新等位基因HLA-A*01:130的序列分析及HLA分子三维结构模拟

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作者 李鑫 丁镌 +7 位作者 侯玲 王鑫 颜廷宇 李继红 张春燕 赵素珍 刘颖 刘杰 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期514-516,共3页

目的:确认HLA新等位基因HLA-A*01:130并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法:应用DNA测序分型技术(PCR-SBT)进行HLA分型,对可疑新等位基因采用单链测序基因分型技术直接测定基因序列,分析其与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。最... 目的:确认HLA新等位基因HLA-A*01:130并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法:应用DNA测序分型技术(PCR-SBT)进行HLA分型,对可疑新等位基因采用单链测序基因分型技术直接测定基因序列,分析其与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。最后,经Swiss-Model对HLA分子进行三维结构模拟。结果:新基因与所有已知的HLA-A等位基因序列均不相同,与HLA-A*01:66基因序列相比在第3外显子368位碱基由A→G,导致第99位密码子改变,酪氨酸→半胱氨酸。替代氨基酸位于抗原肽结合区β片层上。结论:发现一个新的HLA-A等位基因,现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*01:130。 展开更多

关键词 分型 新等位基因 SBT 三维结构模拟

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基于三维结构面网络模拟的岩体变形模量确定方法 被引量：4

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作者 王昌硕 梁烨 +1 位作者 王亮清 沈龙 《煤田地质与勘探》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期97-102,共6页

变形模量作为表征岩体变形特征的重要参数,是岩体工程设计的基础力学参数之一。在综合前人研究的基础上提出了基于三维结构面网络模拟确定岩体变形模量的方法,编制了三维结构面网络模拟及计算RQD值的程序。以西南山区某水电站坝址区岩... 变形模量作为表征岩体变形特征的重要参数,是岩体工程设计的基础力学参数之一。在综合前人研究的基础上提出了基于三维结构面网络模拟确定岩体变形模量的方法,编制了三维结构面网络模拟及计算RQD值的程序。以西南山区某水电站坝址区岩体为实例,在概率统计各组优势结构面几何要素分布形式的基础上,采用Monte Carlo法生成三维结构面网络模型,据此获得岩体三维RQD值,利用RMR法进行质量评价和变形模量的确定,并与钻孔资料统计法和原位试验结果进行对比分析。结果表明:基于钻孔资料统计的估算结果与原位试验相对误差达31.62%,且其估算值偏低;基于三维结构面网络模拟的估算结果与原位试验相对误差仅为2.56%,估算结果精度较高。该方法考虑了岩体质量的空间各向异性,对岩体的质量评价和参数确定更为合理,研究成果为该工程的优化设计提供了合理的计算参数。 展开更多

关键词 变形模量 三维结构面网络模拟 三维RQD RMR法

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Web上的三维分子结构模拟 被引量：5

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作者 陈明旦 刘建文 +2 位作者 焦毓才 刘明宏 罗海彬 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期175-179,共5页

介绍几种基于Web上的三维分子结构模拟技术:VRML及Chime、Chem3D、HyperChem插件,并讨论它们的优缺点.这些模拟技术具有可操作的特点,可以进行旋转、缩放、平移等实时交互操作,并改变其形状和颜色的表现形式.三维分子结构模拟可以增强... 介绍几种基于Web上的三维分子结构模拟技术:VRML及Chime、Chem3D、HyperChem插件,并讨论它们的优缺点.这些模拟技术具有可操作的特点,可以进行旋转、缩放、平移等实时交互操作,并改变其形状和颜色的表现形式.三维分子结构模拟可以增强化学网络课程的表现能力,提高教学效果,是发展远程教育的重要技术. 展开更多

关键词 三维分子结构模拟 WEB VRML chime chem3D Hyperchem插件 远程教育 网络课程 化学教学

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在骨髓移植中人类白细胞抗原三维结构的差异引发移植物抗宿主病的研究

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作者 孔繁华 孙玉英 +6 位作者 任素萍 奚永志 金荔 陈兴国 屠敏 刘楠 郭斯启 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1999年第5期344-347,共4页

