数字PCR和下一代测序方法用于KRAS基因突变检测中的可比性研究 被引量：10

1

作者 董莲华 王晶 +2 位作者 傅博强 段宇航 隋志伟 《计量学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期436-441,共6页

针对KRAS基因中的2个常见突变G12R和G12S,建立了基于数字聚合酶链反应(PCR)和下一代测序(NGS)技术的特异性检测方法。利用含有目标突变的细胞系配制成不同突变比例的样本,考察了所建立的数字PCR和NGS方法的分析灵敏度和2种方法测量结果... 针对KRAS基因中的2个常见突变G12R和G12S,建立了基于数字聚合酶链反应(PCR)和下一代测序(NGS)技术的特异性检测方法。利用含有目标突变的细胞系配制成不同突变比例的样本,考察了所建立的数字PCR和NGS方法的分析灵敏度和2种方法测量结果的可比性。结果发现对突变比例≥0.83%的样品,NGS和数字PCR的测定结果无显著差异(p>0.05)。突变比例<0.83%的样品,2种方法的测定结果差异显著(p<0.05),而数字PCR方法的测定结果与配制值无显著差异。这表明2种方法在检测高丰度突变时测量结果可比,而数字PCR方法在测定低丰度突变时准确性更高。 展开更多

关键词 计量学 肿瘤标志物 KRAS 聚合酶链反应 下一代测序 基因突变

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下一代测序中ChIP-seq数据的处理与分析 被引量：5

2

作者 高山 张宁 +3 位作者 李勃 徐硕 叶彦波 阮吉寿 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期773-783,共11页

将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与下一代高通量测序技术相结合的染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq),已成为功能基因组学、特别是基因表达调控领域研究的关键技术。ChIP-seq实验带来的海量数据向生物信息学研究人员提出了新的挑战。由于此... 将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与下一代高通量测序技术相结合的染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq),已成为功能基因组学、特别是基因表达调控领域研究的关键技术。ChIP-seq实验带来的海量数据向生物信息学研究人员提出了新的挑战。由于此领域数据处理技术的发展大大滞后于实验技术进步,有必要系统地介绍和回顾ChIP-seq数据处理的各个方面,以便更多研究人员进入此领域设计或改进相应的算法。文章结合实例详细介绍了ChIP-seq数据整个流程,并重点讨论了其中的主要问题和关键环节,为这一研究领域的科研人员提供一个快速而深入的认识。 展开更多

关键词 下一代测序 CHIP-SEQ 数据处理 转录调控 表观遗传学

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下一代测序技术在畜禽转录组研究中的应用 被引量：4

3

作者 王乐乐 张燕军 +4 位作者 李晓燕 苏蕊 王瑞军 王志新 李金泉 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2015年第9期17-22,30,共7页

下一代测序技术凭借其高通量的特点成为现代生命科学研究的重要工具之一。转录组学是功能基因组学研究的重要内容,畜禽转录组学的研究是国内外生命科学研究的热点内容。文章综述了下一代测序技术的原理及特点,转录组学的研究概要,重点... 下一代测序技术凭借其高通量的特点成为现代生命科学研究的重要工具之一。转录组学是功能基因组学研究的重要内容,畜禽转录组学的研究是国内外生命科学研究的热点内容。文章综述了下一代测序技术的原理及特点,转录组学的研究概要,重点介绍了下一代测序技术在畜禽转录组研究中的应用进展,最后对下一代测序技术在生命科学研究中存在的问题和今后的发展方向进行了展望。 展开更多

关键词 下一代测序技术 畜禽 RNA测序 转录组学

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下一代测序技术在弥漫大B细胞淋巴瘤基因重排检测中的应用 被引量：5

4

作者 齐宗利 郭华 +4 位作者 李明锋 房国栋 强永杰 王李秦 李文生 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1422-1426,共5页

