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马来酰胺类糖原合成酶激酶-3β抑制剂的分子对接和三维定量构效关系(英文) 被引量:4
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作者 魏卓 张怀 +1 位作者 崔巍 计明娟 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第5期890-896,共7页
通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似... 通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)对48个化合物做三维定量构效关系的分析.两种方法得出的交互验证回归系数分别为0.669(CoMFA)和0.683(CoMSIA),证明该模型具有很好的统计相关性,同时也说明该模型具有较高的预测能力.根据该模型提供的信息,设计出9个预测活性较好的分子. 展开更多
关键词 糖原合成酶激酶3Β 三维定量关系 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数分析法 分子对接
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2-取代苯基-5-取代苯甲酰胺基-1,3,4-噻二唑的合成、抑菌活性及三维定量构效关系 被引量:2
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作者 王三艳 彭雅琦 +1 位作者 娄佳玉 王美怡 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期732-742,共11页
以取代苯甲酸为起始原料,与氨基硫脲、三氯氧磷及取代苯甲酰氯进行缩合,制备了33个2-取代苯基-5-取代苯甲酰胺基-1,3,4-噻二唑E_(1)~E_(33)。采用核磁共振氢谱(^(1)H NMR)和高分辨质谱(HRMS)等对目标化合物的结构进行了确证及表征。采... 以取代苯甲酸为起始原料,与氨基硫脲、三氯氧磷及取代苯甲酰氯进行缩合,制备了33个2-取代苯基-5-取代苯甲酰胺基-1,3,4-噻二唑E_(1)~E_(33)。采用核磁共振氢谱(^(1)H NMR)和高分辨质谱(HRMS)等对目标化合物的结构进行了确证及表征。采用菌丝生长速率法测定了目标化合物对根霉Rhizopus nigricans、青霉Penicillium glaucum、灰霉Botrytis cinerea、交链孢霉Alternaria brassicae和黑曲霉Aspergillus niger的体外抑菌活性。针对黑曲霉的抑制活性,分别利用CoMFA和CoMSIA对目标化合物进行了初步的三维定量构效关系(3D-QSAR)研究。结果表明,大部分化合物表现出良好的抑菌活性,在50μg/mL下,化合物E_(1)、E_(2)和E_(29)对供试真菌的抑制率均达到80%以上,与对照药剂百菌清和多菌灵的抑菌效果相当。综合两种模型的结果,发现静电场的贡献值高于其他势场,且当苯环a的4位引入供电子基、苯环a的2位和6位以及苯环b上引入吸电子基时,有利于化合物抑菌活性的提高,可为进一步指导设计合成此类高活性化合物提供理论依据。 展开更多
关键词 1 3 4-噻二唑 酰胺衍生物 抑菌活性 三维定量关系(3d-qsar)
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含硫(氧)肟醚化合物杀虫活性三维定量构效关系研究 被引量:4
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作者 柳爱平 陆爱军 +4 位作者 黄明智 陈灿 刘兴平 刘钊杰 姚建仁 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第3期464-466,共3页
The quantitative relationship between the structure of oxime-ether compounds containing sulfur(oxygen) and their insecticidal activity against leafhopper was studied by comparative molecular field analysis(CoMFA). The... The quantitative relationship between the structure of oxime-ether compounds containing sulfur(oxygen) and their insecticidal activity against leafhopper was studied by comparative molecular field analysis(CoMFA). The results showed that the contributions of steric and electrostatic fields to the activity were 47.5% and 52.5%, respectively. The coefficient q2 of cross validation and the relation coefficient r2 of non-cross validation for the model established by the study were 0.628 and 0.971, respectively, its F value was 133.840 and the standard deviation was 0.109. These values indicated that the model might have a good predictability. The contour maps of the model will give the basis on the structure modification. 展开更多
