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重亚硫酸氢盐测序法检测Wnt信号通路抑制基因在急性早幼粒细胞白血病细胞中甲基化变化 被引量:8
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作者 晏建国 付海英 +5 位作者 沈建箴 周华蓉 张媛媛 黄劲龙 陈聪杰 黄思晗 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期1299-1304,共6页
目的:应用重亚硫酸氢盐测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP)检测急性早幼粒细胞白血病细胞株(NB4)Wnt信号通路抑制基因启动子区CPG岛的甲基化状态,筛选NB4细胞中高甲基化的Wnt信号通路抑制基因,并探讨BSP法作为定量研究基因甲基化方... 目的:应用重亚硫酸氢盐测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP)检测急性早幼粒细胞白血病细胞株(NB4)Wnt信号通路抑制基因启动子区CPG岛的甲基化状态,筛选NB4细胞中高甲基化的Wnt信号通路抑制基因,并探讨BSP法作为定量研究基因甲基化方法的优缺点。方法:以NB4细胞为研究对象,20例健康人单个核细胞为对照;常规提取DNA并用亚硫酸氢盐处理,然后用PCR扩增目标序列,应用重亚硫酸氢盐测序法(BSP)分析在NB4细胞中Wnt信号通路抑制基因基因的甲基化状态。并通过与甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,M SP)、焦磷酸测序技术(pyrosequencing)比较、评价BSP法检测NB4细胞Wnt信号通路抑制基因甲基化状态的优缺点。结果:BSP产物克隆测序检测NB4细胞Wnt信号通路抑制基因甲基化发生率分别为:WIF-1基因95.26%,DKK3基因86%,SFRP1基因81.67%,SFRP2基因95.71%,SFRP4基因85%,SFRP5基因95%;20例健康人单个核细胞为对照组中Wnt信号通路抑制基因甲基化发生率分别为:WIF-1基因1.5%,DKK3基因4.2%,SFRP1基因0%,SFRP2基因0.9%,SFRP4基因2.5%,SFRP5基因1.75%。与正常人M NC相比,NB4细胞的Wnt信号通路相关抑制基因启动子甲基化率明显增高。结论:急性早幼粒细胞株NB4细胞中存在Wnt信号通路多个抑制基因高甲基化状态。此类基因异常甲基化有可能成为急性早幼粒细胞白血病的早期诊断指标和治疗靶点。 展开更多
关键词 亚硫酸氢盐测序 Wnt信号通路抑制基因 基因甲基化 急性早幼粒细胞白血病 NB4细胞
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利用人类全基因组亚硫酸氢盐测序数据检测CNVs的研究 被引量:1
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作者 徐丹同 王祎菲 +6 位作者 蔡佳丽 龚文滔 潘向春 田雨晗 沈箐鹏 李加琪 袁晓龙 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期324-340,共17页
DNA甲基化异常可能导致拷贝数变异(copy number variants,CNVs)的发生,而CNVs的发生又可能改变DNA甲基化水平。全基因组亚硫酸氢盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术能够获得DNA水平的测序数据,具有挖掘CNVs的潜力和优... DNA甲基化异常可能导致拷贝数变异(copy number variants,CNVs)的发生,而CNVs的发生又可能改变DNA甲基化水平。全基因组亚硫酸氢盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术能够获得DNA水平的测序数据,具有挖掘CNVs的潜力和优势,但利用WGBS数据挖掘CNVs的效果尚不清楚。本研究选取了5款检测CNVs不同策略的软件(BreakDancer、cn.mops、CNVnator、DELLY、Pindel),基于人类的真实(2.62 billion reads)和模拟(12.35 billion reads)测序数据,进行150次CNVs检测,评估CNVs检出数量、精确率、召回率、相对检出能力、内存占用和运行时间等指标,旨在讨论利用WGBS数据检测CNVs的最佳方案。