期刊文献+
共找到34篇文章
< 1 2 >
每页显示 20 50 100
MICA基因多态性及其单核苷酸多态性位点与玫瑰痤疮易感性的相关性 被引量:1
1
作者 尹湘丽 朱权 +2 位作者 李吉 邹义洲 罗奇志 《中南大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期319-330,共12页
目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾... 目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾病的发生和发展密切相关。玫瑰痤疮是一种慢性炎症性皮肤病,其发病机制复杂,与遗传、自身免疫异常等因素有关。本研究分析MICA基因多态性及其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与玫瑰痤疮易感性的关系,旨在为玫瑰痤疮的发病机制提供新的见解。方法:收集2017年11月至2019年11月在中南大学湘雅医院皮肤科门诊就诊的84例玫瑰痤疮患者(玫瑰痤疮组)外周血DNA样本,另收集223名健康志愿者(对照组)外周血DNA样本。采用聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction-sequencing-based typing,PCR-SBT)和二代测序(the next-generation sequencing,NGS)技术分析MICA基因多态性分型,并比较2种分型方法的准确性。比较玫瑰痤疮组与对照组MICA等位基因分布频率的差异。对所有MICA多态性分子进行氨基酸聚类分析和SNP位点分析,确定相关连锁SNP位点,并对MICA多态性分子进行分类。比较玫瑰痤疮组与对照组不同分类MICA多态性分子的分布频率差异。结果:玫瑰痤疮患者血生化检测结果以中性粒细胞计数轻度升高为主要特征,淋巴细胞计数无显著变化。PCR-SBT和NGS均能准确地鉴定MICA等位基因分型,其中MICA*010:01、MICA*008:04和MICA*019:01是玫瑰痤疮组最常见的等位基因;玫瑰痤疮组等位基因MICA*002:01、MICA*027分布频率均低于对照组(6.55%vs 18.16%、 1.19%vs 5.38%), MICA*009:01、 MICA*010:01分布频率均高于对照组(7.74%vs 3.36%、 31.55%vs18.61%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。本研究检测到5种短串联重复序列(short tandem repeats,STR)等位基因,其中玫瑰痤疮组MICA-A4、MICA-A9分布频率均低于对照组(16.07%vs 23.32%、7.74%vs 17.26%),MICA-A6分布频率高于对照组(10.12%vs 4.03%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。通过氨基酸序列聚类分析和SNP位点分析发现MICA基因存在6个连锁SNP位点,并据此将MICA多态性分子分为Ⅰ型(C36+M129+K173+G206+W210+S215)和Ⅱ型(Y36+V129+E173+S206+R210+T215)。玫瑰痤疮患者I型MICA多态性分子与玫瑰痤疮易感性密切相关。结论:MICA基因多态性与玫瑰痤疮易感性相关。MICA基因存在6个连锁SNP位点,可据此将MICA多态性分子分为I型和II型,其中I型与玫瑰痤疮发病密切相关。 展开更多
关键词 主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A 人类白细胞抗原 玫瑰痤疮 等位基因 基因多态性 核苷多态性 聚合酶链反应-直接测序法 代测序 短串联重复序列
在线阅读 下载PDF
大豆二核苷酸SSR侧翼序列保守性分析 被引量:4
2
作者 詹少华 盛新颖 +2 位作者 樊洪泓 蔡永萍 林毅 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期195-198,共4页