关键词 含硫(氧)肟醚化合物 三维定量关系(3d-qsar) 比较分子力场分析(CoMFA)
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应用CoMFA研究抗菌肽的三维定量构效关系 被引量:5
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作者 仝建波 江国艳 +1 位作者 李园园 李康楠 《原子与分子物理学报》 北大核心 2017年第6期990-996,共7页
采用比较分子场分析(CoMFA)方法对抗菌九肽、抗菌十四肽、抗菌十八肽进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,建立了预测力强的3D-QSAR模型.结果表明,所建立的3D-QSAR模型对三种抗菌肽均有较好的统计学稳定性及预测能力(抗菌九肽:交叉验证系... 采用比较分子场分析(CoMFA)方法对抗菌九肽、抗菌十四肽、抗菌十八肽进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,建立了预测力强的3D-QSAR模型.结果表明,所建立的3D-QSAR模型对三种抗菌肽均有较好的统计学稳定性及预测能力(抗菌九肽:交叉验证系数q^2=0.537,非交叉验证相关系数r^2=0.961,外部样本检验复相关系数Q_(ext)~2=0.883;抗菌十四肽:q^2=0.502,r^2=0.718,Q_(ext)~2=0.645;抗菌十八肽:q^2=0.550,r^2=0.967,Q_(ext)~2=0.989).三维等势图不仅解释了抗菌肽结构与活性的关系,而且为抗菌肽的进一步合成提供了理论依据. 展开更多
关键词 比较分子场分析(Co MFA) 三维定量关系(3d-qsar) 抗菌九肽 抗菌十四肽 抗菌十八肽
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新型苯环5-(取代)苯甲酰胺基苯磺酰脲类化合物的比较定量构效关系研究 被引量:5
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作者 王美怡 马翼 +1 位作者 李正名 王素华 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第7期1361-1364,共4页
采用比较分子力场分析(CoMFA)方法,对26个新型苯环5-(取代)苯甲酰胺基苯磺酰脲类化合物的除草活性进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,建立了三维定量构效关系CoMFA模型(R2=0.948,F=91.364,SE=0.141).结果表明,此类磺酰脲类化合物的... 采用比较分子力场分析(CoMFA)方法,对26个新型苯环5-(取代)苯甲酰胺基苯磺酰脲类化合物的除草活性进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,建立了三维定量构效关系CoMFA模型(R2=0.948,F=91.364,SE=0.141).结果表明,此类磺酰脲类化合物的除草活性与苯环5位取代基的立体结构和电场性质密切相关.根据CoMFA模型的立体场和静电场三维等值线图不仅直观地解释了结构与活性的关系,而且为进一步设计高活性的目标化合物提供理论依据. 展开更多
关键词 比较分子力场分析(CoMFA) 三维定量关系(3d—qsar) 苯环5-(取代)苯甲酰胺基苯磺酰脲 类化合物
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家蝇与大鼠GABA受体抑制剂的药效团模型及其3D-QSAR研究 被引量:9
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作者 任天瑞 沈斌 +2 位作者 裴剑锋 汪永生 向文胜 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第3期546-549,共4页
采用 DISCOtech方法 ,用 7个大鼠 γ-氨基丁酸 (GABA) A 受体抑制剂和 1 1个家蝇 GABAA 受体抑制剂分别建立了其药效团模型 ;用 Co MFA方法建立了 2 2个大鼠 GABAA 受体抑制剂和 2 9个家蝇 GABAA 受体抑制剂的 3 D-QSAR模型 ,模型的交... 采用 DISCOtech方法 ,用 7个大鼠 γ-氨基丁酸 (GABA) A 受体抑制剂和 1 1个家蝇 GABAA 受体抑制剂分别建立了其药效团模型 ;用 Co MFA方法建立了 2 2个大鼠 GABAA 受体抑制剂和 2 9个家蝇 GABAA 受体抑制剂的 3 D-QSAR模型 ,模型的交叉验证相关系数分别为 0 .5 2 6和 0 .679,验证了药效团模型的合理性 。 展开更多
