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山羊生物钟基因CLOCK真核表达载体的构建和生物信息学分析 被引量:12
1
作者 赵泓淙 高登科 +5 位作者 江海圳 李雅婷 李丹 马白荣 靳亚平 陈华涛 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第12期4327-4338,共12页
试验旨在构建山羊昼夜运动输出周期蛋白(circadian locomotor output cycles kaput,CLOCK)基因真核表达载体,系统分析山羊CLOCK蛋白的生物学特性。从山羊卵巢组织中提取总RNA,反转录成cDNA后经PCR扩增山羊CLOCK基因CDS区序列,并以同源... 试验旨在构建山羊昼夜运动输出周期蛋白(circadian locomotor output cycles kaput,CLOCK)基因真核表达载体,系统分析山羊CLOCK蛋白的生物学特性。从山羊卵巢组织中提取总RNA,反转录成cDNA后经PCR扩增山羊CLOCK基因CDS区序列,并以同源重组的方式将其连接至pcDNA3.1-Puro-N-3HA载体;经PCR、酶切和测序鉴定后,将阳性质粒命名为pcDNA3.1-3HA-gCLOCK;将pcDNA3.1-Puro-N-3HA和pcDNA3.1-3HA-gCLOCK质粒分别转染至HEK293T细胞中,通过实时荧光定量PCR和Western blotting检测山羊CLOCK基因的表达效果,并对山羊CLOCK基因进行系统的生物信息学分析。结果显示,山羊CLOCK基因CDS区片段长2538 bp,将其与线性化的pcDNA3.1-Puro-N-3HA载体重组连接并通过酶切和测序鉴定后,成功构建了pcDNA3.1-3HA-gCLOCK真核表达载体;实时荧光定量PCR和Western blotting检测结果显示,pcDNA3.1-3HA-gCLOCK转染组CLOCK基因在mRNA和蛋白水平的表达量均极显著高于pcDNA3.1-Puro-N-3HA对照组(P<0.01)。生物信息学分析结果表明,山羊CLOCK基因CDS区序列与绵羊、牛和马的相似性分别为99.4%、98.7%和95.6%。山羊CLOCK蛋白是一种不稳定蛋白,具有一定的亲水性,无跨膜区和信号肽。二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成;三级结构与小鼠和人的CLOCK蛋白相比具有极高的相似性。本研究成功构建了山羊生物钟基因CLOCK真核表达载体,并进行了生物信息学分析,为进一步研究山羊CLOCK基因的生物学功能及山羊生物钟的转录调控机制提供了材料。 展开更多
关键词 山羊 clock基因 真核表达载体 生物信息学分析
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分布式目录同步的冲突处理与副本管理研究 被引量:5
2
作者 李强 朱立谷 +1 位作者 曾赛峰 邵宪津 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2012年第S1期257-262,共6页
随着用户拥有电脑数目的增多,为了维护多机之间数据的一致性,目录同步正成为十分普遍的应用.然而在分布式环境下进行目录同步,因客户机频繁接入网络,造成数据传输延时不可知,并发操作识别需要重新界定,修改冲突也无法采用传统加锁机制处... 随着用户拥有电脑数目的增多,为了维护多机之间数据的一致性,目录同步正成为十分普遍的应用.然而在分布式环境下进行目录同步,因客户机频繁接入网络,造成数据传输延时不可知,并发操作识别需要重新界定,修改冲突也无法采用传统加锁机制处理.为了解决上述问题,提出了MSVerion算法,该算法融合了SVN的冲突发现和Vector Clock的副本管理,能在合并变化文件时快速地发现冲突,减少分布式环境下文件副本管理中需要保存的数据量.同时遵循最终一致性理论,给出了目录同步中3种冲突操作的解决策略. 展开更多
关键词 目录同步 vector clock算法 最终一致性 冲突处理
