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邻苯二甲酸酯对HepG2细胞血红素加氧酶1表达的影响及基于该酶的三维定量构效关系模型的构建
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作者 刘焕 李康兴 +3 位作者 翁文洁 时煜筠 柳春红 农镇艺 《中国药理学与毒理学杂志》 北大核心 2025年第9期681-688,共8页
目的评价邻苯二甲酸酯类(PAEs)化合物对HepG2细胞中血红素加氧酶1(HO-1)表达的影响,并构建基于HO-1的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型。方法①HepG2细胞分别与邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)、邻苯二甲酸二正辛酯(DnOP)、邻苯二甲酸... 目的评价邻苯二甲酸酯类(PAEs)化合物对HepG2细胞中血红素加氧酶1(HO-1)表达的影响,并构建基于HO-1的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型。方法①HepG2细胞分别与邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)、邻苯二甲酸二正辛酯(DnOP)、邻苯二甲酸二甲酯(DMP)、邻苯二甲酸二乙酯(DEP)、邻苯二甲酸二己酯(DHXP)、邻苯二甲酸二甲氧乙酯(DMEP)、邻苯二甲酸二丁酯(DBP)〔终浓度均分别为0(DMSO,溶剂对照)、0.0625、0.125、0.25、0.5和1 mmol·L^(-1),n=6〕培养48 h,Western印迹法检测细胞中HO-1蛋白表达水平。②基于各组HO-1蛋白水平,采用比较分子相似性指数分析(CoMSIA)法构建3D-QSAR模型。通过杠杆值(leverge)法验证模型的适用域,采用KNIMEEnalos+节点评估模型拟合质量与预测能力,验证模型稳定性,并通过分子对接验证PAEs与HO-1的结合效应。结果①与溶剂对照组相比,浓度为0.0625 mmol·L^(-1)的DMP、DMEP、DEHP、DnOP和DEP分别处理48 h后,细胞中HO-1蛋白表达水平均显著提高,而1 mmol·L^(-1)的DBP、DnOP、DEHP和DHXP则显著抑制HO-1表达。②构建的3D-QSAR模型的非交叉验证系数(R^(2))和交叉验证系数(Q^(2))分别为0.996和0.548。3D-QSAR模型7种PAEs均位于模型的适用域范围内,且通过了外部验证。分子对接结果表明DBP、DnOP、DEHP和DHXP与HO-1具有较强的结合活性。结论HepG2细胞经1 mmol·L^(-1)PAEs培养48 h显著抑制HO-1蛋白表达,构建的3D-QSAR模型为预测新型PAEs对HO-1的毒性作用提供有效工具。 展开更多
关键词 邻苯二甲酸酯 HEPG2细胞 血红素加氧酶1 比较分子相似性指数分析 三维定量构效关系模型 分子对接
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探索提高三维定量构效关系模型预测能力的方法 被引量:1
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作者 谭建军 门婧睿 +2 位作者 孙洪亮 贺丽群 张一平 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期151-160,共10页
为了解决使用三维定量构效关系(three-dimensional quantitative structure-activity relationship,3D-QSAR)模型预测新化合物生物活性效果不理想的问题,建立了2种新的一致性模型.模型一是由多元线性回归(multiple linear regression,M... 为了解决使用三维定量构效关系(three-dimensional quantitative structure-activity relationship,3D-QSAR)模型预测新化合物生物活性效果不理想的问题,建立了2种新的一致性模型.模型一是由多元线性回归(multiple linear regression,MLR)方法构建的加权一致性模型(weighted consensus modeling,WCM),该模型为每个子模型添加了各自的权重系数.模型二通过计算多个子模型预测值的平均值来构建平均一致性模型(average consensus modeling,ACM).研究结果表明,当交叉验证相关系数0.5<q^2≤0.8时,一致性模型可以提高预测能力,而在q^2>0.8时不能提高3D-QSAR模型的预测能力.该方法可为提高模型预测能力和设计新型高活性抑制剂提供帮助. 展开更多
关键词 三维定量关系 一致性模型 加权一致性模型 平均一致性模型
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基于定量构效关系模型的有机发光材料接触和吸入危害性评估
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作者 陈锐烽 冯晶晶 +3 位作者 莫凌 蒋倩文 黄亮亮 廖建雄 《广西科学》 CAS 北大核心 2024年第4期657-664,共8页
