序列拼接是生物信息学的基础问题.全面总结了面向下一代测序技术的de novo DNA序列拼接工具,介绍下一代测序平台产生的数据特点以及de novo序列拼接算法所面临的挑战;给出序列拼接算法的形式化定义,总结目前最常用的拼接策略以及根据相...序列拼接是生物信息学的基础问题.全面总结了面向下一代测序技术的de novo DNA序列拼接工具,介绍下一代测序平台产生的数据特点以及de novo序列拼接算法所面临的挑战;给出序列拼接算法的形式化定义,总结目前最常用的拼接策略以及根据相应策略开发的拼接工具的特点和实现细节;对评估拼接性能的主要参数进行描述,并通过不同物种、不同规模的真实基因组序列数据对多个具有代表性的拼接工具进行测试,比较它们的拼接性能以验证相应的工具特点.为研究人员提供工具选择指导或改善拼接工具性能提供帮助;最后总结并阐述序列拼接工具存在的问题和发展趋势.展开更多
[目的]本研究旨在分析刀状黑黄檀基因组基本特征,发掘一套多态性好、重现性高的基因组SSR分子标记并用于评估其野生种群遗传变异程度。[方法]利用二代测序(NGS)方法初步评估刀状黑黄檀基因组大小、杂合度和重复序列;利用MISA对基因组上...[目的]本研究旨在分析刀状黑黄檀基因组基本特征,发掘一套多态性好、重现性高的基因组SSR分子标记并用于评估其野生种群遗传变异程度。[方法]利用二代测序(NGS)方法初步评估刀状黑黄檀基因组大小、杂合度和重复序列;利用MISA对基因组上潜在的SSR位点进行检索,解析SSR类型与特征;利用Primer Premier v 5.0设计合成300对引物,通过琼脂糖凝胶电泳、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对潜在的SSR位点进行初筛与复筛,最后采用荧光标记毛细管电泳进行SSR位点多态性与种群遗传多样性分析。[结果]刀状黑黄檀基因组特征分析结果显示:其基因组大小约为706.92 Mb,杂合度为1.26%,重复序列比率为55.74%。通过筛选实验,发掘了27个具有良好多态性的SSR标记,并进行了验证。结果显示27个SSR位点共扩增得到117个等位基因,多态性信息含量(PIC)介于0.149~0.803。对3个野生种群遗传多样性分析结果显示:种群水平的平均期望杂合度(H_(e))为0.504,遗传分化系数(F_(ST))为0.034;AMOVA分析显示:种群间变异占比3.46%,种群内变异占比96.54%,这表明遗传变异主要来源于种群内。[结论]刀状黑黄檀基因组属于高杂合、高重复的复杂基因组,研究结果为制定基因组精细组装策略提供了参考依据;发掘与验证的27个SSR标记具有较好的多态性与扩增稳定性;3个野生种群具有中等遗传多样性和较低的遗传分化,本研究为开展刀状黑黄檀的种质资源收集保存与分析评价提供科学依据。展开更多
文摘序列拼接是生物信息学的基础问题.全面总结了面向下一代测序技术的de novo DNA序列拼接工具,介绍下一代测序平台产生的数据特点以及de novo序列拼接算法所面临的挑战;给出序列拼接算法的形式化定义,总结目前最常用的拼接策略以及根据相应策略开发的拼接工具的特点和实现细节;对评估拼接性能的主要参数进行描述,并通过不同物种、不同规模的真实基因组序列数据对多个具有代表性的拼接工具进行测试,比较它们的拼接性能以验证相应的工具特点.为研究人员提供工具选择指导或改善拼接工具性能提供帮助;最后总结并阐述序列拼接工具存在的问题和发展趋势.
文摘[目的]本研究旨在分析刀状黑黄檀基因组基本特征,发掘一套多态性好、重现性高的基因组SSR分子标记并用于评估其野生种群遗传变异程度。[方法]利用二代测序(NGS)方法初步评估刀状黑黄檀基因组大小、杂合度和重复序列;利用MISA对基因组上潜在的SSR位点进行检索,解析SSR类型与特征;利用Primer Premier v 5.0设计合成300对引物,通过琼脂糖凝胶电泳、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对潜在的SSR位点进行初筛与复筛,最后采用荧光标记毛细管电泳进行SSR位点多态性与种群遗传多样性分析。[结果]刀状黑黄檀基因组特征分析结果显示:其基因组大小约为706.92 Mb,杂合度为1.26%,重复序列比率为55.74%。通过筛选实验,发掘了27个具有良好多态性的SSR标记,并进行了验证。结果显示27个SSR位点共扩增得到117个等位基因,多态性信息含量(PIC)介于0.149~0.803。对3个野生种群遗传多样性分析结果显示:种群水平的平均期望杂合度(H_(e))为0.504,遗传分化系数(F_(ST))为0.034;AMOVA分析显示:种群间变异占比3.46%,种群内变异占比96.54%,这表明遗传变异主要来源于种群内。[结论]刀状黑黄檀基因组属于高杂合、高重复的复杂基因组,研究结果为制定基因组精细组装策略提供了参考依据;发掘与验证的27个SSR标记具有较好的多态性与扩增稳定性;3个野生种群具有中等遗传多样性和较低的遗传分化,本研究为开展刀状黑黄檀的种质资源收集保存与分析评价提供科学依据。