关键词 GABAA受体 团模型 三维定量关系(3d-qsar) 比较分子力场分析(CoMFA)
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3C-like蛋白酶抑制剂的构效关系、分子对接和分子动力学 被引量:5
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作者 林峰 付新梅 +5 位作者 王超 蒋思宇 王景辉 张述伟 杨凌 李燕 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第11期2693-2708,共16页
3C-like蛋白酶是中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-Co V)等其它冠状病毒的繁殖过程中极为重要的蛋白酶。它已成为人类在抗冠状病毒领域中的研究热点。本文基于计算生物学方法对与MERS-Co V同属的蝙蝠冠状病毒HKU4(HKU4-Co V)的43个肽类3C-l... 3C-like蛋白酶是中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-Co V)等其它冠状病毒的繁殖过程中极为重要的蛋白酶。它已成为人类在抗冠状病毒领域中的研究热点。本文基于计算生物学方法对与MERS-Co V同属的蝙蝠冠状病毒HKU4(HKU4-Co V)的43个肽类3C-like蛋白酶抑制剂分子,建立三维定量构效关系(3D-QSAR)模型。在基于配体叠合的基础上,发现比较分子相似性指数分析法(Co MSIA)中的四个场组合(位阻场、静电场、氢键供体场与氢键受体场)为最优的模型(Q2=0.522,R2ncv=0.996,R2pre=0.904;Q2:交叉验证相关系数,R2ncv:非交叉验证相关系数,R2pre:验证集分子的预测值相关系数),并借助该模型通过分子对接(docking)与分子动力学(MD)方法阐明了配受体结合作用。实验结果表明:(1)基于最优的Co MSIA模型基础上的三维等势图形象地说明了分子基团的位阻作用、静电作用、氢键供体与氢键受体作用对分子生物活性的影响;(2)分子对接研究结果显示了疏水性以及结晶水、氨基酸His166和Glu169在配体和受体结合过程中产生重要作用;(3)分子动力学模拟进一步验证了分子对接模型的可靠性,并发现了两个新的关键氨基酸Ser24与Gln192,它们与配体产生了两个较强的氢键。此外,根据这些结果,一些新的具有潜在抑制活性的肽类化合物作为3C-like蛋白酶抑制剂被获得。以上结果能够帮助深入了解3C-like蛋白酶与肽类抑制剂的作用机理,并且能够为今后的抗MERS-Co V药物设计提供有价值的参考。 展开更多
关键词 中东呼吸综合征冠状病毒 3C-like蛋白酶 肽类抑制剂 三维定量关系 分子对接 分子动力学
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新磺酰脲类化合物除草活性的3D-QSAR分析 被引量:13
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作者 王宝雷 马宁 +3 位作者 王建国 马翼 李正名 李永红 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第6期577-581,共5页
用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合... 用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合物能提供指导作用. 展开更多
关键词 磺酰脲 三维定量关系(3d-qsar) 比较分子力场分析(CoMFA) 比较分子相似性指数分析(CoMSIA)
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新型含哒嗪酮基双酰肼类化合物的3D-QSAR研究 被引量:7
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作者 邹霞娟 来鲁华 +1 位作者 金桂玉 黄桂琴 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第6期513-516,共4页
用比较分子场分析方法对1-芳基-1,4-二氢-3-酰肼羰基-6-甲基-4-哒嗪酮类化合物进行了三维定量构效关系研究,发现影响其促进黄瓜子叶生根活性的主要为立体能.立体能与静电能之比为0.733:0.267.所得到的模型交叉验证值rcv2=0.643,相关系数... 用比较分子场分析方法对1-芳基-1,4-二氢-3-酰肼羰基-6-甲基-4-哒嗪酮类化合物进行了三维定量构效关系研究,发现影响其促进黄瓜子叶生根活性的主要为立体能.立体能与静电能之比为0.733:0.267.所得到的模型交叉验证值rcv2=0.643,相关系数r2=0.977,F=102.622,s=0.041,表明模型具有较好的预测能力.研究结果对3-酰肼羰基-4-哒嗪酮类化合物的改性或新类似物的合成具有指导意义. 展开更多
关键词 哒嗪酮基双酰肼类化合物 3-酰肼羰基-4-哒嗪酮 黄瓜子叶 生根活性 三维定量关系 3d-qsar 比较分子力场 农药
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4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物的3D-QSAR及分子对接研究 被引量:5
10