近期研究表明,部分有机发光材料(Organic Light-Emitting Materials,OLEMs)具有环境持久性和生物富集性。为明确OLEMs对人体健康的潜在危害,本研究通过专利检索,建立了1988种OLEMs的化学品清单,并基于化学品分类和标签数据库(Classifica... 近期研究表明,部分有机发光材料(Organic Light-Emitting Materials,OLEMs)具有环境持久性和生物富集性。为明确OLEMs对人体健康的潜在危害,本研究通过专利检索,建立了1988种OLEMs的化学品清单,并基于化学品分类和标签数据库(Classification and Labelling Inventory,C&L清单)收录的94种OLEMs的人体健康危害分类与标签信息,构建定量构效关系(Quantitative Structure Property Relationship,QSPR)模型,应用欧氏距离、分子描述符标准化和核密度估计的方法定义模型应用域,对C&L清单未收录的1894种OLEMs的接触和吸入危害性进行预测。结果表明,1652种OLEMs可能通过接触对人体健康造成危害,1612种OLEMs可能通过吸入对人体健康造成危害。本研究为优先控制化学品识别和新化学物质环境管理提供了理论依据。 展开更多
关键词 有机发光材料(OLEMs) 定量关系 健康危害 核密度估计
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基于氨基酸描述符对血管紧张素转化酶抑制五肽定量构效关系分析 被引量:1
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作者 郭星晨 李玉豪 +5 位作者 马金璞 张钰璇 李华鑫 杨具田 樊佩如 高丹丹 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第13期38-48,共11页
本研究收集近些年报道的血管紧张素转化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制五肽的氨基酸序列及抑制活性(半抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC_(50))),建立ACE抑制五肽肽库,并将其氨基酸残基用Z-scales、VHSE和... 本研究收集近些年报道的血管紧张素转化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制五肽的氨基酸序列及抑制活性(半抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC_(50))),建立ACE抑制五肽肽库,并将其氨基酸残基用Z-scales、VHSE和SVHEHS氨基酸描述符分别进行表述,以氨基酸残基的疏水性、立体性以及电性参数作为自变量,ACE抑制五肽的lg IC_(50)作为因变量,利用Matlab软件用偏最小二乘法建立ACE抑制肽定量构效关系(quantitative structure-activity relationship,QSAR)模型,结果发现基于Z-scales描述符构建的ACE抑制五肽QSAR模型R2为0.6411,Q^(2)为0.5369,模型预测五肽Gln-Arg-Pro-Asn-Met具有较高的ACE抑制活性,预测IC_(50)为0.0517μmol/L,实测IC_(50)为(0.0400±0.0083)μmol/L,预测值与实测值误差为0.0117μmol/L;基于VHSE描述符构建的QSAR模型R2为0.7636,Q^(2)为0.5081,模型预测五肽Leu-Arg-Ala-Phe-Gln具有较高的ACE抑制活性,预测IC_(50)为0.0438μmol/L,实测值为(0.0273±0.0053)μmol/L,误差为0.0165μmol/L;基于SVHEHS描述符构建的QSAR模型R2为0.8405,Q^(2)为0.4005μmol/L,模型预测五肽Tyr-Phe-Pro-Phe-Gln具有较高的ACE抑制活性,预测值为0.0055μmol/L,实测值为(0.0312±0.0042)μmol/L,误差为0.0257μmol/L。3种建模方法对比发现,基于SVHEHS描述符构建的模型拟合能力最强,但是其预测能力较弱,而Z-scales和VHSE描述符所建模型能很好地对五肽进行QSAR分析,通过模型分析发现ACE抑制肽活性与其氨基酸的疏水特征呈负相关,与立体特征呈正相关。将3种ACE抑制肽与ACE蛋白(2X8J)进行分子对接,结果表明3种ACE抑制肽均可与ACE蛋白进行结合。本研究可为开发ACE抑制肽药物提供新手段,为开发和利用食源性ACE抑制肽提供理论基础。 展开更多
关键词 血管紧张素转化酶 偏最小二乘 定量关系 氨基酸描述符
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三维定量构效关系研究进展 被引量:11
5
作者 徐满 张爱茜 +1 位作者 韩朔睽 王连生 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第1期45-47,共3页
三维定量构效关系 ( 3D -QSAR)研究是QSAR发展的前沿。笔者在对 3D -QSAR作简要介绍的基础上 ,通过归纳分析其与传统QSAR的区别 ,论述了 3D -QSAR在方法学和应用方面的最新进展 。
关键词 定量关系 三维定量关系 方法学 研究进展 环境化学
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苯环5位取代磺酰脲类化合物的水解动力学及三维定量构效关系初步研究 被引量:6
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作者 王美怡 马翼 +2 位作者 王海英 曹刚 李正名 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1636-1642,共7页
