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泡桐丛枝植原体Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因的克隆及蛋白特性分析 被引量:8
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作者 岳红妮 吴宽 +2 位作者 吴云锋 张珏 孙润红 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期25-31,共7页
采用PCR方法扩增Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因,并进行了生物信息学分析。通过SWISS-MODEL同源建模与3D-PSSM折叠子识别法构建蛋白质的三维结构,并通过PROCHECK程序验证构建的三维结构的可靠性。首次从泡桐丛枝(PaWB)植原体基因组中... 采用PCR方法扩增Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因,并进行了生物信息学分析。通过SWISS-MODEL同源建模与3D-PSSM折叠子识别法构建蛋白质的三维结构,并通过PROCHECK程序验证构建的三维结构的可靠性。首次从泡桐丛枝(PaWB)植原体基因组中分离出Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因,各基因全长依次为2 508、1 242 bp和411 bp,分别编码835、204个及136个氨基酸的蛋白。SecA、SecY和SecE均为脂溶性稳定蛋白,SecA无明显跨膜区,SecY和SecE分别含有10个和3个明显的疏水跨膜区。二级结构主要为螺旋,其次为折叠和无规则卷曲,没有转角。构建的三维结构符合立体化学原则。泡桐丛枝(PaWB)植原体中存在的Sec分泌蛋白转运系统作为最主要的运输途径,可能直接转运菌体蛋白如毒素等直接到寄主细胞质中或介体昆虫细胞中,引起寄主病症。研究植原体的Sec蛋白转运系统对于了解植原体的致病机理及预防这类病害的发生提供了理论依据。 展开更多
关键词 泡桐丛枝植原体 Sec分泌蛋白转运系统 SECA SecY和SecE亚基 生物信息学
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泡桐丛枝植原体河北平山和江西吉安株系胸苷酸激酶基因多态性分析 被引量:4
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作者 宋传生 胡佳续 +3 位作者 林彩丽 任争光 耿显胜 田国忠 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第8期108-118,共11页
设计引物并PCR扩增河北平山株系PaWBPs和江西吉安株系PaWBJan的tmk基因,直接和克隆测定tmk序列,利用DNAMAN,MEGA等软件进行序列多样性、序列变异、蛋白功能域、系统进化等比较分析。结果表明:从PaWBPs和PaWBJan中克隆测序的93条和41条tm... 设计引物并PCR扩增河北平山株系PaWBPs和江西吉安株系PaWBJan的tmk基因,直接和克隆测定tmk序列,利用DNAMAN,MEGA等软件进行序列多样性、序列变异、蛋白功能域、系统进化等比较分析。结果表明:从PaWBPs和PaWBJan中克隆测序的93条和41条tmk-a中,分别有52和24种不同的序列,tmk-a ORF可被划分为2类,tmk-a-1为639 bp,tmk-a-2为627 bp,PaWBPs株系tmk-a-1与tmk-a-2序列条数的比值约为2.5,而PaWBJan株系为3.3;PaWBPs有5个相同的tmk-a-1序列与PaWBJan的一个tmk-a-1序列及枣疯植原体tmk-Y序列完全一致。因多位点突变,PaWBPs含假基因比例达48.1%,PaWBJan的为41.7%;tmk-b基因为单一序列,两株系的tmkb核酸序列相似性为99.8%,编码蛋白仅有一个氨基酸差异。TMK-a和TMK-b中都具有胸苷酸激酶的3个保守功能域。系统进化分析显示,泡桐丛枝植原体的2个株系的所有tmk-a序列都与枣疯植原体tmk-X和tmk-Y等聚为一个进化枝Ⅰ中;而tmk-b与小麦蓝矮tmk-2等聚为另一进化枝Ⅲ,基于tmk-b序列和基于16S rDNA序列构建的系统进化树一致,tmk-b有助于植原体16Sr组水平的分类,而tmk-a可用于植原体株系变异和遗传多样性分析。 展开更多
关键词 泡桐丛枝植原体 胸苷酸激酶基因 假基因 功能域 变异 系统进化
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泡桐丛枝植原体胸苷酸激酶的原核表达、纯化及酶活性测定 被引量:3
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作者 宋传生 胡佳续 +3 位作者 林彩丽 任争光 耿显胜 田国忠 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2014年第6期786-793,共8页
