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题名无患子RT-qPCR内参基因的筛选与验证
被引量：6
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作者
徐圆圆
赵国春
郝颖颖
翁学煌
陈仲
贾黎明
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机构
北京林业大学林学院省部共建森林培育与保护教育部重点实验室
北京林业大学国家能源非粮生物质原料研发中心
北京林业大学无患子产业国家创新联盟
福建源华林业生物科技有限公司
北京林业大学林木分子设计育种高精尖创新中心
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出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第10期80-89,共10页
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基金
国家自然科学基金项目(32071793)
国家科技基础资源调查专项(2019FY100803)。
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文摘
无患子根、茎、叶、花和果皮均含有生物活性物质三萜皂苷,为了解三萜皂苷生物合成途径中相关基因的表达水平,需要筛选稳定表达的内参基因。以无患子根、茎、叶、芽、雄花、雌花和不同发育时期的果皮为材料,根据无患子转录组数据,选择Sm18S,SmACT,SmTBCC,SmEF-1α,SmRPL1,SmRPS26,SmUBC12,SmUBP等8个基因作为候选内参基因。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测这些候选内参基因的表达量,并利用geNorm、NormFider和BestKeeper三个软件及RefFinder在线分析工具评价候选内参基因的稳定性。结果表明,8个候选内参基因的表达量在所有样本间的变化幅度存在差异;geNorm、NormFinder和BestKeeper 3个软件筛选出的最佳内参基因略有不同;综合分析结果表明SmACT、SmRPL1和SmUBP表达较为稳定,SmEF-1α稳定性最差;以SmACT、SmACT+SmRPL1组合和SmACT+SmRPL1+SmUBP组合为内参对三萜皂苷生物合成途径中的8个候选基因进行校准所得的表达量基本上保持一致,且相对表达量结果与转录组数据基本保持一致,表明SmACT、SmACT+SmRPL1组合和SmACT+SmRPL1+SmUBP组合可作为无患子三萜皂苷生物合成途径相关基因表达研究的内参基因,同时也可以为无患子及近缘植物的其他生物学过程中的基因表达研究提供参考。
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关键词
无患子
内参基因
实时荧光定量PCR
三萜皂苷生物合成
表达分析
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Keywords
Sapindus mukorossi Gaertn.
reference gene
quantitative real-time PCR
triterpenoid saponin biosynthesis
expression analysis
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分类号
Q943.2
[生物学—植物学]
S792.99
[农业科学—林木遗传育种]
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