研究了除草活性较好的9个新型苯环5位取代的磺酰脲类化合物(A^I)分别在酸性、中性及碱性水溶液中的水解情况.采用HPLC-MS对水解产物进行分离鉴定,推测了水解产物的结构及水解路径.采用比较分子力场(Co MFA)方法,对化合物的结构与水解半... 研究了除草活性较好的9个新型苯环5位取代的磺酰脲类化合物(A^I)分别在酸性、中性及碱性水溶液中的水解情况.采用HPLC-MS对水解产物进行分离鉴定,推测了水解产物的结构及水解路径.采用比较分子力场(Co MFA)方法,对化合物的结构与水解半衰期之间的关系进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究.结果表明,苯环5位取代的苯磺酰脲类化合物的水解遵循一级动力学反应,容易发生酸性条件下的水解,水解反应第一步主要为酸催化下磺酰脲桥的断裂,形成5位取代的苯磺酰胺和氨基杂环.苯环5位取代的苯磺酰胺进一步发生5位酰胺基的水解,最后得到化合物c(6-氨基糖精)和d(糖精).苯环5位经修饰改造后,在相同条件下,其水解速度明显高于改造前的母体化合物单嘧磺酯和甲磺隆.苯环5位为酰胺基取代的化合物的水解速度随酰胺基上烷基碳原子数的增加及烷基体积的增大而降低.经计算所得的Co MFA模型能够对该系列化合物的水解半衰期进行较好的预测. 展开更多
关键词 5位取代苯磺酰脲类化合物 水解 半衰期 比较分子力场模型 三维定量关系
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紫杉醇衍生物的三维定量构效关系研究 被引量:16
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作者 石炳兴 梁世乐 +2 位作者 元英进 孙命 缪方明 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2000年第3期401-406,共6页
利用比较分子力场分析 (Co MFA)方法对 98个紫杉醇衍生物的三维定量构效关系 (3D-QSAR)进行了分析 ,发现影响其活性的立体能与静电能之比为 61 .6/38.4 .进一步分析表明 ,C-1 3侧链基团的改变对其活性影响较大 ,尤其是 2 -OH对保持活... 利用比较分子力场分析 (Co MFA)方法对 98个紫杉醇衍生物的三维定量构效关系 (3D-QSAR)进行了分析 ,发现影响其活性的立体能与静电能之比为 61 .6/38.4 .进一步分析表明 ,C-1 3侧链基团的改变对其活性影响较大 ,尤其是 2 -OH对保持活性是至关重要的 ;而母环其它位置取代基的改变对活性影响较小 .该模型交叉验证 r2cv=0 .71 4 ,非交叉验证 r2 =0 .90 1 ;以此模型对验证组 1 0个化合物活性进行预测 ,r2pred=0 .81 2 ,表明模型具有很好的预测能力 。 展开更多
关键词 紫杉醇衍生物 比较分子力场 定量关系
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类黄酮抑制P糖蛋白的三维定量构效关系与作用模式 被引量:3
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作者 刘本国 刘江伟 +3 位作者 李嘉琪 耿升 莫海珍 梁桂兆 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第1期41-46,共6页
采用基于R基团搜索技术的Topomer CoMFA建立了30个类黄酮类P糖蛋白抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,并用包括9个样本的测试集验证模型的外部预测能力.所得模型的拟合、交互验证以及外部验证的复相关系数分别为r^2=0.971,q^2=0.72... 采用基于R基团搜索技术的Topomer CoMFA建立了30个类黄酮类P糖蛋白抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,并用包括9个样本的测试集验证模型的外部预测能力.所得模型的拟合、交互验证以及外部验证的复相关系数分别为r^2=0.971,q^2=0.728和r^2_(pred)=0.816.在此基础上,运用Surflex-dock分子对接法研究了白杨素及其异戊烯化衍生物与P糖蛋白的作用模式.结果表明,异戊烯化修饰可显著提高类黄酮的亲脂性,修饰产物能更好地与P糖蛋白的疏水性口袋契合,二者结合程度高. 展开更多
关键词 类黄酮 P糖蛋白 三维定量关系 Topomer COMFA Surflex-dock
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苯并呋喃类N-肉豆蔻酰基转移酶抑制剂的三维定量构效关系研究 被引量:6
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作者 朱杰 盛春泉 +6 位作者 张珉 宋云龙 陈军 余建鑫 姚建忠 缪震元 张万年 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2006年第2期287-291,共5页
采用比较分子力场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA),系统地研究了40个苯并呋喃类N-肉豆蔻酰基转移酶(NMT)抑制剂的三维定量构效关系.在CoMFA研究中,考察了网格点步长对模型统计结果的影响.在CoMSIA研究中,研究了各种分... 采用比较分子力场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA),系统地研究了40个苯并呋喃类N-肉豆蔻酰基转移酶(NMT)抑制剂的三维定量构效关系.在CoMFA研究中,考察了网格点步长对模型统计结果的影响.在CoMSIA研究中,研究了各种分子场组合、网格点步长和衰减因子对模型统计结果的影响,发现立体场、静电场、疏水场和氢键受体场的组合可得到最佳模型.所建立的CoMFA和CoMSIA模型的交叉相关系数q2值分别为0.759和0.730,均具有较强的预测能力.利用CoMFA和CoMSIA模型的三维等值线图直观地解释了化合物的构效关系,阐明了化合物结构中苯并呋喃环上各位置取代基对抑酶活性的影响,为进一步结构优化提供了重要依据. 展开更多
