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烟草坏死病毒完整基因组的统计特征与聚类
被引量:
12
1
作者
杨硕
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2010年第13期6803-6804,共2页
[目的]提取烟草坏死病毒完整基因组的统计特征。并且对其进行聚类分析。[方法]在烟草坏死病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后2个碱基所构成的三碱基组排列成一个新的序列S;计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一...
[目的]提取烟草坏死病毒完整基因组的统计特征。并且对其进行聚类分析。[方法]在烟草坏死病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后2个碱基所构成的三碱基组排列成一个新的序列S;计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,得到8个三碱基组,它们的概率存在明显差异。[结果]8个三碱基组(CGT;CAA;TAC;TAA;AGG;ATG;ATA;AAG)的出现概率与烟草坏死病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草坏死病毒完整基因组,按其遗传变异结果形成2个大类。[结论]该研究方法普遍适用于各种烟草病毒基因序列的分析,为烟草坏死病毒病的防治提供理论依据。
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关键词
烟草坏死病毒
三碱基组
概率
K-M聚类
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题名
烟草坏死病毒完整基因组的统计特征与聚类
被引量:
12
1
作者
杨硕
机构
湖北省襄樊市襄城烟草专卖局
出处
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2010年第13期6803-6804,共2页
基金
湖北省"十一五"教育科学发展规划(2006B131)
文摘
[目的]提取烟草坏死病毒完整基因组的统计特征。并且对其进行聚类分析。[方法]在烟草坏死病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后2个碱基所构成的三碱基组排列成一个新的序列S;计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,得到8个三碱基组,它们的概率存在明显差异。[结果]8个三碱基组(CGT;CAA;TAC;TAA;AGG;ATG;ATA;AAG)的出现概率与烟草坏死病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草坏死病毒完整基因组,按其遗传变异结果形成2个大类。[结论]该研究方法普遍适用于各种烟草病毒基因序列的分析,为烟草坏死病毒病的防治提供理论依据。
关键词
烟草坏死病毒
三碱基组
概率
K-M聚类
Keywords
Tobacco necrosis virus
Three base groups
Probability
K-M clustering
分类号
S432.41 [农业科学—植物病理学]
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作者
出处
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被引量
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1
烟草坏死病毒完整基因组的统计特征与聚类
杨硕
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2010
12
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