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‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
1
作者
王罗云
孙立方
+4 位作者
徐建国
聂振朋
黄秀
崔长江
柯甫志
《西北农业学报》
北大核心
2025年第4期667-675,共9页
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育...
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育的6个不同时期进行取样,获取RNA,进一步测序建库,并利用MI-SA和Samtools软件对两个品种果实转录组数据进行SSR、SNP和Indel位点特征分析。结果表明,基于转录组数据共发现了12697个SSR位点分布于9401个基因序列,发生频率为29.61%;重复基元以单碱基重复数量最多,其次为三碱基重复,五碱基重复最少。出现频率最高的基元为A/T(6859个,占比54.02%)。共检测到742606个SNP位点和77132个Indel位点,两个品种果实在不同发育时期的SNP和Indel位点个数均有不同。分别对SNP和Indel位点出现频率最高的基因进行分析发现,均包含独属于‘玉环柚’或‘早玉文旦’的SNP和Indel位点,基因功能多与抗病性、细胞核结构或者细胞质组成相关。综上认为,柚类转录组中SSR、SNP和Indel位点丰富,‘玉环柚’和‘早玉文旦’的SNP和Indel位点存在差异。
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关键词
‘玉环柚’
‘早玉文旦’
转录组
SSR
SNP
INDEL
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职称材料
‘玉环柚’3个杂交组合F1代果实品质特性及评价
被引量：
2
2
作者
郑爽
郑胄发
+6 位作者
刘善军
李朝珍
谌梓文
杨珍
桑雯
魏清江
辜青青
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期1196-1205,共10页
【目的】评价以‘玉环柚’为母本的3个杂交组合F1代的果实品质特性,筛选综合性状优良的杂交后代。【方法】以‘玉环柚’为母本,分别与‘信木柚’(2010年)、‘马家柚’(2011年)、‘常山胡柚’(2012年)3个父本进行杂交授粉。果实成熟期,对...
【目的】评价以‘玉环柚’为母本的3个杂交组合F1代的果实品质特性,筛选综合性状优良的杂交后代。【方法】以‘玉环柚’为母本,分别与‘信木柚’(2010年)、‘马家柚’(2011年)、‘常山胡柚’(2012年)3个父本进行杂交授粉。果实成熟期,对3个杂交组合F1代经初筛后,分别对综合表现最佳的单株YX-1(父本‘信木柚’)、YM-1(父本‘马家柚’)和YC-1(父本‘常山胡柚’)的果实主要品质进行分析,包括果实横径和纵径、果形指数、单果质量、单果囊瓣数、单果种子数、果皮厚度、可食率、出汁率、可溶性固性物、可溶性糖、可滴定酸、维生素C、固酸比、色泽指标和糖酸组分等,并在此基础上应用主成分分析法进行综合评价。【结果】YM-1果肉红色,单果质量1.75 kg,单果种子数157.67粒,可食率63.43%,出汁率55.61%,可溶性固性物含量12.09%,可溶性糖含量8.67%,可滴定酸含量0.72%,维生素C含量97.33 mg/100 g。YC-1果肉白色,单果质量1.41 kg,单果种子数105.50粒,可食率62.83%,出汁率66.76%,可溶性固性物含量10.98%,可溶性糖含量10.87%,可滴定酸含量1.16%,维生素C含量92.67 mg/100 g。YX-1果肉红色,单果质量1.08 kg,单果种子数138.33粒,可食率52.98%,出汁率50.99%,可溶性固性物含量11.30%,可溶性糖含量7.76%,可滴定酸含量0.68%,维生素C含量60.33 mg/100 g。‘玉环柚’为母本的3个杂交组合F1代在主要品质指标上存在显著差异,主成分分析结果表明,YM-1获得的综合得分排名最高,其次为YC-1。【结论】YM-1和YC-1可以作为下一步研究的重点,进行无性系培育和评价。
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关键词
‘玉环柚’
杂交后代
果实品质
主成分分析
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职称材料
题名
‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
1
作者
王罗云
孙立方
徐建国
聂振朋
黄秀
崔长江
柯甫志
机构
浙江省农业科学院
出处
《西北农业学报》
北大核心
2025年第4期667-675,共9页
基金
浙江省农业新品种选育重大专项—柑橘新品种选育项目(2021C02066-1)
