应用遗传算法相似性程序(GASP),以作用于I型人类免疫缺陷病毒(humanimmun-odeficiency virustype1,HIV-1)整合酶(IN)的二酮酸类(diketoacids,DKAs)抑制剂构建药效团模型.所选训练集分子均具有可靠的类药性特征及DKAs药效团特征.尝试将...应用遗传算法相似性程序(GASP),以作用于I型人类免疫缺陷病毒(humanimmun-odeficiency virustype1,HIV-1)整合酶(IN)的二酮酸类(diketoacids,DKAs)抑制剂构建药效团模型.所选训练集分子均具有可靠的类药性特征及DKAs药效团特征.尝试将抑制剂与药效团叠合后的构象和抑制剂与IN的对接构象进行叠合,得到药效团模型与分子对接构象中IN残基的相对位置,并基于抑制剂的药效团模型特征与周围IN氨基酸残基位置的匹配情况进行药效团特征的修改.所得最优药效团由1个疏水特征、3对氢键特征和1个氢键供体特征组成.该药效团的命中物质量(goodness of hit,GH)为0.56,产出率(Y)达63.6%,假阳性率(FP)为0.41%.该药效团具有较好的置信度,产出率较高而假阳性率较低,可用于数据库搜索发现新的具有DKAs药效团特征的活性化合物,也可为先导化合物的改造提供帮助.展开更多
为不断更新传统病毒进行遗传算法的进化病毒群体,提出了一种改进的周期性病毒进化遗传算法。横向上通过周期性生成病毒、周期性进行病毒感染操作,有效地增加了种群的多样性,并减少了计算工作量,提高搜索效率。纵向上对主群体采用逆二分...为不断更新传统病毒进行遗传算法的进化病毒群体,提出了一种改进的周期性病毒进化遗传算法。横向上通过周期性生成病毒、周期性进行病毒感染操作,有效地增加了种群的多样性,并减少了计算工作量,提高搜索效率。纵向上对主群体采用逆二分法选择、循环按趟交叉的机制,增强了算法的收敛性能,加快了收敛速度。将提出的改进算法用Muth and Thompson基准问题测试,显示了该算法的有效性。展开更多
文摘应用遗传算法相似性程序(GASP),以作用于I型人类免疫缺陷病毒(humanimmun-odeficiency virustype1,HIV-1)整合酶(IN)的二酮酸类(diketoacids,DKAs)抑制剂构建药效团模型.所选训练集分子均具有可靠的类药性特征及DKAs药效团特征.尝试将抑制剂与药效团叠合后的构象和抑制剂与IN的对接构象进行叠合,得到药效团模型与分子对接构象中IN残基的相对位置,并基于抑制剂的药效团模型特征与周围IN氨基酸残基位置的匹配情况进行药效团特征的修改.所得最优药效团由1个疏水特征、3对氢键特征和1个氢键供体特征组成.该药效团的命中物质量(goodness of hit,GH)为0.56,产出率(Y)达63.6%,假阳性率(FP)为0.41%.该药效团具有较好的置信度,产出率较高而假阳性率较低,可用于数据库搜索发现新的具有DKAs药效团特征的活性化合物,也可为先导化合物的改造提供帮助.
文摘为不断更新传统病毒进行遗传算法的进化病毒群体,提出了一种改进的周期性病毒进化遗传算法。横向上通过周期性生成病毒、周期性进行病毒感染操作,有效地增加了种群的多样性,并减少了计算工作量,提高搜索效率。纵向上对主群体采用逆二分法选择、循环按趟交叉的机制,增强了算法的收敛性能,加快了收敛速度。将提出的改进算法用Muth and Thompson基准问题测试,显示了该算法的有效性。