目的探究下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)在弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)辅助诊断中的应用价值。方法收集陕西省人民医院病理科存档的20例组织蜡块,其中15例诊断为DLBCL,5例诊断为淋巴组织... 目的探究下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)在弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)辅助诊断中的应用价值。方法收集陕西省人民医院病理科存档的20例组织蜡块,其中15例诊断为DLBCL,5例诊断为淋巴组织反应性增生(reactive lymphoid hyperplasia,RLH)。采用天根公司石蜡包埋组织基因组DNA提取试剂盒进行DNA提取,安捷伦4200评价DNA质量。采用LymphoTrack IGH FR2 Assay和LymphoTrack Dx TCRG Assay进行组织克隆性测定。结果5例RLH均为多克隆性,11例DLBCL出现NGS IgH FR2单克隆重排(阳性率73.3%,11/15),另有4例未检测出单克隆性重排(2、5、8、15号)。15例中有3例出现TCRG重排性扩增(6、7、14号)。经PCR凝胶电泳法进行验证:4例NGS检测的IgH FR2多克隆性病例均检测到IgH单克隆性基因重排;3例NGS检测到TCRG单克隆性重排病例中,PCR凝胶电泳法只检测到1例呈TCRG克隆性重排。结论高通量测序方法特异性较高,但由于其检测过程复杂,影响因素较多,检测方法的敏感性受到一定影响。虽然该方法可以准确得到基因重排序列,但由于其检测成本较高,对技术平台和人员要求更高,其在临床上的应用尚需时日。 展开更多

关键词 弥漫大B细胞淋巴瘤 下一代测序技术 基因重排

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面向下一代测序技术的de novo序列拼接工具综述 被引量：4

5

作者 林勇 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2013年第3期627-631,共5页

序列拼接是生物信息学的基础问题.全面总结了面向下一代测序技术的de novo DNA序列拼接工具,介绍下一代测序平台产生的数据特点以及de novo序列拼接算法所面临的挑战;给出序列拼接算法的形式化定义,总结目前最常用的拼接策略以及根据相... 序列拼接是生物信息学的基础问题.全面总结了面向下一代测序技术的de novo DNA序列拼接工具,介绍下一代测序平台产生的数据特点以及de novo序列拼接算法所面临的挑战;给出序列拼接算法的形式化定义,总结目前最常用的拼接策略以及根据相应策略开发的拼接工具的特点和实现细节;对评估拼接性能的主要参数进行描述,并通过不同物种、不同规模的真实基因组序列数据对多个具有代表性的拼接工具进行测试,比较它们的拼接性能以验证相应的工具特点.为研究人员提供工具选择指导或改善拼接工具性能提供帮助;最后总结并阐述序列拼接工具存在的问题和发展趋势. 展开更多

关键词 下一代测序技术 序列拼接 DE novo序列拼接

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下一代测序技术数据中的选择性剪切计算识别方法研究

6

作者 邹权 李旭斌 +2 位作者 林子雨 江弋 林琛 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第2期350-357,共8页

随着测序技术的发展,下一代测序技术(Nex-t Generation Sequencing)给生物信息学领域研究带来了新的机遇和挑战.由于选择性剪切(alternative splicing,AS)在真核生物基因表达和蛋白质多样性方面的重要性,识别选择性剪切位点一直都是研... 随着测序技术的发展,下一代测序技术(Nex-t Generation Sequencing)给生物信息学领域研究带来了新的机遇和挑战.由于选择性剪切(alternative splicing,AS)在真核生物基因表达和蛋白质多样性方面的重要性,识别选择性剪切位点一直都是研究的重点.下一代测序技术的出现,使得选择性剪切研究的计算方法不断地变化.介绍了选择性剪切过去和目前研究的状况,然后总结了基于RNA-seq数据的选择性剪切研究方法、软件以及数据库,并利用了RNA-seq数据比较了相关软件,最后讨论了选择性剪切中计算方法的发展方向和前景. 展开更多

关键词 下一代测序技术 RNA-SEQ 选择性剪切 剪切位点 读段定位 生物信息学

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下一代测序cDNA样品制备及优化技术探讨

7

作者 秦巧平 张岚岚 +2 位作者 李南羿 崔永一 徐凯 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期974-977,共4页