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基于向量时钟模型的NoSQL最终一致性的研究 被引量:6
3
作者 罗军 王宏 李文生 《计算机工程与应用》 CSCD 2013年第23期100-102,131,共4页
最终一致性作为衡量NoSQL数据库性能的重要指标,对NoSQL的应用与发展起着重要作用。针对最终一致性解决方案存在的问题,提出基于向量时钟的最终一致性模型。模型为数据加入了版本的概念,通过版本向量和时间戳的引入,为数据标识了版本信... 最终一致性作为衡量NoSQL数据库性能的重要指标,对NoSQL的应用与发展起着重要作用。针对最终一致性解决方案存在的问题,提出基于向量时钟的最终一致性模型。模型为数据加入了版本的概念,通过版本向量和时间戳的引入,为数据标识了版本信息,同时给出了冲突检测和处理方案。对比分析表明,方案很好地解决了问题,提高了最终一致性的性能,在NoSQL数据库的设计过程中具有较好的应用价值。 展开更多
关键词 NOSQL数据库 最终一致性 向量时钟 时间戳
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消息联盟系统中保持消息因果序协议的研究 被引量:1
4
作者 薛涛 冯博琴 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2004年第23期15-16,36,共3页
由多个代理服务器组成的消息中间件联盟系统提供了更好的扩展性,但没有保证消息之间的因果序关系。该文提出并设计了一个新的保证消息因果序的通信协议MOMCO,该协议基于向量时钟,不但保证在消息联盟系统中消息的因果序,而且携带的排序... 由多个代理服务器组成的消息中间件联盟系统提供了更好的扩展性,但没有保证消息之间的因果序关系。该文提出并设计了一个新的保证消息因果序的通信协议MOMCO,该协议基于向量时钟,不但保证在消息联盟系统中消息的因果序,而且携带的排序控制信息量小,避免了采用二维矩阵时钟导致的较高代价,适用于大规模应用的场合。 展开更多
关键词 消息中间件 时钟 代理服务器 协议 系统 扩展性 联盟 保证 大规模应用 保持
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分布式计算的并发测量 被引量:1
5
作者 贺乐天 孙永强 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 1998年第1期30-35,共6页
本文提出了一种分布式计算的并发测量方法,这些测量使用基于局部时钟的区域向量时钟,延迟向量和计算高度等概念量化了并发计算时间和同步延迟时间,不用定义原子事件和划分事件粒度;测量机制独立于被测量的程序,容易计算,管理简单。
关键词 分布式计算 并发测量 并行程序 算法
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大鼠PER2基因RNAi慢病毒载体的构建及干扰效率的测定 被引量:2
6
作者 王翔凌 孙宁玲 +4 位作者 马丽萍 郭晓夏 姜娟 王鲁雁 何湘君 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期16-21,共6页
目的构建及筛选有效干扰大鼠血管平滑肌细胞PER2基因的shRNA慢病毒载体,并测定其干扰效率。方法设计大鼠PER2的siRNA靶序列,插入慢病毒载体质粒pGLV-U6-EGFP中,构建pLentivirus-per2-rat表达重组体并转染至A7r5大鼠胸主动脉血管平滑肌... 目的构建及筛选有效干扰大鼠血管平滑肌细胞PER2基因的shRNA慢病毒载体,并测定其干扰效率。方法设计大鼠PER2的siRNA靶序列,插入慢病毒载体质粒pGLV-U6-EGFP中,构建pLentivirus-per2-rat表达重组体并转染至A7r5大鼠胸主动脉血管平滑肌细胞内,利用Real-time PCR方法检测PER2基因的mRNA表达水平,筛选有效沉默钟基因PER2表达的RNAi慢病毒载体。结果经电泳、基因测序证实插入的目的序列正确,有PER2表达,成功构建了pLentivirus-per2-rat表达重组体;转染慢病毒载体pLentivirus-per2-rat至A7r5大鼠胸血管平滑肌细胞,测定转染效率达70%;Real-time PCR检测PER2基因的mRNA相对表达量,筛选出有效干扰大鼠血管平滑肌细胞钟基因Per2表达的siRNA片段,使PER2mRNA表达量下调约84%。结论成功构建了大鼠PER2的RNAi慢病毒载体,为进一步研究时钟基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 PER2基因 RNA干扰 慢病毒载体 血管平滑肌细胞 时钟基因