胸苷酸激酶是d TTP从头合成和补救途径的关键酶,催化d TMP形成d TDP,在DNA复制和生物的生存中发挥着必不可少的作用。本文在前期研究的基础上,对从泡桐丛枝(Pa WB)植原体中获得的的3个同源蛋白TMK-a-1、TMK-a-2及TMK-b与已报道的小麦蓝... 胸苷酸激酶是d TTP从头合成和补救途径的关键酶,催化d TMP形成d TDP,在DNA复制和生物的生存中发挥着必不可少的作用。本文在前期研究的基础上,对从泡桐丛枝(Pa WB)植原体中获得的的3个同源蛋白TMK-a-1、TMK-a-2及TMK-b与已报道的小麦蓝矮(WBD)、洋葱黄化(OY-W)植原体的TMK-a、TMK-b的氨基酸序列进行了比对和相似性分析,结果显示Pa WBPS TMK-b与WBD TMK-2和OY-W TMK-b之间的相似性分别为95.65%和99.03%;Pa WBPS TMK-a-1与Pa WBPS TMK-a-2的相似性为90.57%,且二者与WBD TMK-1和OY-W TMK-a之间的相似性为87.32%-94.26%;而Pa WBPS、WBD、OY-W三种植原体的TMK-a与TMK-b之间的相似性仅为22.22%-25.95%。构建了Pa WBPS TMK-b、TMK-a-1、TMK-a-2的p ET28a原核表达载体,对Pa WBPS TMK-b、TMK-a-1、TMK-a-2 3种蛋白进行了原核表达,经Ni-NTA柱纯化后,利用双酶法进行了胸苷酸激酶催化活性测定,结果表明,Pa WBPS TMK-b具有较高的胸苷酸激酶活性,为85.96±0.74 U·mg-1,而Pa WBPS TMK-a-1和TMK-a-2几乎没有胸苷酸激酶活性。本文为进一步研究胸苷酸激酶在植原体繁殖过程中的作用机理奠定了基础。 展开更多
关键词 泡桐丛枝植原体 胸苷酸激酶 原核表达 酶活性
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泡桐丛枝植原体抗原膜蛋白基因序列分析与蛋白结构预测 被引量:5
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作者 岳红妮 吴云锋 史英姿 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第2期147-151,共5页
Paulownia witches’-broom disease which was caused by the paulownia witches’-broom phytoplasma(PaWB) is one of the severest diseases in paulownia production.Antigenic membrane protein(Amp) gene was cloned from Paulow... Paulownia witches’-broom disease which was caused by the paulownia witches’-broom phytoplasma(PaWB) is one of the severest diseases in paulownia production.Antigenic membrane protein(Amp) gene was cloned from Paulownia plants infected with Paulownia witches’-broom phytoplasma in Shaanxi Province.The gene was 696 bp in length,encoding a predicted protein of 231 amino acids.Homology analysis of sequence from PaWB and other 8 phytoplasmas of GenBank available showed that amp gene of PaWB was 100% identical to PaWB-Japan,and closely related to those of onion yellow(AY) and aster yellow(OY) in the same 16Sr Ⅰgroup with nucleotide acids sequences homology rate of 97%;However it had a lower nucleotide acids sequences homology rate of 37% with western X disease in 16Sr Ⅲ group.Prediction of protein structure showed that molecular weight of Amp was 24.7 ku and isoelectric point was 9.935.The Amp protein possessed acentral hydrophilic region and two hydrophobic transmembrane regions.There were several potential cleavage sites of signal peptide,the strongest cleavage site was at the end of Amp and there was no potential cleavage sites in the middle Amp.The information suggested that the protein should be of good antigenicity. 展开更多