从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷... 从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷重复是SSR的主要类型(65.7%),同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列,同一类型的侧翼序列高度保守,不同类型的侧翼序列之间相似性较小,尤其是非SSR区域可以存在与SSR侧翼序列相同的序列。由上述结果推断SSR引物可能扩增出不含SSR的产物,易位可以产生形成新类型SSR。这一分析结果有助于提高SSR引物设计效率和进一步阐明SSR的形成机理。 展开更多
关键词 SSR引物 序列保守性 核苷 大豆 侧翼序列 blast 多类型 NCBI
在线阅读 下载PDF
汉族人群载脂蛋白(a)五核苷酸重复序列基因多态性对血脂水平的影响 被引量:4
3
作者 胡波 周新 +1 位作者 李林 郑芳 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第9期866-869,共4页
目的 :了解健康湖北汉族人群载脂蛋白 (a)五核苷酸重复序列 (pentanucleotiderepeat,PNR)基因多态性并分析其对血清脂质的影响。方法 :随机选取 15 3例健康湖北汉族受试者 ,测定其血清胆固醇 (TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇 (H... 目的 :了解健康湖北汉族人群载脂蛋白 (a)五核苷酸重复序列 (pentanucleotiderepeat,PNR)基因多态性并分析其对血清脂质的影响。方法 :随机选取 15 3例健康湖北汉族受试者 ,测定其血清胆固醇 (TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇 (HDL -C)、低密度脂蛋白胆固醇 (LDL -C) ,载脂蛋白AI(apoAⅠ )、载脂蛋白B(apoB)及脂蛋白 (a) [Lp(a) ]的浓度 ,并采用PCR -SSCP的方法检测载脂蛋白 (a)PNR基因多态性 ,计算各等位基因的分布频率。结果 :我国汉族人群apo(a)PNR等位基因频率分布与欧美人群有显著性差异 ,apo(a)PNR(TTTTA) 5等位基因与高Lp(a)水平相关 ,apo(a)PNR等位基因变异对TC、TG、HDL -C、LDL -C、ApoAI和ApoB无明显影响。结论 :本研究获得了湖北健康汉族人群的血脂及apo(a)PNR等位基因分布的资料 ,apo(a)PNR(TTTTA) 5等位基因与汉族人群高Lp(a) 展开更多
关键词 载脂蛋白类 脂蛋白类 基因多态性 血脂水平 汉族 核苷重复序列
在线阅读 下载PDF
基于纤毛鹅观草特异的卫星重复序列开发寡核苷酸探针 被引量:3
4
作者 程梦豪 Miroslava Karafiatova +5 位作者 孙昊杰 Kate Arina Holušva Jaroslav Dolezel 宋新颖 王海燕 王秀娥 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期442-452,共11页
[目的]本文旨在开发纤毛鹅观草特异的寡核苷酸(oligonucleotide,oligo)探针,进一步完善纤毛鹅观草染色体鉴定技术。[方法]利用前期选育的普通小麦-纤毛鹅观草异附加系DA2S^(c)L和DA6S^(c),通过流式分拣和基因组二代测序获得纤毛鹅观草... [目的]本文旨在开发纤毛鹅观草特异的寡核苷酸(oligonucleotide,oligo)探针,进一步完善纤毛鹅观草染色体鉴定技术。[方法]利用前期选育的普通小麦-纤毛鹅观草异附加系DA2S^(c)L和DA6S^(c),通过流式分拣和基因组二代测序获得纤毛鹅观草染色体6S^(c)和染色体臂2S^(c)长臂的基因组序列,利用Repeatexplorer2/TAREAN软件从中鉴定出卫星重复序列并设计成oligo探针,通过荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)分析所开发oligo探针的应用价值。[结果]从6S^(c)和2S^(c)L基因组序列中共鉴定出11个卫星重复序列并开发成11个oligo探针,oligo-FISH结果表明,其中6个探针可以在纤毛鹅观草染色体上产生明显杂交信号,而在小麦染色体上未产生明显杂交信号,可用于特异鉴定小麦背景中的纤毛鹅观草染色体或片段。对1套普通小麦-纤毛鹅观草异附加系oligo-FISH分析发现,oligo-2S^(c)L^(-1)63和oligo-6S^(c)-111仅在S^(c)基因组染色体上产生明显信号,可作为纤毛鹅观草S^(c)组特异探针;将oligo-2S^(c)L-161和oligo-2S^(c)L-163组合,对1整套二体异附加系进行双色oligo-FISH,构建了纤毛鹅观草染色体的oligo-FISH核型。[结论]本研究提供了纤毛鹅观草重复序列组成的初步信息,开发的探针能特异鉴定纤毛鹅观草染色体,阐明纤毛鹅观草2个基因组的来源和分化,对推动纤毛鹅观草优异基因的转移和利用有重要意义。 展开更多
