为探究产酯酶库德里阿兹威毕赤酵母(Pichia kudriavzevii)混菌发酵的代谢机制,本研究使用串联质谱标签(tandem mass tags,TMT)定量蛋白质组学技术,对P.kudriavzevii JM5-4单菌纯培养以及与丁酸梭菌(Clostridium butyricum)GD1-1共培养...为探究产酯酶库德里阿兹威毕赤酵母(Pichia kudriavzevii)混菌发酵的代谢机制,本研究使用串联质谱标签(tandem mass tags,TMT)定量蛋白质组学技术,对P.kudriavzevii JM5-4单菌纯培养以及与丁酸梭菌(Clostridium butyricum)GD1-1共培养条件下的蛋白质组学进行分析。利用气相色谱-质谱联用仪检测单菌与混菌发酵时的代谢产物。结果显示,混菌发酵时发酵液中乙醇、乙酸、乙酸乙酯的产量分别为2.396、0.425 g/L和0.544 g/L,分别是单菌发酵的1.5、4.0倍和2.0倍。利用TMT定量蛋白质组学技术鉴定到3164个可定量蛋白质。共筛选到355个差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs),包括上调蛋白159个、下调蛋白质196个。基因本体论和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库功能富集分析显示,三羧酸循环、药物代谢、小分子代谢、细胞质大核糖体亚基、细胞质核糖体、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸结合、氧化还原酶活性等定位蛋白质发生了显著性变化。利用CELLO软件对DEPs进行亚细胞定位,将257个蛋白质定位到8个不同的细胞器,主要分布在细胞质(129个)、线粒体(91个)、细胞核(19个)等。355个DEPs通过KEGG注释显示其主要涉及氧化磷酸化、辅因子的生物合成、三羧酸循环、糖酵解/糖异生等代谢亚系统。在混菌发酵时,糖酵解/糖异生(丙酮酸脱氢酶、醛脱氢酶等)、三羧酸代谢(柠檬酸合酶、乌头酸盐水合酶、富马酸水合酶、苹果酸脱氢酶等)、乙醛酸和二羧酸代谢(羟基丙酮酸还原酶、乙醛酸还原酶等)的DEPs全部上调,表明共培养条件下明显促进了JM5-4的生长与代谢。此外,涉及酯酶(S-甲酰谷胱甘肽水解酶、核糖核酸酶、海藻糖磷酸酶)的DEPs全部上调,表明混菌发酵对JM5-4产酯酶能力具有一定的积极作用。本研究可为探究白酒酿造过程中的混菌发酵机制、菌株代谢特性以及提高白酒风味品质提供一定的理论指导。展开更多
雌激素和血清中的激素及各种生长因子在乳腺癌的发生、发展过程中发挥着重要的作用。研究雌激素和血清对乳腺癌细胞中蛋白质组成和含量的影响对于阐明雌激素和血清对乳腺癌细胞影响的分子机理具有重要的意义。利用四重用于相对和绝对定...雌激素和血清中的激素及各种生长因子在乳腺癌的发生、发展过程中发挥着重要的作用。研究雌激素和血清对乳腺癌细胞中蛋白质组成和含量的影响对于阐明雌激素和血清对乳腺癌细胞影响的分子机理具有重要的意义。利用四重用于相对和绝对定量的等量异位标签(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)标记结合二维液相色谱-串联质谱(two-dimensional liquid chrom atography-tandem mass spectrometry,2D-LC-MS/MS)对雌二醇(17β-oestradiol,E2)和血清各自以及共同作用对MCF7乳腺癌细胞内蛋白质表达的影响进行了比较,共鉴定到置信度在95%以上的蛋白质576种,其中各组相对于正常培养组的细胞共找到26种差异在1倍以上的蛋白质,其中10种上调,16种下调。研究发现E2和血清可显著影响细胞内与蛋白质合成相关的蛋白质的水平。实验结果表明:iTRAQ-LC-MS/MS是进行多个样品差异蛋白组比较的一种有效方法。展开更多