为进一步探索移植物抗宿主病（ＧＶＨＤ）的发病机制，提高临床移植疗效。采用人类白细胞抗原（ＨＬＡ）分型方法，包括血清－细胞学、基因和基因亚型分型。血清－细胞学分型采用国际通用的微量淋巴细胞毒试验和混合淋巴细胞培养；基因... 为进一步探索移植物抗宿主病（ＧＶＨＤ）的发病机制，提高临床移植疗效。采用人类白细胞抗原（ＨＬＡ）分型方法，包括血清－细胞学、基因和基因亚型分型。血清－细胞学分型采用国际通用的微量淋巴细胞毒试验和混合淋巴细胞培养；基因分型采用ＰＣＲ－ＳＳＰ方法，对基因亚型进行ＤＮＡ测序，再进行ＨＬＡ三维结构模拟。结果：①供－受体间ＨＬＡ－Ｉ、ＩＩ类血清学相合，组基因相合，基因亚型不同，但ＨＬＡ 三维结构模拟两者差别不明显，骨髓移植后仅发生了ＩＩ度ＧＶＨＤ； ②供－受体间ＨＬＡ－ＤＲ分子只差１ 个氨基酸，但基因亚型不同，供－受体间抗原三维结构差别明显，导致骨髓移植后发生ＩＶ度ＧＶＨＤ；③受体为ＨＬＡ－Ａ０２０１，供体为Ａ６８０１，二者血清学呈强交叉反应，其它位点均相合，移植后发生ＩＶ 度ＧＶＨＤ，后经ＨＬＡ三维结构模拟，两者差别明显。结论：当异基因骨髓移植供－受体间ＨＬＡ 基因亚型不同时，移植后ＧＶＨＤ的发生程度与ＨＬＡ分子三维结构差别大小有密切关系；三维结构的差别又与差异氨基酸所处的位置有关； 展开更多

关键词 HLA GVHD 三维结构模拟 骨髓移植

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人巨细胞病毒耐药相关蛋白PUL97局部结构模拟和突变分析

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作者 方风琴 谢琼 +6 位作者 张玥 毛客自 章莉 陆怡德 华丽 曹国君 季育华 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期408-414,共7页

目的初步探索人巨细胞病毒耐药相关蛋白PUL97局部序列(329～572aa)的三维模拟结构并进行突变的耐药分析。方法采用巢式PCR方法扩增UL97基因776 bp片段并测序,以此发现非同义突变;然后利用SWISS-MODEL结构模拟综合服务器和其他相关软件... 目的初步探索人巨细胞病毒耐药相关蛋白PUL97局部序列(329～572aa)的三维模拟结构并进行突变的耐药分析。方法采用巢式PCR方法扩增UL97基因776 bp片段并测序,以此发现非同义突变;然后利用SWISS-MODEL结构模拟综合服务器和其他相关软件比对模式对野生型PUL97蛋白片段进行同源模建并优化,通过各种指标或服务器来评估模拟结构的优劣并作筛选。将筛选所得的最佳模拟结构用于非同义新突变型的初步耐药分析。结果最终筛选出的模拟结构是以1YDTE为模板,以L1.FASTA为比对文件所得的Model A。整个分子的能量最低,ProQ的预测分数最高。分子对接分析也发现了潜在的ATP和GCV结合口袋。利用已知的阴阳性耐药点突变验证了该结构的合理性。同时根据突变前后结构信息的改变,提示C518Y单点突变以及联合突变(E517G和C518Y)呈现高度可疑的耐药特性。结论 PUL97野生型蛋白计算机结构模拟和突变分析法是初步评估新突变型耐药特性的又一方便快捷的方法 ,可用于实验验证前的筛选;但模拟结构本身的准确性是成功运用该方法的前提。 展开更多

关键词 人巨细胞病毒 PUL97蛋白 三维结构模拟 突变分析

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HLA-DQB1*02:106鉴定和相关单体型分析及蛋白三级结构分析 被引量：1

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作者 王天菊 齐珺 +2 位作者 李恒新 王满妮 王小芳 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第19期2385-2390,2395,共7页

