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Myocardin-Related Transcription Factor A Mediates OxLDL-Induced Endothelial Injury 被引量:12
1
作者 Fang, Fei Yang, Yuyu +4 位作者 Yuan, Zhibin Gao, Yuqi Zhou, Jiliang Chen, Qi Xu, Yong 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期842-842,共1页
关键词 动脉粥样硬化 内皮损伤 低密度脂蛋白 细胞反应
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基于吉布斯采样的TFBS识别算法研究
2
作者 何彩升 戴宪华 +3 位作者 向倩 王江 邓泱泱 戴智明 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2007年第2期178-180,共3页
计算机方法识别转录因子结合位点(TFBS,也称“模式”)是目前生物信息学的一个很有吸引性和挑战性的课题。吉布斯采样识别模式的算法本质上是一个启发式搜索方法,容易陷入非全局最优的局部最大值。为此,提出了一种改进的吉布斯采样策略YG... 计算机方法识别转录因子结合位点(TFBS,也称“模式”)是目前生物信息学的一个很有吸引性和挑战性的课题。吉布斯采样识别模式的算法本质上是一个启发式搜索方法,容易陷入非全局最优的局部最大值。为此,提出了一种改进的吉布斯采样策略YGMS(Yeast Gibbs Motif Sampler)来识别酿酒酵母共表达基因调控区域转录因子结合位点。在酵母的共调控基因序列的数据集测试中,YGMS比其他几个基于吉布斯采样算法更有效地识别出真实模式序列,在一定程度上提高了算法的性能。 展开更多
关键词 生物信息学 吉布斯采样 转录因子结合位点
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转录因子结合位点生物信息学研究进展 被引量:29
3
作者 侯琳 钱敏平 +1 位作者 朱云平 邓明华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期365-373,共9页
转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题。随着高通量实验技术的发展,结合ChIP-chi... 转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题。随着高通量实验技术的发展,结合ChIP-chip实验以及多个基因组的序列信息来预测TFBS已成为新的研究热点。本文简要概述了用于TFBS定位的实验技术,TFBS信息相关的数据库,重点评述了描述TFBS的模型以及预测TFBS的多种软件。TFBS的生物信息学研究的发展,将与相关领域相互促进,有助于进一步揭示转录调控机制。 展开更多
关键词 转录因子结合位点 生物信息学 ChIP—chip 位置权重矩阵 系统发育足迹分析法
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肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络的构建 被引量:5
4
作者 廖之君 马文丽 +3 位作者 梁爽 孟伟 商涛 郑文岭 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1582-1585,共4页
目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。方法按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究。收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些... 目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。方法按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究。收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些基因的转录因子(TFs)以及转录因子结合位点(TFBS),并进行文献挖掘,最后构建基因转录调控网络。结果获得含23个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集,两种软件预测分别得到50和72个TFs,两者交集有18个相同TFs,得分最高前10条TFBS序列基本上与预测的TFs相对应,文献挖掘结果提示LSCC基因和TFs除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外,还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK等显著相关。调控网络显示LSCC基因和TFs具有参与糖、脂代谢调节,结合、转运功能,凝血信号转导,炎症应答等功能,未进入网络的PPP2R1B基因与网络中DUSP10基因部分功能相似。结论LSCC基因和预测的TFs参与肝脏多种重要功能的调控,这些功能整合在复杂的转录调控网络中,转录因子JUN可能是发挥调控作用的重要靶点,推测PPP2R1B也可能参与JUN的调控。 展开更多
