克隆及测序草鱼（Ctenopharyngodon idella）长江3个群体的主要组织相容性复合体（MHC）Class II B基因编码β1和β2区的第2和第3个外显子及两个外显子之间的内含子,分析了草鱼MHC的进化模式和种群遗传结构。结果显示：实验共定义了34...克隆及测序草鱼（Ctenopharyngodon idella）长江3个群体的主要组织相容性复合体（MHC）Class II B基因编码β1和β2区的第2和第3个外显子及两个外显子之间的内含子,分析了草鱼MHC的进化模式和种群遗传结构。结果显示：实验共定义了34个等位基因,每条序列包括长为130~136 bp的第2个外显子,长为218 bp的第3个外显子以及长81~371 bp的内含子。序列分析揭示,第2个外显子有106个核苷酸变异位点（78%）和40个氨基酸变异位点（88%）,而第3个外显子有100个核苷酸变异位点（45%）和41个氨基酸变异位点（56%）,β1变异要大于β2区。用β1和β2区序列分别构建的邻接（NJ）系统树均显示5个具有高支持率的谱系,结合序列变异特点和内含子长度,推测草鱼至少存在5个MHC Class II座位。分别计算β1的肽结合位点（PBR）、非肽结合位点及β2的非同义替换率（dN）和同义替换率（dS）,PBR的dN/dS为2.03（P〈0.05）,非肽结合位点和β2则小于1,表明草鱼MHC受到歧化选择作用。根据等位基因在群体中的分布频率作分子方差分析（AMOVA）,得出FST为0.37%,提示长江草鱼MHC没有遗传分化。展开更多
文摘克隆及测序草鱼（Ctenopharyngodon idella）长江3个群体的主要组织相容性复合体（MHC）Class II B基因编码β1和β2区的第2和第3个外显子及两个外显子之间的内含子,分析了草鱼MHC的进化模式和种群遗传结构。结果显示：实验共定义了34个等位基因,每条序列包括长为130~136 bp的第2个外显子,长为218 bp的第3个外显子以及长81~371 bp的内含子。序列分析揭示,第2个外显子有106个核苷酸变异位点（78%）和40个氨基酸变异位点（88%）,而第3个外显子有100个核苷酸变异位点（45%）和41个氨基酸变异位点（56%）,β1变异要大于β2区。用β1和β2区序列分别构建的邻接（NJ）系统树均显示5个具有高支持率的谱系,结合序列变异特点和内含子长度,推测草鱼至少存在5个MHC Class II座位。分别计算β1的肽结合位点（PBR）、非肽结合位点及β2的非同义替换率（dN）和同义替换率（dS）,PBR的dN/dS为2.03（P〈0.05）,非肽结合位点和β2则小于1,表明草鱼MHC受到歧化选择作用。根据等位基因在群体中的分布频率作分子方差分析（AMOVA）,得出FST为0.37%,提示长江草鱼MHC没有遗传分化。
