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基于基因组遗传标记的上海白猪(上系)杂交优势预测分析
被引量：
6
1
作者
盛中华
陈国宏
+2 位作者
潘玉春
王起山
张哲
《上海农业学报》
CSCD
2018年第6期60-64,共5页
通过基于基因组遗传标记的杂交优势预测分析,筛选上海白猪(上系)最优杂交配套组合,以期促进上海白猪(上系)的保种工作,为优质猪肉的生产奠定基础。基于99头上海白猪(上系)与156头国内主要的引进品种(杜洛克、长白猪、大白猪、皮特兰、...
通过基于基因组遗传标记的杂交优势预测分析,筛选上海白猪(上系)最优杂交配套组合,以期促进上海白猪(上系)的保种工作,为优质猪肉的生产奠定基础。基于99头上海白猪(上系)与156头国内主要的引进品种(杜洛克、长白猪、大白猪、皮特兰、巴克夏猪)全基因组简化测序得到的100 120个SNP遗传标记,结合性状特异的杂种优势预测方法,利用二元杂交,三元杂交和四元杂交方式,进行了上海白猪(上系)的杂种优势预测。结果显示:二元杂交杜上(DS)、长上(LS)的杂种优势较高,三元杂交的三元杂种肉猪上长大(SLY)最好,双杂交的四元杂种肉猪杜长大上(DLYS)最优、杜上长大(DSLY)次之。针对繁殖、育肥、胴体与肉质性能等多个指标,综合考虑经营管理、成本及当前市场对优质猪肉的需求,确定上海白猪(上系)与长大二元杂种母猪的杂交组合(S×LY)为最宜的杂交配套系组合。
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关键词
上海
白
猪
(
上系
)
猪
基因组
SNP
杂交优势
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职称材料
上海白猪(上系)基因组遗传变异检测与功能注释分析
被引量：
1
2
作者
盛中华
陈国宏
+2 位作者
潘玉春
王起山
张哲
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期887-896,共10页
拟通过全基因组范围内遗传变异的检测和注释分析,深入了解上海白猪(上系)群体的遗传现状,以便更好地进行提纯复壮与开发利用。本研究应用基因组简化测序平台—GGRS,对上海白猪(上系)群体(99头)进行基因组测序,并综合实验室前期太湖地方...
拟通过全基因组范围内遗传变异的检测和注释分析,深入了解上海白猪(上系)群体的遗传现状,以便更好地进行提纯复壮与开发利用。本研究应用基因组简化测序平台—GGRS,对上海白猪(上系)群体(99头)进行基因组测序,并综合实验室前期太湖地方猪种和西方引进品种共计447头测序数据进行SNP和InDel等遗传变异检测和功能注释分析。结果显示,上海白猪基因组测序平均覆盖度为2.87%,平均测序深度为3.9倍,共检测到328 586个SNPs、693 220个InDels。进一步分析表明,SNP和Indel在染色体上的分布相对均一,但在不同染色体上数量和密度的分布存在一定差异。结构注释显示,SNP和InDel对应基因的数量分别为11 496个和13 216个,按照基因的结构区域分类,SNP和InDel在各类功能基因区间的分布特点一致,绝大多数的SNP和InDel变异都分布在基因间区,分别为74.61%和83.38%。内含子中次之,分别为22.76%和14.98%。基因富集分析结果表明,SNP主要与蛋白代谢过程和高分子代谢过程等相关,InDel多在组织、器官发育和疾病相关的通路中发生富集。此外还发现,含有高密度SNP和InDel等遗传变异的QTL主要集中在肉质与胴体性状和健康性状。本研究利用先进的简化基因组测序技术对上海白猪(上系)全基因组范围内的遗传变异进行了普查,并通过对太湖流域地方猪种和西方引进品种的合并比较分析,阐释了这些遗传变异的染色体分布特征,基因区间分布规律和功能注释信息,为后续的开发利用奠定了坚实的基础。
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关键词
上海
白
猪
(
上系
)
猪
基因组
SNP
INDEL
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职称材料
上海白猪(上系)氟烷基因位点多态性分析
3
作者
盛中华
汤赛冬
+6 位作者
张敏
马福余
顾永远
孙安邦
郁达义
诸平
李剑
《上海畜牧兽医通讯》
2012年第4期11-12,共2页
采用PCR-RFLP技术,对41头上海白猪(上系)氟烷基因进行基因型检测。结果表明:上海白猪(上系)未检测到多态性,优势基因型均为NN,未出现Nn和nn型基因。实验结果为上海白猪(上系)品种资源的保护以及合理开发利用提供了有效的理论依据。
关键词
上海
白
猪
(
上系
)
氟烷基因
多态性
PCR—KFLP
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职称材料
题名
基于基因组遗传标记的上海白猪(上系)杂交优势预测分析
被引量：
6
1
作者
盛中华
陈国宏
潘玉春
王起山
张哲
机构
扬州大学动物科学与技术学院
上海市闵行区动物疫病预防控制中心
上海交通大学农业与生物学院
出处
《上海农业学报》
CSCD
2018年第6期60-64,共5页
基金
上海市农业基层推广体系项目[沪农科推字(2015)第6-2号]
上海市闵行区自然科学研究课题(2015MHZ018)
文摘