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虚拟时间及其在数据竞争检测中的应用
7
作者 禹振 苏小红 +1 位作者 王甜甜 马培军 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第1期68-74,共7页
为将虚拟时间机制应用于数据竞争检测,提出描述虚拟时间3种基本实现形式的统一模型.先建立分布式执行的抽象模型,在此模型下统一描述虚拟时间的3种基本实现形式,即标量时间系统、向量时间系统和矩阵时间系统,并以向量时间系统和矩阵时... 为将虚拟时间机制应用于数据竞争检测,提出描述虚拟时间3种基本实现形式的统一模型.先建立分布式执行的抽象模型,在此模型下统一描述虚拟时间的3种基本实现形式,即标量时间系统、向量时间系统和矩阵时间系统,并以向量时间系统和矩阵时间系统为例介绍虚拟时间的4种优化技术,最后讨论将虚拟时间应用到共享内存并发系统的数据竞争检测中需要解决的问题以及4个应用实例.结果表明,提出的模型能统一描述虚拟时间的不同实现形式,并能降低基于虚拟时间检测数据竞争的应用难度. 展开更多
关键词 虚拟时间 逻辑时间 向量时钟 并发缺陷 数据竞争
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基于局部时钟的区域向量时钟
8
作者 贺乐天 孙永强 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 1997年第S1期101-105,共5页
文中分析了传统向量时钟在应用中的局限性,提出了基于局部时钟的区域向量时钟,证明了这一时钟,刻画了计算的因果关系.区域向量时钟独立于程序实现,管理简单,降低了向量时钟方法在实际应用中的复杂度,适合于对分布式计算的性能分... 文中分析了传统向量时钟在应用中的局限性,提出了基于局部时钟的区域向量时钟,证明了这一时钟,刻画了计算的因果关系.区域向量时钟独立于程序实现,管理简单,降低了向量时钟方法在实际应用中的复杂度,适合于对分布式计算的性能分析和并发测量. 展开更多
关键词 分布式计算 因果关系 向量时钟 并发测量
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一种高精度实时GPS卫星钟差预测算法 被引量:3
9
作者 雷雨 李变 +1 位作者 赵丹宁 胡永辉 《中国空间科学技术》 EI CSCD 北大核心 2014年第4期39-45,共7页
为获得高精度实时GPS卫星钟差,文章提出一种基于多项式和最小二乘支持向量机(Least Squares Support Vector Machines,LS-SVM)相结合的钟差预报方法。该方法采用国际GNSS服务发布的超快速观测星历建模进行短期预报,首先根据卫星钟的物... 为获得高精度实时GPS卫星钟差,文章提出一种基于多项式和最小二乘支持向量机(Least Squares Support Vector Machines,LS-SVM)相结合的钟差预报方法。该方法采用国际GNSS服务发布的超快速观测星历建模进行短期预报,首先根据卫星钟的物理特性用附有周期项的多项式模型进行拟合以提取趋势项和周期项,然后用LS-SVM对多项式拟合残差进行建模预报,最后将预报结果加上趋势项和周期项,得到最终的钟差预报值。试验结果表明,所提算法能够实时有效地对GPS卫星钟差进行预报,且精度优于超快速预报星历。 展开更多
关键词 最小二乘支持向量机 超快速星历 预报模型 GPS卫星钟
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基于最小二乘支持向量机的钟差预报 被引量:19