关键词 组织选择性 转录因子 转录因子结合位点 转录调控网络
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p27^(Kip1)基因启动子区的生物信息学分析 被引量:15
5
作者 管晓翔 陈巍魏 +1 位作者 陈龙邦 王靖华 《医学研究生学报》 CAS 2010年第10期1029-1032,共4页
目的生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学在线软件预测p27Kip1基因启动子功能。方法获取细胞周期调控因子人p27Kip1启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测... 目的生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学在线软件预测p27Kip1基因启动子功能。方法获取细胞周期调控因子人p27Kip1启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果该基因启动子序列全长为3568 bp,核苷酸数据库(Gen-Bank)登录号为E26053。p27Kip1启动子序列中CpG岛存在于2544~2845 bp、2876~3511 bp处,CpG岛的存在会抑制p27Kip1启动子的转录。p27Kip1启动子共有16个转录因子。结论基因启动子相关生物信息学的研究,提高了针对启动子的研究效率,并为预测基因启动子的功能研究提供了重要信息。 展开更多
关键词 p27Kip1启动子区 DNA甲基化 转录因子结合部位 生物信息学分析
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原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的CTCF结合位点分析 被引量:15
6
作者 翟亚男 许泉 +1 位作者 郭亚 吴强 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期323-336,共14页
哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)... 哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)以及神经突触信号转导中发挥重要作用。前期的工作已证实转录因子CTCF(CCCTC-binding factor)与CTCF结合位点(CTCF-binding site,CBS)的方向性结合能够决定增强子和启动子环化的方向以及其远距离交互作用的特异性,并进一步在Pcdh基因座(Locus)形成两个(Pcdh?和Pcdh?)染色质拓扑结构域(CTCF/cohesin-mediated chromatin domain,CCD),而且染色质拓扑结构域对于控制基因表达调控至关重要。本文通过生物信息学方法对比人类和小鼠序列,发现Pcdh??染色质拓扑结构域调控区域中的DNase I超敏位点(DNase I hypersensitive sites,HSs)较为保守。染色质免疫沉淀及大规模测序实验(Chromatin immunoprecipitation and massive parallel sequencing,Ch IP-Seq)揭示CBS位点在Pcdh??调控区域中成簇分布并且具有相同的方向。凝胶电泳迁移实验(Electrophoresis mobility shift assay,EMSA)确定Pcdh??调控区域内具体的42 bp CBS位点并且发现一个CTCF峰包含两个CBS位点。在全基因组范围内,运用计算生物学方法分析CTCF和增强子、启动子等调控元件的关系,发现CBS位点在调控元件附近有较多分布,推测CTCF通过介导增强子和启动子的特异性交互作用,在细胞核三维基因组内形成活性转录枢纽调控基因精准表达。 展开更多
关键词 原钙粘蛋白基因簇 转录因子CTCF CTCF结合位点 染色质拓扑结构域CCD 基因表达调控
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关岭牛MyoDI基因启动子上转录因子结合位点的筛选 被引量:4
7
作者 张雯 许厚强 +4 位作者 陈伟 陈祥 桓聪聪 夏丹 周迪 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1259-1267,共9页