浙江省“三农九方”科技协作计划项目(2024SNJF023)
+1 种基金
台州市科技计划项目(22nya06、23nya16)
黄岩院地合作项目。
文摘
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育的6个不同时期进行取样,获取RNA,进一步测序建库,并利用MI-SA和Samtools软件对两个品种果实转录组数据进行SSR、SNP和Indel位点特征分析。结果表明,基于转录组数据共发现了12697个SSR位点分布于9401个基因序列,发生频率为29.61%;重复基元以单碱基重复数量最多,其次为三碱基重复,五碱基重复最少。出现频率最高的基元为A/T(6859个,占比54.02%)。共检测到742606个SNP位点和77132个Indel位点,两个品种果实在不同发育时期的SNP和Indel位点个数均有不同。分别对SNP和Indel位点出现频率最高的基因进行分析发现,均包含独属于‘玉环柚’或‘早玉文旦’的SNP和Indel位点,基因功能多与抗病性、细胞核结构或者细胞质组成相关。综上认为,柚类转录组中SSR、SNP和Indel位点丰富,‘玉环柚’和‘早玉文旦’的SNP和Indel位点存在差异。
关键词
‘玉环柚’
‘早玉文旦’
转录组
SSR
SNP
INDEL
Keywords
‘Yuhuanyou’
‘Zaoyuwendan’
Transcriptome
SSR
SNP
Indel
分类号
S666.3 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
‘玉环柚’3个杂交组合F1代果实品质特性及评价
被引量：
2
2
作者
郑爽
郑胄发
刘善军
李朝珍
谌梓文
杨珍
桑雯
魏清江
辜青青
机构
江西农业大学农学院/果蔬贮藏与保鲜江西省重点实验室
江西省上饶市玉山县玉松薏米种植农民专业合作社
江西省上饶市农业科学研究院
出处
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期1196-1205,共10页
基金
国家自然科学基金项目(32060649,32260751)
江西省重点研发计划重点项目(20171ACF60025)
江西省自然科学基金项目(20202BABL205001)。
文摘
【目的】评价以‘玉环柚’为母本的3个杂交组合F1代的果实品质特性,筛选综合性状优良的杂交后代。【方法】以‘玉环柚’为母本,分别与‘信木柚’(2010年)、‘马家柚’(2011年)、‘常山胡柚’(2012年)3个父本进行杂交授粉。果实成熟期,对3个杂交组合F1代经初筛后,分别对综合表现最佳的单株YX-1(父本‘信木柚’)、YM-1(父本‘马家柚’)和YC-1(父本‘常山胡柚’)的果实主要品质进行分析,包括果实横径和纵径、果形指数、单果质量、单果囊瓣数、单果种子数、果皮厚度、可食率、出汁率、可溶性固性物、可溶性糖、可滴定酸、维生素C、固酸比、色泽指标和糖酸组分等,并在此基础上应用主成分分析法进行综合评价。【结果】YM-1果肉红色,单果质量1.75 kg,单果种子数157.67粒,可食率63.43%,出汁率55.61%,可溶性固性物含量12.09%,可溶性糖含量8.67%,可滴定酸含量0.72%,维生素C含量97.33 mg/100 g。YC-1果肉白色,单果质量1.41 kg,单果种子数105.50粒,可食率62.83%,出汁率66.76%,可溶性固性物含量10.98%,可溶性糖含量10.87%,可滴定酸含量1.16%,维生素C含量92.67 mg/100 g。YX-1果肉红色,单果质量1.08 kg,单果种子数138.33粒,可食率52.98%,出汁率50.99%,可溶性固性物含量11.30%,可溶性糖含量7.76%,可滴定酸含量0.68%,维生素C含量60.33 mg/100 g。‘玉环柚’为母本的3个杂交组合F1代在主要品质指标上存在显著差异,主成分分析结果表明,YM-1获得的综合得分排名最高,其次为YC-1。【结论】YM-1和YC-1可以作为下一步研究的重点,进行无性系培育和评价。
关键词
‘玉环柚’
杂交后代
果实品质
主成分分析
Keywords
‘Yuhuanyou’
hybrid offspring
fruit quality
principal component analysis
分类号
S66 [农业科学—果树学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
王罗云
孙立方
徐建国
聂振朋
黄秀
崔长江
柯甫志
《西北农业学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
‘玉环柚’3个杂交组合F1代果实品质特性及评价
郑爽
郑胄发
刘善军
李朝珍
谌梓文
杨珍
桑雯
魏清江
辜青青
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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