下一代测序技术目前已经应用于微生物、人类、动物、植物等的基因组分析。样品制备是开展大规模测序的必要前提和测序成功的根本保证。对大规模测序造成干扰的主要因素有:polyA干扰测序信号及高丰度基因对低丰度基因的掩盖等。文章以堇... 下一代测序技术目前已经应用于微生物、人类、动物、植物等的基因组分析。样品制备是开展大规模测序的必要前提和测序成功的根本保证。对大规模测序造成干扰的主要因素有:polyA干扰测序信号及高丰度基因对低丰度基因的掩盖等。文章以堇菜(Viola verecumda A.Gray)叶片为试材,提取总RNA,合成双链cDNA,利用DSN核酸酶对双链cDNA进行均一化处理,并对双链cDNA polyA进行了切除,将处理后的cDNA进行了TA克隆,挑取100个克隆随机测序。结果表明,未处理的cDNA样本测序有15个克隆由于polyA的存在而影响了附近碱基的正确阅读,独立克隆只有62个,而处理后的cDNA样本经测序未发现polyA,独立克隆有94个。序列分析发现,经过处理的cDNA样本随机测序有两个克隆是经MALDI-TOF检测在样本中有蛋白质峰,而基因克隆一直没有分离到的序列。以处理后的cDNA样本为模板扩增2个已知表达丰度差异较大的基因显示,处理后这2个基因的PCR扩增产量差异明显减小。这些结果表明polyA切除、DSN核酸酶处理的cDNA样本完全满足大规模测序、寻找新基因的要求。 展开更多

关键词 CDNA 下一代测序 堇菜

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下一代测序在孟德尔型运动障碍中的应用（英文）

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作者 王裕民 潘序雅 +9 位作者 薛丹 李雨薇 张雪莹 邝彪 郑嘉博 邓昊 李小玲 熊炜 曾朝阳 李桂源 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期197-205,共9页

在过去10年中,下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)得到了十分迅速的发展。与传统测序相比,NGS具有高通量和高灵敏性等优点。孟德尔型运动障碍是一类常见的神经疾病。由于样本较少等原因,通过连锁分析等传统方法寻找新的孟... 在过去10年中,下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)得到了十分迅速的发展。与传统测序相比,NGS具有高通量和高灵敏性等优点。孟德尔型运动障碍是一类常见的神经疾病。由于样本较少等原因,通过连锁分析等传统方法寻找新的孟德尔型运动障碍尤其是罕见疾病的致病基因已经变得越来越困难,而NGS则可作为发现新的致病基因的理想手段。目前NGS已被应用于多种孟德尔型运动障碍的研究。本文将从基因组和转录组的角度对NGS在孟德尔型运动障碍中的最新应用进行综述,并展望NGS在罕见孟德尔型疾病中的应用。 展开更多

关键词 下一代测序 运动障碍 孟德尔型疾病

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NRDPT:下一代测序数据的处理方法

9

作者 张骏 殷陶 陈玲慧 《计算机工程》 CAS CSCD 2012年第24期258-261,265,共5页

随着下一代基因测序技术的发展,其数据处理面临着越来越高的要求和挑战,基因测序软件厂商的基本数据处理程序已经不能满足实验要求。为此,提出一种新的数据处理方法(NRDPT)。在第3代基因测序原理的基础上,根据边缘信息和霍夫变换重新设... 随着下一代基因测序技术的发展,其数据处理面临着越来越高的要求和挑战,基因测序软件厂商的基本数据处理程序已经不能满足实验要求。为此,提出一种新的数据处理方法(NRDPT)。在第3代基因测序原理的基础上,根据边缘信息和霍夫变换重新设计图像的处理步骤,给出新的基因簇定位算法,并设计两步配准算法。实验结果表明,与传统的直接配准方法相比,该方法能使配准速度提升约9倍。 展开更多

关键词 下一代测序 基因测序 开源软件 图像处理 图像配准 图像分析 信号处理

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面向下一代测序技术的结构变异检测算法综述

10

作者 林勇 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2014年第2期328-332,共5页

检测基因组中的结构变异对遗传学研究具有重要意义,基于测序技术的结构变异检测将成为主流发展方向。全面总结了现有面向下一代测序技术的结构变异检测算法:配对末端匹配法、读深度法、分裂读数据法和序列拼接法,分析各算法核心思想及... 检测基因组中的结构变异对遗传学研究具有重要意义,基于测序技术的结构变异检测将成为主流发展方向。全面总结了现有面向下一代测序技术的结构变异检测算法:配对末端匹配法、读深度法、分裂读数据法和序列拼接法,分析各算法核心思想及其特点,给出其适用范围和优缺点,并探讨了检测算法存在的问题和发展趋势。 展开更多

