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T-RFLP快速鉴定生鲜肉中牛羊成分的研究 被引量:7
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作者 田金辉 李宝明 +2 位作者 尉婷媛 周占琴 武会娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第3期84-86,共3页
试验旨在建立快速检测生鲜肉中牛、羊成分的定性分析方法。通过T-RFLP法,上游引物的5′端用6-FAM进行荧光标记,下游引物5′端用ROX进行荧光标记,PCR结束后选择限制性内切酶HinfⅠ、BlnⅠ进行酶切消化,在测序仪上通过毛细管电泳即可检测... 试验旨在建立快速检测生鲜肉中牛、羊成分的定性分析方法。通过T-RFLP法,上游引物的5′端用6-FAM进行荧光标记,下游引物5′端用ROX进行荧光标记,PCR结束后选择限制性内切酶HinfⅠ、BlnⅠ进行酶切消化,在测序仪上通过毛细管电泳即可检测荧光标记的两个末端的限制性片段。利用不同物种产生的不同峰谱达到对物种快速定性的目的。该法能够对生鲜肉中牛、羊肉进行定性鉴定分析,不同物种产生不同峰谱,限制性内切酶HinfⅠ酶切牛肉样品所产生的限制性末端片段长度为46和373 bp,限制性内切酶BlnⅠ酶切羊肉样品所产生的限制性末端片段长度为203和515 bp。 展开更多
关键词 COⅠ PCR 末端限制性片段长度多态性
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基于T-RFLP和因子分析的香蒲根际细菌群落研究 被引量:7
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作者 马栋山 熊薇 +3 位作者 张琼琼 郭羿宏 赵文吉 郭逍宇 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第10期2684-2691,共8页
以北京市永定河王平湿地为研究对象,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)对王平湿地再生水补水口及其远离补水口的香蒲根际细菌和氨氧化细菌(AOB)的群落结构及多样性变化进行分析,在此基础上结合MiCA3比对、典范对应分析(CCA)和多元... 以北京市永定河王平湿地为研究对象,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)对王平湿地再生水补水口及其远离补水口的香蒲根际细菌和氨氧化细菌(AOB)的群落结构及多样性变化进行分析,在此基础上结合MiCA3比对、典范对应分析(CCA)和多元统计中因子分析(FA),解析湿地不同空间细菌群落功能特性的变化.结果显示再生水补水口细菌群落各多样性指数均明显低于远离补水口细菌群落,而氨氧化细菌群落则呈现相反趋势.基于传统的T-RFLP片段MiCA3比对、CCA和FA相结合的分析表明:对细菌群落,占再生水补水口细菌群落总丰度55.6%的菌群与150bp代表的鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas sp.)具相似净化功能,并与总有机碳生物化学循环过程具密切关系,其次占再生水补水口上游细菌群落总丰度75.5%的菌群与81bp为代表的假单胞菌属(Pseudomonas sp.)和Geitlerinema sp.具相似净化功能,并与氮的生物化学循环过程具密切关系.占再生水补水口下游细菌群落总丰度68.7%的菌群与138bp代表的小单孢菌属(Micromonospora sp.)具相似净化功能,同时与重金属Cu、V、和Ti生物化学循环具密切关系.对氨氧化细菌,266bp受铵态氮影响较大,占再生水补水口氨氧化细菌群落总丰度65.5%的菌群与266bp代表的Nitrosomonas sp.具相似的生境特征,适合在高氨环境中生长;与58bp所代表的Nitrosospira sp.具相似功能特性菌群丰度在远离补水口样点中较前者呈现显著增加趋势,表征该类菌群适合在相对低氨环境中生长. 展开更多
关键词 因子分析(FA) 末端限制性片段长度多态性(t-rflp)技术 再生水 根际细菌
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T-RFLP技术在厌氧氨氧化菌群结构分析中的应用 被引量:4