基于真实WGBS数据,Pindel检出缺失型和重复型CNVs的数量最多,CNVnator对缺失型CNVs的检测精确率最高,cn.mops对重复型CNVs的检测精确率最高,Pindel对缺失型CNVs的召回率最高,cn.mops对重复型CNVs的召回率最高。基于模拟WGBS数据,BreakDancer检出缺失型CNVs数量最多,cn.mops检出重复型CNVs数量最多,CNVnator对缺失型和重复型CNVs的检测精确率和召回率均为最高。与全基因组测序数据相比,CNVnator在真实和模拟WGBS数据中检出CNVs的能力与之相当。此外,DELLY和BreakDancer的内存占用峰值和CPU运行时间最小,CNVnator的内存占用峰值和CPU运行时间最大。结果表明,利用WGBS数据检测CNVs具有可行性,使用CNVnator和cn.mops在WGBS数据上检测CNVs的准确率较高,这些工作为利用WGBS数据深入研究CNVs和DNA甲基化之间的相互关系提供一定的参考和帮助。 展开更多
关键词 全基因组亚硫酸氢盐测序 拷贝数变异 软件评估
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亚硫酸氢盐-基因组测序法在检测基因异常甲基化中的应用 被引量:2
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作者 陈立军 王玮 +2 位作者 于利人 倪虹 呼文亮 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2006年第22期1280-1283,共4页
目的:介绍一种准确、敏感的检测多个标本、多个CG二核苷酸甲基化状态的方法。即亚硫酸氢盐-基因组测序法(BisulfiteGenomicSequencing,BGS)。方法:单链DNA的胞嘧啶可被亚硫酸氢盐修饰转变成尿嘧啶,而5'甲基胞嘧啶仍保持不变。这种... 目的:介绍一种准确、敏感的检测多个标本、多个CG二核苷酸甲基化状态的方法。即亚硫酸氢盐-基因组测序法(BisulfiteGenomicSequencing,BGS)。方法:单链DNA的胞嘧啶可被亚硫酸氢盐修饰转变成尿嘧啶,而5'甲基胞嘧啶仍保持不变。这种修饰处理可在甲基化和非甲基化基因组DNA间产生DNA序列差异,而这种DNA序列差异可通过BGS法较为灵敏地筛查出。利用该原理检测肝癌细胞AFP基因启动子区CG二核苷酸甲基化状态。结果:在癌细胞中发现两种异常甲基化,即高度甲基化及部分甲基化。结论:BGS法在基因甲基化检测中将有很大的应用潜能,为探讨肿瘤发生机制提供了新的分子分析方向。 展开更多
关键词 亚硫酸-基因组 甲基化 甲胎蛋白
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DNA甲基化检测中亚硫酸氢盐修饰方法的改进与评价 被引量:1
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作者 叶松山 刘先娟 +2 位作者 侯俊然 毛秉豫 邱耕 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期611-615,共5页
目的:建立一种快速便捷的亚硫酸氢盐修饰DNA方法用于DNA甲基化检测。方法:提高亚硫酸氢盐浓度及修饰温度、缩短修饰时间并用玻璃奶回收DNA改进DNA修饰方法,用亚硫酸氢盐测序法分析MAGE-A3基因和DAP-K基因目的片段中胞嘧啶转化为胸腺嘧... 目的:建立一种快速便捷的亚硫酸氢盐修饰DNA方法用于DNA甲基化检测。方法:提高亚硫酸氢盐浓度及修饰温度、缩短修饰时间并用玻璃奶回收DNA改进DNA修饰方法,用亚硫酸氢盐测序法分析MAGE-A3基因和DAP-K基因目的片段中胞嘧啶转化为胸腺嘧啶的效率,评价改进方法与传统方法、试剂盒方法对DNA的修饰效果。结果:改进的方法可将操作过程缩短到3 h左右;非甲基化的胞嘧啶到胸腺嘧啶的转化率超过99%,与传统方法、试剂盒方法相比差异无统计学意义(χ~2=0.0564,P>0.05);只针对非甲基化的胞嘧啶进行转化修饰,而在对甲基化胞嘧啶过度修饰为胸腺嘧啶方面与传统方法无统计学差异(χ~2=0.0149,P>0.05)。结论:改进的亚硫酸氢盐DNA修饰方法修饰效率高,对甲基化的胞嘧啶过度修饰影响不显著,且具有节省时间,操作简便等优点。 展开更多
关键词 DNA甲基化 表观遗传学 亚硫酸氢盐测序 DNA修饰
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乌珠穆沁羊生长分化因子11基因外显子1序列CpG位点的甲基化模式分析 被引量:5