目的:鉴定分析1例携带人类白细胞抗原(HLA)罕见等位基因DQB1*02:106,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构的影响并分析其家系遗传单体型。方法:应用直接测序(PCR-SBT)和序列特异性寡核苷酸探... 目的:鉴定分析1例携带人类白细胞抗原(HLA)罕见等位基因DQB1*02:106,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构的影响并分析其家系遗传单体型。方法:应用直接测序(PCR-SBT)和序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)对1例急性髓细胞白血病患者进行异基因造血干细胞移植前HLA-A/B/C/DQB1/DRB1高分辨确认分型时发现DQB1位点存在模棱两可,应用下一代测序技术(NGS)确定HLA-DQB1分型;分析其与同源性最高的HLA-DQB1等位基因氨基酸差异和位置,用Swiss-Model分析差异氨基酸位置,Phyre2软件进行同源建模后FATCAT在线软件对分子间三维结构进行差异比对。结果:该个体HLA-DQB1位点的结果为HLA-DQB1*02:106;与同源性最高的HLADQB1*02:01:01:01相比,在第3外显子619位置G突变为A,并导致相应的175位密码子由GTG变为ATG,编码氨基酸由缬氨酸变为蛋氨酸。该突变位置为β2链β片层,DQB1*02:106和DQB1*02:01分子β1和β2链均方根偏差(RMSD)为1.65。经家系分析,DQB1*02:106相关的单体型为A*31:01-B*15:18-C*04:01-DRB1*03:01-DQB1*02:106。结论:确认并分析了1个能够稳定遗传的HLA-DQB1罕见等位基因及家系单体型,经同源建模显示罕见等位基因HLA-DQB1*02:106与常见基因型存在氨基酸三维结构差异,提示移植医生应予以关注。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 罕见等位基因 单体型 HLA分子三维结构模拟分析

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HLA高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族髓系白血病的关联性研究 被引量：8

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作者 齐珺 王天菊 +3 位作者 陈利萍 王满妮 武君华 杜丹 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期32-41,共10页

目的:探讨HLA-A,-B,-DRB1高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(AML)和慢性髓系白血病(CML)的相关性。方法:以1241例健康非亲缘造血干细胞捐献者为对照,采用PCR-SBT、-SSO和-SSP方法对259例髓系白血病患者进行HLA-A,B,... 目的:探讨HLA-A,-B,-DRB1高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(AML)和慢性髓系白血病(CML)的相关性。方法:以1241例健康非亲缘造血干细胞捐献者为对照,采用PCR-SBT、-SSO和-SSP方法对259例髓系白血病患者进行HLA-A,B,DRB1高分辨分型,运用Arleguin 3.5.2软件计算基因频率及单体型频率,病例对照研究计算疾病比值比(ocld ratio,OR);用Swiss-Model对差异HLA分子进行同源建模,Swiss-Pdb Viewer v4.1软件对分子间三维结构进行差异比对。结果:经χ~2检验、连续校正显示,AML组(n=189)的A*02:07(8.47%vs 5.28%,P=0.013)、A*29:01(1.85%vs 0.68%,P=0.044)、B*07:02(5.29%vs 3.10%,P=0.029)、B*07:05:01G(1.85%vs 0.68%,P=0.044)、B*35:02(1.06%vs 0.20%,P=0.023)的基因频率高于对照组,而AML组的A*02:03频率则低于对照组(0.79%vs 3.10%,P=0.011)。CML组(n=70)的B*46:01频率低于对照组(2.86%vs 7.82%,P=0.031),但上述等位基因经Bonferroni校正后,均显示无统计学差异。经Fisher精确概率检验和Bonferroni校正,DRB1*11:28及其单体型A*24:02-B*15:01-DRB1*11:28频率在陕西籍CML患者中显著升高(1.43%vs 0.00%,Pc'=0.015;1.43%vs 0.00%,P=0.003)。Swiss-Pdb Viewer v 4.1软件计算DRB1*11:28和DRB1*11:01分子肽结合区主链间均方根偏差(RMSD)为0.09 nm。经Bonferroni校正单体型A*03:01-B*50:01-DRB1*07:01和A*11:01-B*40:06-DRB1*09:01分别在AML和CML患者中频率显著升高(1.06%vs 0.00%,Pc=0.000;2.86%vs 0.07%,Pc=0.000),与白血病呈正相关(OR=59.66,95%CI=3.21-1110.39;OR=42.91,95%CI=7.07-260.32)。结论:北方汉族AML和CML患者携带有特定的易感单体型,DRB1*11:28与CML发病呈正相关,可能不能有效结合并提呈bcr-abl肽段给CD4^+T细胞,是北方汉族尤其陕西籍发生CML的易感基因(OR=89.62,95%CI=4.28-1875.87),并与其特定单体型关联。 展开更多

