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SARS冠状病毒可能编码蛋白质的三级结构预测被引量：2: 1; 作者芮伟张其鹏 +4 位作者石磊卢铭景霞国强华尚彤《北京大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2003年第B05期135-136,共2页; 关键词 SARS 冠状病毒三级结构预测蛋白质; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于SwissPdbViewer和MATLAB对人类SOX蛋白三级结构建模及分析(英文): 2; 作者陈启龙郑文岭 +2 位作者姚文娟吴飞珍马文丽《系统仿真学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第14期3637-3643,共7页; SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结合域。利用MATLAB的Sequence Analysis工具从Genbank中下载人类SOX蛋白序列信息,二次筛选获得22个有效的序列数据。以三级结构已知的SOX2、SRY、SOX5为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,... 展开更多; 关键词 MATLAB SwissPdbViewer 同源建模三级结构预测 SOX蛋白; 在线阅读下载PDF 职称材料

蛋白质中残基远程相互作用预测算法研究综述被引量：6: 3; 作者张海仓高玉娟 +2 位作者邓明华郑伟谋卜东波《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2017年第1期1-19,共19页; 蛋白质是由多个氨基酸残基顺序连接而成的长链.在天然状态下,蛋白质并不是无规则的自由状态,而是自发形成特定的空间结构,以执行其特定的生物学功能.驱动蛋白质形成特定空间结构的主要因素是残基间的非共价相互作用,包括疏水作用、静电... 展开更多; 关键词残基远程相互作用预测蛋白质三级结构预测图模型共进化机器学习; 在线阅读下载PDF 职称材料

长春花茉莉酸-异亮氨酸合成酶CrJAR1生物信息学分析与原核表达被引量：6: 4; 作者林颖王燕燕于放《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1181-1187,共7页; 长春花(Catharanthus roseus)可以产生多种萜类吲哚生物碱,其中包括多种天然的抗癌药物,但合成含量很低,茉莉酸信号通路可以调控这些萜类吲哚生物碱的生物合成,茉莉酸-异亮氨酸合成酶为茉莉酸信号通路中的关键元件。为了研究其功能,该... 展开更多; 关键词长春花茉莉酸-异亮氨酸合成酶序列分析三级结构预测原核表达; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名SARS冠状病毒可能编码蛋白质的三级结构预测被引量：2: 1; 作者芮伟张其鹏石磊卢铭景霞国强华尚彤; 机构北京大学医学部医学生物信息组; 出处《北京大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2003年第B05期135-136,共2页; 关键词 SARS 冠状病毒三级结构预测蛋白质; 分类号 R373.1 [医药卫生—病原生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于SwissPdbViewer和MATLAB对人类SOX蛋白三级结构建模及分析(英文): 2; 作者陈启龙郑文岭姚文娟吴飞珍马文丽; 机构上海大学电子生物技术研究中心; 出处《系统仿真学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第14期3637-3643,共7页; 基金国家自然科学基金(39880032) 安徽省高校青年教师资助基金(2006jql235) 上海大学博士研究生创新基金(2007053); 文摘 SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结合域。利用MATLAB的Sequence Analysis工具从Genbank中下载人类SOX蛋白序列信息,二次筛选获得22个有效的序列数据。以三级结构已知的SOX2、SRY、SOX5为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构。结果显示SOX蛋白HMG-box的三级结构极为相似,由3个α螺旋和2个热力学结构不稳定的loop区构成;表面静电分析显示SOX蛋白C端有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔。SOX蛋白的上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关。