本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列,设计特异性PCR引物,扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区,构建重组克隆载体pUCM-TMyoDI-pro,并对阳性质粒进行测序鉴定。再利... 本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列,设计特异性PCR引物,扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区,构建重组克隆载体pUCM-TMyoDI-pro,并对阳性质粒进行测序鉴定。再利用筛选试验和生物信息学分析筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。结果,筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有的转录因子结合位点有SATB1、Xbp、MEF2、Pax-3、Pbx1、PPAR、TFⅡD、COUP-TF、Gfi-1、HNF-1、HOX4C、NRF2(ARE)、MEF1、RXR、SMUC、Snail、MyoD、VDR。结合在线软件分析和文献,最终筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点,这些转录因子对启动子活性起着重要的调控作用。结果显示,关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点。 展开更多
关键词 MyoDI基因 转录因子结合位点 启动子 细胞核提取物 生物信息学分析
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核小体定位模式及其与DNA甲基化位点分布的关系 被引量:5
8
作者 刘宏德 孙啸 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期248-253,共6页
核小体定位是指DNA双螺旋相对于组蛋白八联体的位置.核小体定位通过限制蛋白结合位点参与基因转录调控.本文利用实验检测的人类CD4+T细胞核小体定位数据,研究了核小体定位在转录因子结合位点(TFBS)和转录起始位点(TSS)附近的分布模式,... 核小体定位是指DNA双螺旋相对于组蛋白八联体的位置.核小体定位通过限制蛋白结合位点参与基因转录调控.本文利用实验检测的人类CD4+T细胞核小体定位数据,研究了核小体定位在转录因子结合位点(TFBS)和转录起始位点(TSS)附近的分布模式,并分析了在TFBS和TSS周围,核小体定位与DNA甲基化之间的关系.结果表明,在休眠和激活的人类CD4+T细胞中,部分TFBS和TSS周围的核小体定位在动态改变,即在定位和缺失两种状态之间切换.在TFBS周围,核小体定位和DNA甲基化存在一种互补模式,核小体定位与DNA低甲基化相联系;而在TSS周围,两者呈现同步模式,DNA高甲基化伴随高核小体水平.而且,在TFBS和TSS周围,DNA甲基化位点的分布呈周期模式.CD4+T细胞被激活时,较少的转录因子启动了较多的基因. 展开更多
关键词 核小体定位 DNA甲基化 转录因子结合位点 转录起始位点
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生物信息学在基因转录调控研究中的应用 被引量:10
9
作者 刘天婵 余应年 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期668-672,共5页
Gene transcriptional regulation research is one of the major challenges in the post-genome era. Bioinformatics has become more important with the rapid accumulation of complete genome sequences and the advances of com... Gene transcriptional regulation research is one of the major challenges in the post-genome era. Bioinformatics has become more important with the rapid accumulation of complete genome sequences and the advances of computational methods and related databases. The current computational approaches in promoter prediction, transcription factor binding site identification, composite elements prediction, co-regulation of gene expression analysis and phylogenetic footprinting in the regulatory region analysis are discussed in this review. 展开更多
关键词 生物信息学 转录因子结合部位 基因 调节
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用于转录因子结合位点识别的定位投影求精算法 被引量:2
10
作者 张懿璞 霍红卫 +1 位作者 于强 郭鸿志 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2013年第12期2545-2559,共15页