关键词 纤毛鹅观草 普通小麦-纤毛鹅观草异附加系 染色体分拣 卫星重复序列 寡聚核苷探针 荧光原位杂交
在线阅读 下载PDF
雌激素受体α基因TA重复序列多态性与原因不明月经过少的关系 被引量:3
5
作者 袁瑞 乐爱文 +2 位作者 耿力 周晓曦 姚珍薇 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 2006年第5期697-700,共4页
目的:研究雌激素受体a(estrogen receptor a,ERa)基因二核苷酸重复序列多态性与原因不明月经过少关系。方法:选择西南地区的100名月经正常者作为对照组,100名原因不明月经过少患者为病例组。同时对她们雌激素受体基因上游的高变区二核苷... 目的:研究雌激素受体a(estrogen receptor a,ERa)基因二核苷酸重复序列多态性与原因不明月经过少关系。方法:选择西南地区的100名月经正常者作为对照组,100名原因不明月经过少患者为病例组。同时对她们雌激素受体基因上游的高变区二核苷酸(TA)重复序列进行纯化、克隆和序列分析,阐明该重复序列的重复多态性在实验组与对照组当中的分布情况及与原因不明月经过少的关系。结果:共分离出7种等位基因,其(TA)n重复数目为11至17,对照组中最常见的等位基因为TA14,正常组和病例组的(TA)n重复序列等位基因的分布频率不同,差异有显著性(χ2=13.412,P=0.037)。再用Fisher's确切概率法比较两组病人各等位基因的分布频率,病例组TA13等位基因频率高于对照组,差异有显著性(P=0.006),TA15等位基因频率低于对照组,差异有显著性(P=0.033)。结论:ERa基因TA多态性与原因不明月经过少有关,TA13等位基因可能是原因不明月经过少的危险因素;TA15等位基因可能是其保护因素。 展开更多
关键词 月经过少 雌激素受体 核苷(ta)重复序列 多态性 等位基因
在线阅读 下载PDF
鸡精中呈味核苷酸二钠的高效液相色谱法测定 被引量:6
6
作者 相丽新 杨道兴 +1 位作者 魏彦梅 颜丙霞 《北京工商大学学报(自然科学版)》 CAS 2011年第6期32-34,39,共4页
建立了高效液相色谱法测定呈味核苷酸二钠(IMP和GMP)含量的方法.以四丁基磷酸铵和磷酸二氢钾配以一定比例的乙腈为流动相,采用高耐水系Waters RP 18色谱柱,通过色谱条件的优化,获得了定性定量重复性相对标准偏差<2%的标准品色谱图,其... 建立了高效液相色谱法测定呈味核苷酸二钠(IMP和GMP)含量的方法.以四丁基磷酸铵和磷酸二氢钾配以一定比例的乙腈为流动相,采用高耐水系Waters RP 18色谱柱,通过色谱条件的优化,获得了定性定量重复性相对标准偏差<2%的标准品色谱图,其中,IMP标准曲线在60~600μg/mL范围内的线性相关系数为R=1.0000,GMP标准曲线在50~480μg/mL范围内的线性相关系数为R=0.999 9.测得某品牌的鸡精内IMP质量含量为0.54%,GMP质量含量为0.60%,两次测定结果的精密度GMP为0.73%,IMP为1.17%. 展开更多
关键词 高效液相色谱 呈味核苷 定性定量重复 相对标准偏差 鸡精
在线阅读 下载PDF
α突触核蛋白作用核苷酸序列的体外筛选研究
7
作者 马开利 宋连昆 +5 位作者 苑玉和 张莹 李莉 杨金玲 朱平 陈乃宏 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1225-1229,共5页
目的体外筛选α突触核蛋白可能作用的核苷酸序列。方法根据碱基组成特征合成一系列的核苷酸序列,与α突触核蛋白-绿色荧光蛋白(α-synuclein-green fluorescent protein,α-syn-GFP)融合蛋白混合,采用圆二色谱分析色谱峰的变化情况。结... 目的体外筛选α突触核蛋白可能作用的核苷酸序列。方法根据碱基组成特征合成一系列的核苷酸序列,与α突触核蛋白-绿色荧光蛋白(α-synuclein-green fluorescent protein,α-syn-GFP)融合蛋白混合,采用圆二色谱分析色谱峰的变化情况。结果α突触核蛋白-绿色荧光蛋白融合蛋白混合入GC-box样核苷酸序列后导致色谱峰发生较大变化。结论α突触核蛋白转位进入细胞核后,可能通过作用于GC box样核苷酸序列,参与细胞核内的基因表达调控,从而发挥其生理或病理作用。 展开更多