10
作者 雷雨 赵丹宁 《大地测量与地球动力学》 CSCD 北大核心 2013年第2期91-95,共5页
为提高卫星钟差预报的精度,采用最小二乘支持向量机进行预报。对比不同核函数对LS-SVM预报精度的影响,并将其与二次多项式和灰色系统模型比较。结果表明,最小二乘支持向量机的短期(1天)预报精度明显优于另外两种模型,且线性核函数更适... 为提高卫星钟差预报的精度,采用最小二乘支持向量机进行预报。对比不同核函数对LS-SVM预报精度的影响,并将其与二次多项式和灰色系统模型比较。结果表明,最小二乘支持向量机的短期(1天)预报精度明显优于另外两种模型,且线性核函数更适合最小二乘支持向量机的钟差预报。 展开更多
关键词 最小二乘支持向量机 核函数 卫星钟差 钟差预报 灰色系统模型
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基于小波分解和遗传小波神经网络的卫星钟差预报 被引量:3
11
作者 蓝岚 任超 +1 位作者 梁月吉 李飞达 《桂林理工大学学报》 CAS 北大核心 2017年第1期125-130,共6页
星载原子钟在空间环境中受到多种不确定因素的影响以及原子钟本身所具有的复杂特性,导致卫星钟差呈现出非线性和非平稳性变化。为此提出了一种新方法:先采用小波分解将原始钟差序列分解成高频分量和低频分量,然后利用遗传小波神经网络... 星载原子钟在空间环境中受到多种不确定因素的影响以及原子钟本身所具有的复杂特性,导致卫星钟差呈现出非线性和非平稳性变化。为此提出了一种新方法:先采用小波分解将原始钟差序列分解成高频分量和低频分量,然后利用遗传小波神经网络对低频分量和高频分量分别进行预报,最后将各分量的预报结果进行叠加得到最终的预报值,并与灰色模型、最小二乘支持向量机和遗传小波神经网络的预报结果对比分析。结果表明:该方法预报精度较高,预报残差更为平稳,应用于卫星钟差预报是可行有效的。 展开更多
关键词 钟差预报 小波分解 最小二乘支持向量机 遗传小波神经网络
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分布式调试中动态向量时钟存储空间分配方法
12
作者 郑少华 李青山 +2 位作者 严体华 叶宏 钟珊 《西安石油大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2010年第2期81-83,87,共4页
为了解决不同进程之间异步通信时向量时钟存储问题,结合现有事件监测的方法,以及分布式软件系统调试盒监测特征,并针对向量时钟静态存储技术的不足,提出了一种动态更新存储空间的方法.实验结果表明,对监测工具的改进方案能够减轻用户调... 为了解决不同进程之间异步通信时向量时钟存储问题,结合现有事件监测的方法,以及分布式软件系统调试盒监测特征,并针对向量时钟静态存储技术的不足,提出了一种动态更新存储空间的方法.实验结果表明,对监测工具的改进方案能够减轻用户调试时的负担,较大地提高分布式程序调试的效率. 展开更多
关键词 分布式调试 系统监测 向量时钟 动态存储
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分布式key-value系统错误污染检测
13
作者 郭晓林 舒继武 易乐天 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2014年第7期1570-1579,共10页
随着key-value存储系统的广泛使用,越来越多的研究开始关注分布式系统中的可信问题,其中一个重要的问题是,如何在系统被入侵或者管理员配置错误并运行一段时间后,检测出受污染的数据,从而可以在恢复错误数据的同时保留系统的合法更新.... 随着key-value存储系统的广泛使用,越来越多的研究开始关注分布式系统中的可信问题,其中一个重要的问题是,如何在系统被入侵或者管理员配置错误并运行一段时间后,检测出受污染的数据,从而可以在恢复错误数据的同时保留系统的合法更新.文中提出了一种基于key-value存储系统的错误污染检测方法,该方法允许在客户端不可信的前提下,检测客户端之间的污染扩散.文中设计了一种基于各服务器逻辑时钟的向量时钟,该时钟以用户关联操作为更新规则,记录了跨服务器的读写请求逻辑关系,用以进行错误污染跟踪;同时为了减少大规模系统中污染检测的开销,基于该向量时钟,文中进一步提出了一种在分布式系统中由操作序列构成有向无环图的污染分析方法.基于广泛使用的Voldmort key-value系统,文中实现了一个错误污染检测系统,Tracker Store.在集群测试环境下,文中对引入新的检测系统后产生的额外延迟开销进行了测试. 展开更多
