从头算法研究HEDP中质子传导机理

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作者 张鹏凡 沈春晖 刘超 《材料科学与工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期631-635,共5页

采用软件Hperchem中的从头算法研究HEDP(羟基亚乙基二膦酸)中质子的传递过程。本文选用了STO-3G、3-21G、6-31G、6-31G*、6-31G**为基组来优化HEDP的分子结构,实验结果表明6-31G为最优基组。利用该最优基组优化结构,得到HEDP单重态稳定... 采用软件Hperchem中的从头算法研究HEDP(羟基亚乙基二膦酸)中质子的传递过程。本文选用了STO-3G、3-21G、6-31G、6-31G*、6-31G**为基组来优化HEDP的分子结构,实验结果表明6-31G为最优基组。利用该最优基组优化结构,得到HEDP单重态稳定结构。通过H+与磷酸中P=O、P-O、P-O缔合得到HEDP的双重态稳定结构。分析H^+与上述三种环境中氧原子的结合能,结果表明H+与C-O中氧原子结合时,分子中多个氢原子处于被激活状态,具有较高能量,容易脱离体系形成H^+,这个过程有利于质子的传递。 展开更多

关键词 从头算法 氢键 质子传递 HEDP膦酸

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从头算法对甲基磺酸拉曼光谱振动频率指认

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作者 周霖 《石油化工》 CAS CSCD 北大核心 2002年第8期648-655,共8页

对液态的甲基磺酸进行了拉曼光谱测定。采取从头算法用各种不同的基组 (最大的基组为MP2 / 6 -311+G( 2d ,2 p) )对甲基磺酸的结构和光谱进行了计算 ,得到了甲基磺酸的结构参数及稳定构象信息。采用一个具有Ci 对称的二聚体模型解释了... 对液态的甲基磺酸进行了拉曼光谱测定。采取从头算法用各种不同的基组 (最大的基组为MP2 / 6 -311+G( 2d ,2 p) )对甲基磺酸的结构和光谱进行了计算 ,得到了甲基磺酸的结构参数及稳定构象信息。采用一个具有Ci 对称的二聚体模型解释了甲基磺酸的液态光谱。对单体和二聚体的甲基磺酸进行了简正坐标计算 ,结果表明二聚体结构是液态甲基磺酸聚积态分子的合理模型。 展开更多

关键词 从头算法 对甲基磺酸 拉曼光谱 振动频率 结构参数 二聚体结构 简正坐标计算

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高级量子化学从头计算法研究N_2和H_2O分子间相互作用 被引量：7

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作者 张愚 王一波 +1 位作者 孙泽民 田安民 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2000年第1期99-104,共6页

在 MP2 / 6-3 1 1 + + G(3 d,3 p)电子相关校正水平上 ,对 N2 和 H2 O分子间可能存在的氢键复合物进行全自由度能量梯度优化 ,发现了一个接近于直线的弱氢键总能量极小结构 (1 ) ,进一步在高级电子相关校正的 MP4SDTQ和 CCSD(T)水平 ,用... 在 MP2 / 6-3 1 1 + + G(3 d,3 p)电子相关校正水平上 ,对 N2 和 H2 O分子间可能存在的氢键复合物进行全自由度能量梯度优化 ,发现了一个接近于直线的弱氢键总能量极小结构 (1 ) ,进一步在高级电子相关校正的 MP4SDTQ和 CCSD(T)水平 ,用 6-3 1 1 + + G(3 d,3 p)基组加上 (3 s3 p2 d1 f)键函数 ,用 MP4和 CCSD(T)计算的结构 1的结合能分别为 -5 .0 61 k J/ mol和 -4 .71 5 k J/ mol. 展开更多

关键词 氮气 水分子 量子化学 从头算法 分子间作用

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基于RNA-Seq数据集的转录组从头拼接算法

4

作者 武思文 李静 张少强 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2018年第12期308-312,共5页

转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分。为了提高转录组拼接的精度和效率,文中提出了一种新的转录组从头拼接算法StepLink。该算法的主要创新点是提出了最左k-mer(长度为k的短序)和右k-mer的概念,并运用双重哈希表... 转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分。为了提高转录组拼接的精度和效率,文中提出了一种新的转录组从头拼接算法StepLink。该算法的主要创新点是提出了最左k-mer(长度为k的短序)和右k-mer的概念,并运用双重哈希表来存储相邻的每对k-mer,使得拼接更加迅速、准确。应用该算法对SRA数据库中人、狗和老鼠的测序数据分别进行拼接,结果表明该算法比其他已有算法更高效。 展开更多