关键词 下一代测序技术 结构变异 拷贝数变异

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下一代测序技术在乳业中的应用

11

作者 林少华 罗红霞 《中国乳业》 2020年第4期79-83,共5页

全基因组的下一代测序技术因速度快、准确率高等优点而迅猛发展,目前已广泛应用在乳业各个领域,为推动乳业的发展起到了积极的作用。综述了下一代测序技术在奶牛养殖和乳制品加工环节的研究进展,为其在奶牛饲养管理和乳制品加工领域的... 全基因组的下一代测序技术因速度快、准确率高等优点而迅猛发展,目前已广泛应用在乳业各个领域,为推动乳业的发展起到了积极的作用。综述了下一代测序技术在奶牛养殖和乳制品加工环节的研究进展,为其在奶牛饲养管理和乳制品加工领域的应用和研究提供参考。 展开更多

关键词 下一代测序技术 生物多样性 奶牛 养殖 乳制品 加工

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下一代测序技术在食源性致病微生物风险识别和溯源中的应用 被引量：2

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作者 刘云哲 王琳 +3 位作者 张喜悦 邹明 王君玮 赵格 《中国动物检疫》 CAS 2021年第10期37-44,共8页

下一代测序技术是一次性可对几十万到几亿的DNA分子进行序列测定的高通量技术,正广泛应用于生命科学各个领域。为了解下一代测序技术的发展现状及应用情况,本文综述了下一代测序技术的基本情况,与传统微生物检测方法相比的优势,以及在... 下一代测序技术是一次性可对几十万到几亿的DNA分子进行序列测定的高通量技术,正广泛应用于生命科学各个领域。为了解下一代测序技术的发展现状及应用情况,本文综述了下一代测序技术的基本情况,与传统微生物检测方法相比的优势,以及在食源性致病微生物风险识别和溯源方面的应用,以期为食源性致病微生物风险监测和食源性疾病防控等提供参考。 展开更多

关键词 下一代测序技术 食源性致病微生物 风险识别 溯源 食品安全

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下一代测序纠错方法综述 被引量：1

13

作者 江育娥 黄伟 林劼 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期377-386,共10页

在面向下一代的测序技术中,前期纠错方法决定着测序的最终序列质量,因此成为当前研究热点,很多不同的纠错方法被提出,对于这些方法的优缺点以及它们适合的应用,应该有清晰的认识和公正的评估.介绍了现存的各种下一代测序的纠错技术.首先... 在面向下一代的测序技术中,前期纠错方法决定着测序的最终序列质量,因此成为当前研究热点,很多不同的纠错方法被提出,对于这些方法的优缺点以及它们适合的应用,应该有清晰的认识和公正的评估.介绍了现存的各种下一代测序的纠错技术.首先,从各种不同工具所基于的底层算法进行分析;接着,从测序不同平台来看读段错误形成的特点;然后,从各种不同的测序应用角度来观察读段序列错误特征;最后,总结并阐述读段序列纠错工具存在的问题和发展趋势. 展开更多

关键词 下一代测序 序列分析 纠错方法 平台错误特征

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肺癌的下一代测序技术 被引量：1

14

作者 Kehua Wu R Stephanie Huang +3 位作者 Larry House William Chi Cho 南娟 曹志成 《中国肺癌杂志》 CAS 北大核心 2014年第1期I0003-I0014,共12页

肺癌在生物学上具有侵袭性,并且是癌症相关死亡的主要原因。根据临床特征、预后、对治疗的反应和耐受性,每一例肺癌患者的进展均是独特的。传统上基于毛细管的单基因测序的第一代技术(如Sanger测序法)已被允许大量平行测序且成本更低、... 肺癌在生物学上具有侵袭性,并且是癌症相关死亡的主要原因。根据临床特征、预后、对治疗的反应和耐受性,每一例肺癌患者的进展均是独特的。传统上基于毛细管的单基因测序的第一代技术(如Sanger测序法)已被允许大量平行测序且成本更低、通量更高的下一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)所替代。与传统方法相比,NGS技术取得显著进步。我们希望这些方法可全面地解释癌症全球图谱,并提供更多信息以满足个体化用药的需求。本综述包括对不同NGS技术的简要说明,NGS在肺癌研究进展中的应用和重要发现的总结,包括对已知靶基因(EGFR、ALK和KRAS)的进一步探索、其它肺癌突变的鉴定和癌症基因组研究的全局协调。 展开更多