关键词 苯并呋喃 NMT抑制剂 抗真菌 三维定量关系 比较分子力场分析(CoMFA) 比较分子相似 性指数分析(CoMSIA)
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HEPT类逆转录酶抑制剂的三维定量构效关系 被引量:14
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作者 孟歌 何严萍 陈芬儿 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2002年第7期1304-1308,共5页
利用比较分子力场分析 (Co MFA)方法对 3 2个 HEPT类 HIV-1逆转录酶抑制剂 (RTIs)的三维定量构效关系 (3 D-QSAR)进行了分析 ,建立了 HIV-1逆转录酶抑制剂的 3种 3 D-QSAR模型 ,发现影响其生物活性的主要因素为立体场因素 ,这与 HIV-1 R... 利用比较分子力场分析 (Co MFA)方法对 3 2个 HEPT类 HIV-1逆转录酶抑制剂 (RTIs)的三维定量构效关系 (3 D-QSAR)进行了分析 ,建立了 HIV-1逆转录酶抑制剂的 3种 3 D-QSAR模型 ,发现影响其生物活性的主要因素为立体场因素 ,这与 HIV-1 RT的非底物结合部位 (NNBS)的疏水性环境相吻合 .进一步分析表明 ,适当长度的 1 -位侧链对保持化合物的抗病毒活性致关重要 ;增大 5 -位取代基的体积可增强生物活性 ;在 1 -位苄氧甲基的对位引入大体积基团有利于提高活性 .同时考察立体场、静电场与生物活性的关系 ,表明 ,Co MFA模型 为最佳预测模型 ,其交叉验证系数 R2CV=0 .870 ,传统相关系数 R2 =0 .986,标准偏差SE=0 .1 46,F =2 94.5 46.用此模型预测了检验组 3个 HEPT类化合物的 -lg EC50 ,R2pred=0 .85 0 ,表明模型具有很好的预测能力 ,可为 HEPT类 HIV-1逆转录酶抑制剂的结构优化提供理论指导 . 展开更多
关键词 HEPT类逆转录酶抑制剂 HIV-1逆转录酶抑制剂 比较分子力场分析 三维定量关系 抗艾滋病药物
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三维定量构效关系最新研究进展 被引量:12
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作者 刘仲杰 刘叔倩 《河北科技大学学报》 CAS 1999年第1期17-21,共5页
在简要回顾了经典的Hansch方法的基础上,重点讨论了4种典型的3D-QSAR方法,即分子形状分析(MSA)、距离几何学方法(DG)、比较分子力场分析(COMFA)和假想活性位点阵(HASL)的基本原理。
关键词 三维定量 关系 神经网络 药物设计 化学
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从三维到五维:定量构效关系(QSAR)的研究进展 被引量:15
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作者 李敏勇 夏霖 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期586-591,共6页
本文综述了近年来定量构效关系的最新发展 ,重点介绍了从三维定量构效关系至五维定量构效关系的各种方法及应用 ,并就计算机辅助分子设计中 ,定量构效关系所涉及的分子重叠和构象选择问题进行了初步讨论。
关键词 定量关系 比较分子场分析法 偏最小二乘法 进展
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含硫(氧)肟醚化合物杀虫活性三维定量构效关系研究 被引量:4
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作者 柳爱平 陆爱军 +4 位作者 黄明智 陈灿 刘兴平 刘钊杰 姚建仁 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第3期464-466,共3页
The quantitative relationship between the structure of oxime-ether compounds containing sulfur(oxygen) and their insecticidal activity against leafhopper was studied by comparative molecular field analysis(CoMFA). The... The quantitative relationship between the structure of oxime-ether compounds containing sulfur(oxygen) and their insecticidal activity against leafhopper was studied by comparative molecular field analysis(CoMFA). The results showed that the contributions of steric and electrostatic fields to the activity were 47.5% and 