关键词 Α突触核蛋白 核苷序列 色谱 GC-box样序列 核定位 帕金森病
在线阅读 下载PDF
雌激素受体β基因CA重复序列多态性与原因不明月经过少的关系 被引量:2
8
作者 乐爱文 袁瑞 +3 位作者 夏恩兰 耿力 周晓曦 姚珍薇 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 2007年第10期1045-1048,共4页
目的:研究雌激素受体β(Estrogen receptor β,ERβ)基因CA重复序列多态性与原因不明月经过少关系。方法:选择西南地区的100名月经正常人作为正常对照组,100名原因不明月经过少患者作为病例组。同时对人ERβ基因5号内含子的高变区CA重... 目的:研究雌激素受体β(Estrogen receptor β,ERβ)基因CA重复序列多态性与原因不明月经过少关系。方法:选择西南地区的100名月经正常人作为正常对照组,100名原因不明月经过少患者作为病例组。同时对人ERβ基因5号内含子的高变区CA重复序列进行纯化、克隆和序列分析,阐明该CA重复序列多态性在实验组与对照组当中的分布情况及与原因不明月经过少的关系。结果:共分离出9种等位基因,其(CA)n重复数目为16~24。正常组和病例组的等位基因的分布频率差异无显著性(χ2=7.155,P=0.520)。以重复次数n≤20作为SS型,n>20为LL型。SS基因型频率实验组为66%,对照组为51%,OR值:1.865倍(95%CI:1.055~3.298)。再比较两组病人SS型和LL等位基因型的分布频率,差异有显著性(χ2=4.634,P=0.031)。结论:ERβ基因CA重复序列多态性与原因不明月经过少有关,SS型等位基因型可能是原因不明月经过少的危险因素。 展开更多
关键词 月经过少 雌激素受体 核苷(CA)重复序列 等位基因
在线阅读 下载PDF
顶芒山羊草特异寡核苷酸探针开发和oligo-FISH核型构建
9
作者 史培瑶 陈丽娟 +5 位作者 孙昊杰 程梦豪 肖进 袁春霞 王秀娥 王海燕 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1455-1465,共11页
栽培小麦近缘物种顶芒山羊草(Aegilops comosa,2n=2x=14,MM)是小麦改良的三级基因库。为准确鉴定顶芒山羊草M基因组染色体或染色体区段,本研究利用二代测序获得顶芒山羊草M基因组序列信息,从中鉴定出16条可能的特异卫星重复序列。根据... 栽培小麦近缘物种顶芒山羊草(Aegilops comosa,2n=2x=14,MM)是小麦改良的三级基因库。为准确鉴定顶芒山羊草M基因组染色体或染色体区段,本研究利用二代测序获得顶芒山羊草M基因组序列信息,从中鉴定出16条可能的特异卫星重复序列。根据这些序列设计12个寡核苷酸(oligo)探针进行oligo-FISH,结果表明,其中10个探针可在顶芒山羊草染色体上产生明显的杂交信号。对探针特异性分析发现,5个探针仅在顶芒山羊草染色体上产生杂交信号,在小麦染色体上未观察明显杂交信号,可作为顶芒山羊草特异探针鉴定小麦背景中的顶芒山羊草染色体。选择在顶芒山羊草染色体上信号分布丰富的3个探针(oligo-pAc89、oligo-pAc148、oligo-pAc225)组成探针套ONPS#AC1,结合利用本实验室根据小麦D亚基因组开发的寡核苷酸探针库,构建了顶芒山羊草的oligo-FISH核型。本研究构建的FISH核型可以准确识别顶芒山羊草各条染色体,为挖掘、转移和利用顶芒山羊草优异基因提供了快速准确的鉴定手段。 展开更多
关键词 顶芒山羊草 代测序 卫星重复序列 寡聚核苷探针 荧光原位杂交
在线阅读 下载PDF
刺芒柄花素对变应性鼻炎小鼠鼻黏膜组织铁死亡和NLRP3炎症小体活化的影响
10
作者 丁虹 王雪可 +1 位作者 芦晓帆 许誉琦 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期249-256,共8页