; 关键词 MATLAB SwissPdbViewer 同源建模三级结构预测 SOX蛋白; Keywords MATLAB SwissPdbViewer homology modeling tertiary structure prediction SOX protein; 分类号 TP208.6 [自动化与计算机技术—检测技术与自动化装置]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质中残基远程相互作用预测算法研究综述被引量：6: 3; 作者张海仓高玉娟邓明华郑伟谋卜东波; 机构中国科学院计算技术研究所中国科学院大学北京大学定量生物学中心北京大学数学科学学院北京大学统计科学中心中国科学院理论物理研究所; 出处《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2017年第1期1-19,共19页; 基金国家"九七三"重点基础研究发展计划基金项目(2012CB316502 2015CB910303) +7 种基金国家自然科学基金项目(11175224 11121403 31270834 61272318 31171262 31428012 31471246) 中国科学院理论物理研究所理论物理国家重点实验室开放工程项目(Y4KF171CJ1)~~; 文摘蛋白质是由多个氨基酸残基顺序连接而成的长链.在天然状态下,蛋白质并不是无规则的自由状态,而是自发形成特定的空间结构,以执行其特定的生物学功能.驱动蛋白质形成特定空间结构的主要因素是残基间的非共价相互作用,包括疏水作用、静电相互作用、范德华力等.因此,对残基之间远程相互作用的准确预测将有助于对蛋白质空间结构的预测,进而有助于对蛋白质生物学功能的了解.在蛋白质进化过程,有相互作用残基对之间存在一种"共进化"模式,即当一个残基发生变异时,与其有相互作用的残基也要发生相应的变异,以维持相互作用,进而维持整体空间结构以及生物学功能.基于上述生物学观察,研究者开发了多个统计模型和算法以预测残基对之间的相互作用:1)概述残基之间远程相互作用的两大类基本预测算法,包括无监督学习方法和监督学习方法;2)使用蛋白质结构预测CASP比赛结果来客观比较上述各类算法的性能,分析各个算法的特点和优势;3)从生物学观察和统计模型2个角度分析总结了未来的发展趋势.; 关键词残基远程相互作用预测蛋白质三级结构预测图模型共进化机器学习; Keywords protein contact prediction protein tertiary structure prediction graphical model coevolution machine learning; 分类号 O62 [理学—有机化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名长春花茉莉酸-异亮氨酸合成酶CrJAR1生物信息学分析与原核表达被引量：6: 4; 作者林颖王燕燕于放; 机构大连工业大学; 出处《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1181-1187,共7页; 基金国家自然科学基金面上项目(31570303)。; 文摘长春花(Catharanthus roseus)可以产生多种萜类吲哚生物碱,其中包括多种天然的抗癌药物,但合成含量很低,茉莉酸信号通路可以调控这些萜类吲哚生物碱的生物合成,茉莉酸-异亮氨酸合成酶为茉莉酸信号通路中的关键元件。为了研究其功能,该文以长春花叶片为材料,分析了CrJAR1基因所编码的氨基酸序列,并进行原核表达。结果表明:CrJAR1基因编码了585个氨基酸,该蛋白不存在跨膜区域,定位于细胞质中,且该蛋白不含有信号肽;进一步系统进化树分析表明,长春花CrJAR1与笋瓜和番木瓜的JAR1同源性最高;对二级、三级结构进行预测,发现CrJAR1蛋白主要由α-螺旋构成;同时,成功构建了pET-30b-CrJAR1重组表达质粒,并经IPTG诱导后在大肠杆菌BL21中异源表达,经16、37℃分别诱导至16 h后,均显示出最高的表达量。综上结果,对长春花中CrJAR1蛋白进行生物信息学分析,并成功在大肠杆菌中进行异源表达,这对体外该蛋白功能的研究具有深远影响,为调节茉莉酸信号通路甚至调控长春花中次级代谢产物的生物合成提供了指导。; 关键词长春花茉莉酸-异亮氨酸合成酶序列分析三级结构预测原核表达; Keywords Catharanthus roseus jasmonic acid-isoleucine synthase(JAR1) sequence analysis prediction of tertiary structure prokaryotic expression; 分类号 Q943 [生物学—植物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	SARS冠状病毒可能编码蛋白质的三级结构预测	芮伟张其鹏石磊卢铭景霞国强华尚彤	《北京大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2003	2	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于SwissPdbViewer和MATLAB对人类SOX蛋白三级结构建模及分析(英文)	陈启龙郑文岭姚文娟吴飞珍马文丽	《系统仿真学报》 EI CAS CSCD 北大核心	2008	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	蛋白质中残基远程相互作用预测算法研究综述	张海仓高玉娟邓明华郑伟谋卜东波	《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心	2017	6	在线阅读下载PDF 职称材料
4	长春花茉莉酸-异亮氨酸合成酶CrJAR1生物信息学分析与原核表达	林颖王燕燕于放	《广西植物》 CAS CSCD 北大核心	2020	6	在线阅读下载PDF 职称材料