关键词 泡桐丛枝植原体 抗原膜蛋白基因 同源性 蛋白结构
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苦楝丛枝植原体相关膜蛋白基因分析及结构预测
5
作者 吴德喜 袁恩平 +2 位作者 王连春 蔡红 陈海如 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期310-316,共7页
根据植原体编码蛋白转运系统SecY亚基以及抗原膜蛋白amp基因的保守序列分别设计引物,并采用PCR对采自云南文山的苦楝丛枝感病植株总DNA进行扩增、产物克隆及序列测定。结果显示扩增的SecY亚基DNA片段长1 354 bp,编码一个包含414个氨基酸... 根据植原体编码蛋白转运系统SecY亚基以及抗原膜蛋白amp基因的保守序列分别设计引物,并采用PCR对采自云南文山的苦楝丛枝感病植株总DNA进行扩增、产物克隆及序列测定。结果显示扩增的SecY亚基DNA片段长1 354 bp,编码一个包含414个氨基酸的SecY蛋白,序列同源性显示该片段与"Ca.Phytoplas-ma asteris"(16SrI组)中的株系最高,达94%~99%;构建16SrI组内基于secY序列的系统进化树,认为该株系为secY(I)-O亚组。扩增的免疫膜蛋白DNA片段长1 176 bp,编码1个包含233个氨基酸的免疫膜蛋白(Amp)。蛋白结构预测显示secY亚基蛋白是一个有9个跨膜区的整合跨膜蛋白,而Amp蛋白是一类两端具有明显跨膜区,且N-端有多肽切割位点的Ⅲ型膜蛋白。 展开更多
关键词 苦楝丛枝植原体 膜蛋白 SECY AMP 结构预测
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花生丛枝植原体免疫膜蛋白基因克隆及细菌双杂交诱饵质粒构建
6
作者 杨文君 张雨良 +3 位作者 王健华 余乃通 林湛松 刘志昕 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期429-435,共7页
初步分析植原体免疫膜蛋白的结构,以Imp构建诱饵质粒,为研究植原体与寄主互作的分子机理,探讨植原体传播、侵染及在寄主内的运输方式奠定基础。根据本实验室获得的花生丛枝植原体免疫膜蛋白基因序列设计特异性引物Imp-F/Imp-R,通过PCR... 初步分析植原体免疫膜蛋白的结构,以Imp构建诱饵质粒,为研究植原体与寄主互作的分子机理,探讨植原体传播、侵染及在寄主内的运输方式奠定基础。根据本实验室获得的花生丛枝植原体免疫膜蛋白基因序列设计特异性引物Imp-F/Imp-R,通过PCR扩增获得花生丛枝植原体免疫膜蛋白基因,大小519 bp,编码蛋白含有172个氨基酸残基,与SPWB膜蛋白的核苷酸差异一个碱基,氨基酸序列相同。另外与WBDL膜蛋白的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为79.8%和70.2%。对其进行系统发育树分析;初步分析imp基因编码蛋白的跨膜区和疏水区。分析结果表明:花生丛枝植原体免疫膜蛋白C端有一跨膜锚定区,N端主要为膜内亲水区,没有前导信号序列。预测花生丛枝植原体免疫膜蛋白是一类C端跨膜的植原体免疫膜蛋白。将imp基因克隆到带有λcI基因的pBT质粒上,构建诱饵载体pBT-Imp,并通过IPTG诱导表达,western blot检测和自激活检验对其进行检测。结果显示:所构建的诱饵载体pBT-Imp可用于细菌双杂交的进一步实验。 展开更多
关键词 花生丛枝植原体 免疫膜蛋白 细菌双杂交 诱饵载体
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secY和nusA基因在泡桐丛枝植原体亚组分类中的应用
7
作者 张磊 韩翔 +2 位作者 李正男 吴云锋 韩崇选 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2012年第11期91-96,共6页
