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新型亲和去垢小柱净化-液相色谱-串联质谱法分析水稻叶片蛋白质组
被引量：
7
1
作者
曹晓林
巩佳第
+3 位作者
陈铭学
于莎莎
卞英芳
曹赵云
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第11期1181-1186,共6页
采用亲和去垢小柱净化,建立了水稻叶片蛋白质组的纳升液相色谱-串联质谱分析方法。水稻叶片蛋白质分别采用酚提取法结合十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)裂解,裂解液经亲和去垢小柱净化,酶解肽段用纳升液相色谱-线性离子阱/...
采用亲和去垢小柱净化,建立了水稻叶片蛋白质组的纳升液相色谱-串联质谱分析方法。水稻叶片蛋白质分别采用酚提取法结合十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)裂解,裂解液经亲和去垢小柱净化,酶解肽段用纳升液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱(nanoLC-LTQ/Orbitrap MS)分析,相关数据库检索鉴定。比较了超滤辅助样品制备法(FASP法)、亲和去垢小柱法和丙酮沉淀法对SDS去除效率及对蛋白质鉴定结果的影响。结果表明:3种方法均有较好的SDS去除效果(去除效率均大于95%);尽管3种方法鉴定的蛋白质种类具有一定的互补性,但以亲和去垢小柱法鉴定的蛋白质数目最多,为563种,远多于FASP法和丙酮沉淀法的196和306种;此外,亲和去垢小柱法适合于各种相对分子质量和不同pI值蛋白质的净化,而FASP法和丙酮沉淀法中不同相对分子质量和pI值蛋白质均有类似程度的损失。采用本文建立的方法,一次进样分析可鉴定出水稻叶片蛋白质多达588种;肽段匹配数≥2的296个蛋白质的生物学功能主要分为结合活性、酶活性、转移运输活性和结构组成等。该蛋白质分析方法可为开展水稻蛋白质组学研究提供技术参考。
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关键词
亲和去垢小柱
纳升液相色谱-线性离子阱/
静电场轨道阱组合式高分辨质谱
鸟枪法
蛋白质组学
水稻叶片
十二烷基硫酸钠
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职称材料
题名
新型亲和去垢小柱净化-液相色谱-串联质谱法分析水稻叶片蛋白质组
被引量：
7
1
作者
曹晓林
巩佳第
陈铭学
于莎莎
卞英芳
曹赵云
机构
中国水稻研究所
出处
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第11期1181-1186,共6页
基金
中央级公益性科研院所基本科研业务专项(CNRRI2012RG007-2)
国家粮油作物产品质量安全风险评估项目(GJFP2014006)
文摘
采用亲和去垢小柱净化,建立了水稻叶片蛋白质组的纳升液相色谱-串联质谱分析方法。水稻叶片蛋白质分别采用酚提取法结合十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)裂解,裂解液经亲和去垢小柱净化,酶解肽段用纳升液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱(nanoLC-LTQ/Orbitrap MS)分析,相关数据库检索鉴定。比较了超滤辅助样品制备法(FASP法)、亲和去垢小柱法和丙酮沉淀法对SDS去除效率及对蛋白质鉴定结果的影响。结果表明:3种方法均有较好的SDS去除效果(去除效率均大于95%);尽管3种方法鉴定的蛋白质种类具有一定的互补性,但以亲和去垢小柱法鉴定的蛋白质数目最多,为563种,远多于FASP法和丙酮沉淀法的196和306种;此外,亲和去垢小柱法适合于各种相对分子质量和不同pI值蛋白质的净化,而FASP法和丙酮沉淀法中不同相对分子质量和pI值蛋白质均有类似程度的损失。采用本文建立的方法,一次进样分析可鉴定出水稻叶片蛋白质多达588种;肽段匹配数≥2的296个蛋白质的生物学功能主要分为结合活性、酶活性、转移运输活性和结构组成等。该蛋白质分析方法可为开展水稻蛋白质组学研究提供技术参考。
关键词
亲和去垢小柱
纳升液相色谱-线性离子阱/
静电场轨道阱组合式高分辨质谱
鸟枪法
蛋白质组学
水稻叶片
十二烷基硫酸钠
Keywords
affinity detergent removal spin column （DRSC）
nanoflow liquid chromatography hybrid linear trap quadrupole orbitrap mass spectrometry （ nanoLC-LTQ/Orbitrap ）
shotgun
proteomics
rice leaves
sodium dodecyl sulfate （SDS）
分类号
O658 [理学—分析化学]
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出处
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1
新型亲和去垢小柱净化-液相色谱-串联质谱法分析水稻叶片蛋白质组
曹晓林
巩佳第
陈铭学
于莎莎
卞英芳
曹赵云
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2014
7
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