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免疫细胞与乳腺癌风险的因果关系及脑脊液代谢物的中介机制:基于孟德尔随机化的研究
1
作者
闫礼
冉然
+3 位作者
赵诗迪
陈思洁
周妍
杨谨
《西安交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025年第4期622-632,共11页
目的通过孟德尔随机化(MR)分析免疫表型与乳腺癌(BC)风险之间的遗传关联,以及脑脊液(CSF)代谢物在其中发挥的中介作用。方法采用MR评估免疫细胞与BC风险之间的遗传关联及其可能的媒介。免疫细胞、CSF代谢物和BC的遗传统计数据来源于全...
目的通过孟德尔随机化(MR)分析免疫表型与乳腺癌(BC)风险之间的遗传关联,以及脑脊液(CSF)代谢物在其中发挥的中介作用。方法采用MR评估免疫细胞与BC风险之间的遗传关联及其可能的媒介。免疫细胞、CSF代谢物和BC的遗传统计数据来源于全基因组关联研究(GWAS)目录。主要使用逆方差加权法(IVW)进行了双样本MR分析,以研究免疫流行病学与BC之间的遗传关联。分析CSF代谢物的中介作用。使用Cochran’s Q统计量进行异质性检验,MR Egger截距检验水平多效性,MR-PRESSO检测异常值,使用leave-one-out(LOO)进行敏感性分析。结果IVW方法进行的MR分析表明,HLA DR^(+)CD4^(+)T细胞与BC风险的降低有关(OR=0.972,95%CI:0.955~0.990,P=0.003),HLA DR^(+)CD4^(+)T细胞与甲基琥珀酰肉碱水平之间存在负遗传关联(OR=0.922,95%CI:0.861~0.986,P=0.018),而后者与BC风险之间存在正遗传关联(OR=1.029,95%CI:1.012~1.047,P<0.001)。中介分析表明,在校正CSF甲基琥珀酰肉碱水平后,直接效应仍保持显著(β=-0.026,SE=0.009)。而间接效应(β=-0.002,Delta Method SE=0.001),提示免疫细胞对BC风险的保护作用中,该CSF代谢物可能介导8.36%的关联(95%CI:-12.4%~29.1%)。结论遗传学预测的HLA DR^(+)CD4^(+)T细胞可能通过调控CSF代谢物甲基琥珀酰肉碱水平降低BC发生风险。
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关键词
免疫表型
脑脊液(CSF)代谢介质
乳腺癌
(
bc
)
孟德尔随机化
肿瘤模拟
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职称材料
基于互信息和距离相关性算法的乳腺癌信号转导通路串扰
被引量：
4
2
作者
仲如星
孔薇
《科学技术与工程》
北大核心
2017年第29期205-211,共7页
乳腺癌(breast cancer,BC)作为女性最常见的恶性肿瘤迄今为止起因尚不明确。近年来针对单个基因或单条信号通路(pathway)的研究难以分析疾病的复杂发病机理。考虑到信号传导通路之间普遍存在相互关联和相互串扰的分子生物学特性,从基因...
乳腺癌(breast cancer,BC)作为女性最常见的恶性肿瘤迄今为止起因尚不明确。近年来针对单个基因或单条信号通路(pathway)的研究难以分析疾病的复杂发病机理。考虑到信号传导通路之间普遍存在相互关联和相互串扰的分子生物学特性,从基因之间的关联性出发,首先基于互信息(mutual information,MI)算法提取出了BC患病和健康对照样本中关联度具有明显变化的基因作为特征基因,在此基础上,基于KEGG通路分析获取特征基因所涉及的信号传导通路,并利用距离相关性(distance correlation,DC)算法度量它们之间的串扰关系,最终探寻到26条BC患病前后串扰关系变化较大的通路,通过生物学分析得到:胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)、I型糖尿病信号通路(type I diabetes mellitus pathway)、核糖体(ribosome pathway)信号通路等通路间的串扰及特征基因的显著变化对BC的发生和发展具有重要的推动作用。研究结果为探寻BC的致病机理提供了新的思路和有益的支撑。
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关键词
乳腺癌
(
bc
)
互信息(MI)
距离相关性(DC)
通路串扰
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职称材料
题名
免疫细胞与乳腺癌风险的因果关系及脑脊液代谢物的中介机制:基于孟德尔随机化的研究
1
作者
闫礼
冉然
赵诗迪
陈思洁
周妍
杨谨
机构
西安交通大学第一附属医院癌症中心
西安交通大学第一附属医院精准医学中心
西安交通大学第一附属医院肿瘤内科
西安交通大学第一附属医院Ⅰ期临床试验病房
出处