关键词 髓系白血病 人类白细胞抗原 北方汉族 单体型 基因频率 比值比 HLA分子三维结构模拟

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中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15组基因多态性的PCR-SBT分型研究 被引量：7

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作者 齐珺 刘孟黎 +2 位作者 张艳 刘晟 沈春梅 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2008年第2期429-434,共6页

为了研究中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15等位基因的分布特征,探讨其可能对临床供体选择的影响,从中华骨髓库陕西分库内随机抽取815名已知低分辨分型结果中国北方汉族骨髓供者,采用聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对其中206例... 为了研究中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15等位基因的分布特征,探讨其可能对临床供体选择的影响,从中华骨髓库陕西分库内随机抽取815名已知低分辨分型结果中国北方汉族骨髓供者,采用聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对其中206例HLA-B*15阳性样本和另外附加17例样本进行HLA-B位点DNA测序分析,并应用同源模建分子模拟技术对所有结果模拟出三维结构,用计算机软件Swiss-PdbViewer比较模拟结构间的差异大小。结果表明:随机抽取的815例样本HLA-A、B、DRB1基因分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,HLA-B*15基因频率为0.1379,总共检出16种HLA-B*15等位基因,分属7种血清学特异性,以B*1501、B*1511、B*1502和B*1518为主,频率分别为0.0485、0.0215、0.0178和0.0160,累计频率构成比占全部B*15的75.11%,其余12种B*15等位基因频率均<0.0100。19例HLA-B*15,-测序分析表明,其中10例中低分辨水平上的纯合子中仅4例为真正意义上的B*15xx,-纯合子,且均由各自优势基因构成。三维结构模拟分析发现同一血清型中既存在结构差异微小的等位基因,如B*1501、1505、1507、1525、1527、1532(RMSD≤0.02nm),也存在差异较大的等位基因,如B*1502、1511、1521之间以及B*1503、1546之间(RMSD均为0.29nm),而一些分属不同血清型的等位基因之间结构却近似(RMSD值≤0.02nm)。结论:本研究应用PCR-SBT,首次取得了中国北方汉族样本量最大的高分辨水平HLA-B*15基因多态性分布特征,这将有助于临床患者寻找合适供者,并为移植免疫及本地区群体遗传学等方面的研究提供了重要依据,且对于临床选择最适供者,像HLA-B*15这样血清学特异性及基因亚型高度多态性的家族进行准确的高分辨分型是必要的。 展开更多

关键词 HLA—B＊15基因 中国北方汉族 骨髓供者 PCR—SBT 基因频率 基因多态性 HLA分子三维结构模拟

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毛白杨α-微管蛋白基因家族的克隆与序列分析 被引量：4

9

作者 饶国栋 睢金凯 张建国 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2015年第1期44-49,共6页

采用本地化软件Blast P对杨树全基因组数据库和Gen Bank数据进行搜索,根据搜索结果对毛白杨TUA基因家族进行克隆,并利用软件Clustal W和MEGA对TUA基因进行了核酸和氨基酸序列的比对分析和系统进化分析;利用SWISS-MODEL服务器对TUA的蛋... 采用本地化软件Blast P对杨树全基因组数据库和Gen Bank数据进行搜索,根据搜索结果对毛白杨TUA基因家族进行克隆,并利用软件Clustal W和MEGA对TUA基因进行了核酸和氨基酸序列的比对分析和系统进化分析;利用SWISS-MODEL服务器对TUA的蛋白质三维结构进行模拟。结果显示:毛白杨α-微管蛋白由8个成员构成,8个成员的氨基酸序列和其它植物α-微管蛋白序列的相似性在80%以上;TUA基因可分为2个家族,每个家族成员都有其独特的内含子外显子特征;TUA蛋白的三维结构表现出极高的相似性。毛白杨TUA基因在序列和结构上都十分保守;8个TUA基因起源于2个祖先TUA基因。 展开更多