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作者 何小龙 李蓓 +6 位作者 付绍印 刘永斌 祁云霞 王标 特日格勒 荣威恒 达赖 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第2期333-339,共7页
为了探讨乌珠穆沁羊生长分化因子11(growth differentiation factor 11,GDF11)基因外显子1的甲基化模式,本研究采用亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)的方法对普通乌珠穆沁羊和多脊椎乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1的甲基化水平进行检测,通过检测发... 为了探讨乌珠穆沁羊生长分化因子11(growth differentiation factor 11,GDF11)基因外显子1的甲基化模式,本研究采用亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)的方法对普通乌珠穆沁羊和多脊椎乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1的甲基化水平进行检测,通过检测发现普通乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1的平均甲基化率为0.123,多脊椎乌珠穆沁羊的平均甲基化率为0.569,差异显著性检验表明这两组数据间差异极显著(P<0.01),即多脊椎乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1中的CpG甲基化率极显著高于普通乌珠穆沁羊(P<0.01)。通过分析GDF11基因外显子1的13个CpGs位点发现,多脊椎乌珠穆沁羊CpG_11和CpG_13位点的甲基化率值最高,达到90%,推测这两个位点的甲基化可能与乌珠穆沁羊的脊椎数增加有关,是导致多脊椎发生的主要原因。 展开更多
关键词 乌珠穆沁羊 GDF11基因 CpG位点 甲基化 亚硫酸氢盐测序
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DNA甲基化修饰对金钱鱼卵巢Cyp17a1表达水平的影响 被引量:1
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作者 周一帆 江政霆 +5 位作者 李雨 焦开智 潘书慧 许芮 李广丽 江东能 《广东海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期46-53,共8页
【目的】分析DNA甲基化修饰对金钱鱼(Scatophagus argus)卵巢Cyp17a1表达的影响,进一步认识卵巢发育成熟相关基因表达的调控机制。【方法】分别取卵巢发育III、IV期的金钱鱼,以及投喂添加0(对照)、50、100μg/g雌二醇饲料30 d的2龄雌鱼,... 【目的】分析DNA甲基化修饰对金钱鱼(Scatophagus argus)卵巢Cyp17a1表达的影响,进一步认识卵巢发育成熟相关基因表达的调控机制。【方法】分别取卵巢发育III、IV期的金钱鱼,以及投喂添加0(对照)、50、100μg/g雌二醇饲料30 d的2龄雌鱼,用MethPrimer软件分析其Cyp17a1基因CpG二核苷酸位点分布特征,并预测CpG岛;采用亚硫酸氢盐测序法检测不同发育时期卵巢以及投喂雌二醇个体卵巢中的Cyp17a1的DNA甲基化修饰水平,并用实时荧光定量PCR分析Cyp17a1基因表达水平。【结果】金钱鱼Cyp17a1翻译起始位点2000 bp后无CpG岛,取第1外显子含有5个CpG位点(翻译起始位点后106、116、129、148和203 bp处)的区域用于DNA甲基化水平检测。金钱鱼III期卵巢Cyp17a1外显子1的DNA甲基化修饰水平显著高于IV期卵巢(P<0.05),与其mRNA表达水平呈负相关。116、129和203 bp处DNA甲基化存在发育时期差异,但106和148 bp处差异不显著(P>0.05)。投喂雌二醇后,金钱鱼卵巢Cyp17a1 mRNA表达水平和第1外显子CpG富集区域整体DNA甲基化修饰水平无显著变化(P>0.05),但雌激素处理雌鱼翻译起始位点后148、203 bp处甲基化水平明显上升(P<0.05)。【结论】金钱鱼卵巢Cyp17a1第一个外显子CpG富集区的整体甲基化水平与基因表达呈负相关,饲料E2可上调Cyp17a1第一个外显子148、205 bp处甲基化水平,表明甲基化修饰参与金钱鱼Cyp17a1的表达调控。 展开更多
关键词 金钱鱼 Cyp17a1 基因表达 亚硫酸氢盐测序 DNA甲基化