关键词 转录组 RNA-SEQ K-mer 从头拼接算法

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对全金属La_4^(2-)团簇芳香性的从头算理论研究

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作者 刘勇 祁红艳 +3 位作者 罗亚文 胡君 黄晓明 池贤兴 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期66-70,共5页

我们将芳香性扩展到全金属阴离子团簇La2-4.运用从头算方法(B3LYP/LANL2DZ,B3PW91/LANL2DZ and MP2/LANL2DZ)进行了结构优化.计算结果显示,阴离子团簇有两个同分异构体,一个是C2v结构,另一个是正方形D4h结构.进一步对能量的分析得出,D4... 我们将芳香性扩展到全金属阴离子团簇La2-4.运用从头算方法(B3LYP/LANL2DZ,B3PW91/LANL2DZ and MP2/LANL2DZ)进行了结构优化.计算结果显示,阴离子团簇有两个同分异构体,一个是C2v结构,另一个是正方形D4h结构.进一步对能量的分析得出,D4h结构比C2v结构更稳定.对最稳定的D4h结构计算了核独立位移(NICS),结果显示正方形的La2-4环呈现强芳香性.详细的分子轨道(Mos)分析揭示正方形的La2-4环拥有四个独立的离域化成键系统,每一个系统拥有两个电子,分别满足4n+2芳香性电子计算规则,因此呈现四重芳香性. 展开更多

关键词 从头算法 芳香性 磁化率 核独立位移

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H＋NF_2→NF（α）＋HF反应的从头算研究

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作者 郭敬忠 邓从豪 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1996年第12期1904-1908,共5页

本文用量子化学从头算法对Ｈ＋ＮＦ_２→ＮＦ（α）＋ＨＦ反应进行了理论研究，采用ＭＰ_２（ＦＵＬＬ）／６－３１Ｇ（ｄ）方法计算了反应物、产物、中间体和过渡态的构型参数和振动频率，然后用Ｇａｕｓｓｉａｎ－２理论计算了各物种... 本文用量子化学从头算法对Ｈ＋ＮＦ_２→ＮＦ（α）＋ＨＦ反应进行了理论研究，采用ＭＰ_２（ＦＵＬＬ）／６－３１Ｇ（ｄ）方法计算了反应物、产物、中间体和过渡态的构型参数和振动频率，然后用Ｇａｕｓｓｉａｎ－２理论计算了各物种的精确能量，计算结果表明：反应在单重态势能面上进行，电子激发态ＮＦ（α）通过复合－消除机理产生，用Ｇ２理论计算２９８Ｋ下反应的焓变为－１１９．４ｋＪ／ｍｏｌ，过渡态比反应物能量低９８．４ｋＪ／ｍｏｌ．中间体ＨＮＦ２是势能面的最低点，比反应物的能量低３１３．５ｋＪ／ｍｏｌ． 展开更多

关键词 从头算法 反应机理 G2理论 NF 自由基

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浮选剂苯甲羟肟酸的量子化学研究 被引量：15

7

作者 夏启斌 李忠 +1 位作者 邱显扬 戴子林 《矿冶工程》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期30-33,共4页

用量子化学的从头算法 (abinition算法 )计算苯甲羟肟酸和苯甲氧肟酸分子模型 ,计算结果表明 ,苯甲羟肟酸分子为平面分子而苯甲氧肟酸为非平面分子 ,两者可以共存 ,苯甲氧肟酸比苯甲羟肟酸要稳定。当苯甲羟肟酸和苯甲氧肟酸与矿物表面... 用量子化学的从头算法 (abinition算法 )计算苯甲羟肟酸和苯甲氧肟酸分子模型 ,计算结果表明 ,苯甲羟肟酸分子为平面分子而苯甲氧肟酸为非平面分子 ,两者可以共存 ,苯甲氧肟酸比苯甲羟肟酸要稳定。当苯甲羟肟酸和苯甲氧肟酸与矿物表面的金属离子螯合时 ,与金属离子易形成O ,O五元环螯合物 ,而不是O ,N四元环螯合物。相对于乙羟肟酸 (乙氧肟酸 ) ,苯甲羟肟酸 (苯甲氧肟酸 )与矿物静电作用变小 ,正配键的能力降低 ,接受电子形成反馈键能力增强 ,使苯甲羟肟酸 (苯甲氧肟酸 )选择性提高。 展开更多

