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谷子SiNF-YA亚家族基因的生物信息学分析与抗旱基因挖掘
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作者 王春芳 张霈涵 +3 位作者 史慎奎 杨佳怡 王玉芳 祁东梅 《河北大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期82-90,共9页
为探究谷子(Setaria italica)SiNF-YA亚家族基因的功能,首先,利用多个在线网站对谷子10个SiNF-YA亚家族基因进行了相关的生物信息学分析;其次,利用Ubuntu系统和RStudio软件对谷子SiNF-YA基因进行单倍型分析;最后,通过对转录组数据的分析... 为探究谷子(Setaria italica)SiNF-YA亚家族基因的功能,首先,利用多个在线网站对谷子10个SiNF-YA亚家族基因进行了相关的生物信息学分析;其次,利用Ubuntu系统和RStudio软件对谷子SiNF-YA基因进行单倍型分析;最后,通过对转录组数据的分析,探究谷子SiNF-YA5亚家族基因在干旱敏感品种、耐旱品种各组织中的表达量差异.结果表明,谷子SiNF-YA亚家族基因分布在4条染色体上,主要定位于细胞核和胞外分泌中,其启动子区含有与非生物胁迫响应相关的顺式作用元件.同时该基因亚家族成员与抗旱性具有很强的相关性,并且谷子SiNF-YA5亚家族基因在PEG处理前后,叶片和根部的表达量具有显著性差异.本研究为谷子抗旱品种的育种提供理论支持. 展开更多
关键词 谷子 SiNF-YA亚家族基因 抗旱 生物信息学分析 单倍型分析
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野桑蚕性信息素结合蛋白(PBP)亚家族基因的克隆与进化分析 被引量:1
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作者 张升祥 崔为正 +2 位作者 王更先 孔令斐 徐世清 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期776-782,共7页
蛾类的性信息素信号传递是研究昆虫化学通讯的模型,性信息素结合蛋白(pheromone-binding protein,PBP)亚家族是研究热点之一。克隆了野桑蚕PBP亚家族的3个基因,命名为pbp1、pbp2、pbp3(GenBank登录号:GQ246497、GQ468569、GQ468570)。... 蛾类的性信息素信号传递是研究昆虫化学通讯的模型,性信息素结合蛋白(pheromone-binding protein,PBP)亚家族是研究热点之一。克隆了野桑蚕PBP亚家族的3个基因,命名为pbp1、pbp2、pbp3(GenBank登录号:GQ246497、GQ468569、GQ468570)。分析野桑蚕和家蚕pbp基因的编码区,发现碱基突变主要以转换为主(14/18),氨基酸变异主要为同义突变(16/18),成熟蛋白质的理化性质变化小,二级结构无变化,推测野桑蚕向家蚕的进化过程中PBP亚家族的基因功能没有变化。对具有PBP亚家族3个已知基因的6个昆虫物种进行氨基酸遗传距离和同源性分析,结果表明野桑蚕和家蚕间PBP1、PBP2、PBP3的遗传距离分别为0、0.02、0,同源性分别高达100%、98.6%和100%,物种间基因的进化速率很慢,进化分析显示PBP亚家族在这几个物种分化前已经产生。 展开更多
关键词 野桑蚕 家蚕 性信息素结合蛋白 亚家族基因 进化
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CYP2D亚家族基因在灵长类动物中的药物代谢及进化研究 被引量:2
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作者 董小燕 梁秋芳 冯平 《广西师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2021年第3期131-138,共8页
CYP2D亚家族基因普遍存在于灵长类动物中,在药物代谢方面起着重要作用,但不同地域和种族的人的CYP2D酶对同一药物的代谢效果存在差异,非人灵长类动物的CYP2D酶代谢某些药物的效果比人类的更有效。此外,在漫长的进化过程中,灵长类动物CY... CYP2D亚家族基因普遍存在于灵长类动物中,在药物代谢方面起着重要作用,但不同地域和种族的人的CYP2D酶对同一药物的代谢效果存在差异,非人灵长类动物的CYP2D酶代谢某些药物的效果比人类的更有效。此外,在漫长的进化过程中,灵长类动物CYP2D亚家族基因之间会经历频繁的基因复制或基因丢失,导致CYP2D亚家族基因数目存在差异,但尚未确定这种差异是否与物种的亲缘关系有关。本研究对CYP2D亚家族基因在灵长类动物中的药物代谢和进化研究方面进行综述,以期为实现个体化用药和精准性治疗提供一定的理论依据,并进一步了解CYP2D亚家族基因在灵长类中的进化情况。 展开更多