关键词 污染检测 分布式key-value系统 向量时钟
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小鼠NR1D1基因过表达载体的构建及其生物信息学分析 被引量:2
14
作者 董浩 江海圳 +3 位作者 李超 高登科 靳亚平 陈华涛 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期94-103,共10页
目的:构建小鼠核受体亚家族1组D成员1(NR1D1)基因的过表达载体,分析小鼠NR1D1蛋白的基本特征。方法:从小鼠肝脏组织中提取总RNA,反转录后获得cDNA,采用PCR技术扩增得到小鼠NR1D1基因的编码区片段,经同源重组与pcDNA3.1载体相连接,将酶... 目的:构建小鼠核受体亚家族1组D成员1(NR1D1)基因的过表达载体,分析小鼠NR1D1蛋白的基本特征。方法:从小鼠肝脏组织中提取总RNA,反转录后获得cDNA,采用PCR技术扩增得到小鼠NR1D1基因的编码区片段,经同源重组与pcDNA3.1载体相连接,将酶切鉴定和测序正确的重组质粒命名为pcDNA3.1-NR1D1。将pcDNA3.1空质粒和pcDNA3.1-NR1D1重组质粒分别转染至HEK293T细胞中,分别为对照组和pcDNA3.1-NR1D1转染组,48 h后提取总RNA和总蛋白样品,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和Westernblotting法检测2组细胞中NR1D1 mRNA和蛋白表达水平。使用DNAStar和MEGA7软件对小鼠与其他物种的NR1D1基因编码区序列(CDS)进行相似性分析,并构建系统进化树;利用ExPASy、ProtScale、SingalP5.0、TMHMM-2.0、PhosphoSitePlus®、SOPMA和SWISS-MODEL等在线工具分析NR1D1蛋白的氨基酸组成、亲/疏水性、跨膜区域、信号肽、二级结构和三级结构。结果:酶切鉴定和测序结果均表明过表达载体pcDNA3.1-NR1D1构建成功。与对照组比较,pcDNA3.1-NR1D1转染组细胞中NR1D1 mRNA和蛋白表达水平明显升高(P<0.01)。生物信息学分析,小鼠NR1D1 CDS区与人、大鼠、中国仓鼠、黑猩猩、兔、犬、猪、马、牛、绵羊、山羊、家猫和斑马鱼的相似性分别为90.0%、94.8%、86.5%、90.0%、89.6%、88.3%、89.7%、89.8%、88.8%、89.1%、89.1%、89.7%和65.1%。系统进化树分析,小鼠NR1D1基因与中国仓鼠和大鼠的遗传距离最近,与斑马鱼的遗传距离最远。小鼠NR1D1蛋白是一种疏水性碱性蛋白质,不属于分泌蛋白和跨膜蛋白,含有12个磷酸化位点和10个泛素化位点;二级结构中无规则卷曲占54.63%,α-螺旋占26.50%,延伸链占12.68%,β-转角占6.18%;三级结构预测,小鼠与人的NR1D1蛋白相似度大,差异较小。结论:成功构建了小鼠NR1D1基因过表达载体pcDNA3.1-NR1D1,验证了其在HEK293T细胞中的过表达效果,为进一步研究NR1D1基因及其蛋白的功能提供了依据。 展开更多
关键词 小鼠 ICR 核受体亚家族1组D成员1 生物钟 过表达载体 生物信息学
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基于向量时钟的动态自适应同步策略研究
15
作者 王艺遥 齐和平 +2 位作者 李学艳 毛玉辉 柴彪 《火力与指挥控制》 CSCD 北大核心 2022年第7期108-112,117,共6页