蛋白质是牛乳中重要的营养成分,然而关于脱脂处理对牛乳蛋白含量的影响尚不清楚。本文采用串联质谱标签(Tandem Mass Tags,TMT)标记定量蛋白组学方法,对全脂牛乳和脱脂牛乳中全蛋白组进行分析,探究脱脂对牛乳蛋白的影响。全脂和脱脂牛...蛋白质是牛乳中重要的营养成分,然而关于脱脂处理对牛乳蛋白含量的影响尚不清楚。本文采用串联质谱标签(Tandem Mass Tags,TMT)标记定量蛋白组学方法,对全脂牛乳和脱脂牛乳中全蛋白组进行分析,探究脱脂对牛乳蛋白的影响。全脂和脱脂牛乳中共鉴定出1352个蛋白,筛选出199个差异表达蛋白。与全脂牛乳相比,脱脂后有67个蛋白上调,132个蛋白下调。牛乳主要活性蛋白中,κ-酪蛋白在脱脂后相对含量降低,而β-乳球蛋白和乳铁蛋白在脱脂后相对含量升高,α-乳白蛋白、αs1-酪蛋白、αs2-酪蛋白、β-酪蛋白、牛血清蛋白及乳过氧化物酶相对含量则无显著性差异。乳脂肪球膜蛋白中嗜乳脂蛋白和乳凝集素在脱脂后相对含量降低。脱脂对牛乳中骨架蛋白、代谢相关蛋白等也有影响,改变了牛乳品质及营养价值。通过对全脂和脱脂牛乳中蛋白质分析,明确了脱脂对牛乳蛋白的影响,可以为婴幼儿乳品开发及消费者购买不同脂肪含量的牛奶提供参考。展开更多
目的:分析有腋窝淋巴结转移和无腋窝淋巴结转移的乳腺浸润性导管癌患者血清中的差异蛋白,筛选与乳腺癌转移相关的生物标志物和治疗靶点。方法:本研究采用定量蛋白质组学串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)标记技术分别对14例有腋窝淋巴...目的:分析有腋窝淋巴结转移和无腋窝淋巴结转移的乳腺浸润性导管癌患者血清中的差异蛋白,筛选与乳腺癌转移相关的生物标志物和治疗靶点。方法:本研究采用定量蛋白质组学串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)标记技术分别对14例有腋窝淋巴结转移及14例无腋窝淋巴结转移的乳腺癌患者血清蛋白进行检测,并对蛋白质进行定量分析,筛选出发生显著变化的差异蛋白,再搜索Uniprot数据库和用Proteome Discoverer软件分析,进一步进行生物信息学分析。结果:有腋窝淋巴结转移组中共筛选出差异蛋白119个,其中6个表达上调,113个表达下调。基因本体(gene ontology,GO)注释分析和功能聚类分析表明,这些差异蛋白质主要定位于细胞外区,与肿瘤的生物合成、细胞增殖、血管生成相关。Western boltting和qRT-PCR验证了K1C19(下调0.11倍)和PSME2(上调2.02倍)的表达。结论:TMT定量蛋白组学方法能有效筛选有腋窝淋巴结转移的和无腋窝淋巴结转移的乳腺癌患者血清中的差异蛋白。其中,K1C19和PSME2是值得进一步研究的乳腺癌淋巴结转移的候选血清标志物。展开更多
数据非依赖的质谱采集是近年来发展的一种新型多级质谱分析方法,只需一次进样便可同时快速获取所有母离子及其子离子信息。本研究以肺癌血浆样本为研究对象,采用数据非依赖的SWATH(sequential windowed acquisition of all theoretical ...数据非依赖的质谱采集是近年来发展的一种新型多级质谱分析方法,只需一次进样便可同时快速获取所有母离子及其子离子信息。本研究以肺癌血浆样本为研究对象,采用数据非依赖的SWATH(sequential windowed acquisition of all theoretical fragment ions)采集技术,建立了液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)同时定性定量分析血浆代谢组。基于代谢物数据库识别比对,成功识别了93个代谢物,实现了代谢物的定性分析。对成功识别的代谢物建立定量分析方法并进行方法学考察。结果表明,其中90个代谢物的线性相关系数大于0.99,定量限在1.25~12000μg/L之间;其中有86个代谢物可以满足生物样本定量分析的要求,其连续4天的日内精密度和日间精密度均小于20%;在4℃下,96 h内的放置稳定性在0.62%~19.35%之间。该方法的覆盖率高,能同时快速准确地对肺癌血浆中癌症相关代谢物进行定性定量分析,也适用于其他生物样品,可以为定量代谢组学分析提供重要的方法学平台。展开更多
文摘为探究产酯酶库德里阿兹威毕赤酵母(Pichia kudriavzevii)混菌发酵的代谢机制,本研究使用串联质谱标签(tandem mass tags,TMT)定量蛋白质组学技术,对P.kudriavzevii JM5-4单菌纯培养以及与丁酸梭菌(Clostridium butyricum)GD1-1共培养条件下的蛋白质组学进行分析。利用气相色谱-质谱联用仪检测单菌与混菌发酵时的代谢产物。结果显示,混菌发酵时发酵液中乙醇、乙酸、乙酸乙酯的产量分别为2.396、0.425 g/L和0.544 g/L,分别是单菌发酵的1.5、4.0倍和2.0倍。利用TMT定量蛋白质组学技术鉴定到3164个可定量蛋白质。共筛选到355个差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs),包括上调蛋白159个、下调蛋白质196个。