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REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析
被引量:
10
1
作者
马月姣
孙晓红
+3 位作者
赵勇
卢瑛
吴启华
潘迎捷
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013年第10期263-267,共5页
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软...
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5~9条分布在609~4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5~11条分布在400~7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。
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关键词
副溶血性弧菌
TDH
肠内细菌基因组间重复序列分析
细菌基因外重复回文序列扩增
分型
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职称材料
题名
REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析
被引量:
10
1
作者
马月姣
孙晓红
赵勇
卢瑛
吴启华
潘迎捷
机构
上海海洋大学食品学院
缅因大学食品科学与人类营养系
出处
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013年第10期263-267,共5页
基金
霍英东教育基金会第十一届高等院校优选课题(114035)
上海市科学技术委员会部分地方院校能力建设项目(11310501100)
上海市教育委员会重点学科建设项目(J50704)
文摘
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5~9条分布在609~4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5~11条分布在400~7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。
关键词
副溶血性弧菌
TDH
肠内细菌基因组间重复序列分析
细菌基因外重复回文序列扩增
分型
Keywords
Vibrio parahaemolyticus: tdh enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence-polymerase chainreaction (ERIC-PCR)
repetitive extragenic palindromic-polymerase chain reaction (REP-PCR)
typingg
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析
马月姣
孙晓红
赵勇
卢瑛
吴启华
潘迎捷
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013
10
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