定位转录因子结合位点,也称模体发现问题,对于理解基因调控关系非常重要.文中提出了一种新的定位投影求精算法(Fixed-Position Projection Refinement algorithm,FPPR)用于DNA序列中的转录因子结合位点识别.通过一个基于数据集对应位置... 定位转录因子结合位点,也称模体发现问题,对于理解基因调控关系非常重要.文中提出了一种新的定位投影求精算法(Fixed-Position Projection Refinement algorithm,FPPR)用于DNA序列中的转录因子结合位点识别.通过一个基于数据集对应位置频率矩阵的投影过程,将DNA数据聚类为不同的子集,过滤选出其中具有一定信息量和复杂度的子集,作为初始状态,进而使用期望最大化算法进行求精.FPPR通过对定位投影过程中阈值的设定,实现了对OOPS、ZOOPS、TCM这3种模型中不同模体实例分布的处理.同时,结合高阶马尔可夫背景设计目标函数,使得算法的概率模型更加符合真实生物数据.此外,通过相似函数WIC评估,FPPR可拓展为解决多模体识别问题.真实数据测试表明,FPPR可以在合理的时间内准确找寻模体,与MEME、GAME、Motif Sampler和GALP-F等算法相比有更好的性能,并且可以有效地解决多模体识别问题. 展开更多
关键词 转录因子结合位点 模体 定位投影 求精
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羊驼皮肤基因转录因子及其结合位点分析 被引量:1
11
作者 张俊珍 范瑞文 +1 位作者 白俊明 董常生 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2013年第6期7-9,13,共4页
哺乳动物皮肤具有多种功能,这些功能是由基因决定的,而基因的表达要受到转录因子的调节。本研究通过参照人皮肤基因的转录因子分析羊驼皮肤的EST库,发现了8个转录因子和6个转录因子结合位点,它们调控着羊驼生活适应性、皮肤生理特征以... 哺乳动物皮肤具有多种功能,这些功能是由基因决定的,而基因的表达要受到转录因子的调节。本研究通过参照人皮肤基因的转录因子分析羊驼皮肤的EST库,发现了8个转录因子和6个转录因子结合位点,它们调控着羊驼生活适应性、皮肤生理特征以及皮肤衍生物的生理特性等,其中重要的有调控羊驼黑色素细胞内决定其毛色的转录因子microphthal-mia-associated transcription factor(MITF)及其结合位点cyclic adenosine monophosphate response element-binding 1(CREB-1),用实时荧光定量PCR法检测发现二者在不同羊驼毛色皮肤中的表达在转录水平存在显著差异,它们的生物学特点对研究羊驼皮肤中决定羊驼皮肤生理功能和羊驼毛色的分子机理提供了重要的理论基础。 展开更多
关键词 羊驼皮肤 毛色 转录因子 转录因子结合位点
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雨生红球藻β-胡萝卜素酮化酶(bkt)启动子功能分析(英文) 被引量:2
12
作者 魏炜 梁成伟 秦松 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期747-751,共5页
单细胞绿藻———雨生红球藻在逆境条件下积累大量的虾青素。β-胡萝卜素酮化酶(bkt)催化在β-胡萝卜素和玉米黄素的β-紫罗酮环C-4位引入酮基的反应,是虾青素合成过程中的关键酶。我们利用凝胶阻滞的方法研究雨生红球藻中bkt基因309bp(... 单细胞绿藻———雨生红球藻在逆境条件下积累大量的虾青素。β-胡萝卜素酮化酶(bkt)催化在β-胡萝卜素和玉米黄素的β-紫罗酮环C-4位引入酮基的反应,是虾青素合成过程中的关键酶。我们利用凝胶阻滞的方法研究雨生红球藻中bkt基因309bp(-617/-309)启动子区域的转录因子结合位点并发现在-396/-338的59bp探针存在特异的核蛋白结合位点。通过序列分析,发现此59bp区域并不包含TATA或者CAAT-box,而是存在对光、缺氧、p-香豆酸及激素反应的G-box。 展开更多
关键词 凝胶阻滞 雨生红球藻 bkt 启动子 转录因子结合位点
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miRNA-21转录调控因子的生物信息学分析 被引量:2
13
作者 刘海荣 谢斌辉 黄国红 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期148-154,共7页