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WT1和FGF9基因在克隆猪隐睾中mRNA表达和DNA甲基化状态分析 被引量:3
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作者 李芳芳 戴建军 +5 位作者 吴彩凤 张树山 张德福 顾晓龙 吴鋆龙 王昕 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期918-925,共8页
为探究本课题组获得的2头体细胞克隆猪隐睾症形成的可能原因,本研究利用相对荧光定量PCR技术检测了WT1和FGF9基因在睾丸组织中mRNA表达量变化,同时利用亚硫酸氢盐测序法分析了其启动子区CpG岛甲基化状态。结果表明:WT1和FGF9基因在2头... 为探究本课题组获得的2头体细胞克隆猪隐睾症形成的可能原因,本研究利用相对荧光定量PCR技术检测了WT1和FGF9基因在睾丸组织中mRNA表达量变化,同时利用亚硫酸氢盐测序法分析了其启动子区CpG岛甲基化状态。结果表明:WT1和FGF9基因在2头克隆猪睾丸中表达量均高于对照组,其中克隆猪C1中2个基因的表达量与对照组相比差异明显(3.49、9.83 vs 1.00)。亚硫酸氢盐测序结果显示,WT1基因启动子区在克隆猪C1和C2中的甲基化程度没有明显变化,而FGF9基因启动子区2个CpG岛在克隆猪C1中甲基化程度高于对照猪N(94.54%vs 18.18%,71.11%vs 26.67%),而在克隆猪C2中不明显。综上表明:WT1基因的异常表达可能是引起克隆猪发生隐睾的原因之一,但其甲基化水平不是影响该基因异常表达的因素;克隆猪C1睾丸组织FGF9基因启动子区发生超甲基化,这可能导致其mRNA表达异常,从而成为诱导克隆猪隐睾发生的可能原因。 展开更多
关键词 隐睾 克隆猪 甲基化 亚硫酸氢盐测序
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RG108对猪胎儿成纤维细胞甲基化水平及克隆胚胎发育的影响 被引量:2
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作者 顾晓龙 张廷宇 +8 位作者 戴建军 吴彩凤 张树山 徐利 李翔 韩晓 李芳芳 曾宪垠 张德福 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期14-21,共8页
本研究使用RG108处理猪胎儿成纤维细胞(Porcine fetal fibroblast,PFF),研究其对细胞甲基化水平和核移植效率的影响。使用0.05、0.5、5和50μmol·L-1RG108分别处理细胞24、48和72 h后,用高效液相色谱和亚硫酸氢盐测序(Bisulfite se... 本研究使用RG108处理猪胎儿成纤维细胞(Porcine fetal fibroblast,PFF),研究其对细胞甲基化水平和核移植效率的影响。使用0.05、0.5、5和50μmol·L-1RG108分别处理细胞24、48和72 h后,用高效液相色谱和亚硫酸氢盐测序(Bisulfite sequencing PCR,BSP)法分析细胞整体甲基化水平和印迹基因H19和IGF2R的DMR区甲基化率,并检测RG108处理对细胞生长、凋亡、染色体变化及随后的核移植效率的影响。整体甲基化水平结果通过两因素方差分析,发现RG108处理浓度与处理时间无交互作用,处理浓度间细胞甲基化水平差异不显著,但处理时间却能显著的影响甲基化水平,且50μmol·L-1RG108处理细胞72 h后整体甲基化水平显著低于对照组。BSP分析结果表明,5和50μmol·L-1处理PFF 72 h后H19的DMR区域甲基化率显著降低。RG108对细胞生长有一定的抑制作用,且0.5、5和50μmol·L-1组经处理72 h后凋亡比例显著提高,但对细胞的染色体数目没有显著影响。PFF经5和50μmol·L-1RG108处理72 h后能显著提高卵裂率和囊胚细胞数,且5μmol·L-1组囊胚率也显著提高。结果表明,RG108降低细胞整体甲基化水平呈时间依赖性,且同时降低H19的DMR区域甲基化率。PFF经5μmol·L-1浓度处理72 h组能显著提高核移植胚胎效率。 展开更多
关键词 克隆猪 RG108 甲基化 细胞凋亡 核移植 亚硫酸氢盐测序
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SOX11基因甲基化与宫颈癌的相关性研究 被引量:4
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作者 吴晓玲 崔雨蒙 +3 位作者 厉云 李晓芳 杨阳 高艳娥 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期249-254,共6页