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作者 储昭瑞 李相昆 +1 位作者 孟令威 张杰 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第2期26-30,共5页
为实现对样品中厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析,提出一种基于末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)分析环境样品中厌氧氨氧化菌群结构的方法.通过对SILVA(R108)SSU Ref数据库中已知厌氧氨氧化菌16S rD-NA序列的模拟PCR和酶切分析,选... 为实现对样品中厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析,提出一种基于末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)分析环境样品中厌氧氨氧化菌群结构的方法.通过对SILVA(R108)SSU Ref数据库中已知厌氧氨氧化菌16S rD-NA序列的模拟PCR和酶切分析,选取合适的PCR引物(Amx368f-Amx820r)和限制性内切酶(MspI和RsaI),使得不同厌氧氨氧化菌属对应不同末端片段长度(T-RFs),从而完成对厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析.重复性和灵敏性检验结果表明,该方法能够有效、稳定地应用于环境样品中厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析. 展开更多
关键词 厌氧氨氧化 末端限制性片段长度多态性技术 菌群结构分析 模拟聚合酶链式反应 环境样品
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南京玄武湖浮游细菌群落结构的季节变化及其与环境因子的关系 被引量:25
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作者 沈烽 赵大勇 +5 位作者 黄睿 王司辰 曹新益 徐慧敏 曾巾 余钟波 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第3期662-669,共8页
应用16S rRNA基因末端限制性片段长度多态性技术和多元统计方法,探究了南京玄武湖浮游细菌群落结构的季节性变化,并找出了浮游细菌群落组成分布的主要影响因子.结果表明,玄武湖4个季节中夏季Invsimpson指数、Shannon-Wiener指数和Pielo... 应用16S rRNA基因末端限制性片段长度多态性技术和多元统计方法,探究了南京玄武湖浮游细菌群落结构的季节性变化,并找出了浮游细菌群落组成分布的主要影响因子.结果表明,玄武湖4个季节中夏季Invsimpson指数、Shannon-Wiener指数和Pielou指数最高,而春季最低.非度量多维尺度分析结果显示浮游细菌群落结构存在着明显的季节性变化.Mantel检验、典范对应分析、变量分割分析表明影响玄武湖细菌群落结构最显著的环境因子为温度,其次为pH.营养盐浓度对玄武湖细菌群落结构的影响不显著.总的来说,本研究将有助于更好地理解富营养化水体中的浮游细菌群落组成的季节变化规律. 展开更多
关键词 浮游细菌 末端限制性片段长度多态性技术 多元统计 玄武湖
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氨胁迫对猪粪厌氧消化性能的影响 被引量:13
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作者 高文萱 张克强 +3 位作者 梁军锋 宋香育 韩冰雅 杜连柱 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1997-2003,共7页