【目的】探讨mi RNA-21转录调控因子AP-1、STAT3、NFI1、CBP、EBP、TGF-β、BMP-6、GFI1的结构特征及其与mi RNA-21转录结合位点。【方法】利用生物信息学工具分析mi RNA-21转录调控因子的理化性质、三级结构、跨膜区、信号肽、亚细胞... 【目的】探讨mi RNA-21转录调控因子AP-1、STAT3、NFI1、CBP、EBP、TGF-β、BMP-6、GFI1的结构特征及其与mi RNA-21转录结合位点。【方法】利用生物信息学工具分析mi RNA-21转录调控因子的理化性质、三级结构、跨膜区、信号肽、亚细胞定位及预测与mi RNA-21转录结合位点。【结果】等电点分析表明STAT3等电点小于7.0,其余7个转录调控因子等电点大于7.0;脂溶指数分析显示,EBP脂溶指数大于100,为亲水性蛋白,其余7个转录调控因子脂溶指数均小于100,为疏水性蛋白;从不稳定指数分析结果可知,EBP不稳定指数小于40,为稳定蛋白,其余7个转录调控因子不稳定指数大于40,为不稳定蛋白。所有转录调控因子二级结构均由α-螺旋、无规则卷曲和扩展链结构3种形式组成;EBP有跨膜区,BMP-6有信号肽,其余均无跨膜区或信号肽。亚细胞定位分析发现BMP-6位于细胞质中,EBP则位于质膜上,其余转录调控因子位于细胞核中;所有转录调控因子三级结构呈现发夹型结构,并预测出6个转录调控因子与mi RNA-21转录结合位点。【结论】mi RNA-21转录调控因子呈现多样性特征,拥有典型的发夹型结构特征,可能有助于对mi RNA-21转录表达调控,研究结果将有助于开展研究基于mi RNA-21的癌症治疗及其相关治疗药物的筛选。 展开更多
关键词 MIRNA-21 转录调控因子 生物信息学分析 结合位点
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植物MYB蛋白与其靶定DNA结合位点之间的相互作用 被引量:1
14
作者 李曼 赵芊 +2 位作者 刘方 李浩 宋水山 《生物学杂志》 CAS CSCD 2013年第4期58-62,共5页
MYB转录因子是植物转录因子中最大的家族之一,在植物生长发育和对环境胁迫的应激反应中发挥重要作用。MYB蛋白通过识别和结合特定的DNA序列调控靶基因的表达,进而发挥其多样性的作用。近几十年来,MYB蛋白与其靶定DNA结合位点之间的相互... MYB转录因子是植物转录因子中最大的家族之一,在植物生长发育和对环境胁迫的应激反应中发挥重要作用。MYB蛋白通过识别和结合特定的DNA序列调控靶基因的表达,进而发挥其多样性的作用。近几十年来,MYB蛋白与其靶定DNA结合位点之间的相互作用研究取得了很大的进展。主要综述了植物MYB蛋白与DNA的结合特性及其DNA结合位点的序列特异性,并对检测蛋白质与DNA之间相互作用的新兴技术做了简要阐述。 展开更多
关键词 转录因子 DNA结合位点 转录调控 MYB蛋白
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牛Gtl2基因cDNA序列分析及启动子预测 被引量:2
15
作者 苏红 侯晓慧 李世杰 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期75-80,共6页
利用RT-PCR和RACE方法,克隆得到了牛Gtl2基因cDNA全序列,生物信息学分析表明:该序列有8个外显子,含有一个最长645 bp的开放读码框,但没有发现与Kozak规则相匹配的翻译起始序列。Gtl2基因在物种间具有保守性,尤其是第1个外显子表现出了... 利用RT-PCR和RACE方法,克隆得到了牛Gtl2基因cDNA全序列,生物信息学分析表明:该序列有8个外显子,含有一个最长645 bp的开放读码框,但没有发现与Kozak规则相匹配的翻译起始序列。Gtl2基因在物种间具有保守性,尤其是第1个外显子表现出了较强的保守性。基因进化树分析表明,牛Gtl2基因与绵羊Gtl2基因的亲缘关系最近。使用启动子预测,在线软件对牛Gtl2基因的5′侧翼序列进行分析,得出了潜在的启动子区域,这些区域含有TATA,CAAT框和GC框,并存在一些转录因子结合位点,而且在5′侧翼区域发现有3个CpG岛。转录因子结合位点和CpG岛可能与牛Gtl2基因的转录及其表达调控有关。 展开更多
关键词 牛Gtl2基因 生物信息学分析 启动子 转录因子结合位点
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利用转录因子结合位点识别人类肿瘤特异性启动子研究 被引量:1
16
作者 王琦 李伟鹏 +1 位作者 黄仲曦 杨琳 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2004年第11期1323-1325,共3页
目的研究应用计算机技术对人类肿瘤特异性启动子进行识别、预测。方法通过收集肿瘤特异性启动子序列、转录因子结合位点序列、非肿瘤启动子序列3种数据集合,利用转录因子结合位点在不同序列集合中的密度求出各位点的对应密度比,确定识... 目的研究应用计算机技术对人类肿瘤特异性启动子进行识别、预测。方法通过收集肿瘤特异性启动子序列、转录因子结合位点序列、非肿瘤启动子序列3种数据集合,利用转录因子结合位点在不同序列集合中的密度求出各位点的对应密度比,确定识别特征,进行肿瘤特异性启动子的识别。结论该方法具有较高的准确性,在保证对训练集合90%以上的识别率的情况下,对测试集合的识别率达到80%以上。 展开更多
关键词 转录因子结合位点 肿瘤 特异性启动子 真核基因
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转录因子结合位点识别算法的研究 被引量:1
17
作者 王峻 郭茂祖 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第B12期83-89,共7页