针对分布式仿真系统信息交互的性能优化,研究时钟不一致、传输时延等引起的网络拥塞、因果倒序、时钟错乱等问题,是保证分布式仿真系统可靠运行的重要因素。以多服务器架构的分布式仿真系统为研究对象,考虑服务器与仿真成员之间的信息... 针对分布式仿真系统信息交互的性能优化,研究时钟不一致、传输时延等引起的网络拥塞、因果倒序、时钟错乱等问题,是保证分布式仿真系统可靠运行的重要因素。以多服务器架构的分布式仿真系统为研究对象,考虑服务器与仿真成员之间的信息传输特性,根据向量时钟和传统的保守策略、乐观策略,提出一种新的动态自适应有界时间窗算法。算法正确处理系统中事件消息的因果逻辑,同时保证同步策略的可重复性,通过实验验证了算法的可行性。 展开更多
关键词 分布式仿真 保守策略 乐观策略 向量时钟 动态自适应策略
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Unix上基于事务的中间件(VP)的时钟管理方案
16
作者 朱伟民 黄林鹏 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期97-98,186,共3页
详细地阐述了VP的时钟管理方案的原理和具体实现,从算法的时间和空间的开 销角度对该时钟管理方案进行了分析,从而表明该方案能够较好地解决VP的时钟管理问题。 该时钟管理方案的突出特点是:巧妙地将物理时钟算法和向量逻辑时钟算法... 详细地阐述了VP的时钟管理方案的原理和具体实现,从算法的时间和空间的开 销角度对该时钟管理方案进行了分析,从而表明该方案能够较好地解决VP的时钟管理问题。 该时钟管理方案的突出特点是:巧妙地将物理时钟算法和向量逻辑时钟算法融合在一起, 相 辅相成,而且采用HOT-STANDBY设计思想提高了时钟管理的系统可靠性。 展开更多
关键词 UNIX 操作系统 事务 中间件 时钟管理 计算机
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改进的基于STUMPS架构的BIST电路设计
17
作者 李春伟 何振中 陈新武 《科学技术与工程》 2007年第12期2825-2829,共5页
传统的STUMPS测试方法,存在测试时间长和故障覆盖率不够高的缺点。现采用Test-Per-Clock方式和向量压缩的方法处理待测电路,减少测试时间;用随机测试模式加存储测试模式来提高故障覆盖率。经ISCAS85标准测试电路验证,新方案取得了令人... 传统的STUMPS测试方法,存在测试时间长和故障覆盖率不够高的缺点。现采用Test-Per-Clock方式和向量压缩的方法处理待测电路,减少测试时间;用随机测试模式加存储测试模式来提高故障覆盖率。经ISCAS85标准测试电路验证,新方案取得了令人满意的结果。 展开更多
关键词 可测性设计 扫描测试 内建自测试 Test-Per-clock 测试向量压缩
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基于EM算法优化相关向量机的BDS-3超快速钟差预报 被引量:3
18
作者 胡燕 王德盛 杨玉锋 《大地测量与地球动力学》 CSCD 北大核心 2021年第12期1230-1234,共5页
提出一种基于EM算法优化相关向量机(RVM)的BDS-3超快速钟差预报算法。首先,利用组合MAD法预处理钟差数据,并进行一次差分计算;然后,利用钟差一次差分数据对RVM模型进行训练,通过EM算法迭代求取模型的超参数;最后,利用优化后的RVM模型进... 提出一种基于EM算法优化相关向量机(RVM)的BDS-3超快速钟差预报算法。首先,利用组合MAD法预处理钟差数据,并进行一次差分计算;然后,利用钟差一次差分数据对RVM模型进行训练,通过EM算法迭代求取模型的超参数;最后,利用优化后的RVM模型进行数据预测,将钟差一次差分预测值还原,得到钟差预报值。采用iGMAS中心提供的实测BDS-3超快速钟差数据进行预报实验,并将本文模型与QP模型、SA模型及iGMAS超快速钟差预报产品(ISU-P)结果进行对比分析。结果表明,对于6 h、12 h和24 h预报,本文模型预报BDS-3卫星钟差数据的平均精度均优于0.61 ns;与ISU-P、QP模型和SA模型相比,本文模型预报24 h时精度分别提升64.1%、50.0%和49.2%。 展开更多