关键词 灵长类动物 CYP2D亚家族基因 药物代谢 多态性 进化
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森林草莓HD-ZipⅠ亚家族基因的鉴定及表达分析
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作者 李春 王永 +1 位作者 李义 丁静 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期47-57,共11页
[目的]本文旨在鉴定森林草莓同源异型域-亮氨酸拉链家族(homeodomain-leucine Zipper,HD-Zip)Ⅰ亚家族的转录因子,分析其序列属性及表达模式,为其进一步功能研究和利用奠定基础。[方法]运用生物信息学方法,鉴定和分析森林草莓HD-ZipⅠ... [目的]本文旨在鉴定森林草莓同源异型域-亮氨酸拉链家族(homeodomain-leucine Zipper,HD-Zip)Ⅰ亚家族的转录因子,分析其序列属性及表达模式,为其进一步功能研究和利用奠定基础。[方法]运用生物信息学方法,鉴定和分析森林草莓HD-ZipⅠ亚家族基因的系统进化关系、蛋白基序、基因结构、复制方式及启动子元件等;利用公共转录组数据和荧光定量PCR技术,分析其在花和早期果实中以及黑暗、脱落酸(ABA)、6-苄氨基嘌呤(6-BA)或水杨酸(SA)处理的离体叶片中的表达模式。[结果]森林草莓HD-ZipⅠ亚家族包含11个基因,它们含有0~3个内含子,相对均匀地分布在第1和3~7号染色体上。全基因组/片段复制是HD-ZipⅠ亚家族基因扩张的主要复制方式。光和激素响应元件是其启动子区所占比例最高的2类顺式作用元件。转录组数据显示,多数HD-ZipⅠ基因在森林草莓除成熟花粉粒和胚之外的花和早期果实组织中表达量较高。5个HD-ZipⅠ亚家族基因的定量结果表明,FvH 4_1g20230、FvH4_5g36570、FvH4_5g15520和FvH4_7g32570基因在ABA、6-BA或SA处理3和6 h时有响应;FvH 4_7g32570基因在黑暗时被诱导,FvH4_5g36570、FvH4_7g32570、FvH4_1g20230、FvH4_5g15520基因在ABA诱导的离体叶片衰老过程中发生显著的表达变化;而在6-BA处理的叶片中,这5个基因的表达与对照相比均无持续的显著变化。[结论]HD-ZipⅠ亚家族基因很可能在黑暗和ABA诱导的森林草莓离体叶片衰老过程中起重要的调控作用,并参与森林草莓花和早期果实的发育以及激素响应过程。 展开更多
关键词 森林草莓 HD-ZipⅠ亚家族基因 叶片衰老 激素处理
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苹果TIPs亚家族成员鉴定与干旱胁迫响应分析 被引量:3
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作者 刘河 卢世雄 +2 位作者 梁国平 毛娟 陈佰鸿 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1083-1093,共11页
【目的】鉴定并分析苹果液泡膜内在蛋白(TIP)亚家族成员,探究该亚家族成员在苹果干旱胁迫下的表达模式,为研究苹果抗旱性基因资源挖掘和利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法对苹果MdTIPs全基因组进行鉴定,分析其家族成员的理化性... 【目的】鉴定并分析苹果液泡膜内在蛋白(TIP)亚家族成员,探究该亚家族成员在苹果干旱胁迫下的表达模式,为研究苹果抗旱性基因资源挖掘和利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法对苹果MdTIPs全基因组进行鉴定,分析其家族成员的理化性质、基因结构、保守基序、顺式作用元件、系统进化树等,并结合实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析其在干旱胁迫下不同器官中的表达模式。【结果】在苹果基因组中,共检索到13个MdTIP基因,大部分成员亚细胞定位预测在质膜上,分布于10条染色体上,且每条染色体定位有1~3个成员;该基因家族成员的启动子区域包含多种响应激素和逆境胁迫的应答元件;qRT-PCR显示,MdTIPs亚家族成员在根中除MdTIP1;1外其余均受上调表达,且MdTIP1;3和MdTIP1;4与对照相比,分别上调表达了5.27倍和5.69倍,表明其是参与调控干旱胁迫的关键基因。【结论】鉴定并提供了MdTIPs亚家族成员信息,10个MdTIPs亚家族成员在根、茎、叶中差异表达,12个亚家族成员在根中高表达。 展开更多
关键词 苹果 水通道蛋白 TIPs亚家族基因 水分运输 生物信息学