目的:探讨刺芒柄花素对变应性鼻炎小鼠鼻黏膜组织铁死亡和核苷酸结合结构域富含亮氨酸重复序列和含热蛋白结构域受体3(NLRP3)炎症小体活化的影响及其作用机制。方法:60只雄性Balb/c小鼠分为正常对照组,模型组,刺芒柄花素低、高剂量组,... 目的:探讨刺芒柄花素对变应性鼻炎小鼠鼻黏膜组织铁死亡和核苷酸结合结构域富含亮氨酸重复序列和含热蛋白结构域受体3(NLRP3)炎症小体活化的影响及其作用机制。方法:60只雄性Balb/c小鼠分为正常对照组,模型组,刺芒柄花素低、高剂量组,刺芒柄花素+EX527组,每组12只。除正常对照组外,其余各组小鼠均以卵清蛋白(OVA)为致敏原构建变应性鼻炎模型。通过行为学观察小鼠鼻部症状(抓鼻、打喷嚏);ELISA法检测血清中OVA特异性IgE(OVA-sIgE)和组胺水平。观察小鼠鼻黏膜组织形态学变化并计数嗜酸性粒细胞、杯状细胞与肥大细胞。采用相应试剂盒检测鼻黏膜组织中活性氧(ROS)、谷胱甘肽(GSH)、丙二醛(MDA)和Fe^(2+)水平;qRT-PCR法检测谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)和溶质载体家族7成员11(SLC7A11)mRNA的表达;Western blot法检测沉默信息调节因子1(SIRT1)、NLRP3、凋亡相关斑点样蛋白(ASC)、活化的半胱氨酸蛋白酶1(Cleaved Caspase-1)、活化的白细胞介素(IL)-1β(Cleaved IL-1β)、IL-18、GPX4和SLC7A11蛋白的表达;免疫共沉淀检测NLRP3乙酰化水平。结果:与模型组比较,刺芒柄花素低、高剂量组小鼠抓鼻和打喷嚏次数减少,血清OVA-sIgE和组胺含量降低,鼻黏膜受损程度减轻,嗜酸性粒细胞、肥大细胞和杯状细胞数减少(P<0.05);小鼠鼻黏膜组织中ROS、MDA和Fe^(2+)水平降低,GSH水平以及GPX4和SLC7A11 mRNA和蛋白表达水平升高(P<0.05);小鼠鼻黏膜组织中SIRT1、NLRP3、ASC、Cleaved Caspase-1、Cleaved IL-1β、IL-18蛋白表达以及NLRP3乙酰化水平降低(P<0.05)。SIRT1抑制剂EX527减弱刺芒柄花素对变应性鼻炎小鼠鼻黏膜组织铁死亡和NLRP3炎症小体活化的抑制作用。结论:刺芒柄花素可能通过调控SIRT1蛋白抑制变应性鼻炎小鼠鼻黏膜组织铁死亡和NLRP3炎症小体活化。 展开更多
关键词 刺芒柄花素 变应性鼻炎 沉默信息调节因子1 核苷结合结构域富含亮氨重复序列和含热蛋白结构域受体3 铁死亡 小鼠
在线阅读 下载PDF
植物抗病基因类似序列研究进展及展望 被引量:13
11
作者 王海燕 刘大群 杨文香 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第z1期164-168,共5页
植物抗病基因克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。近年来发现克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现一定程度的相似性 ,在一些区段高度保守 ,如NBS、LRR、LZ、激酶等。根据其扩增得到的抗病基因类似结构 (RGA) ,不但可用作探针 ,直接... 植物抗病基因克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。近年来发现克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现一定程度的相似性 ,在一些区段高度保守 ,如NBS、LRR、LZ、激酶等。根据其扩增得到的抗病基因类似结构 (RGA) ,不但可用作探针 ,直接筛选YAC、BAC或cDNA文库以及克隆相应的R基因 ,也可应用于分子标记辅助选择育种 。 展开更多
关键词 抗病基因 克隆 类似序列 核苷结合位点 富含亮氨重复 丝氨/苏氨激酶
在线阅读 下载PDF
小麦NBS-LRR类抗病基因同源cDNA序列的克隆与表达分析 被引量:8
12
作者 任晓娣 刘彦慧 +4 位作者 李建嫄 张娜 彭巧慧 杨文香 刘大群 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期69-74,79,共7页