关键词 苯甲羟肟酸 苯甲氧肟酸 从头算法(ab inifion算法) 选择性

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基于第一性原理的固氦零点振动能的量子理论计算 被引量：6

8

作者 郑兴荣 李高清 +2 位作者 贾利平 孟军霞 李杨 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1100-1106,共7页

基于第一性原理,运用原子团簇理论和Hartree-Fock Self-Consistent-Field从头算法计算了高压固氦hcp结构在平衡位置r=1.75-2.6附近的原子相互作用能,并使用1stOpt软件拟合出固氦的零点振动频率,得到零点振动能、Gruneisen系数及零点振... 基于第一性原理,运用原子团簇理论和Hartree-Fock Self-Consistent-Field从头算法计算了高压固氦hcp结构在平衡位置r=1.75-2.6附近的原子相互作用能,并使用1stOpt软件拟合出固氦的零点振动频率,得到零点振动能、Gruneisen系数及零点振动压强,最后与实验值做了比较.结果表明:固氦晶体在其各自平衡位置附近的运动可近似为简谐振动;固氦晶体的零点振动频率随着摩尔体积的增大而减小;零点振动能占多体相互总能的比例超过5%,已不可忽略,其比例随摩尔体积的增加而增大;零点振动能随原子间距和摩尔体积的增大而减小;Gruneisen系数随着摩尔体积的增大而增大,并始终处于1和2之间;零点振动引起的压强与实验值曲线趋势完全一致,但比实验值稍小,零点振动压强对总压强的贡献随着摩尔体积的增大由8%增大到50%左右,由此引起的零点振动压强值的贡献越来越大. 展开更多

关键词 固氦 HARTREE-FOCK Self-Consistent-Field从头算法 1stOpt软件 零点振动能 零点振动频率 Gruneisen系数 零点振动压强

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CH2O＋O[^3P]→CHO＋OH反应途径和变分速率常数 被引量：4

9

作者 李会英 冯文林 +2 位作者 冀永强 徐振峰 雷鸣 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第5期446-450,共5页

采用QCISD/6-311G犤d,p犦从头算方法,优化了吸氢反应CH2O+O犤3P犦→CHO+OH的反应物、过渡态和产物的几何结构,并用QCISD(t,full)/6-311G//QCISD/6-311G方法对各驻点进行了单点校正,得出正逆反应的活化位垒分别为38.86kJ·mol-1和67.... 采用QCISD/6-311G犤d,p犦从头算方法,优化了吸氢反应CH2O+O犤3P犦→CHO+OH的反应物、过渡态和产物的几何结构,并用QCISD(t,full)/6-311G//QCISD/6-311G方法对各驻点进行了单点校正,得出正逆反应的活化位垒分别为38.86kJ·mol-1和67.23kJ·mol-1.IRC(内禀反应坐标)分析指出,该反应是一个C-H键断裂和H-O键生成协同进行的反应,而且在反应途径上存在一个引导反应进行的振动模式,其引导反应进行s区间为-0.4～0.75(amu)1/2.在1300～2270K温度范围内运用改进的变分过渡态理论(ICVT),计算了反应速率常数,与实验结果相当一致. 展开更多

关键词 反应途径 甲醛 三线态氧 速率常数 从头算法 变分过渡态理论 反应动力学

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用四极矩展开方法计算H_2-H_2的相互作用对势 被引量：2

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作者 张红 程新路 +2 位作者 孙书祺 李娟 胡栋 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期546-548,共3页

利用四极矩展开方法将H2 -H2 的相互作用对势对几种特殊构型进行展开 ,用从头算分子结构程序计算这些构型下的相互作用势 ,由此近似得出H2 -H2 的相互作用对势 ,并对不同的展开方法进行了比较研究。

关键词 氩分子 对势 四极矩展开方法 从头算法

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氯代有机化合物的结构与发光菌毒性的定量构效关系 被引量：3

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作者 李钦玲 杨玉良 张升书 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2016年第3期79-84,共6页

