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利用ATAC-seq技术研究Ⅰ型干扰素通路活化后人单核细胞的染色质开放性改变
被引量：
1
1
作者
欧阳也
秦玉婷
+1 位作者
姚超
沈南
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期451-457,共7页
目的检测人单核细胞经干扰素α(interferon α,IFNα)刺激后在全基因组水平上的染色质开放性变化。方法收集健康人外周血单核细胞,运用基于转座酶和高通量测序的染色质分析(assay for transposase-accessible chromatin using sequencin...
目的检测人单核细胞经干扰素α(interferon α,IFNα)刺激后在全基因组水平上的染色质开放性变化。方法收集健康人外周血单核细胞,运用基于转座酶和高通量测序的染色质分析(assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq)技术检测染色质开放性。使用生物信息学工具进行富集分析和可视化分析。结果经过 IFNα处理后,染色质开放性发生显著增加的区域有 430 个,显著降低的区域有 442 个;大部分开放结构位于基因的启动子和临近区域,其次是基因间区域以及基因的内含子区域。富集分析显示,染色质开放性明显增加的区域所关联的基因涉及的生物学过程大多是与干扰素相关的信号通路和抗病毒反应。可视化相应的染色质区域,效应性干扰素诱导表达基因(interferon-stimulated gene,ISG)的启动子及转录起始位点区域在 IFNα刺激之后 ATAC-seq 信号强度明显增强;而调节性 ISG 在 IFNα刺激前即已具备一定程度的开放性,刺激之后开放性有所增强。开放性增强区域含有干扰素刺激反应元件以及干扰素调控因子等重要转录因子的识别基序。结论Ⅰ型干扰素刺激后,人单核细胞的染色质开放性发生了特征性改变,为下游的相关基因表达做出准备。
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关键词
ⅰ型干扰素信号通路
单核细胞
转座酶和高通量测序的染色质分析
染色质开放性
表观遗传学
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职称材料
程序性细胞死亡因子10抑制Ⅰ型干扰素表达并促进FMDV复制
被引量：
3
2
作者
曾宗波
马旭升
+2 位作者
罗志宽
齐亚银
郑海学
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期450-459,共10页
旨在探究宿主蛋白程序性细胞死亡因子10(programmed cell death factor 10,PDCD10)通过抑制Ⅰ型干扰素表达进而促进口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)的复制。首先,本研究验证了过表达和沉默PDCD10对FMDV复制的影响,接着...
旨在探究宿主蛋白程序性细胞死亡因子10(programmed cell death factor 10,PDCD10)通过抑制Ⅰ型干扰素表达进而促进口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)的复制。首先,本研究验证了过表达和沉默PDCD10对FMDV复制的影响,接着利用双荧光素酶报告系统探究PDCD10对Ⅰ型干扰素信号通路活化的影响,最后,利用实时荧光定量PCR探究PDCD10对Ⅰ型干扰素通路下游刺激基因(IFN-stimulated genes,ISGs)转录的影响。结果表明,过表达PDCD10显著促进FMDV的复制,沉默PDCD10显著抑制FMDV的复制。与对照相比,过表达PDCD10后感染仙台病毒(Sendai virus,SeV)的细胞培养液上清液显著促进FMDV复制,进一步,PDCD10显著抑制SeV诱导的IFN-β启动子以及NF-κB的激活且呈剂量依赖性,并且PDCD10负调控Ⅰ型干扰素通路信号分子转录,最后还发现PDCD10负调控Ⅰ型干扰素下游ISGs转录。本研究结果为深入探究PDCD10在抗病毒天然免疫中的作用积累了资料。
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关键词
程序性细胞死亡因子10
PDCD10
FMDV
ⅰ型干扰素信号通路
IFN-Β
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职称材料
题名
利用ATAC-seq技术研究Ⅰ型干扰素通路活化后人单核细胞的染色质开放性改变
被引量：
1
1
作者
欧阳也
秦玉婷
姚超
沈南
机构
上海交通大学医学院附属仁济医院