为获得小麦抗叶锈病相关基因,以小麦近等基因系TcLr19所构建的非亲和cDNA文库中获得的EST序列(Contig 914)为靶序列,用RT-PCR方法和cDNA末端快速扩增技术,分离克隆到片段为3 042bp的全长cDNA序列。序列分析表明该序列符合典型单子叶植物... 为获得小麦抗叶锈病相关基因,以小麦近等基因系TcLr19所构建的非亲和cDNA文库中获得的EST序列(Contig 914)为靶序列,用RT-PCR方法和cDNA末端快速扩增技术,分离克隆到片段为3 042bp的全长cDNA序列。序列分析表明该序列符合典型单子叶植物的CC-NBS-LRR结构模式,命名为TaNLR。该基因包含一个完整的2 739bp的开放阅读框(ORF),具有连续的Poly A尾和典型的加尾信号AATTAA。ProtParam程序预测表明该基因编码912个氨基酸。发育树分析显示该氨基酸序列与大麦的NBS-LRR类抗病基因蛋白同源性最高达89%。荧光定量PCR分析表明,在小麦与叶锈菌互作中,TaNLR基因受叶锈菌诱导下调表达。本研究在TcLr19小麦中成功获得了抗病同源基因,这为明确NBS-LRR在小麦抗叶锈病中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 小麦 核苷结合位点(NBS) 富含亮氨重复(LRR) 抗病基因同源序列(RGAs) cDNA末端快速扩增技术(RACE) 实时定量PCR(real-time PCR)
在线阅读 下载PDF
三浅裂野牵牛NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析(英文) 被引量:3
13
作者 陈观水 潘大仁 +1 位作者 周以飞 高丽华 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1728-1734,共7页
NBS类植物抗病基因保守结构域的克隆为利用简并引物扩增抗病基因同源序列提供了可能。根据抗病基因Grol-4、Gpa2、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物,分离甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛NBS类型抗病基因同源序列,共获得6条相关序... NBS类植物抗病基因保守结构域的克隆为利用简并引物扩增抗病基因同源序列提供了可能。根据抗病基因Grol-4、Gpa2、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物,分离甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛NBS类型抗病基因同源序列,共获得6条相关序列,核苷酸序列的相似性为48%~97%,推测氨基酸序列的相似性在25.2%~95.1%之间。系统进化分析表明,6条三浅裂野牵牛RGA序列可分为2个不同的类群:TIR-NBS和non-TIR-NBS。三浅裂野牵牛RGA序列与源自甘薯的RGA序列有很高的相似性,这在一定程度上反映了三浅裂野牵牛与甘薯之间的亲缘关系。分离的6条RGA序列分别命名为ItRGA1~ItRGA6,GenBank登录号分别为DQ849027-DQ849032。 展开更多
关键词 三浅裂野牵牛 核苷结合位点(NBS) 亮氨重复 抗病基因同源序列(RGA)
在线阅读 下载PDF
辣椒抗黄瓜花叶病毒同源序列的克隆与分析 被引量:2
14
作者 杨学玲 王述彬 +3 位作者 刘金兵 潘宝贵 万红建 陈劲枫 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2009年第4期838-842,共5页
根据已知抗病基因的核苷酸结合位点(NBS)保守结构域设计简并引物,以高抗黄瓜花叶病毒的辣椒Yv2007001为试材,获得10条抗病基因同源序列(RGA)。经序列分析,这些RGAs皆具有开放阅读框和NBS保守结构域(P-loop、Kinase-2、Kinase-3a... 根据已知抗病基因的核苷酸结合位点(NBS)保守结构域设计简并引物,以高抗黄瓜花叶病毒的辣椒Yv2007001为试材,获得10条抗病基因同源序列(RGA)。经序列分析,这些RGAs皆具有开放阅读框和NBS保守结构域(P-loop、Kinase-2、Kinase-3a、RNBS-C和GLPL),属于nonTIR—NBS-LRR类抗病基因同源序列。其中RGA46与番茄花叶病毒抗性基因Tm-2^2的氨基酸同源性为78%,可能与辣椒抗黄瓜花叶病毒(CMV)相关。其它序列与已知抗病基因Prf、RPP13、I2C-1、Mi-1.2、L6、M氨基酸相似性为21%~70%。所得RGA序列的Ka/Ks值为0.0110—0.3051,均显著小于1,表明“纯化选择”在辣椒NBS区域进化中起主要作用。 展开更多