【目的】利用分子生物学方法分析泡桐丛枝植原体转运蛋白secY基因及转录延伸因子nusA基因,从亚组水平上确定陕西泡桐丛枝植原体的分类地位。【方法】采集陕西杨凌、彬县、旬邑、永寿、周至和宝鸡等6个泡桐栽培区的泡桐丛枝样品,提取病... 【目的】利用分子生物学方法分析泡桐丛枝植原体转运蛋白secY基因及转录延伸因子nusA基因,从亚组水平上确定陕西泡桐丛枝植原体的分类地位。【方法】采集陕西杨凌、彬县、旬邑、永寿、周至和宝鸡等6个泡桐栽培区的泡桐丛枝样品,提取病样总核酸;设计引物对secY-F/R和nusA-F/R,对泡桐丛枝植原体secY、nusA基因进行PCR扩增及核苷酸序列测定与系统发育分析。【结果】获得了泡桐丛枝病植原体secY基因序列的全长,大小为1 358bp,编码414个氨基酸;获得了部分nusA基因序列,大小为946bp,编码315个氨基酸。序列同源性分析结果表明,陕西各县区泡桐丛枝植原体的secY、nusA基因序列均一致。一致性分析和系统发育分析表明,陕西泡桐丛枝植原体与台湾泡桐丛枝植原体的亲缘关系最近,secY、nusA基因序列的同源性分别为99.9%和99.6%。【结论】首次报道了泡桐丛枝植原体转运蛋白secY基因及转录延伸因子nusA基因的序列,并以其作为分类标准,将陕西泡桐丛枝植原体归属到16SrⅠ-D亚组。 展开更多
关键词 泡桐丛枝植原体 secY基因 nusA基因 序列分析
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云南花生丛枝植原体secY基因序列分析及结构预测 被引量:8
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作者 万琼莲 蔡红 +2 位作者 杨子祥 王连春 陈海如 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期163-168,共6页
对采自云南元谋的花生丛枝植株总DNA进行secY基因的巢式PCR扩增,得到约1 700 bp的特异扩增片段,将该扩增产物克隆后进行序列测定,表明该片段长1 709 bp,该序列包括部分rpl15基因、全部secY基因序列以及部分的map基因,为植原体部分spc核... 对采自云南元谋的花生丛枝植株总DNA进行secY基因的巢式PCR扩增,得到约1 700 bp的特异扩增片段,将该扩增产物克隆后进行序列测定,表明该片段长1 709 bp,该序列包括部分rpl15基因、全部secY基因序列以及部分的map基因,为植原体部分spc核糖体蛋白操纵子,其中secY基因编码的蛋白包括420个氨基酸,为含有10个明显跨膜区的整合性跨膜蛋白。通过同源性比对及构建的系统进化树,表明该株系与来源于台湾、海南的花生丛枝植原体亲缘关系最近,确定了该株系属于16SrII-A亚组成员。该分类结果与基于16SrDNA及rp基因的分析结果一致。 展开更多
关键词 花生丛枝植原体 云南 secY基因 序列分析
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泡桐E2基因家族分析及对丛枝植原体的响应 被引量:3
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作者 江小羊 曹喜兵 +2 位作者 赵振利 邓敏捷 范国强 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2022年第2期174-183,共10页
泛素结合酶(UBC)E2是泛素蛋白酶体系统的组成部分,在植物生长发育、形态建成和病原互作中扮演着重要角色。为研究E2基因家族在泡桐丛枝病幼苗形态变化中的作用,利用生物信息学方法对白花泡桐E2基因进行家族成员鉴定、染色体定位及分析... 泛素结合酶(UBC)E2是泛素蛋白酶体系统的组成部分,在植物生长发育、形态建成和病原互作中扮演着重要角色。为研究E2基因家族在泡桐丛枝病幼苗形态变化中的作用,利用生物信息学方法对白花泡桐E2基因进行家族成员鉴定、染色体定位及分析其在泡桐丛枝病发生过程中的作用。结果表明,白花泡桐基因组中含有56个E2基因家族成员,分别属于17个亚族。56个E2基因家族成员均含有外显子,而55个基因家族成员都含有内含子;53个基因家族成员都含有光响应元件、胁迫响应元件和激素响应元件;56个基因家族成员参与了28个基因重复事件,与拟南芥之间有41个共线性事件;PfUBC44、PfUBC45和PfUBC51可能与白花泡桐丛枝病发生相关。该结果对研究白花泡桐E2基因家族在泡桐丛枝病发生过程中的作用具有重要意义。 展开更多
关键词 白花泡桐 泛素结合酶 丛枝植原体 家族进化分析 E2基因
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莴苣丛枝植原体免疫膜蛋白(Imp)的抗原表位预测及Imp基因原核表达 被引量:1
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作者 施美辰 木万福 +3 位作者 万琼莲 王连春 蔡红 陈海如 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期167-172,共6页