运用HypeChem7.0软件,采用从头算(ab initio)的3-21G基组对80个氯代有机物化合物的量子化学参数进行计算,将计算得到的量化参数作为描述符引入QSAR研究,用多元线性回归法建立了80个氯代有机化合物(包括脂肪族、苯、甲苯、酚和胺的氯代物... 运用HypeChem7.0软件,采用从头算(ab initio)的3-21G基组对80个氯代有机物化合物的量子化学参数进行计算,将计算得到的量化参数作为描述符引入QSAR研究,用多元线性回归法建立了80个氯代有机化合物(包括脂肪族、苯、甲苯、酚和胺的氯代物)对发光菌毒性的预测模型,相关系数R=0.952,并根据模型对化合物的结构与急毒性的作用机理进行了分析. 展开更多

关键词 氯代有机化合物 量子化学参数 发光菌毒性 多元线性回归 从头算法

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氨基硝基苯并二氧化呋咱结构的密度泛函理论研究 被引量：1

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作者 周红萍 董海山 +1 位作者 郝莹 宋华杰 《爆炸与冲击》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第5期396-400,共5页

在B3LYP/6 31G 水平下用密度泛函理论(DFT)全优化了氨基硝基苯并二氧化呋咱(CL 18)的分子几何构型,进行了电子结构计算。分析了红外振动频率并以0.96加以校正,通过比较,计算值与实测值符合较好。结果表明,CL 18分子骨架为平面构型。从... 在B3LYP/6 31G 水平下用密度泛函理论(DFT)全优化了氨基硝基苯并二氧化呋咱(CL 18)的分子几何构型,进行了电子结构计算。分析了红外振动频率并以0.96加以校正,通过比较,计算值与实测值符合较好。结果表明,CL 18分子骨架为平面构型。从集居数分析发现氧化呋咱环内的NO键最弱,预示该部位易引发分解和起爆。AM1、MINDO/3、MINDO、MINDO d方法不适于CL 18生成热计算,PM3方法较适用。 展开更多

关键词 物理化学 密度泛函理论 从头算法 氨基硝基苯并二氧化呋咱 分子构型 红外光谱

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ClONO_2和OH自由基反应机理的研究

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作者 田燕 王莉 袁立丽 《合肥工业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1386-1390,共5页

文章运用CBS-QB3的理论方法对ClONO2和OH自由基反应机理进行了研究。研究结果表明在反应体系中存在一个直接抽取的反应机理;共研究了5个产物通道,其中通过反应路径ClONO2+OH→TS1/TS2→P1得到的产物HOCl+NO3(P1)为反应体系的主要产物;在... 文章运用CBS-QB3的理论方法对ClONO2和OH自由基反应机理进行了研究。研究结果表明在反应体系中存在一个直接抽取的反应机理;共研究了5个产物通道,其中通过反应路径ClONO2+OH→TS1/TS2→P1得到的产物HOCl+NO3(P1)为反应体系的主要产物;在CBS-QB3水平上得到的TS2的相对能量要比TS1的高74.24kJ/mol,因此该反应体系的主要反应路径为ClONO2+OH→TS1→P1。用过渡态理论对该主要反应路径的速率常数进行计算,计算得到的速率常数与已有的实验值接近。 展开更多

关键词 OH自由基 ClONO2 从头算法 势能面 速率常数

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CH_3＋OH→CH_2＋H_2O的反应途径及动态学计算

14

作者 马思渝 刘若庄 李宗和 《北京师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 1994年第2期243-248,共6页

用从头算ＵＨＦ／６－３１Ｇ方法计算ＣＨ３＋ＯＨ→ＣＨ２＋Ｈ２Ｏ的反应途径，在此基础上计算沿反应途径的动态学性质及正则变分过渡态理论的速率常数，同时进行隧道效应的校正。结果表明，变分过渡态方法和隧道效应校正对该反应体系... 用从头算ＵＨＦ／６－３１Ｇ方法计算ＣＨ３＋ＯＨ→ＣＨ２＋Ｈ２Ｏ的反应途径，在此基础上计算沿反应途径的动态学性质及正则变分过渡态理论的速率常数，同时进行隧道效应的校正。结果表明，变分过渡态方法和隧道效应校正对该反应体系效果明显，其中小曲率近似的隧道效应校正效果更好一些。 展开更多

关键词 甲基 反应动态学 从头算法

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Bi4B2O9晶体及其熔体结构的高温原位拉曼光谱研究 被引量：1