《西安交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025年第4期622-632,共11页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.82173277)
北京市科技创新医学发展基金项目(No.KC2023-JX-0082-10)。
文摘
目的通过孟德尔随机化(MR)分析免疫表型与乳腺癌(BC)风险之间的遗传关联,以及脑脊液(CSF)代谢物在其中发挥的中介作用。方法采用MR评估免疫细胞与BC风险之间的遗传关联及其可能的媒介。免疫细胞、CSF代谢物和BC的遗传统计数据来源于全基因组关联研究(GWAS)目录。主要使用逆方差加权法(IVW)进行了双样本MR分析,以研究免疫流行病学与BC之间的遗传关联。分析CSF代谢物的中介作用。使用Cochran’s Q统计量进行异质性检验,MR Egger截距检验水平多效性,MR-PRESSO检测异常值,使用leave-one-out(LOO)进行敏感性分析。结果IVW方法进行的MR分析表明,HLA DR^(+)CD4^(+)T细胞与BC风险的降低有关(OR=0.972,95%CI:0.955~0.990,P=0.003),HLA DR^(+)CD4^(+)T细胞与甲基琥珀酰肉碱水平之间存在负遗传关联(OR=0.922,95%CI:0.861~0.986,P=0.018),而后者与BC风险之间存在正遗传关联(OR=1.029,95%CI:1.012~1.047,P<0.001)。中介分析表明,在校正CSF甲基琥珀酰肉碱水平后,直接效应仍保持显著(β=-0.026,SE=0.009)。而间接效应(β=-0.002,Delta Method SE=0.001),提示免疫细胞对BC风险的保护作用中,该CSF代谢物可能介导8.36%的关联(95%CI:-12.4%~29.1%)。结论遗传学预测的HLA DR^(+)CD4^(+)T细胞可能通过调控CSF代谢物甲基琥珀酰肉碱水平降低BC发生风险。
关键词
免疫表型
脑脊液(CSF)代谢介质
乳腺癌
(
bc
)
孟德尔随机化
肿瘤模拟
Keywords
immunophenotype
cerebrospinal fluid(CSF)metabolism mediator
breast cancer(
bc
)
Mendelian randomization(MR)
tumor mimicry
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
R392.3 [医药卫生—免疫学]
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职称材料
题名
基于互信息和距离相关性算法的乳腺癌信号转导通路串扰
被引量：
4
2
作者
仲如星
孔薇
机构
上海海事大学信息工程学院
出处
《科学技术与工程》
北大核心
2017年第29期205-211,共7页
基金
国家自然科学基金(61271466)
上海市教委科研创新项目(15ZZ079)资助
文摘
乳腺癌(breast cancer,BC)作为女性最常见的恶性肿瘤迄今为止起因尚不明确。近年来针对单个基因或单条信号通路(pathway)的研究难以分析疾病的复杂发病机理。考虑到信号传导通路之间普遍存在相互关联和相互串扰的分子生物学特性,从基因之间的关联性出发,首先基于互信息(mutual information,MI)算法提取出了BC患病和健康对照样本中关联度具有明显变化的基因作为特征基因,在此基础上,基于KEGG通路分析获取特征基因所涉及的信号传导通路,并利用距离相关性(distance correlation,DC)算法度量它们之间的串扰关系,最终探寻到26条BC患病前后串扰关系变化较大的通路,通过生物学分析得到:胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)、I型糖尿病信号通路(type I diabetes mellitus pathway)、核糖体(ribosome pathway)信号通路等通路间的串扰及特征基因的显著变化对BC的发生和发展具有重要的推动作用。研究结果为探寻BC的致病机理提供了新的思路和有益的支撑。
关键词
乳腺癌
(
bc
)
互信息(MI)
距离相关性(DC)
通路串扰
Keywords
breast cancer (
bc
)
mutual information (MI)
distance correlation (DC)
pathway crosstalk
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
免疫细胞与乳腺癌风险的因果关系及脑脊液代谢物的中介机制:基于孟德尔随机化的研究
闫礼
冉然
赵诗迪
陈思洁
周妍
杨谨
《西安交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
基于互信息和距离相关性算法的乳腺癌信号转导通路串扰
仲如星
孔薇
《科学技术与工程》
北大核心
2017
4
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