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‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
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作者 王罗云 孙立方 +4 位作者 徐建国 聂振朋 黄秀 崔长江 柯甫志 《西北农业学报》 北大核心 2025年第4期667-675,共9页
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育... 为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育的6个不同时期进行取样,获取RNA,进一步测序建库,并利用MI-SA和Samtools软件对两个品种果实转录组数据进行SSR、SNP和Indel位点特征分析。结果表明,基于转录组数据共发现了12697个SSR位点分布于9401个基因序列,发生频率为29.61%;重复基元以单碱基重复数量最多,其次为三碱基重复,五碱基重复最少。出现频率最高的基元为A/T(6859个,占比54.02%)。共检测到742606个SNP位点和77132个Indel位点,两个品种果实在不同发育时期的SNP和Indel位点个数均有不同。分别对SNP和Indel位点出现频率最高的基因进行分析发现,均包含独属于‘玉环柚’或‘早玉文旦’的SNP和Indel位点,基因功能多与抗病性、细胞核结构或者细胞质组成相关。综上认为,柚类转录组中SSR、SNP和Indel位点丰富,‘玉环柚’和‘早玉文旦’的SNP和Indel位点存在差异。 展开更多
关键词 ‘玉环柚’ ‘早玉文旦’ 转录组 SSR SNP INDEL
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