15

作者 徐琰东 尤静林 +6 位作者 王建 龚晓晔 丁雅妮 曹培明 郑少波 吴永全 余仲达 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第10期2143-2148,共6页

利用密度泛函理论计算了Bi4B2O9晶体的常温拉曼光谱,并通过与实验拉曼光谱对比,对其振动模式进行了归属.利用高温原位拉曼光谱研究了Bi4B2O9从常温到750℃升温过程中微结构的变化.随着温度的升高,晶体的平均键长变长,键角分布变宽,熔化... 利用密度泛函理论计算了Bi4B2O9晶体的常温拉曼光谱,并通过与实验拉曼光谱对比,对其振动模式进行了归属.利用高温原位拉曼光谱研究了Bi4B2O9从常温到750℃升温过程中微结构的变化.随着温度的升高,晶体的平均键长变长,键角分布变宽,熔化后晶体中的BiO4和BiO5多面体解体,BO3构型则保持三配位不变.运用量子化学从头算法模拟了Bi4B2O9的熔体结构并与实验拉曼光谱进行了对比分析,发现在Bi4B2O9熔体中B原子团簇为孤立的BO3构型,Bi^3+游离于BO3之间,并结合未参与形成BO3的O原子起到平衡电荷的作用. 展开更多

关键词 Bi4B2O9晶体 高温原位拉曼光谱 熔体微结构 从头算法

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H_2O+H→OH+H_2反应的理论研究

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作者 许贤忠 李宗和 +1 位作者 马思渝 刘若庄 《北京师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 1997年第4期513-516,共4页

对H2O＋H→OH＋H2反应，用从头算方法（UMP4／6－31G**）作了IRC解析，计算活化能与实验值相符．在沿IRC动态学分析的基础上，用传统过渡态理论、变分过渡态理论及相应隧道效应校正计算反应速率常数，获得了与实验值一致的结果．

关键词 内禀反应坐标 反应速率常数 水 氢 从头算法

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丁烯/丁醇异构体低温氧化Waddington反应机制理论研究

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作者 赵倩 李阳 +2 位作者 Mani Sarathy 黄佐华 张英佳 《燃烧科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期540-548,共9页

Waddington机理是烯烃和醇类异构体低温氧化机理建模的重要组成部分.针对丁烯/丁醇异构体,系统研究了低温氧化过程的Waddington动力学机制.基于量子化学原理,对该反应机制下的反应速率常数和物种热力学性质进行计算.基于过渡态理论,结合... Waddington机理是烯烃和醇类异构体低温氧化机理建模的重要组成部分.针对丁烯/丁醇异构体,系统研究了低温氧化过程的Waddington动力学机制.基于量子化学原理,对该反应机制下的反应速率常数和物种热力学性质进行计算.基于过渡态理论,结合RRKM/ME方法,获得目标体系温度-/压力依赖的速率系数.在统计热力学的基础上,计算了所有关键物种温度相关的内能、生成焓、熵和热容等热力学量.与文献结果比较发现,异丁烯(R4和R5体系)的动力学与热力学参数均与文献值吻合较好.该理论计算结果可直接用于丁烯和丁醇异构体低温氧化动力学模型构建. 展开更多

关键词 Waddington机制 丁烯/丁醇异构体 从头算法 速率系数 热力学参数

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低指标Pt晶面CO吸附位置及结合能

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作者 麻博远 邱新平 雷敏生 《江西师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2003年第1期18-21,共4页

用从头算法,对CO在Pt(100)和Pt(111)晶面的顶位吸附进行了理论研究.研究表明:CO在Pt(100)和Pt(111)晶面顶位吸附的几何构型和振动波数不依赖晶面原子簇模型的选择.CO在两个晶面的吸附结合能分别为222kJ/mol和175kJ/mol,计算结果与近期... 用从头算法,对CO在Pt(100)和Pt(111)晶面的顶位吸附进行了理论研究.研究表明:CO在Pt(100)和Pt(111)晶面顶位吸附的几何构型和振动波数不依赖晶面原子簇模型的选择.CO在两个晶面的吸附结合能分别为222kJ/mol和175kJ/mol,计算结果与近期发表的热力学实验数据吻合. 展开更多

关键词 Pt晶面 CO 吸附位置 从头算法 表面原子簇模型 顶位吸附 吸附结合能 一氧化碳 铂

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