52.5%, respectively. The coefficient q2 of cross validation and the relation coefficient r2 of non-cross validation for the model established by the study were 0.628 and 0.971, respectively, its F value was 133.840 and the standard deviation was 0.109. These values indicated that the model might have a good predictability. The contour maps of the model will give the basis on the structure modification. 展开更多
关键词 含硫(氧)肟醚化合物 三维定量关系(3D-QSAR) 比较分子力场分析(CoMFA)
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二氢吡啶类化合物的三维定量构效关系 被引量:3
14
作者 丁俊杰 丁晓琴 +1 位作者 赵立峰 陈冀胜 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第12期1108-1113,共6页
通过分子力学和量子化学计算,得出两种二氢吡啶衍生物的低能构象,再应用比较分子力场分析方法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)分别对两种构象的43个二氢吡啶衍生物进行3D-QSAR研究.计算结果表明,用两种方法建立的两种构象... 通过分子力学和量子化学计算,得出两种二氢吡啶衍生物的低能构象,再应用比较分子力场分析方法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)分别对两种构象的43个二氢吡啶衍生物进行3D-QSAR研究.计算结果表明,用两种方法建立的两种构象的构效关系模型均有较好的预测能力.通过分析CoMFA和CoMSIA的系数等势图,直观地了解二氢吡啶衍生物的结构对生物活性的影响,为进一步设计高活性的二氢吡啶衍生物提供一定的理论依据. 展开更多
关键词 二氢吡啶类化合物 三维定量关系 钙离子通道 心血管疾病 比较分子场分析 比较分子相似指数分析
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嘧啶类CDK1激酶抑制剂的三维定量构效关系 被引量:2
15
作者 罗海彬 陈国文 +3 位作者 邵咏贤 李哲 刘明 刘培庆 《深圳大学学报(理工版)》 EI CAS 北大核心 2012年第5期438-443,共6页
1型细胞周期蛋白依赖性激酶(cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在人体内是有效的抗癌作用靶标.使用三维定量构效关系研究方法,包括比较分子场分析法(comparative molecular field analysis,CoM-FA)和比较分子相似性指数分析法(comparativ... 1型细胞周期蛋白依赖性激酶(cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在人体内是有效的抗癌作用靶标.使用三维定量构效关系研究方法,包括比较分子场分析法(comparative molecular field analysis,CoM-FA)和比较分子相似性指数分析法(comparative molecular similarity indices analysis,CoMSIA),分析23个CDK1激酶抑制剂的分子结构与生物活性之间的定量关系.相对其他类型电荷,当训练集加载Gasteiger-Huckel电荷时,CoMFA获得一个最优的三维定量构效关系模型,其交叉验证系数q2为0.668,非交叉验证相关系数R2为0.941,表明模型具有较好的预测能力.使用测试集交叉验证说明该模型稳定可靠,模型中立体场贡献率为69.8%,静电场贡献率为30.2%. 展开更多
关键词 药物化学 药物分子设计 三维定量关系 1型细胞周期蛋白依赖性激酶 抑制剂 肿瘤治疗
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酪氨酸激酶抑制剂的三维定量构效关系研究 被引量:2
16
作者 彭涛 裴剑锋 周家驹 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第2期163-166,共4页
利用柔性原子受体模型(FLARM)方法对一系列的异黄酮和喹诺酮衍生物表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,得到了合理的构效关系模型.FLARM方法的计算结果还给出了虚拟的受体模型,该模型说明了抑制剂与受体之间... 利用柔性原子受体模型(FLARM)方法对一系列的异黄酮和喹诺酮衍生物表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,得到了合理的构效关系模型.FLARM方法的计算结果还给出了虚拟的受体模型,该模型说明了抑制剂与受体之间可能的相互作用.由该虚拟受体模型得到的受体-配体相互作用与Novartis药效团模型比较类似. 展开更多
关键词 酷氨酸激酶抑制剂 三维定量关系 柔性原子受体模型 FLARM
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VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂的三维定量构效关系研究 被引量:4
17