通过基于基因组遗传标记的杂交优势预测分析,筛选上海白猪(上系)最优杂交配套组合,以期促进上海白猪(上系)的保种工作,为优质猪肉的生产奠定基础。基于99头上海白猪(上系)与156头国内主要的引进品种(杜洛克、长白猪、大白猪、皮特兰、巴克夏猪)全基因组简化测序得到的100 120个SNP遗传标记,结合性状特异的杂种优势预测方法,利用二元杂交,三元杂交和四元杂交方式,进行了上海白猪(上系)的杂种优势预测。结果显示:二元杂交杜上(DS)、长上(LS)的杂种优势较高,三元杂交的三元杂种肉猪上长大(SLY)最好,双杂交的四元杂种肉猪杜长大上(DLYS)最优、杜上长大(DSLY)次之。针对繁殖、育肥、胴体与肉质性能等多个指标,综合考虑经营管理、成本及当前市场对优质猪肉的需求,确定上海白猪(上系)与长大二元杂种母猪的杂交组合(S×LY)为最宜的杂交配套系组合。
关键词
上海
白
猪
(
上系
)
猪
基因组
SNP
杂交优势
Keywords
Shanghai white pigs(Shang)
Pig genome
SNP
Heterosis
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
上海白猪(上系)基因组遗传变异检测与功能注释分析
被引量：
1
2
作者
盛中华
陈国宏
潘玉春
王起山
张哲
机构
扬州大学动物科学与技术学院
上海市闵行区动物疫病预防控制中心
上海交通大学农业与生物学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期887-896,共10页
基金
上海市农业基层推广体系项目(沪农科推字(2015)第6-2号)
上海市闵行区自然科学研究课题(2015MHZ018)
文摘
拟通过全基因组范围内遗传变异的检测和注释分析,深入了解上海白猪(上系)群体的遗传现状,以便更好地进行提纯复壮与开发利用。本研究应用基因组简化测序平台—GGRS,对上海白猪(上系)群体(99头)进行基因组测序,并综合实验室前期太湖地方猪种和西方引进品种共计447头测序数据进行SNP和InDel等遗传变异检测和功能注释分析。结果显示,上海白猪基因组测序平均覆盖度为2.87%,平均测序深度为3.9倍,共检测到328 586个SNPs、693 220个InDels。进一步分析表明,SNP和Indel在染色体上的分布相对均一,但在不同染色体上数量和密度的分布存在一定差异。结构注释显示,SNP和InDel对应基因的数量分别为11 496个和13 216个,按照基因的结构区域分类,SNP和InDel在各类功能基因区间的分布特点一致,绝大多数的SNP和InDel变异都分布在基因间区,分别为74.61%和83.38%。内含子中次之,分别为22.76%和14.98%。基因富集分析结果表明,SNP主要与蛋白代谢过程和高分子代谢过程等相关,InDel多在组织、器官发育和疾病相关的通路中发生富集。此外还发现,含有高密度SNP和InDel等遗传变异的QTL主要集中在肉质与胴体性状和健康性状。本研究利用先进的简化基因组测序技术对上海白猪(上系)全基因组范围内的遗传变异进行了普查,并通过对太湖流域地方猪种和西方引进品种的合并比较分析,阐释了这些遗传变异的染色体分布特征,基因区间分布规律和功能注释信息,为后续的开发利用奠定了坚实的基础。
关键词
上海
白
猪
(
上系
)
猪
基因组
SNP
INDEL
Keywords
Shanghai White pig（Shang）
pig genome
SNP
InDel
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
上海白猪(上系)氟烷基因位点多态性分析
3
作者
盛中华
汤赛冬
张敏
马福余
顾永远
孙安邦
郁达义
诸平
李剑
机构
上海市闵行区动物疾病预防控制中心
上海市闵行区择优种子站
江西省兴国县农业执法大队
出处
《上海畜牧兽医通讯》
2012年第4期11-12,共2页
文摘
采用PCR-RFLP技术,对41头上海白猪(上系)氟烷基因进行基因型检测。结果表明:上海白猪(上系)未检测到多态性,优势基因型均为NN,未出现Nn和nn型基因。实验结果为上海白猪(上系)品种资源的保护以及合理开发利用提供了有效的理论依据。
关键词
上海
白
猪
(
上系
)
氟烷基因
多态性
PCR—KFLP
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
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作者
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被引量
操作
1
基于基因组遗传标记的上海白猪(上系)杂交优势预测分析
盛中华
陈国宏
潘玉春
王起山
张哲
《上海农业学报》
CSCD
2018
6
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职称材料
2
上海白猪(上系)基因组遗传变异检测与功能注释分析
盛中华
陈国宏
潘玉春
王起山
张哲
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
在线阅读
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职称材料
3
上海白猪(上系)氟烷基因位点多态性分析
盛中华
汤赛冬
张敏
马福余
顾永远
孙安邦
郁达义
诸平
李剑
《上海畜牧兽医通讯》
2012
0
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