X病毒新的分离物基因组序列分析
1
作者
郑乾明
王小柯
马玉华
《贵州农业科学》
2025年第1期83-89,共7页
【目的】分离侵染贵州火龙果的仙人指X病毒(Schlumbergera virus X,SchVX)基因组全长序列,了解其系统进化和遗传变异,为开展贵州火龙果病毒检测和防控奠定基础。【方法】从前期开展的火龙果成熟茎全长转录组测序获得的转录本中筛选SchV...
【目的】分离侵染贵州火龙果的仙人指X病毒(Schlumbergera virus X,SchVX)基因组全长序列,了解其系统进化和遗传变异,为开展贵州火龙果病毒检测和防控奠定基础。【方法】从前期开展的火龙果成熟茎全长转录组测序获得的转录本中筛选SchVX相关序列,开展开放读码框(Open reading frame,ORF)预测、序列注释、一致率计算和系统进化分析。【结果】获得SchVX贵州火龙果分离物基因组序列,命名为SchVX-GZpitaya,基因组全长为6616 bp,5′和3′非翻译区(Untranslated region,UTR)长度分别为85 bp和101 bp。SchVX-GZpitaya与目前已报道SchVX分离物的基因组序列一致率为77.8%~78.4%,与其他侵染火龙果的马铃薯X病毒属病毒序列一致率为70.3%~73.0%。SchVX-GZpitaya编码的RNA依赖RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRP)与K11、Palma-PE、nopal verdura 1和DSMZ PV-0083分离物的氨基酸序列一致率为87.4%~88.3%,外壳蛋白(Coat protein,CP)的氨基酸序列一致率为87.1%~91.6%。基于全基因组或CP蛋白氨基酸序列的系统进化分析表明,SchVX-GZpitaya与目前已报道SchVX分离物的亲缘关系较近,但形成单独的一类。【结论】SchVX-GZpitaya是SchVX来自贵州火龙果的1个新分离物,其基因组序列与目前已报道的各类SchVX存在较大差异。
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关键词
火龙果
仙人指x病毒
外壳蛋白
序列一致率
系统进化关系
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职称材料
题名
1个侵染贵州火龙果的仙人指X病毒新的分离物基因组序列分析
1
作者
郑乾明
王小柯
马玉华
机构
贵州省果树科学研究所
农业农村部喀斯特山区作物基因资源与种质创新重点实验室
出处
《贵州农业科学》
2025年第1期83-89,共7页
基金
贵州省高层次创新型人才项目“百层次人才”(黔科合平台人才-GCC〔2022〕025-1)
贵州省科技计划项目“贵州山地特色果树种质资源库创新能力建设”(黔科合服企〔2021〕8)。
文摘
【目的】分离侵染贵州火龙果的仙人指X病毒(Schlumbergera virus X,SchVX)基因组全长序列,了解其系统进化和遗传变异,为开展贵州火龙果病毒检测和防控奠定基础。【方法】从前期开展的火龙果成熟茎全长转录组测序获得的转录本中筛选SchVX相关序列,开展开放读码框(Open reading frame,ORF)预测、序列注释、一致率计算和系统进化分析。【结果】获得SchVX贵州火龙果分离物基因组序列,命名为SchVX-GZpitaya,基因组全长为6616 bp,5′和3′非翻译区(Untranslated region,UTR)长度分别为85 bp和101 bp。SchVX-GZpitaya与目前已报道SchVX分离物的基因组序列一致率为77.8%~78.4%,与其他侵染火龙果的马铃薯X病毒属病毒序列一致率为70.3%~73.0%。SchVX-GZpitaya编码的RNA依赖RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRP)与K11、Palma-PE、nopal verdura 1和DSMZ PV-0083分离物的氨基酸序列一致率为87.4%~88.3%,外壳蛋白(Coat protein,CP)的氨基酸序列一致率为87.1%~91.6%。基于全基因组或CP蛋白氨基酸序列的系统进化分析表明,SchVX-GZpitaya与目前已报道SchVX分离物的亲缘关系较近,但形成单独的一类。【结论】SchVX-GZpitaya是SchVX来自贵州火龙果的1个新分离物,其基因组序列与目前已报道的各类SchVX存在较大差异。
关键词
火龙果
仙人指x病毒
外壳蛋白
序列一致率
系统进化关系
Keywords
pitaya
Schlumbergera virus
x
coat protein
sequence identity
phylogenetic relationship
分类号
S436.67 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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作者
出处
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1
1个侵染贵州火龙果的仙人指X病毒新的分离物基因组序列分析
郑乾明
王小柯
马玉华
《贵州农业科学》
2025
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