采用PCR方法,从采自云南元谋地区的莴苣丛枝植株总DNA中扩增到植原体免疫膜蛋白Imp基因,并进行抗原表位分析和原核表达.结果表明,莴苣丛枝植原体免疫膜蛋白Imp基因长519 bp,编码一个包括172个氨基酸的蛋白.蛋白分子量为19 ku,理论等电点... 采用PCR方法,从采自云南元谋地区的莴苣丛枝植株总DNA中扩增到植原体免疫膜蛋白Imp基因,并进行抗原表位分析和原核表达.结果表明,莴苣丛枝植原体免疫膜蛋白Imp基因长519 bp,编码一个包括172个氨基酸的蛋白.蛋白分子量为19 ku,理论等电点为8.61,在N-末端有一个明显的跨膜区,不存在信号肽切割位点.抗原表位分析认为,该蛋白氨基酸的第62~ 83,95~113,133~145区段为该蛋白最可能的蛋白表位区.通过构建原核表达载体pET30a-lmp,转入宿主菌BL21(DE3)-plysS中,经IPTG诱导表达出约25 ku的融合蛋白. 展开更多
关键词 莴苣丛枝植原体 Imp基因 抗原表位 原核表达
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海南木豆丛枝植原体质粒全序列测定及分析 被引量:1
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作者 李玲婷 车海彦 +2 位作者 曹学仁 杨毅 罗大全 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2014年第7期1404-1408,共5页
提取木豆叶片基因组总DNA,通过克隆,测序木豆丛枝植原体海南株系质粒(pPPWB-Hn)的完整DNA序列,并使用生物信息学软件对该质粒全长序列进行分析。分析结果显示:pPPWB-Hn质粒全长4 218 bp,含有4个开放阅读框,分别编码Rep、dnaG、threonine... 提取木豆叶片基因组总DNA,通过克隆,测序木豆丛枝植原体海南株系质粒(pPPWB-Hn)的完整DNA序列,并使用生物信息学软件对该质粒全长序列进行分析。分析结果显示:pPPWB-Hn质粒全长4 218 bp,含有4个开放阅读框,分别编码Rep、dnaG、threonine synthase和未知蛋白。其中,Rep是2次跨膜蛋白,dnaG是单次跨膜蛋白,Rep和dnaG均与质粒自主复制有关。Rep和未知蛋白可能分布在细胞质中,dnaG可能定位到细胞膜上或膜外,Threonine synthase可能定位到线粒体膜上或线粒体内腔。系统进化树显示:pPPWB-Hn与植原体16SrⅡ组的pPNWB(AY270152),pTBBperi(DQ119297)及pTBBcap(DQ119296)处在同一进化分支。 展开更多
关键词 木豆丛枝植原体 质粒 序列分析
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我国木本植物致病性土壤杆菌的分子检测和比较鉴定 被引量:5
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作者 田国忠 李永 +2 位作者 朱水芳 贾瑞祥 王慧敏 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第2期63-72,共10页
根据根癌土壤杆菌Ti质粒的保守序列设计了2对引物,对我国不同木本植物上分离鉴定的10株致病性根癌土壤杆菌进行PCR,致瘤性根癌土壤杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)扩增出427bp和338bp的特异性DNA片段,而发根土壤杆菌(A.rhizogenes)仅扩... 根据根癌土壤杆菌Ti质粒的保守序列设计了2对引物,对我国不同木本植物上分离鉴定的10株致病性根癌土壤杆菌进行PCR,致瘤性根癌土壤杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)扩增出427bp和338bp的特异性DNA片段,而发根土壤杆菌(A.rhizogenes)仅扩增出338bp片段,放线土壤杆菌(A.radiobacter)、丁香假单胞菌(Pseudomonassyringae)和泡桐丛枝病植原体(phytoplasma)皆未有特异扩增带。用CYTCYT’引物对也可鉴定TDNA遗传转化瘤组织,而VirD2AVirD2E可用于工程土壤杆菌株侵染能力鉴定。从北京通州杨树苗圃和河北廊坊桃园的病树冠瘿组织和土壤中经选择培养基分离菌株,然后PCR筛选出6个致病性根癌土壤杆菌菌株,而未能从施用过抗根癌生防制剂的北京玉渊潭公园樱花根癌病园中分离和鉴定出典型的致病根癌土壤杆菌株。将杨树根癌土壤杆菌菌株(CFCC1001)异戊烯基转移酶基因(ipt)片段克隆和序列测定结果显示与A.tumefaciensTi15955菌株的ipt基因序列同源性为83.64%。用此片段制备的iptcRNA基因探针进行斑点杂交和Northernblot,结果显示此探针与杨树根癌土壤杆菌以及玫瑰、樱花、海棠、桃树等木本植物上分离鉴定的致病土壤杆菌菌株所扩增出的427bp片段都有明显杂交信号,但与引起泡桐丛枝病植原体染色质和染色质外DNA均未有明显杂交信号。 展开更多
关键词 土壤杆菌 多聚酶链式反应 ipt和VirD2基因 核酸杂交 泡桐丛枝植原体
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