转录因子结合位点的识别是生物信息学中的一个重要领域.本文从计算机等信息科学的角度,对转录因子结合位点的识别方法进行了综合分析,包括该问题的生物学意义、主要算法思想以及每种算法的优缺点.使用TRANSFAC数据库中几组样例对具... 转录因子结合位点的识别是生物信息学中的一个重要领域.本文从计算机等信息科学的角度,对转录因子结合位点的识别方法进行了综合分析,包括该问题的生物学意义、主要算法思想以及每种算法的优缺点.使用TRANSFAC数据库中几组样例对具有代表性的6种主要软件进行测试,对其结果进行了详细地比较分析.最后,在总结分析现有算法的基础上探讨了该领域进一步的研究方向. 展开更多
关键词 转录因子结合位点 模体 基于字串 期望最大化(EM)算法 吉布斯采样
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N-甲基-N’-硝基-N-亚硝基胍诱导共表达的蛋白基因启动子区的转录因子结合部位分析 被引量:2
18
作者 刘天婵 余应年 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第11期1953-1960,共8页
目的 :分析甲基硝基亚硝基胍 (MNNG)诱导的共表达蛋白的编码基因启动子区的转录因子结合部位。方法 :用进化足迹法 ,结合转录因子数据库的搜索 ,预测共表达蛋白编码基因启动子区共有的转录因子结合部位。凝胶阻滞试验验证对于预测出的... 目的 :分析甲基硝基亚硝基胍 (MNNG)诱导的共表达蛋白的编码基因启动子区的转录因子结合部位。方法 :用进化足迹法 ,结合转录因子数据库的搜索 ,预测共表达蛋白编码基因启动子区共有的转录因子结合部位。凝胶阻滞试验验证对于预测出的转录因子结合部位 ,在MNNG处理细胞中是否确实有相关转录因子的反应。结果 :预测出 11个共同存在于这些蛋白编码基因启动子区的转录因子结合部位 ,其中除已知转录因子激活蛋白 1(activatorprotein 1,AP1)在MNNG处理后被激活外 ,用凝胶阻滞试验又发现在MNNG处理细胞的核提取液中有 2个转录因子—核因子Y(nuclearfactor,NFY)和GATA结合因子 (GATAbindingfactor,GATA)的活性升高。结论 :进化足迹法可以有效地降低转录因子结合部位预测结果中的假阳性率。NFY和GATA转录因子结合部位可能参与对MNNG诱导的共表达蛋白的共调控。 展开更多
关键词 进化足迹法 转录因子结合部位 凝胶阻滞试验 甲基硝基亚硝基胍
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非编码DNA序列的功能及其鉴定 被引量:5
19
作者 秦丹 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1253-1264,共12页
非编码DNA序列是指基因组中不编码蛋白质的DNA序列。这些序列可以结合调节因子、转录为功能性RNA、单独或协同地调节生理活动和病理过程。文章围绕基因表达调控作用,总结了近几年非编码DNA序列的研究成果,对其结构、功能和可能的作用机... 非编码DNA序列是指基因组中不编码蛋白质的DNA序列。这些序列可以结合调节因子、转录为功能性RNA、单独或协同地调节生理活动和病理过程。文章围绕基因表达调控作用,总结了近几年非编码DNA序列的研究成果,对其结构、功能和可能的作用机制进行了初步阐述,介绍了目前鉴定非编码DNA序列中功能元件的计算方法和实验技术,并对非编码DNA未来的研究进行了展望。 展开更多
关键词 非编码DNA序列 基因表达调控 功能元件 转录因子结合位点 非编码RNA 表观遗传学
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鸡NLRC5启动子区转录调控序列的初步研究
20
作者 张莘 郭晓敏 +6 位作者 常国斌 朱鹏飞 徐璐 仇玲玲 张扬 徐琪 陈国宏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期395-400,共6页
为了探讨NLRC5启动子的潜在调控机制,将NLRC5基因启动子系列缺失片段插入到pGL3-basic载体,构建重组质粒,并转染DF1细胞系。通过双荧光素酶实验寻找核心调控区,然后用目标捕获测序检测27个鸡品种的NLRC5核心启动子区的SNPs,并利用TRANSF... 为了探讨NLRC5启动子的潜在调控机制,将NLRC5基因启动子系列缺失片段插入到pGL3-basic载体,构建重组质粒,并转染DF1细胞系。通过双荧光素酶实验寻找核心调控区,然后用目标捕获测序检测27个鸡品种的NLRC5核心启动子区的SNPs,并利用TRANSFAC,JASPAR和Meth Primer预测该区域的转录因子结合位点和CpG岛。结果显示,NLRC5启动子有2个核心区域,分别是1—617和1448—2108。第一个核心区域内存在3个SNPs,其中SNP1影响转录因子Hic1的结合序列,但SNPs对CpG岛不产生影响,表明NLRC5基因的启动子区的调控可能受不同因素的影响,但SNPs并不在甲基化的水平上影响启动子的活性。 展开更多
关键词 NLRC5启动子 SNPS 转录因子结合位点 CPG岛
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