以猪粪为原料,采用批式试验方法,研究不同氨氮添加量(0、400、800、1600、2400、3200、4000 mg·L-1)对厌氧消化产气效果的影响。结果表明:随着氨氮添加量的增加,总产气量和CH4产率均呈现先升高后降低的变化趋势,氨氮添加量≥2400 m... 以猪粪为原料,采用批式试验方法,研究不同氨氮添加量(0、400、800、1600、2400、3200、4000 mg·L-1)对厌氧消化产气效果的影响。结果表明:随着氨氮添加量的增加,总产气量和CH4产率均呈现先升高后降低的变化趋势,氨氮添加量≥2400 mg·L-1时,厌氧消化过程受到显著抑制;不同处理中猪粪挥发性固体(VS)的CH4产率分别为328.5、338.1、323.2、304.9、276.2、124.9、56.1 m L·g-1。氨氮添加量为0~800 mg·L-1时,最大VS产CH4速率分别为18.3、18.4、17.1 m L·g-1·d-1;氨氮添加量为2400 mg·L-1时,产气高峰推迟,产CH4速率明显降低;氨氮添加量≥400 mg·L-1时,厌氧消化30 d底物的生物转化产CH4效率随氨氮添加量的增加逐渐降低,分别为56.7%、54.5%、52.4%、30.6%、1.6%和1.3%;氨氮添加量为400~2400 mg·L-1时,乙酸利用型产甲烷菌Methanosaeta的相对丰度总体随氨氮质量浓度的增加而降低,而氢利用型产甲烷菌Methanosarcina和Methanococcus具有相反的变化规律。 展开更多
关键词 厌氧消化 氨氮 猪粪 末端限制性酶切片段长度多态性 产甲烷菌
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施肥对设施菜地氨氧化细菌群落和丰度的影响 被引量:18
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作者 王亚男 曾希柏 +4 位作者 俄胜哲 白玲玉 李莲芳 苏世鸣 沈灵凤 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期2425-2432,共8页
以甘肃武威设施菜地为对象,采用amoA基因末端限制性片段多态性分析(PCR-TRFLP)技术与实时荧光定量PCR(Real-time PCR)相结合的方法,研究了不同施肥处理下土壤中氨氧化细菌群落组成和丰度的变化。结果表明:设施菜地中氨氧化细菌的... 以甘肃武威设施菜地为对象,采用amoA基因末端限制性片段多态性分析(PCR-TRFLP)技术与实时荧光定量PCR(Real-time PCR)相结合的方法,研究了不同施肥处理下土壤中氨氧化细菌群落组成和丰度的变化。结果表明:设施菜地中氨氧化细菌的优势种群均为Nitrosospira cluster 3属,亦含有少量Nitrosomanas cluster 7属。定量PCR分析发现在当地农民习惯施肥用量一半的处理下(1/2MNPK),0~20cm和20~40cm土层中氨氧化细菌的丰度最大值分别为每克干土9.95×107、6.65×107拷贝数,比不施肥处理增加了105.0%和315.3%。施肥类型、土壤层次均是导致氨氧化细菌群落结构和丰度变化的重要因素。研究结果对进一步探讨设施栽培条件下氨氧化细菌的功能、环境适应机理及其在土壤氮素循环中的作用等,均具有较大的参考意义。 展开更多
关键词 氨氧化细菌 施肥 群落结构 t-rflp 实时荧光定量PCR
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施氮肥对华北平原土壤氨氧化细菌和古菌数量及群落结构的影响 被引量:33
7
作者 杨亚东 张明才 +3 位作者 胡君蔚 张凯 胡跃高 曾昭海 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期3636-3646,共11页
利用荧光定量PCR、末端限制性片段长度多样性(T-RFLP)和基因克隆文库技术,比较了4种施氮水平(不施氮肥,0 kg N/hm^2,CK;施低水平氮肥,75 kg N/hm^2,N1;施中水平氮肥,150 kg N/hm^2,N2;施高水平氮肥,225 kg N/hm^2,N3)下华北平原地区小... 利用荧光定量PCR、末端限制性片段长度多样性(T-RFLP)和基因克隆文库技术,比较了4种施氮水平(不施氮肥,0 kg N/hm^2,CK;施低水平氮肥,75 kg N/hm^2,N1;施中水平氮肥,150 kg N/hm^2,N2;施高水平氮肥,225 kg N/hm^2,N3)下华北平原地区小麦季表层(0—20 cm)土壤总细菌、氨氧化细菌(AOB)和氨氧化古菌(AOA)的丰度和群落结构。结果表明,土壤总细菌、AOB和AOA数量分别在每克干土5.74×10~9—7.50×10~9、8.89×10~6—2.66×10~7和3.83×10~8—7.78×10~8之间。不同施氮量土壤AOA数量均高于AOB数量,AOA/AOB值在81.72—14.38之间。增施氮肥显著显著提高AOB数量(P<0.05),对总细菌和AOA数量的影响不显著(P>0.05)。