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PEBP家族基因在植物中功能的研究进展 被引量:10
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作者 朱岩 彭振英 +1 位作者 张斌 毕玉平 《山东农业科学》 2013年第2期139-145,共7页
主要介绍了磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP)家族的成员、进化关系以及各亚家族基因在植物中功能的研究进展。
关键词 PEBP家族基因 FT—LIKE亚家族基因 TFL—LIKE亚家族基因 MFT—LIKE亚家族基因
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茶树细胞色素P450基因CYP71A26与CYP71B34的克隆及差异表达特征分析 被引量:6
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作者 单睿阳 林郑和 +3 位作者 陈志辉 钟秋生 游小妹 陈常颂 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期450-460,共11页
利用NCBI茶树转录组数据库,以铁观音芽叶为材料,克隆了茶树细胞色素P450基因CYP71A26与CYP71B34的cDNA全长。CYP71A26与CYP71B34的cDNA全长分别为1 879 bp和1 764 bp,分别含有1 539 bp(编码513个氨基酸)和1 533 bp(编码511个氨基酸)的... 利用NCBI茶树转录组数据库,以铁观音芽叶为材料,克隆了茶树细胞色素P450基因CYP71A26与CYP71B34的cDNA全长。CYP71A26与CYP71B34的cDNA全长分别为1 879 bp和1 764 bp,分别含有1 539 bp(编码513个氨基酸)和1 533 bp(编码511个氨基酸)的完整开发阅读框。氨基酸序列比对结果显示,CYP71A26与CYP71B34的同源性为42.47%,为2个亚家族基因。氨基酸结构分析表明,2个基因均具有植物P450的螺旋C(Helix C)、螺线I(Helix I)、螺线K(Helix K)、"Meander"区域序列和血红素结合域(Heme binding domain)的典型结构。进化树分析显示,CYP71A26与CYP71B34在分子进化树上分属两大分支,2个基因与其他物种亲缘关系的远近不同。三级结构模拟与功能域分析显示,CYP71A26与CYP71B34主要由N端的β折叠和C端的α螺旋结构组成,且2个基因均具有一个P450蛋白结构域(Pfamdomain)。荧光定量PCR结果表明,CYP71A26与CYP71B34基因在不同茶树害虫为害的叶片中,分别表现出上调和下调表达的现象。而在冷热环境下,CYP71A26与CYP71B34基因分别表现出下调和上调表达的现象。表明茶树CYP71A26与CYP71B34基因均参与了生物(害虫)与非生物(温度)的胁迫响应,但两个基因表达相反,参与环节可能相反。 展开更多
关键词 茶树 细胞色素P450 克隆 亚家族基因 胁迫 表达相反
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基于快速CYP2C19基因检测的颈内动脉重度狭窄患者双联抗血小板治疗1例报道
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作者 张太辉 任洪 《中国卒中杂志》 北大核心 2024年第10期1131-1135,共5页
本文报道了一例老年女性院内卒中患者的临床诊疗过程。该患者于肛肠外科手术后2 d突发急性缺血性卒中,经影像学检查确诊为右侧颈内动脉起始部重度狭窄。在接受了1个月的卒中二级预防药物治疗后,择期行血管内治疗。术前该患者进行了快速... 本文报道了一例老年女性院内卒中患者的临床诊疗过程。该患者于肛肠外科手术后2 d突发急性缺血性卒中,经影像学检查确诊为右侧颈内动脉起始部重度狭窄。在接受了1个月的卒中二级预防药物治疗后,择期行血管内治疗。术前该患者进行了快速细胞色素P450酶家族2亚家族C成员19(cytochrome P450 family 2 subfamily C member 19,CYP2C19)基因检测,结果为中间代谢型,提示应用氯吡格雷的效果可能不佳。基于这一检测结果调整抗血小板治疗方案,选择替格瑞洛联合阿司匹林作为替代治疗。治疗后,患者病情稳定,预后较好。本病例报道提示,在非轻型卒中患者中,快速CYP2C19基因检测可帮助选择抗血小板治疗策略,改善患者预后。 展开更多
关键词 缺血性卒中 颈内动脉 细胞色素P450酶家族2家族C成员19基因 氯吡格雷 阿司匹林 替格瑞洛
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