关键词 辣椒 黄瓜花叶病毒 抗病基因同源序列 核苷结合位点-富含亮氨重复
在线阅读 下载PDF
巴西橡胶NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量:4
15
作者 张影波 庞玉新 +3 位作者 莫廷辉 董美超 解辉 蔡秀清 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第24期11453-11455,共3页
[目的]探讨巴西橡胶NBS类抗病基因同源序列的克隆与序列分析。[方法]以高抗炭疽病的巴西橡胶无性系R042为材料,根据抗病基因Prf、L6、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物,从R042扩增具有抗病基因同源序列的片段,对分离获得的抗病... [目的]探讨巴西橡胶NBS类抗病基因同源序列的克隆与序列分析。[方法]以高抗炭疽病的巴西橡胶无性系R042为材料,根据抗病基因Prf、L6、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物,从R042扩增具有抗病基因同源序列的片段,对分离获得的抗病基因同源序列进行Blastn、氨基酸同源性分析、序列比较和系统进化分析。[结果]从巴西橡胶高抗炭疽病无性系R042基因组DNA中分离获得1个NBS类抗病基因同源序列,经Blastn比对后发现,该抗病基因同源序列与毛果杨中的一个CC-NBS-LRR抗病蛋白的mRNA的序列同源性为66%,Blastn的E值为2e-24,推测氨基酸序列与已知抗病基因的相似性在26.9%~43.2%。[结论]序列比对与系统进化分析表明,该抗病基因同源序列具有NBS类抗病基因的所有保守序列,且与Xa1的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 巴西橡胶 核苷结合位点(NBS) 亮氨重复(LRR) 抗病基因同源序列(RGA)
在线阅读 下载PDF
DNA序列新特征的提取方法及其在重组位点识别中的应用
16
作者 程丽荣 赵熙强 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期59-64,共6页
为提升重组位点识别的预测性能,本文提出了一种新的特征提取方法来识别重组位点。分别利用Word2Vec模型编码的3-gram向量和DNA特性获得两组表示DNA序列的新特征,与已有的特征(FastText模型获取)进行组合来表示DNA序列,使用支持向量机为... 为提升重组位点识别的预测性能,本文提出了一种新的特征提取方法来识别重组位点。分别利用Word2Vec模型编码的3-gram向量和DNA特性获得两组表示DNA序列的新特征,与已有的特征(FastText模型获取)进行组合来表示DNA序列,使用支持向量机为分类算法,在基准数据集上进行5倍交叉验证。研究表明,本文提出的方法在识别重组位点方面获得了93.88%的敏感性、95.08%的特异性、94.54%的准确率和0.8902的马修斯相关系数,以上指标均优于现有的方法,本文所提出的方法为解决生物学的序列信息提取问题提供了一种新思路。 展开更多
关键词 DNA序列 重组位点 Word2Vec模型 词向量 3-gram 核苷属性 支持向量机
在线阅读 下载PDF
猪EST序列的微卫星标记定位
17
作者 G.A.Rohrer 高雪 《中国畜牧兽医》 CAS 2004年第6期26-26,共1页
通过对 Gen Bank中猪的表达序列标签数据库进行序列扫瞄 ,结果检测到大约 10 0个包含一个微卫星重复或简单重复 (SSR)的序列文件。这些重复单元多数是二核苷酸(CA/GT)重复 ;而且检测到 3~ 6个核苷酸的重复序列。通过 6个二核苷酸和 14... 通过对 Gen Bank中猪的表达序列标签数据库进行序列扫瞄 ,结果检测到大约 10 0个包含一个微卫星重复或简单重复 (SSR)的序列文件。这些重复单元多数是二核苷酸(CA/GT)重复 ;而且检测到 3~ 6个核苷酸的重复序列。通过 6个二核苷酸和 14个中度串联重复序列的初步分析 ,仅二核苷酸重复序列标记产生丰富的标记信息。 (二核苷酸为10 0 % ,中度串联重复序列为 14 % )。另外对 5 0个二核苷酸和 1个三核苷酸 SSRs设计了几对引物 ,结果在 MARC的参考家系中 ,发现 4 2个标记具有多态性 ,17个标记不具有多态信息 ,12对引物没有扩增产物。通过二核苷酸和 3~ 6个核苷酸重复单元的比较 ,二核苷酸标记 72 %能够反映标记信息 ,而其它重复单元仅有 7%。不同的是 ,在 3~ 6个碱基重复单元中 ,非多态标记占较高的比率 (6 4 % ) ,而 2个碱基重复单元仅 14 %。这或许是因为在猪基因组 DNA中 ,中度重复单元的多态性较少 ;或是由于我们选择 17个以上连续重复碱基长度的标准太低。本研究将定位的微卫星标记加入猪的遗传图谱上 。 展开更多