与CK相比,处理N1、N2和N3中AOB数量分别提高了0.64、1.50和1.99倍。增施氮肥显著改变了AOB和AOA的群落结构,且不同施氮量处理中AOB群落结构差异更大。系统进化分析显示,施氮肥小麦土壤AOB主要为Nitrosospira属类群,分布在Cluster 3的两个分支中;AOA分布在Cluster S的4个分支中。相关性分析显示,AOB数量与全氮和铵态氮含量呈显著正相关关系,与土壤pH和碳氮比呈显著负相关关系(P<0.05);AOA数量与硝态氮含量和土壤pH呈显著正相关关系,与铵态氮含量呈显著负相关关系(P<0.05)。研究结果表明:增施氮肥可显著改变华北平原地区碱性土壤AOB数量与群落结构,该地区小麦土壤中AOB比AOA对氮肥响应更敏感。 展开更多
关键词 氮肥 氨氧化细菌 氨氧化古菌 丰度 群落结构 末端限制性片段长度多样性
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利用12S rRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性鉴定动物种类 被引量:9
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作者 汪琦 张昕 +3 位作者 赵大贺 马海萍 陈广全 张惠媛 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期214-219,共6页
目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种... 目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种类。将线粒体12S rRNA基因通过引物的5'端用FAM荧光标记,从基因组DNA中扩增450bp的目的片段。引物对1(下游引物FAM标记,上游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶AluⅠ酶切。引物对2(上游引物FAM标记,下游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶Tru9Ⅰ酶切。得到的酶切产物分别在遗传分析仪ABI3100上进行毛细管电泳,片段大小用Peak Scanner 1.0软件分析。结果:根据AluⅠ酶切图谱能够区分鸡、马、猪和三文鱼,而鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗因酶切图谱相同无法分开。根据Tru9Ⅰ酶切图谱,能够进一步将鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗分开。同一种动物不同个体的酶切图谱完全相同,结果具有可重复性。没有出现物种内多态的现象。大多数情况下,实际得到的末端片段长度与理论值非常接近,只存在2~5bp的差异。结论:该方法操作简单、结果精确,适用于鉴定动物种类。 展开更多
关键词 限制性酶切末端片段长度多态性T—RFLP 种类鉴定 12S RRNA
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牛场肥水灌溉对土壤nirK、nirS型反硝化微生物群落结构的影响 被引量:10
9
作者 王婷 刘丽丽 +3 位作者 张克强 王风 杜会英 高文萱 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期3655-3664,共10页
以徐水县梁家营长期定位施肥试验田为研究对象,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析和克隆文库构建,研究了5种施肥处理(清水灌溉CK、无机肥灌溉CF、牛场肥水不同浓度、不同次数灌溉T4、T5和T11)下土壤中nirK、nirS型反硝化细菌群... 以徐水县梁家营长期定位施肥试验田为研究对象,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析和克隆文库构建,研究了5种施肥处理(清水灌溉CK、无机肥灌溉CF、牛场肥水不同浓度、不同次数灌溉T4、T5和T11)下土壤中nirK、nirS型反硝化细菌群落多样性及其群落结构的演变。结果表明,不同施肥处理下nirK、nirS型反硝化细菌群落多样性无显著差异,但群落结构却有明显变化:nirK型反硝化细菌群落结构既受施肥种类又受施肥量影响,优势种群尤其对施肥种类和施肥量响应显著;nirS型反硝化细菌则主要受施肥种类影响,施肥量影响微弱。牛场肥水处理和无机肥处理分别促进和抑制不同的nirS型反硝化细菌,群落主成分受无机肥促进、牛场肥水抑制。系统发育分析结果表明,土壤中nirK型反硝化细菌主要与假单胞菌属(Pseudomonas)、产碱杆菌属(Alcaligenes)和根瘤菌属(Rhizobium)的反硝化细菌具有较近的亲缘关系;nirS型反硝化细菌主要与劳尔氏菌(Ralstonia)和红长命菌属(Rubrivivax)有较近的亲缘关系。试验土壤中反硝化微生物多与目前已报道的好氧反硝化细菌亲缘关系较近,这可能与微生物分析取自表层土有关。 展开更多