基因本体论和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库功能富集分析显示,三羧酸循环、药物代谢、小分子代谢、细胞质大核糖体亚基、细胞质核糖体、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸结合、氧化还原酶活性等定位蛋白质发生了显著性变化。利用CELLO软件对DEPs进行亚细胞定位,将257个蛋白质定位到8个不同的细胞器,主要分布在细胞质(129个)、线粒体(91个)、细胞核(19个)等。355个DEPs通过KEGG注释显示其主要涉及氧化磷酸化、辅因子的生物合成、三羧酸循环、糖酵解/糖异生等代谢亚系统。在混菌发酵时,糖酵解/糖异生(丙酮酸脱氢酶、醛脱氢酶等)、三羧酸代谢(柠檬酸合酶、乌头酸盐水合酶、富马酸水合酶、苹果酸脱氢酶等)、乙醛酸和二羧酸代谢(羟基丙酮酸还原酶、乙醛酸还原酶等)的DEPs全部上调,表明共培养条件下明显促进了JM5-4的生长与代谢。此外,涉及酯酶(S-甲酰谷胱甘肽水解酶、核糖核酸酶、海藻糖磷酸酶)的DEPs全部上调,表明混菌发酵对JM5-4产酯酶能力具有一定的积极作用。本研究可为探究白酒酿造过程中的混菌发酵机制、菌株代谢特性以及提高白酒风味品质提供一定的理论指导。
文摘雌激素和血清中的激素及各种生长因子在乳腺癌的发生、发展过程中发挥着重要的作用。研究雌激素和血清对乳腺癌细胞中蛋白质组成和含量的影响对于阐明雌激素和血清对乳腺癌细胞影响的分子机理具有重要的意义。利用四重用于相对和绝对定量的等量异位标签(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)标记结合二维液相色谱-串联质谱(two-dimensional liquid chrom atography-tandem mass spectrometry,2D-LC-MS/MS)对雌二醇(17β-oestradiol,E2)和血清各自以及共同作用对MCF7乳腺癌细胞内蛋白质表达的影响进行了比较,共鉴定到置信度在95%以上的蛋白质576种,其中各组相对于正常培养组的细胞共找到26种差异在1倍以上的蛋白质,其中10种上调,16种下调。研究发现E2和血清可显著影响细胞内与蛋白质合成相关的蛋白质的水平。实验结果表明:iTRAQ-LC-MS/MS是进行多个样品差异蛋白组比较的一种有效方法。
文摘蛋白质是牛乳中重要的营养成分,然而关于脱脂处理对牛乳蛋白含量的影响尚不清楚。本文采用串联质谱标签(Tandem Mass Tags,TMT)标记定量蛋白组学方法,对全脂牛乳和脱脂牛乳中全蛋白组进行分析,探究脱脂对牛乳蛋白的影响。全脂和脱脂牛乳中共鉴定出1352个蛋白,筛选出199个差异表达蛋白。与全脂牛乳相比,脱脂后有67个蛋白上调,132个蛋白下调。牛乳主要活性蛋白中,κ-酪蛋白在脱脂后相对含量降低,而β-乳球蛋白和乳铁蛋白在脱脂后相对含量升高,α-乳白蛋白、αs1-酪蛋白、αs2-酪蛋白、β-酪蛋白、牛血清蛋白及乳过氧化物酶相对含量则无显著性差异。乳脂肪球膜蛋白中嗜乳脂蛋白和乳凝集素在脱脂后相对含量降低。脱脂对牛乳中骨架蛋白、代谢相关蛋白等也有影响,改变了牛乳品质及营养价值。通过对全脂和脱脂牛乳中蛋白质分析,明确了脱脂对牛乳蛋白的影响,可以为婴幼儿乳品开发及消费者购买不同脂肪含量的牛奶提供参考。
文摘数据非依赖的质谱采集是近年来发展的一种新型多级质谱分析方法,只需一次进样便可同时快速获取所有母离子及其子离子信息。本研究以肺癌血浆样本为研究对象,采用数据非依赖的SWATH(sequential windowed acquisition of all theoretical fragment ions)采集技术,建立了液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)同时定性定量分析血浆代谢组。基于代谢物数据库识别比对,成功识别了93个代谢物,实现了代谢物的定性分析。对成功识别的代谢物建立定量分析方法并进行方法学考察。结果表明,其中90个代谢物的线性相关系数大于0.99,定量限在1.25~12000μg/L之间;其中有86个代谢物可以满足生物样本定量分析的要求,其连续4天的日内精密度和日间精密度均小于20%;在4℃下,96 h内的放置稳定性在0.62%~19.35%之间。该方法的覆盖率高,能同时快速准确地对肺癌血浆中癌症相关代谢物进行定性定量分析,也适用于其他生物样品,可以为定量代谢组学分析提供重要的方法学平台。