关键词 Α-微管蛋白 生物信息学 系统进化 三维结构模拟

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小湾电站高边坡系统锚固与排水的优化设计方法 被引量：3

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作者 张发明 陈祖煜 +1 位作者 汪小刚 贾志欣 《岩土力学》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第S2期249-253,共3页

据小湾电站地下厂房进水口开挖高边坡的岩体结构与工程地质特征,采用基于结构面网络模拟的随机楔体稳定分析方法对边坡的稳定性进行了三维分析。进一步运用风险分析理论对边坡系统锚杆与预应力锚索的布置进行了优化设计,最后运用结构面... 据小湾电站地下厂房进水口开挖高边坡的岩体结构与工程地质特征,采用基于结构面网络模拟的随机楔体稳定分析方法对边坡的稳定性进行了三维分析。进一步运用风险分析理论对边坡系统锚杆与预应力锚索的布置进行了优化设计,最后运用结构面网络模拟理论对排水方案进行了优化设计。 展开更多

关键词 岩石边坡 三维结构面网络模拟 锚固 排水 优化设计方法

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利用“岩体裂隙率”评价工程岩体的质量 被引量：14

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作者 马淑芝 贾洪彪 +1 位作者 唐辉明 刘佑荣 《水文地质工程地质》 CAS CSCD 2002年第1期10-12,23,共4页

本文提出用建立在岩体结构面网络三维模拟基础上的“岩体裂隙率”来表征岩体的质量。它可以用来衡量结构面的发育程度及岩体的完整性 ,评价岩体质量 。

关键词 岩体裂隙体 结构面网络三维模拟 岩体质量 完整性 发育程度

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岩体节理体积频率的计算方法及工程应用 被引量：2

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作者 章广成 李华章 +2 位作者 林叶 向欣 朱志明 《工程地质学报》 CSCD 北大核心 2012年第4期585-590,共6页

利用Monte-Carlo原理进行三维结构面网络模拟是研究岩体内节理面发育规律最常用的技术手段,节理体积频率(λv)则是影响结构面网络模拟正确与否的关键参数之一,需要根据野外实测节理线频率(λ)进行换算。利用三维结构面网络模拟程序,提... 利用Monte-Carlo原理进行三维结构面网络模拟是研究岩体内节理面发育规律最常用的技术手段,节理体积频率(λv)则是影响结构面网络模拟正确与否的关键参数之一,需要根据野外实测节理线频率(λ)进行换算。利用三维结构面网络模拟程序,提出了基于线频率反演节理体积频率的新思路。首先赋给某组节理一个初始体积频率,利用三维结构面网络模拟程序,生成只包含该组节理的三维网络模型样本,计算此模型中该组节理在测线方向上的线频率,不同体积频率(λv)对应不同线频率(λ),进而可建立两者的函数关系,最后将测线方向上该组节理的线频率带入该函数即可确定其体积频率。以贵州省息烽县鱼简河水库坝址区岩体为例,按照上述思路根据测线法统计数据计算了节理体积频率,结果表明λv与λ之间呈现出高度的线性关系。当节理圆盘半径服从对数正态分布时,λv与λmax的比值约为0.4～1.0,而当节理圆盘半径服从负指数分布时,λv与λmax的比值约为1.3～3.5。最后依据《工程岩体分级标准(GB50218-94)》表3.3.1、表3.4.3和表3.4.4,分别基于线频率和体积频率对鱼简河水库坝肩岩体完整性进行了评价,结果表明,后者评价结果的可信度比前者高。 展开更多

关键词 节理岩体体积频率线频率三维结构面网络模拟岩体完整性

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