作者 仝建波 秦尚尚 +1 位作者 雷珊 王洋 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2019年第3期397-405,共9页
采用Topomer CoMFA方法对42个4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析.所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.926、0.638、0.923,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.采用Top... 采用Topomer CoMFA方法对42个4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析.所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.926、0.638、0.923,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.采用Topomer Search技术在ZINK数据库中进行虚拟筛选,筛选出2个R1基团和16个R2基团,进而设计出32个具有更高活性的新型4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类化合物.采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与蛋白酶的ARG47、ILE368和GLY201位点作用明显,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考. 展开更多
关键词 4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物 三维定量关系(3d-qsar) Topomer CoMFA 分子设计 分子对接
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带有分子轨道能量的3D-QSAR对N-氨基咪唑的研究(英文)
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作者 乔颖欣 周家驹 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第2期209-214,共6页
N-氨基咪唑(NAIMs)能通过三种不同的作用方式抑制HIV-1的复制.用比较分子场(CoMFA)方法对一系列有共同骨架的NAIM分子建立3D-QSAR模型.与以往模型不同的是,在偏最小二乘(PLS)分析中尝试引入分子轨道能量的信息来研究生物活性与分子轨道... N-氨基咪唑(NAIMs)能通过三种不同的作用方式抑制HIV-1的复制.用比较分子场(CoMFA)方法对一系列有共同骨架的NAIM分子建立3D-QSAR模型.与以往模型不同的是,在偏最小二乘(PLS)分析中尝试引入分子轨道能量的信息来研究生物活性与分子轨道能量的关系.结果得到了几个模型,分子轨道能量对模型的贡献能为21.7%,轨道HOMO5对模型的贡献最大. 展开更多
关键词 N-氨基咪唑 抑制HIV-1复制 三维定量关系 分子轨道能量 比较分子场方法 MOPAC6/PM3
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三维全息原子场作用矢量用于均三氮苯类衍生物除草活性的QSAR研究 被引量:1
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作者 李美萍 张生万 《原子与分子物理学报》 北大核心 2017年第6期997-1002,共6页
本文利用三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对均三氮苯类衍生物分子结构进行表征,并利用逐步回归结合多元线性回归建立均三氮苯类衍生物除草活性的定量构效关系模型,同时采用内外部双重验证的方法检验模型的稳定性.所建模型相关统计量... 本文利用三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对均三氮苯类衍生物分子结构进行表征,并利用逐步回归结合多元线性回归建立均三氮苯类衍生物除草活性的定量构效关系模型,同时采用内外部双重验证的方法检验模型的稳定性.所建模型相关统计量如下:建模相关系数(R)、留一法(LOO)交互验证相关系数(R_(cv))、外部样本验证相关系数(Q_(ext))和标准偏差(SD)分别为0.897、0.818、0.856和0.470.结果表明,3D-HoVAIF能较好地表征均三氮苯类衍生物分子的结构信息,所建模型具有良好的稳定性和预测能力;同时也指出了SP^3杂化的C之间的立体作用、SP^2杂化的N与SP^3杂化的C之间的立体作用、SP^2杂化C与SP^3杂化的N原子之间的静电作用以及SP^3杂化的C与X(卤素)之间的静电作用是影响该类化合物除草活性的重要因素.为高活性除草剂类分子设计和改造提供理论指导. 展开更多
关键词 三维全息原子场作用矢量(3d-HoVAIF) 均三氮苯类衍生物 多元线性回归 定量关系
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双吗啉类PI3Kα抑制剂的自组织分子场分析
13
作者 武锋 罗浩 +3 位作者 周孟 张文娟 侯雪艳 李锐 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期223-227,共5页