关键词 肺癌 下一代测序 全外显子组测序 全基因组测序 全转录组测序

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下一代测序技术在罕见肾脏病中的应用 被引量：1

15

作者 蔡泽宇 赵建荣 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期484-490,共7页

罕见病是对具有极低患病率疾病的统称,其中150余种可累及肾脏。罕见肾脏病大多具有遗传背景,但由于其病因复杂、临床表型多样等原因,多数患者在未得到明确诊断时就已进展至疾病终末阶段。基因检测是罕见肾脏病诊断的有力工具,而下一代测... 罕见病是对具有极低患病率疾病的统称,其中150余种可累及肾脏。罕见肾脏病大多具有遗传背景,但由于其病因复杂、临床表型多样等原因,多数患者在未得到明确诊断时就已进展至疾病终末阶段。基因检测是罕见肾脏病诊断的有力工具,而下一代测序(NGS)技术的出现则显著提升了罕见肾脏疾病的诊断效率和质量,为我们了解罕见肾脏病的分子遗传学基础、选择或研发具有针对性的治疗方式等提供了新的方法。本文就NGS在罕见肾脏病中的应用进展、现存挑战及发展前景进行综述。 展开更多

关键词 罕见病 罕见肾脏病 下一代测序

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下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展 被引量：26

16

作者 沈圣 屈彦纯 张军 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期256-275,共20页

下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的出现,极大地促进了表观遗传学的研究。将NGS技术引入表观遗传学,便形成了以NGS为基础的各种表观遗传学测序及研究方法,如:全基因组亚硫酸氢盐测序法(Whole genome bisulfite sequencin... 下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的出现,极大地促进了表观遗传学的研究。将NGS技术引入表观遗传学,便形成了以NGS为基础的各种表观遗传学测序及研究方法,如:全基因组亚硫酸氢盐测序法(Whole genome bisulfite sequencing,WGBS)、简化代表性亚硫酸氢盐测序法(Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)、甲基化DNA免疫共沉淀测序(Methylated DNA immunoprecipitationsequencing,MeDIP-seq)、染色质免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation-sequencing,ChIP-seq)、Tet辅助重亚硫酸盐测序法(Tet-assisted bisulfite sequencing,TAB-seq)、各种染色体构象捕获测序(Chromosome conformation capture sequencing,3C-seq)技术、DnaseⅠ-seq/MNase-seq/FAIRE-seq以及RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)。这些方法的应用和普及改变了人们对多种表观遗传现象的传统认识,使研究人员能够更加全面地深入了解各种表观遗传标志在机体内的广泛分布,以及如何在外界因素的影响下发生相应的动态变化。文章概述了当今主要商业NGS平台的原理和特点,系统介绍了以NGS方法为基础衍生出来的各种表观遗传学测序及研究方法,并在此基础上对近年来应用NGS技术在表观遗传学研究领域中取得的最新研究成果进行了综述。 展开更多

关键词 下一代测序技术 表观遗传学 DNA甲基化 组蛋白修饰 染色质构象捕获

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临床下一代测序的自动化与常规化专家共识 被引量：3

17

作者 中国生物医学工程学会医学检验工程分会 康熙雄 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期641-650,共10页

下一代测序(NGS)应用于临床十余年以来,至今尚未能形成成熟的自动化与常规化检测手段。本共识面向临床NGS检测的学科和应用,根据临床NGS应用的现状,结合国内外相关检测产品、共识规范以及临床的实际需求,针对临床NGS自动化与常规化的建... 下一代测序(NGS)应用于临床十余年以来,至今尚未能形成成熟的自动化与常规化检测手段。本共识面向临床NGS检测的学科和应用,根据临床NGS应用的现状,结合国内外相关检测产品、共识规范以及临床的实际需求,针对临床NGS自动化与常规化的建设路径,形成专家共识,给出相关建议,旨在推动临床NGS技术的进一步推广及应用,提高我国临床NGS的整体水平以及为精准医疗服务的效率。 展开更多