关键词 NIRK nirS 反硝化细菌 牛场肥水灌溉 T—RFLP 群落多样性
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PCR-TRFLP研究托盘包装冷却猪肉冷藏过程中的菌相变化 被引量:5
10
作者 江芸 高峰 +2 位作者 徐幸莲 叶可萍 周光宏 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期565-572,共8页
应用PCR-末端限制性片段长度多态性分析(PCR-TRFLP),结合16S rRNA基因克隆文库和序列分析,研究托盘包装冷却猪肉在4℃贮藏过程中的菌相变化.结果表明:在整个贮藏过程的肉样TRFLP图谱中共产生35种谱带,表明冷却肉中微生物组成十分复杂;... 应用PCR-末端限制性片段长度多态性分析(PCR-TRFLP),结合16S rRNA基因克隆文库和序列分析,研究托盘包装冷却猪肉在4℃贮藏过程中的菌相变化.结果表明:在整个贮藏过程的肉样TRFLP图谱中共产生35种谱带,表明冷却肉中微生物组成十分复杂;对应于假单胞菌(Pseudomonas)的谱带峰在贮藏过程中变化明显,其相对峰面积由0 d的5.7%至贮藏末期达到83.4%,表明贮藏末期主要优势腐败菌为假单胞菌. 展开更多
关键词 冷却猪肉 托盘包装 菌相组成 PCR-末端限制性片段长度多态性分析
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新疆富蕴地震断裂带植被恢复对土壤古菌群落的影响 被引量:4
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作者 林青 曾军 +3 位作者 张涛 马晶 王重 娄恺 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期454-463,共10页
选取新疆富蕴地震断裂带8种次生植物根际土壤,以同土层裸地为对照,测量土壤化学性质,利用末端限制性片段长度多态性技术研究塌陷区次生植物对土壤古菌群落的影响。结果表明,多数植物根际土壤养分显著(P<0.05)高于对照,其主要古菌类... 选取新疆富蕴地震断裂带8种次生植物根际土壤,以同土层裸地为对照,测量土壤化学性质,利用末端限制性片段长度多态性技术研究塌陷区次生植物对土壤古菌群落的影响。结果表明,多数植物根际土壤养分显著(P<0.05)高于对照,其主要古菌类群为泉古菌门(Crenarchaeota)和广古菌门(Euryarchaeota),群落间多样性差异大,相似性低。不同植物根际土壤古菌的优势类群数量差异较大,鼠掌老鹳草高达18种,西北绢蒿少为2种。典范对应分析表明,土壤有机质含量对古菌优势类群分布影响最大(HhaⅠ酶切:r=0.94;RsaⅠ酶切:r=0.74),速效磷含量与古菌群落各多样性指数呈显著正相关(P<0.05),总氮含量与均匀度指数E呈显著正相关(P<0.05)。新疆地震断裂带植被的恢复可影响根际土壤古菌群落的分布、组成和结构,其原因与植物根际土壤化学性质有关,同时在改善土壤肥力方面也有显著效果。 展开更多
关键词 地震断裂带 根际微生物 末端限制性片段长度多态性
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乌鲁木齐10号泉水体细菌群落结构的动态变化及响应模式初析 被引量:3
12
作者 张强 李珊 +3 位作者 曾军 高小其 杨晓芳 娄恺 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期496-501,共6页
