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基于“桂芯一号”液相芯片的南丹瑶鸡鸡冠性状全基因组关联分析
1
作者
杨祝良
罗锦堂
+3 位作者
张珍
黎剑能
李福球
杨秀荣
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第4期1716-1728,共13页
【目的】筛选影响南丹瑶鸡鸡冠性状的候选基因和分子标记,以期为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育工作提供技术支撑。【方法】本研究收集了464只南丹瑶鸡在7、10、15、18、22、26周龄的鸡冠表型,同时采集试验鸡血样提取DNA,并通过“桂芯一号”液...
【目的】筛选影响南丹瑶鸡鸡冠性状的候选基因和分子标记,以期为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育工作提供技术支撑。【方法】本研究收集了464只南丹瑶鸡在7、10、15、18、22、26周龄的鸡冠表型,同时采集试验鸡血样提取DNA,并通过“桂芯一号”液相芯片进行分型。使用GEMMA软件的单变量混合线性模型对不同周龄南丹瑶鸡鸡冠的高度、长度、厚度和面积进行全基因组关联分析(GWAS)。利用ANNOVAR对关联的单核苷酸多态性(SNP)位点进行注释,并对注释到的基因进行GO功能及KEGG通路富集分析。【结果】南丹瑶鸡鸡冠面积、鸡冠高度、鸡冠长度、鸡冠厚度4个表型指标分别关联到7、8、21和10个SNPs位点,共注释到37个基因,通过相关生物信息学分析及功能注释,最终筛选出7个与南丹瑶鸡鸡冠性状相关的候选基因:CELF2、MAP7、MAP3K5、AKT3、IFNGR1、IL20RA和MANBA。【结论】本研究鉴定了39个与南丹瑶鸡鸡冠性状潜在相关的SNPs,并筛选出7个可能影响鸡冠大小的候选基因。研究结果为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育提供了有效分子标记,为培育优良地方品种提供了重要理论基础。
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关键词
南丹瑶鸡
鸡冠
“桂芯一号”液相芯片
全基因组关联分析
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职称材料
利用120K液相芯片分析小麦品种晋麦110号遗传构成
2
作者
王倩
任文斌
《种子》
北大核心
2025年第8期174-179,共6页
为了解优质中强筋小麦品种晋麦110号的遗传构成,利用120 K液相芯片对晋麦110号及其双亲山农22和晋麦84进行检测。结果表明,山农22的遗传贡献率为68.60%,晋麦84的遗传贡献率为31.40%。从基因组和染色体水平看,山农22在A、B、D基因组的贡...
为了解优质中强筋小麦品种晋麦110号的遗传构成,利用120 K液相芯片对晋麦110号及其双亲山农22和晋麦84进行检测。结果表明,山农22的遗传贡献率为68.60%,晋麦84的遗传贡献率为31.40%。从基因组和染色体水平看,山农22在A、B、D基因组的贡献率分别为66.46%、68.80%、71.69%。晋麦84在A、B和D基因组的贡献率分别为33.54%、31.20%、28.31%。遗传图谱显示,晋麦110号在1A、2D、4A、4B、6A、6B、7D染色体上,更多的区段遗传来自山农22;在1D、3A、3D、5A染色体上,更多的区段遗传来自晋麦84。晋麦110号有4466个特异位点,占比17.73%。
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关键词
晋麦110
号
120K
液相
芯片
SNP
遗传构成
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职称材料
题名
基于“桂芯一号”液相芯片的南丹瑶鸡鸡冠性状全基因组关联分析
1
作者
杨祝良
罗锦堂
张珍
黎剑能
李福球
杨秀荣
机构
广西大学动物科学技术学院
广西贵港市港丰农牧有限公司
广西畜禽繁育与疾病防控重点实验室
出处
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第4期1716-1728,共13页
基金
广西科技重大专项(桂科AA23062049)
国家现代农业产业体系广西家禽产业创新团队(nycytxgxcxtd-2024-19)。
文摘
【目的】筛选影响南丹瑶鸡鸡冠性状的候选基因和分子标记,以期为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育工作提供技术支撑。【方法】本研究收集了464只南丹瑶鸡在7、10、15、18、22、26周龄的鸡冠表型,同时采集试验鸡血样提取DNA,并通过“桂芯一号”液相芯片进行分型。使用GEMMA软件的单变量混合线性模型对不同周龄南丹瑶鸡鸡冠的高度、长度、厚度和面积进行全基因组关联分析(GWAS)。利用ANNOVAR对关联的单核苷酸多态性(SNP)位点进行注释,并对注释到的基因进行GO功能及KEGG通路富集分析。【结果】南丹瑶鸡鸡冠面积、鸡冠高度、鸡冠长度、鸡冠厚度4个表型指标分别关联到7、8、21和10个SNPs位点,共注释到37个基因,通过相关生物信息学分析及功能注释,最终筛选出7个与南丹瑶鸡鸡冠性状相关的候选基因:CELF2、MAP7、MAP3K5、AKT3、IFNGR1、IL20RA和MANBA。【结论】本研究鉴定了39个与南丹瑶鸡鸡冠性状潜在相关的SNPs,并筛选出7个可能影响鸡冠大小的候选基因。研究结果为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育提供了有效分子标记,为培育优良地方品种提供了重要理论基础。
关键词
南丹瑶鸡
鸡冠
“桂芯一号”液相芯片
全基因组关联分析
Keywords
Nandan-Yao chickens
comb traits
"GXChickChip-I"chip
genome-wide association study
分类号
S831.2 [农业科学—畜牧学]
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
利用120K液相芯片分析小麦品种晋麦110号遗传构成
2
作者
王倩
任文斌
机构
山西农业大学棉花研究所
出处
《种子》
北大核心
2025年第8期174-179,共6页
基金
山西农业大学棉花研究所科研发展基金(SJJQN2023-06)
山西省现代农业产业体系建设项目岗位专家(2024CYJSTX02-10)。
文摘
为了解优质中强筋小麦品种晋麦110号的遗传构成,利用120 K液相芯片对晋麦110号及其双亲山农22和晋麦84进行检测。结果表明,山农22的遗传贡献率为68.60%,晋麦84的遗传贡献率为31.40%。从基因组和染色体水平看,山农22在A、B、D基因组的贡献率分别为66.46%、68.80%、71.69%。晋麦84在A、B和D基因组的贡献率分别为33.54%、31.20%、28.31%。遗传图谱显示,晋麦110号在1A、2D、4A、4B、6A、6B、7D染色体上,更多的区段遗传来自山农22;在1D、3A、3D、5A染色体上,更多的区段遗传来自晋麦84。晋麦110号有4466个特异位点,占比17.73%。
关键词
晋麦110
号
120K
液相
芯片
SNP
遗传构成
Keywords
Jinmai No.110
120K liquid array
SNP
genetic components
分类号
S512.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于“桂芯一号”液相芯片的南丹瑶鸡鸡冠性状全基因组关联分析
杨祝良
罗锦堂
张珍
黎剑能
李福球
杨秀荣
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
利用120K液相芯片分析小麦品种晋麦110号遗传构成
王倩
任文斌
《种子》
北大核心
2025
0
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职称材料
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