中国科学院上海营养与健康研究院
出处
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期451-457,共7页
基金
国家自然科学基金(81601440,31630021)~~
文摘
目的检测人单核细胞经干扰素α(interferon α,IFNα)刺激后在全基因组水平上的染色质开放性变化。方法收集健康人外周血单核细胞,运用基于转座酶和高通量测序的染色质分析(assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq)技术检测染色质开放性。使用生物信息学工具进行富集分析和可视化分析。结果经过 IFNα处理后,染色质开放性发生显著增加的区域有 430 个,显著降低的区域有 442 个;大部分开放结构位于基因的启动子和临近区域,其次是基因间区域以及基因的内含子区域。富集分析显示,染色质开放性明显增加的区域所关联的基因涉及的生物学过程大多是与干扰素相关的信号通路和抗病毒反应。可视化相应的染色质区域,效应性干扰素诱导表达基因(interferon-stimulated gene,ISG)的启动子及转录起始位点区域在 IFNα刺激之后 ATAC-seq 信号强度明显增强;而调节性 ISG 在 IFNα刺激前即已具备一定程度的开放性,刺激之后开放性有所增强。开放性增强区域含有干扰素刺激反应元件以及干扰素调控因子等重要转录因子的识别基序。结论Ⅰ型干扰素刺激后,人单核细胞的染色质开放性发生了特征性改变,为下游的相关基因表达做出准备。
关键词
ⅰ型干扰素信号通路
单核细胞
转座酶和高通量测序的染色质分析
染色质开放性
表观遗传学
Keywords
type
ⅰ
interferon signaling pathway
monocyte
assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq)
chromatin accessibility
epigenetics
分类号
R392.11 [医药卫生—免疫学]
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职称材料
题名
程序性细胞死亡因子10抑制Ⅰ型干扰素表达并促进FMDV复制
被引量：
3
2
作者
曾宗波
马旭升
罗志宽
齐亚银
郑海学
机构
石河子大学动物科技学院
中国农业科学院兰州兽医研究所
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期450-459,共10页
基金
国家自然科学基金(31760737)。
文摘
旨在探究宿主蛋白程序性细胞死亡因子10(programmed cell death factor 10,PDCD10)通过抑制Ⅰ型干扰素表达进而促进口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)的复制。首先,本研究验证了过表达和沉默PDCD10对FMDV复制的影响,接着利用双荧光素酶报告系统探究PDCD10对Ⅰ型干扰素信号通路活化的影响,最后,利用实时荧光定量PCR探究PDCD10对Ⅰ型干扰素通路下游刺激基因(IFN-stimulated genes,ISGs)转录的影响。结果表明,过表达PDCD10显著促进FMDV的复制,沉默PDCD10显著抑制FMDV的复制。与对照相比,过表达PDCD10后感染仙台病毒(Sendai virus,SeV)的细胞培养液上清液显著促进FMDV复制,进一步,PDCD10显著抑制SeV诱导的IFN-β启动子以及NF-κB的激活且呈剂量依赖性,并且PDCD10负调控Ⅰ型干扰素通路信号分子转录,最后还发现PDCD10负调控Ⅰ型干扰素下游ISGs转录。本研究结果为深入探究PDCD10在抗病毒天然免疫中的作用积累了资料。
关键词
程序性细胞死亡因子10
PDCD10
FMDV
ⅰ型干扰素信号通路
IFN-Β
Keywords
programmed cell death factor 10
PDCD10
FMDV
Type
ⅰ
interferon signaling pathway
IFN-β
分类号
S852.659.6 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用ATAC-seq技术研究Ⅰ型干扰素通路活化后人单核细胞的染色质开放性改变
欧阳也
秦玉婷
姚超
沈南
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
程序性细胞死亡因子10抑制Ⅰ型干扰素表达并促进FMDV复制
曾宗波
马旭升
罗志宽
齐亚银
郑海学
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
3
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