关键词 临床基因检测 下一代测序 常规化 自动化

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下一代半导体测序技术在遗传性心肌病分子诊断中的应用 被引量：5

18

作者 赵跃 张宏 夏雪山 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期635-644,共10页

遗传性心肌病(Inherited cardiomyopathy,ICM)是一种常见的遗传性心脏疾病,主要由基因突变所致,是青少年和年轻运动员猝死的最主要原因之一。到目前为止,已经发现约100个基因和其致病有关,这些基因相关的变异位点具有不同的致病机制。... 遗传性心肌病(Inherited cardiomyopathy,ICM)是一种常见的遗传性心脏疾病,主要由基因突变所致,是青少年和年轻运动员猝死的最主要原因之一。到目前为止,已经发现约100个基因和其致病有关,这些基因相关的变异位点具有不同的致病机制。随着临床遗传检测在遗传疾病诊断中的应用,对遗传性心肌病的分子遗传学特性及其致病机制进行深入了解,是对该病遗传诊断的关键。下一代半导体测序仪在2010年底由美国Life Technologies公司发布,其以布满微孔的高密度半导体芯片为测序基础,具有快速、经济、灵敏性好、准确率高等特点,已经应用于遗传疾病的突变筛查。文章主要对遗传性心肌病的分子遗传学特性和下一代半导体测序技术在遗传性心肌病遗传检测中的应用以及面临的挑战进行了概括总结,有助于遗传性心肌病的诊断、预防和治疗。 展开更多

关键词 遗传性心肌病 分子诊断 下一代测序技术 半导体

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下一代基因测序技术在肉类制品掺假检测中的应用研究 被引量：3

19

作者 邹清童 杨潞芳 《广东畜牧兽医科技》 2020年第4期29-33,52,共6页

经济利益驱动的食品掺假一直是世界关注的热点,其中肉制品掺假是政府监管、企业产品监控及消费者关注的重心。本研究采用下一代基因测序技术(Next Generation Sequencing,NGS)鉴别肉制品的成分,经过样品DNA提取、通用引物设计、测序、... 经济利益驱动的食品掺假一直是世界关注的热点,其中肉制品掺假是政府监管、企业产品监控及消费者关注的重心。本研究采用下一代基因测序技术(Next Generation Sequencing,NGS)鉴别肉制品的成分,经过样品DNA提取、通用引物设计、测序、生物信息学序列分析,得到样品中涉及到的物种组成信息。同时采用常规PCR方法对NGS检测数据进行确证。结果表明,NGS可以用于肉类制品的成分鉴别,同时其相对定量结果可以用于肉类制品标签配料标识的合规性辅助判别。 展开更多

关键词 下一代基因测序NGS 聚合酶链式反应PCR 肉制品掺假

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高通量DNA测序数据压缩研究进展 被引量：4

20

作者 朱泽轩 张永朋 +2 位作者 尤著宏 姜亮 纪震 《深圳大学学报（理工版）》 EI CAS 北大核心 2013年第4期409-415,共7页

针对高通量DNA测序技术发展产生的DNA测序数据量猛增,数据压缩技术是解决存储和传输高通量DNA序列数据问题的重要方法之一.评述DNA测序数据传统压缩方法包括替代法和统计法,以及基于参考基因组的高通量DNA测序数据压缩方法,介绍并比较... 针对高通量DNA测序技术发展产生的DNA测序数据量猛增,数据压缩技术是解决存储和传输高通量DNA序列数据问题的重要方法之一.评述DNA测序数据传统压缩方法包括替代法和统计法,以及基于参考基因组的高通量DNA测序数据压缩方法,介绍并比较重测序数据压缩、从头测序数据压缩、质量分数压缩和压缩数据检索的代表性算法,研究高通量DNA测序数据压缩面临的挑战及对未来的展望. 展开更多

关键词 计算机应用 DNA测序 下一代测序 重测序 从头测序 高通量测序 数据压缩算法

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