关键词 核苷 重复序列 微卫星标记 基因
在线阅读 下载PDF
核酸及蛋白质合成、提取、纯化
18
《生物技术通报》 CAS CSCD 1993年第3期20-21,共2页
933585利用亲和层析制备λ噬菌体 DNA[英]/Coto,E.…//Anal.Biochem.-1993,209(1).-199~201[译自 DBA,1993,12(11),93-06091]用大肠杆菌 SURE 培养噬菌体,再用10%的PEG8000从细胞裂解物中沉淀之。
关键词 蛋白质合成 定序 DNA 核苷序列 核苷引物 结果重复 酿酒酵母 限制性酶切 放射性标记 纯化过程
在线阅读 下载PDF
小伞山羊草特异寡核苷酸探针开发和Oligo-FISH核型构建
19
作者 陈丽娟 罗婧 +4 位作者 张旭 肖进 袁春霞 王秀娥 王海燕 《麦类作物学报》 2025年第9期1147-1155,共9页
小麦野生近缘物种小伞山羊草(Aegilops umbellulata,2n=2x=14,UU)是普通小麦的三级基因源。为准确鉴定小麦背景中的小伞山羊草染色体或染色体片段,本研究在利用二代测序获得小伞山羊草U基因组序列信息的基础上,根据其中鉴定出的17条可... 小麦野生近缘物种小伞山羊草(Aegilops umbellulata,2n=2x=14,UU)是普通小麦的三级基因源。为准确鉴定小麦背景中的小伞山羊草染色体或染色体片段,本研究在利用二代测序获得小伞山羊草U基因组序列信息的基础上,根据其中鉴定出的17条可能的特异卫星重复序列设计了13个寡核苷酸探针。Oligo-FISH结果表明,其中10个探针可在小伞山羊草染色体上产生明显的杂交信号。对探针进行特异性分析发现,5个探针在小伞山羊草染色体上存在特异的杂交信号,在小麦染色体上则无信号,可作为识别小麦背景下U基因组染色体的特异性探针。本研究选择在小伞山羊草上能产生丰富信号的两个探针Oligo-pAu153、Oligo-pAu263与小伞山羊草特异探针Oligo-pAu133结合Oligo-pSc119.2构成探针套ONPS#AU1,用其构建了小伞山羊草染色体的Oligo-FISH核型。该FISH核型可以准确识别小伞山羊草各条染色体,对加快挖掘、转移和利用小伞山羊草优异基因具有重要意义。 展开更多
关键词 小伞山羊草 代测序 卫星重复序列 寡聚核苷探针 荧光原位杂交
在线阅读 下载PDF
茶树ISSR-PCR反应体系的建立 被引量:37
20
作者 姚明哲 王新超 +1 位作者 陈亮 杨亚军 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期172-176,206,共6页
通过优化影响茶树 ISSR-PCR 的主要参数,确立了适用于茶树的 ISSR 反应体系和扩增条件。结果表明在 20 μl 反应体系中,模板 DNA、引物、Mg++、dNTP 和 Taq DNA 聚合酶五种主要成分的最适浓度分别为 10ng、150 nmol/L、1.5 mmol/L、150 ... 通过优化影响茶树 ISSR-PCR 的主要参数,确立了适用于茶树的 ISSR 反应体系和扩增条件。结果表明在 20 μl 反应体系中,模板 DNA、引物、Mg++、dNTP 和 Taq DNA 聚合酶五种主要成分的最适浓度分别为 10ng、150 nmol/L、1.5 mmol/L、150 μmol/L、0.5 U。在扩增过程中,引物的适宜退火温度比其 Tm 值平均高 4.5℃,扩增出足量产物至少需要 30 个热循环。利用该优化反应体系和扩增条件,对 13 份不同茶树种质资源进行ISSR-PCR 扩增,扩增产物的多态性为 77.6%。引物 TRI18 构建的 ISSR 指纹图谱,可以区分 13 份茶树资源中的 12 份,分辨率达 92.3%。 展开更多
关键词 茶树 ISSR-PCR 模板DNA 引物 简单重复序列 核苷
在线阅读 下载PDF
上一页 1 2 下一页 到第
使用帮助 返回顶部