目的检测正常宫颈组织、宫颈癌组织及宫颈癌细胞系中SOX11基因的甲基化状态并探讨甲基化状态与SOX11基因表达的关系。方法亚硫酸氢盐测序法及TA克隆分析正常宫颈、宫颈癌组织及宫颈癌细胞系中SOX11基因启动子区DNA的甲基化状态。RT-PCR... 目的检测正常宫颈组织、宫颈癌组织及宫颈癌细胞系中SOX11基因的甲基化状态并探讨甲基化状态与SOX11基因表达的关系。方法亚硫酸氢盐测序法及TA克隆分析正常宫颈、宫颈癌组织及宫颈癌细胞系中SOX11基因启动子区DNA的甲基化状态。RT-PCR检测宫颈癌细胞系、宫颈癌组织及正常宫颈组织中SOX11基因mRNA表达。结果宫颈癌组织中SOX11基因呈高甲基化状态,平均甲基化率为81.07%,远高于正常宫颈组织中SOX11甲基化率(12.86%),差异具有统计学意义(P<0.001)。宫颈癌细胞系HeLa、SiHa、C33-A和CaSki中SOX11均呈高甲基化状态,其甲基化率分别为90.71%、97.14%、77.14%、99.64%。宫颈癌组织中SOX11基因mRNA的表达量远低于正常宫颈组织中的表达,差异有统计学意义(P<0.001)。SOX11基因的表达与其启动子区高甲基化呈负相关(P<0.001,r=-0.808)。经去甲基化剂5-氮杂胞苷处理后,在宫颈癌细胞系中SOX11 mRNA的表达水平明显升高。宫颈癌HPV感染可能增加SOX11启动子甲基化发生。结论宫颈癌组织中SOX11基因启动子区的DNA高甲基化而使其表达沉默。 展开更多
关键词 宫颈癌 SOX11基因 亚硫酸氢盐测序 甲基化
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正常整倍体及21三体胎盘组织的甲基化标志物研究
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作者 佘芹 尹玉竹 +2 位作者 郝秀兰 章钧 侯红瑛 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期2076-2081,共6页
目的:联合应用甲基化特异性多重连接依赖的探针扩增技术(MS-MLPA)及亚硫酸氢盐测序2种方法进行胎盘组织甲基化研究,以寻找可用于无创性产前诊断21三体综合征的甲基化标志物。方法:用MS-MLPA和亚硫酸氢盐测序2种方法对15例正常整倍体孕妇... 目的:联合应用甲基化特异性多重连接依赖的探针扩增技术(MS-MLPA)及亚硫酸氢盐测序2种方法进行胎盘组织甲基化研究,以寻找可用于无创性产前诊断21三体综合征的甲基化标志物。方法:用MS-MLPA和亚硫酸氢盐测序2种方法对15例正常整倍体孕妇和11例21三体孕妇的胎盘组织,以及13例非孕妇女外周血进行甲基化检测,并计算候选的3个基因(4个位点)CGI149、CGI045、HLCS-1和HLCS-2的甲基化率。结果:(1)MS-MLPA与亚硫酸氢盐测序所测得的甲基化率一致。(2)所选的4个位点,在13例非孕妇女外周血样本中CGI149、CGI045和HLCS-2三个位点均未甲基化;在15例整倍体胎盘中,CGI149有13例(2例未甲基化)、CGI045有11例(4例未甲基化)、HLCS(包括HLCS-1和HLCS-2)有15例甲基化;在11例21三体胎盘中,CGI149有10例(1例未甲基化)、CGI045及HLCS(包括HLCS-1和HLCS-2)均有11例甲基化。只有HLCS-2符合在所有外周血细胞中均未甲基化,在所有胎盘组织中均甲基化。比较4个位点的甲基化率在正常整倍体胎盘与21三体胎盘的不同,只有CGI149有统计学意义,其它3个位点(CGI045、HLCS-1和HLCS-2)均无统计学意义。结论:(1)MS-MLPA可代替亚硫酸氢盐测序用于胎盘的甲基化研究。(2)本研究所选择的CGI045、CGI149、HLCS-1和HLCS-2不适合用作21三体的甲基化标志物,需进一步寻找新的位点。 展开更多
关键词 DNA甲基化 21三体综合征 无创性产前诊断 亚硫酸氢盐测序
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牦牛ACTA1基因启动子区克隆、DNA甲基化与组织表达相关性分析 被引量:6
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作者 杨勤 柴志欣 +2 位作者 王吉坤 王会 钟金城 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期222-229,共8页
