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鸡Ⅱ型角蛋白基因家族成员鉴定及其功能的生物信息学分析
1
作者
李亚芬
刀文彬
+1 位作者
范新阳
苗永旺
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2024年第6期34-47,共14页
【目的】深入探讨鸡(Gallus gallus)Ⅱ型角蛋白(keratin,KRT)家族基因的分子特征和功能。【方法】利用生物信息学方法对鸡基因组中的Ⅱ型KRT家族成员进行鉴定,并比较分析其分子特征、染色体分布、种内和种间的共线性以及分子功能。【结...
【目的】深入探讨鸡(Gallus gallus)Ⅱ型角蛋白(keratin,KRT)家族基因的分子特征和功能。【方法】利用生物信息学方法对鸡基因组中的Ⅱ型KRT家族成员进行鉴定,并比较分析其分子特征、染色体分布、种内和种间的共线性以及分子功能。【结果】共鉴定出14个鸡Ⅱ型KRTs,它们成簇分布于第34号染色体。KRT8、LOC107055419和LOC768978基因各具有2个可变剪接异构体。基因间编码区的碱基组成相似,但序列差异较大。各基因转录区的结构、外显子和内含子数量及位置具有一定的可变性。共线性分析显示:在鸡物种内以及鸡与孔雀(Pavo muticus)间无基因的片段重复(无共线性);鸡与火鸡(Meleagris gallopavo)之间存在2个基因的片段重复;鸡与野鸭(Anas platyrhynchos)、鸡与日本鹌鹑(Coturnix japonica)之间各存在1个基因的片段重复。鸡Ⅱ型KRTs均为不稳定的亲水性蛋白,氨基酸组成差异较大,等电点为5.10~8.89;其保守基序数量为9~10个,含有Filament、Filament superfamily和Keratin_2_head保守结构域;其结构以α-螺旋为主。相较于人(Homo sapiens)和鼠(Mus muscμlus),鸡的Ⅱ型KRT基因家族成员较少。功能分析表明:该家族蛋白在细胞核和细胞质内参与角化和中间丝的形成等生物学路径,在表皮及其附属物结构的完整性方面发挥作用。【结论】鸡Ⅱ型KRT基因家族序列一致性差异较大,但其编码蛋白结构相似。鸡Ⅱ型KRTs编码的蛋白质作为细胞骨架的主要组分,可能与鸡羽毛的生长发育和结构完整性密切相关。
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关键词
鸡
ⅱ型角蛋白基因家族
生物信息学分析
结构与功能
共线性
进化分析
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题名
鸡Ⅱ型角蛋白基因家族成员鉴定及其功能的生物信息学分析
1
作者
李亚芬
刀文彬
范新阳
苗永旺
机构
云南农业大学动物科学技术学院
云南农业大学动物遗传育种研究所
出处
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2024年第6期34-47,共14页
基金
云南省重大科技专项计划项目(202202AE090005)
国家重点研发计划项目(2022YFD1601905)。
文摘
【目的】深入探讨鸡(Gallus gallus)Ⅱ型角蛋白(keratin,KRT)家族基因的分子特征和功能。【方法】利用生物信息学方法对鸡基因组中的Ⅱ型KRT家族成员进行鉴定,并比较分析其分子特征、染色体分布、种内和种间的共线性以及分子功能。【结果】共鉴定出14个鸡Ⅱ型KRTs,它们成簇分布于第34号染色体。KRT8、LOC107055419和LOC768978基因各具有2个可变剪接异构体。基因间编码区的碱基组成相似,但序列差异较大。各基因转录区的结构、外显子和内含子数量及位置具有一定的可变性。共线性分析显示:在鸡物种内以及鸡与孔雀(Pavo muticus)间无基因的片段重复(无共线性);鸡与火鸡(Meleagris gallopavo)之间存在2个基因的片段重复;鸡与野鸭(Anas platyrhynchos)、鸡与日本鹌鹑(Coturnix japonica)之间各存在1个基因的片段重复。鸡Ⅱ型KRTs均为不稳定的亲水性蛋白,氨基酸组成差异较大,等电点为5.10~8.89;其保守基序数量为9~10个,含有Filament、Filament superfamily和Keratin_2_head保守结构域;其结构以α-螺旋为主。相较于人(Homo sapiens)和鼠(Mus muscμlus),鸡的Ⅱ型KRT基因家族成员较少。功能分析表明:该家族蛋白在细胞核和细胞质内参与角化和中间丝的形成等生物学路径,在表皮及其附属物结构的完整性方面发挥作用。【结论】鸡Ⅱ型KRT基因家族序列一致性差异较大,但其编码蛋白结构相似。鸡Ⅱ型KRTs编码的蛋白质作为细胞骨架的主要组分,可能与鸡羽毛的生长发育和结构完整性密切相关。
关键词
鸡
ⅱ型角蛋白基因家族
生物信息学分析
结构与功能
共线性
进化分析
Keywords
chicken
type
ⅱ
keratin gene(KRT)family
bioinformatics analysis
structure and func-tion
colinearity
evolutionary analysis
分类号
S831.2 [农业科学—畜牧学]
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作者
出处
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1
鸡Ⅱ型角蛋白基因家族成员鉴定及其功能的生物信息学分析
李亚芬
刀文彬
范新阳
苗永旺
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2024
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