采用自组织分子场分析(SOMFA)构建了39个双吗啉类磷脂酰肌醇-3激酶α(PI3Kα)抑制剂的三维定量构效关系模型。交叉验证相关系数(q2)、非交叉验证相关系数(r2)、标准偏差(SEE)分别为0.636、0.702和0.581,立体场和静电场的贡献分别为0.7和... 采用自组织分子场分析(SOMFA)构建了39个双吗啉类磷脂酰肌醇-3激酶α(PI3Kα)抑制剂的三维定量构效关系模型。交叉验证相关系数(q2)、非交叉验证相关系数(r2)、标准偏差(SEE)分别为0.636、0.702和0.581,立体场和静电场的贡献分别为0.7和0.3,并用测试集进行了验证。测试集非交叉验证相关系数(r2pred)为0.808。该模型具有显著的统计学意义,为进一步开发新的双吗啉类PI3Kα抑制剂奠定了基础。 展开更多
关键词 PI3 三维定量关系 自组织分子场分析
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一类细胞凋亡诱导剂的结构特征研究
14
作者 张静晓 李燕 +2 位作者 付新梅 潘艳秋 杨凌 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第1期7-14,共8页
许多抗癌药物通过引起癌细胞的凋亡来达到治疗目的,因此开发能诱导癌细胞凋亡的药物一直是癌症研究的热点.以153个结构各异的具有caspase-3激活作用的细胞凋亡诱导剂为研究对象,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,得到了一个基于位阻... 许多抗癌药物通过引起癌细胞的凋亡来达到治疗目的,因此开发能诱导癌细胞凋亡的药物一直是癌症研究的热点.以153个结构各异的具有caspase-3激活作用的细胞凋亡诱导剂为研究对象,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,得到了一个基于位阻场、静电场、疏水场、氢键供体场和受体场参数的最优比较分子相似性指数法(CoMSIA)模型.该模型(Q2=0.51、R2ncv=0.89和R2pred=0.82)具有良好的内部一致性和预测能力,通过对模型的等值线图分析发现:(1)R2取代基提高诱导剂活性的因素包括位阻大、负电性大、有亲水性和具有氢键供体作用;(2)位阻适中和/或具有氢键供体作用的R4取代基,以及位阻小和/或亲水的R1取代基对提高分子的活性是有利的;(3)N-甲基-N-苯基-1-萘胺类细胞凋亡诱导剂具有正电性的A环3号位或C环7号位取代基,以及具有负电性的B环1号位取代基有利于提高诱导剂的生物活性.对该模型的分析更有利于认识细胞凋亡诱导剂的分子特征,并为设计和开发新型细胞凋亡诱导剂提供理论指导. 展开更多
关键词 细胞凋亡诱导剂 caspase激活作用 三维定量关系(3d-qsar) 比较分子力场法(CoMFA) 比较分子相似性指数法(CoMSIA)
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苯并噻(噁)唑酮衍生物杀虫活性的理论研究 被引量:1
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作者 冯长君 刘志国 梁逸曾 《中南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第11期4399-4407,共9页
用DFT-B3LYP方法,在基组6-31G水平下,对34种N-取代苯基-苯并噻(噁)唑酮-3-甲酰胺类化合物分子进行几何及电子结构全优化,将ELUMO(最低空轨道能),EHOMO(最高占据轨道能),ENLUMO(次最低轨道能),ENHOMO(次最高占据轨道能),ΔE1(=ELUMO EHOM... 用DFT-B3LYP方法,在基组6-31G水平下,对34种N-取代苯基-苯并噻(噁)唑酮-3-甲酰胺类化合物分子进行几何及电子结构全优化,将ELUMO(最低空轨道能),EHOMO(最高占据轨道能),ENLUMO(次最低轨道能),ENHOMO(次最高占据轨道能),ΔE1(=ELUMO EHOMO),ΔE2(=ENLUMO ENHOMO),QZ(分子中原子的净电荷),μ(偶极矩),Ev(零点振动能),E(热力学能),Cv(比热容),Sm(熵)和前沿分子轨道组成及其电子密度等参数被选作量子化学描述符(Lc)。通过最佳变量子集回归建立15种上述化合物对蚕豆蚜和棉红蜘蛛等杀虫活性(SJ:Sa,Su)的QSAR模型。蚕豆蚜的Sa模型的相关系数(R2)和逐一剔除法交叉验证系数Rcv2依次为0.897和0.858,棉红蜘蛛Su模型的相应参数为0.858和0.757。经Radj2,F,Rcv2,VIF和FIT等检验,上述模型具有较强的稳健性和预测能力。根据模型可知,这些化合物杀虫机理包含2点:一是与生物体内大分子之间的电子转移反应,以ΔE1和ENLUMO来描述;二是氢键,用QN2表述。其中,ENLUMO与杀虫活性正相关,而ΔE1和QN2升高,SJ下降。设计与预测19种新颖化合物的杀虫活性,其中2种化合物的杀虫活性均超过100%(质量浓度为500 mg/dm3)。所建模型可为实验工作者合成新型高效N-取代苯基-苯并噻(噁)唑酮-3-甲酰胺类化合物提供理论参考。 展开更多
关键词 N-取代苯基 苯并噻(噁)唑酮-3-甲酰胺类化合物 密度泛函理论(dFT) 量化参数 蚕豆蚜 棉红蜘蛛 杀虫活性 杀虫机理 定量关系(qsar)
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