为了探究骨骼肌α肌动蛋白1(ACTA1)基因在肌肉和脂肪等6个组织中的甲基化状态及mRNA表达水平,以类乌齐牦牛、麦洼牦牛为研究对象,成功克隆了牦牛ACTA1基因启动子区序列,且采用重亚硫酸氢盐测序法(BSP)检测ACTA1基因启动子区甲基化模式,... 为了探究骨骼肌α肌动蛋白1(ACTA1)基因在肌肉和脂肪等6个组织中的甲基化状态及mRNA表达水平,以类乌齐牦牛、麦洼牦牛为研究对象,成功克隆了牦牛ACTA1基因启动子区序列,且采用重亚硫酸氢盐测序法(BSP)检测ACTA1基因启动子区甲基化模式,并通过实时荧光定量PCR检测ACTA1基因在臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪组织中的mRNA表达水平。结果显示,牦牛ACTA1基因转录起始位点上游及第一外显子区部分序列总长为1028 bp;BSP法分析发现肌肉组织DNA甲基化水平最低,脂肪组织甲基化率最高,其中,类乌齐牦牛臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪的甲基化概率分别为6.25%,6.88%,20.00%,16.25%,26.25%,29.38%,麦洼牦牛臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪的甲基化概率分别为5.00%,7.50%,18.13%,20.00%,26.25%,28.75%;ACTA1基因mRNA表达量在肾脏、肺脏、肝脏和脂肪均极显著低于臀大肌(P<0.01),且显著低于心脏(P<0.05),类乌齐牦牛和麦洼牦牛心脏mRNA表达量具有显著性差异(P<0.05),类乌齐牦牛肺脏组织甲基化率显著低于麦洼牦牛(P<0.05),其他各组织甲基化率和mRNA表达量差异均不显著(P>0.05),各组织甲基化水平与ACTA1基因mRNA表达量呈极显著负相关(r=-0.797,P=0.002)。结果表明,ACTA1基因DNA甲基化模式对肌肉发育具有一定的调控作用,可为牦牛遗传育种表观遗传标记提供部分数据支持。 展开更多
关键词 牦牛 ACTA1基因 启动子区 DNA甲基化 亚硫酸氢盐测序 组织表达
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萨氏海鞘早期胚胎发育的DNA 5mC甲基化特征及功能分析
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作者 孙琦 李英瑞 +1 位作者 隗健凯 董波 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 2025年第10期49-58,共10页
为研究DNA 5mC甲基化在海鞘早期胚胎发育中的特征及功能,本研究利用全基因组亚硫酸氢盐测序检测了萨氏海鞘胚胎发育过程中的32细胞期、112细胞期、原肠胚期和尾芽中期胚胎的全基因组DNA 5mC甲基化水平。结果发现,CG类型占比最大,约为84.... 为研究DNA 5mC甲基化在海鞘早期胚胎发育中的特征及功能,本研究利用全基因组亚硫酸氢盐测序检测了萨氏海鞘胚胎发育过程中的32细胞期、112细胞期、原肠胚期和尾芽中期胚胎的全基因组DNA 5mC甲基化水平。结果发现,CG类型占比最大,约为84.7%~86.4%,而CHG和CHH类型占比分别约为2.0%~3.0%和10.7%~12.4%,这说明萨氏海鞘DNA 5mC甲基化主要以mCpG为主要模式。对四个时期全基因组DNA 5mC甲基化水平统计分析发现,不同发育阶段DNA 5mC甲基化水平存在差异,特别是在32细胞期至112细胞期,DNA 5mC甲基化程度显著降低。各时期间的差异甲基化基因富集在泛素蛋白转移酶活性通路,这暗示DNA 5mC甲基化修饰的蛋白泛素化在萨氏海鞘早期胚胎发育过程可能发挥重要作用。用DNA 5mC甲基化抑制剂5-氮胞苷处理萨氏海鞘胚胎,结果发现降低DNA 5mC甲基化水平导致胚胎发育畸形,表明维持DNA 5mC甲基化水平对萨氏海鞘胚胎发育至关重要。进一步对DNA 5mC甲基化抑制剂处理后的胚胎和对照组中的胚胎进行转录组测序发现,与对照组相比,5-氮胞苷处理后显著影响到925个基因的表达,其中有192个基因表达显著升高,733个基因表达显著降低,GO富集分析表明差异基因主要富集在G蛋白偶联受体和DNA结合转录因子活性通路。本研究构建了海鞘胚胎的DNA 5mC甲基化图谱,证明维持一定水平的DNA 5mC甲基化是胚胎早期发育所必须的,研究结果为理解DNA 5mC甲基化修饰的起源和功能演化提供了基础数据。 展开更多
关键词 海鞘 DNA 5mC甲基化 早期胚胎发育 甲基化抑制剂 全基因组亚硫酸氢盐测序
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