关键词 BDS-3卫星 相关向量机 EM算法 超快速钟差 钟差预报
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基于PSO-SVM精化QP模型的短期卫星钟差预报
19
作者 肖阳 唐诗华 +2 位作者 黄昶程 李宗婉 肖燕 《桂林理工大学学报》 CAS 北大核心 2019年第4期893-898,共6页
针对卫星钟差序列的特性,将其视作由趋势项与随机误差项组成的时间序列,提出一种基于PSO-SVM精化的二次多项式预报算法:通过QP模型建模预报钟差值以提取其趋势项,利用SVM模型对拟合阶段的残差值建模进行滚动预报,利用预报所得的差值对Q... 针对卫星钟差序列的特性,将其视作由趋势项与随机误差项组成的时间序列,提出一种基于PSO-SVM精化的二次多项式预报算法:通过QP模型建模预报钟差值以提取其趋势项,利用SVM模型对拟合阶段的残差值建模进行滚动预报,利用预报所得的差值对QP模型预报阶段的钟差值进行改进。为克服SVM算法自身参数搜索方法的缺陷,采用PSO算法选择其最优参数。实验结果表明:相较于常用算法,该方法预报精度较高,且改进了QP模型预报误差会随时间累积的缺点。 展开更多
关键词 模型精化 钟差预报 支持向量机 QP模型
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小鼠 Usp2基因序列分析、真核表达载体构建和启动子功能鉴定
20
作者 张宇 李超 +5 位作者 马天天 马白荣 李丹 周栋 靳亚平 陈华涛 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2023年第9期49-59,共11页
为了分析小鼠泛素特异性蛋白酶2(USP2)2种主要转录本(Usp 2-45和Usp 2-69)及其编码蛋白的理化特性,构建Usp 2-45真核表达载体和Usp 2启动子荧光素酶报告质粒,探究生物钟系统对Usp 2不同转录本启动子的调控作用,本试验利用在线软件对小鼠... 为了分析小鼠泛素特异性蛋白酶2(USP2)2种主要转录本(Usp 2-45和Usp 2-69)及其编码蛋白的理化特性,构建Usp 2-45真核表达载体和Usp 2启动子荧光素酶报告质粒,探究生物钟系统对Usp 2不同转录本启动子的调控作用,本试验利用在线软件对小鼠Usp 2-45和Usp 2-69基因进行生物信息学分析;克隆Usp 2-45基因的蛋白编码序列(CDS)并构建pcDNA3.1-Usp2-45-Flag重组载体,转染至小鼠NIH3T3胚胎成纤维细胞后,利用实时荧光定量PCR和蛋白免疫印迹技术检测Usp2-45在mRNA和蛋白水平的表达;扩增Usp 2-45和Usp 2-69的启动子片段,并构建其荧光素酶报告质粒,通过双荧光素酶报告试验检测Usp 2启动子对生物钟核心转录因子脑肌类芳香烃受体核转位蛋白1(BMAL1)和昼夜运动输出周期蛋白(CLOCK)的应答活性;通过构建不同长度的Usp 2-45启动子荧光素酶报告质粒鉴定其生物钟转录调控功能区。结果显示,小鼠USP2-45和USP2-69蛋白均为不稳定蛋白,亲水性强,无跨膜区域和信号肽,且基因的CDS区高度保守;pcDNA3.1-Usp2-45-Flag重组质粒的酶切和测序结果与预期一致,转染重组质粒组的Usp2-45在mRNA和蛋白水平的表达均显著高于对照组(P<0.01)。双荧光素酶报告试验结果显示,Usp 2-69启动子对BMAL1/CLOCK无应答活性,而不同长度的Usp 2-45启动子对BMAL1/CLOCK均具有显著应答活性,活性由强到弱依次为1368、2004和998 bp。结果表明,本试验系统分析了小鼠USP2的理化性质和结构特性,成功构建了pcDNA3.1-Usp2-45-Flag真核表达载体,初步鉴定了生物钟系统选择性调控Usp 2-45节律性转录的启动子功能区。 展开更多
关键词 泛素特异性蛋白酶2 生物钟 生物信息学 真核表达载体 荧光素酶报告质粒
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