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基于“桂芯一号”液相芯片的南丹瑶鸡鸡冠性状全基因组关联分析
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作者 杨祝良 罗锦堂 +3 位作者 张珍 黎剑能 李福球 杨秀荣 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第4期1716-1728,共13页
【目的】筛选影响南丹瑶鸡鸡冠性状的候选基因和分子标记,以期为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育工作提供技术支撑。【方法】本研究收集了464只南丹瑶鸡在7、10、15、18、22、26周龄的鸡冠表型,同时采集试验鸡血样提取DNA,并通过“桂芯一号”液... 【目的】筛选影响南丹瑶鸡鸡冠性状的候选基因和分子标记,以期为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育工作提供技术支撑。【方法】本研究收集了464只南丹瑶鸡在7、10、15、18、22、26周龄的鸡冠表型,同时采集试验鸡血样提取DNA,并通过“桂芯一号”液相芯片进行分型。使用GEMMA软件的单变量混合线性模型对不同周龄南丹瑶鸡鸡冠的高度、长度、厚度和面积进行全基因组关联分析(GWAS)。利用ANNOVAR对关联的单核苷酸多态性(SNP)位点进行注释,并对注释到的基因进行GO功能及KEGG通路富集分析。【结果】南丹瑶鸡鸡冠面积、鸡冠高度、鸡冠长度、鸡冠厚度4个表型指标分别关联到7、8、21和10个SNPs位点,共注释到37个基因,通过相关生物信息学分析及功能注释,最终筛选出7个与南丹瑶鸡鸡冠性状相关的候选基因:CELF2、MAP7、MAP3K5、AKT3、IFNGR1、IL20RA和MANBA。【结论】本研究鉴定了39个与南丹瑶鸡鸡冠性状潜在相关的SNPs,并筛选出7个可能影响鸡冠大小的候选基因。研究结果为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育提供了有效分子标记,为培育优良地方品种提供了重要理论基础。 展开更多
关键词 南丹瑶鸡 鸡冠 “桂芯一号”液相芯片 全基因组关联分析
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