作者 伍小云 张嘉杰 吴曙光 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期57-61,共5页
运用比较分子力场分析对28个氨基吡唑并吡啶二芳基脲类VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究。所得CoMFA模型交叉验证系数q2=0.681,回归系数r2=0.958,统计方差比F=64.964,影响药效的立体场和静电场的贡献分别为65.7%和34... 运用比较分子力场分析对28个氨基吡唑并吡啶二芳基脲类VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究。所得CoMFA模型交叉验证系数q2=0.681,回归系数r2=0.958,统计方差比F=64.964,影响药效的立体场和静电场的贡献分别为65.7%和34.3%。CoMFA模型的三维等值图为化合物的结构改造提供了参考。 展开更多
关键词 三维定量关系 比较分子力场分析 氨基吡唑并吡啶二芳基脲类 VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂
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一种基于虚拟受体模型的定量构效关系研究方法 被引量:2
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作者 陈红明 周家驹 +1 位作者 谢桂荣 任天瑞 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1997年第7期626-631,共6页
提出了一种可用于定量构效关系研究的PARM(PseudoAtomicReceptorMode)算法.算法中定义了一套虚拟受体原子,并利用遗传算法构造了一系列虚拟受体模型.这些模型具有高的受体-配体相互作用能和生物活性间的相关性,并能预报未知分子... 提出了一种可用于定量构效关系研究的PARM(PseudoAtomicReceptorMode)算法.算法中定义了一套虚拟受体原子,并利用遗传算法构造了一系列虚拟受体模型.这些模型具有高的受体-配体相互作用能和生物活性间的相关性,并能预报未知分子的生物活性.应用此算法对钾离子通道开放剂体系进行了QSAR研究. 展开更多
关键词 虚拟受体模型 遗传算法 关系 PARM算法
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用比较分子力场和比较分子相似性指数分析方法对氮蒽类化合物抗癌活性的三维定量构效关系研究(英文) 被引量:2
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作者 栾锋 姚小军 +1 位作者 张海霞 刘满仓 《兰州大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期71-78,共8页
用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建... 用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建的模型优于用CoMFA构建的模型.通过CoMSIA分析,用训练集所建立的模型有较好的统计性(20个化合物,q2=0.666,r2=0.916),测试集化合物的预测活性与实验值有很好的一致性.本文还给出了主要分子力场的等势线图. 展开更多
关键词 比较分子力场 比较分子相似性指数分析方法 三维定量关系
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植物精油成分气相色谱保留指数的全息定量构效关系
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作者 郭锐 焦龙 +3 位作者 胡祖彪 王清臣 钟汉斌 景明利 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期380-386,共7页
气相色谱保留指数(RI)是色谱分析中的重要参数,但通过实验获取RI值的过程较为繁琐,需要建立一种简便、高效、准确的模型来预测RI值。本文搜集了60种植物精油成分的RI实验值,构建了精油成分化合物的结构性质与RI值之间的全息定量构效关系... 气相色谱保留指数(RI)是色谱分析中的重要参数,但通过实验获取RI值的过程较为繁琐,需要建立一种简便、高效、准确的模型来预测RI值。本文搜集了60种植物精油成分的RI实验值,构建了精油成分化合物的结构性质与RI值之间的全息定量构效关系(HQSAR)模型。当碎片大小(fragment size)、碎片特征(fragment distinction)和全息长度(hologram length)模型参数分别设置为“1~4”、“C,Ch”和199时,可以建立最优HQSAR模型。利用外部测试集验证和留一交叉验证对模型进行检验,经外部测试集验证的预测均方根误差(RMSEP)、预测决定系数(Q_(F3)^(2))、一致性相关系数(CCC)和平均相对误差(MRE)分别为40.45、0.984、0.968和2.20%;经留一交叉验证的交叉验证均方根误差(RMSECV)和MRE分别为72.56和4.17%。此外,HQSAR模型的分子贡献图表明,芳香族化合物的烷基链在连接了羟基基团后,其RI值会增大;脂肪族化合物中存在的长链烷基也会导致RI值增大。研究结果表明,所建立的HQSAR模型能够用于预测植物精油成分的RI值,并为其他精油成分RI值的预测提供可靠依据。 展开更多
关键词 全息定量关系 气相色谱保留指数 植物精油 分子贡献图
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