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人血清白蛋白与氯氰菊酯相互作用的分子模拟研究 被引量:2
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作者 邓培渊 王辉 +2 位作者 袁洪哲 王广军 李长看 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期11-17,共7页
运用分子对接、分子动力学、结合自由能计算和丙氨酸扫描等分子模拟方法,研究了人血清白蛋白(human serum albumin,HSA)与氯氰菊酯的结合模式。结果表明:氯氰菊酯与HSA结合形成了稳定的复合物,与其氨基酸残基Arg209形成1个氢键,结合... 运用分子对接、分子动力学、结合自由能计算和丙氨酸扫描等分子模拟方法,研究了人血清白蛋白(human serum albumin,HSA)与氯氰菊酯的结合模式。结果表明:氯氰菊酯与HSA结合形成了稳定的复合物,与其氨基酸残基Arg209形成1个氢键,结合自由能为–83.43 kJ/mol,其中范德华力是结合的主要驱动力,极性溶剂化能是主要抑制力。丙氨酸突变扫描结果显示,氨基酸残基Lys199的ΔΔG_(bind)值为16.78 kJ/mol,是HSA和氯氰菊酯结合的关键氨基酸。该研究结果为阐明氯氰菊酯在人体内的代谢机制提供了理论参考。 展开更多
关键词 人血清白蛋白 氯氰菊酯 分子动力学 分子力学泊松-波尔兹曼表面积法(MM-PBSA) 丙氨酸突变扫描
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连翘脂苷A对乙酰胆碱酯酶的抑制作用 被引量:3
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作者 邓培渊 袁伟 +1 位作者 陈龙欣 杨莹莹 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2022年第3期178-181,272,共5页
连翘脂苷A(forsythiaside A,FTA)是连翘的主要活性成分,对阿尔茨海默症有一定的疗效。运用荧光竞争结合实验、分子对接、分子动力学模拟和丙氨酸突变扫描等方法分析了连翘脂苷A对乙酰胆碱酯酶(acetylcholinesterase,AChE)的抑制作用和... 连翘脂苷A(forsythiaside A,FTA)是连翘的主要活性成分,对阿尔茨海默症有一定的疗效。运用荧光竞争结合实验、分子对接、分子动力学模拟和丙氨酸突变扫描等方法分析了连翘脂苷A对乙酰胆碱酯酶(acetylcholinesterase,AChE)的抑制作用和结合模式。结果显示:连翘脂苷A对AChE有一定抑制作用IC_(50)值为1.11×10^(-7)mol/L,解离常数Ki值为5.5×10^(-8)mol/L,连翘脂苷A经由H键作用结合于AChE的CAS区,两者结合自由能为-98.20 kJ/mol,静电作用力是结合的主要驱动力,Ser200,Phe120和Ser205为两者结合的关键氨基酸。 展开更多
关键词 连翘脂苷A 乙酰胆碱酯酶 荧光竞争结合实验 分子动力学 丙氨酸突变扫描
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地黄梓醇和乙酰胆碱酯酶作用的分子动力学模拟 被引量:3
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作者 邓培渊 袁伟 +1 位作者 李长看 徐欢欢 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2021年第1期27-31,共5页
梓醇能有效的的改善阿茨海默尔症状,但与乙酰胆碱酯酶(Acetylcholinesterase,AchE)作用的分子机制尚不明晰.本文运用分子动力学模拟、结合自由能的计算和丙氨酸突变扫描的方法研究了两者的结合模式,结果表明:梓醇结合位点为乙酰胆碱酯... 梓醇能有效的的改善阿茨海默尔症状,但与乙酰胆碱酯酶(Acetylcholinesterase,AchE)作用的分子机制尚不明晰.本文运用分子动力学模拟、结合自由能的计算和丙氨酸突变扫描的方法研究了两者的结合模式,结果表明:梓醇结合位点为乙酰胆碱酯酶的催化活性中心,并形成3个氢键,结合自由能为-60.59 k J/mol,结合的主要驱动力是范德华力和静电作用力,主要抑制力是极性溶剂化能,Tyr151和Gln176是两者结合的关键氨基酸.这些研究为开发高效的Ach E梓醇类似物抑制剂提供理论支持. 展开更多
关键词 乙酰胆碱酯酶 梓醇 分子动力学 结合自由能 丙氨酸突变扫描
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