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基于SSR标记的荷花品种遗传多样性及群体结构分析
被引量：
9
1
作者
杜凤凤
刘晓静
+3 位作者
常雅军
李乃伟
李丕睿
姚东瑞
《植物资源与环境学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第1期9-16,共8页
采用SSR标记技术对42个荷花品种（Nelumbo spp.）的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析（PCo A）。结果表明：采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位...
采用SSR标记技术对42个荷花品种（Nelumbo spp.）的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析（PCo A）。结果表明：采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位点百分率为88.31%;每对引物可扩增出1~9个多态性位点。根据Nei’s遗传距离,供试的42个荷花品种可被分成Ⅰ和Ⅱ两组,分别包含3和39个品种;在Nei’s遗传距离0.150处,Ⅱ组被进一步分成Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc 3个亚组,分别包含3、16和20个品种。群体结构分析结果表明：组分概率高于等于0.80时,供试的42个荷花品种被分成Pop1、Pop2和混合群3个亚群,分别包含17、16和9个品种。PCo A分析结果表明：在F1水平上,供试的42个荷花品种被分成2个部分;其中,Pop1亚群的品种均分布在第二和第三象限,而Pop2亚群的品种则分布在第一和第四象限。总体来看,聚类分析、群体结构分析和PCo A分析的结果基本一致。综合分析结果表明：Ⅰ组包含美洲黄莲（N.lutea Pers.）品种‘艾江南’,且与传统中国莲（N.nucifera Gaertn.）品种的亲缘关系最远,故认为该组为美洲黄莲;Ⅱ组为中国莲,其中,Ⅱc亚组以传统中国莲品种为主,而Ⅱb亚组则偏重于美洲黄莲。总体上看,供试的42个荷花品种主要被分为中国莲和美洲黄莲两组,而中美杂交莲并没有独立成组,其成因有待进一步研究。
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关键词
荷花品种
SSR标记
遗传多样性
UPGMA聚类
分析
群体结构
分析
主
坐标
分析
(
pco
A)
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职称材料
题名
基于SSR标记的荷花品种遗传多样性及群体结构分析
被引量：
9
1
作者
杜凤凤
刘晓静
常雅军
李乃伟
李丕睿
姚东瑞
机构
江苏省中国科学院植物研究所(南京中山植物园)
出处
《植物资源与环境学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第1期9-16,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(31400604)
江苏省自然科学基金资助项目(BK20151370)
+1 种基金
国家海洋公益性行业科研专项(201505023-4)
江苏省中国科学院植物研究所基金资助项目(SQ201403)
文摘
采用SSR标记技术对42个荷花品种（Nelumbo spp.）的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析（PCo A）。结果表明：采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位点百分率为88.31%;每对引物可扩增出1~9个多态性位点。根据Nei’s遗传距离,供试的42个荷花品种可被分成Ⅰ和Ⅱ两组,分别包含3和39个品种;在Nei’s遗传距离0.150处,Ⅱ组被进一步分成Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc 3个亚组,分别包含3、16和20个品种。群体结构分析结果表明：组分概率高于等于0.80时,供试的42个荷花品种被分成Pop1、Pop2和混合群3个亚群,分别包含17、16和9个品种。PCo A分析结果表明：在F1水平上,供试的42个荷花品种被分成2个部分;其中,Pop1亚群的品种均分布在第二和第三象限,而Pop2亚群的品种则分布在第一和第四象限。总体来看,聚类分析、群体结构分析和PCo A分析的结果基本一致。综合分析结果表明：Ⅰ组包含美洲黄莲（N.lutea Pers.）品种‘艾江南’,且与传统中国莲（N.nucifera Gaertn.）品种的亲缘关系最远,故认为该组为美洲黄莲;Ⅱ组为中国莲,其中,Ⅱc亚组以传统中国莲品种为主,而Ⅱb亚组则偏重于美洲黄莲。总体上看,供试的42个荷花品种主要被分为中国莲和美洲黄莲两组,而中美杂交莲并没有独立成组,其成因有待进一步研究。
关键词
荷花品种
SSR标记
遗传多样性
UPGMA聚类
分析
群体结构
分析
主
坐标
分析
(
pco
A)
Keywords
lotus cultivars（Nelumbo spp.）
SSR marker
genetic diversity
UPGMA cluster analysis
population structure analysis
principal coordinate analysis（
pco
A）
分类号
Q946-33 [生物学—植物学]
S682.32 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于SSR标记的荷花品种遗传多样性及群体结构分析
杜凤凤
刘晓静
常雅军
李乃伟
李丕睿
姚东瑞
《植物资源与环境学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
9
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