【目的】了解乌鲁木齐10号泉水体细菌多样性及其对水文地球化学指标的响应。【方法】利用末端限制性片段长度多态性(Terminal Restriction Fragment length polymorphism,T-RFLP),对不同日期水体细菌多样性进行分析,所获信息与水文地球... 【目的】了解乌鲁木齐10号泉水体细菌多样性及其对水文地球化学指标的响应。【方法】利用末端限制性片段长度多态性(Terminal Restriction Fragment length polymorphism,T-RFLP),对不同日期水体细菌多样性进行分析,所获信息与水文地球化学指标进行典型相关分析。【结果】通过各样品水体细菌类群的多样性指数计算和样品间相似性分析共同显示,乌鲁木齐10号泉不同日期水体细菌呈现随机性动态变化;典型相关分析(Canonical correspondence analysis,CCA)显示水体细菌群落结构与H2S、CH4、F-三项水文地球化学指标呈显著正相关,并且受多种水文地球化学指标的共同影响。【结论】乌鲁木齐10号泉水体细菌类群表现为随机性动态变化,且可对水文地球化学元素产生响应。 展开更多
关键词 泉水 t-rflp 细菌多样性 水文地球化学
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武进港浮游微生物群落研究 被引量:5
13
作者 邹莉 黄艺 谢曙光 《北京大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第3期513-518,共6页
通过T-RFLP分析和构建16S rRNA小型基因文库相结合的方法,研究了江苏省常州市武进港塘桥段微生物群落结构特点。T-RFLP分析结果表明,该群落的多样性较高,但均匀度较低。基于Ribosomal Database ProjectⅡ的分析结果表明,该处水样的浮游... 通过T-RFLP分析和构建16S rRNA小型基因文库相结合的方法,研究了江苏省常州市武进港塘桥段微生物群落结构特点。T-RFLP分析结果表明,该群落的多样性较高,但均匀度较低。基于Ribosomal Database ProjectⅡ的分析结果表明,该处水样的浮游微生物群落种类较多,还含有尚未分出门的微生物种群,而变形菌门为最优势的类群。通过与GenBank中已知序列对比(BLAST)发现,具有较高相似性的克隆数较多,但也存在很多未知种类的新细菌。此外,还探讨了一些已知属的微生物的环境意义。 展开更多
关键词 武进港 浮游微生物群落 t-rflp 克隆文库
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城市生活污水处理厂活性污泥中细菌群落结构组成研究 被引量:6
14
作者 王猛 李如刚 +5 位作者 肖毅宏 邢梦雅 雷双舟 徐佳宁 徐欣 赵大勇 《化学与生物工程》 CAS 2013年第8期28-31,共4页
为了解活性污泥中的细菌群落结构组成和多样性,选取4个不同城市(西安、乌鲁木齐、合肥、无锡)污水处理厂的活性污泥样品作为研究对象,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析了样品中细菌群落结构组成及其多样性。结果表明:4个... 为了解活性污泥中的细菌群落结构组成和多样性,选取4个不同城市(西安、乌鲁木齐、合肥、无锡)污水处理厂的活性污泥样品作为研究对象,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析了样品中细菌群落结构组成及其多样性。结果表明:4个活性污泥样品中细菌多样性的顺序为:乌鲁木齐>合肥>无锡>西安;通过对比样品中优势细菌类群(限制性片段在某样本中相对含量超过5%以上)的T-RFs与PAT数据库,发现4个活性污泥样品中的优势细菌主要属于芽孢杆菌纲、α-变形菌纲、δ-变形菌纲和γ-变形菌纲。 展开更多
关键词 活性污泥 细菌群落结构 多样性 末端限制性片段长度多态性(t-rflp)
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牛场肥水灌溉对土壤氨氧化微生物的影响 被引量:3
15
作者 王婷 刘丽丽 +5 位作者 张克强 沈仕洲 冯洁 王风 杜会英 高文萱 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1737-1746,共10页
以不同牛场肥水灌溉制度下河北省徐水县梁家营长期定位施肥试验田为研究对象,通过构建氨氧化细菌和氨氧化古菌的amo A基因克隆文库,利用T-RFLP方法研究了5种施肥处理(CK:不施肥;CF:300 kg N·hm-2,120 kg P2O·hm-2,75 kg K2O&#... 以不同牛场肥水灌溉制度下河北省徐水县梁家营长期定位施肥试验田为研究对象,通过构建氨氧化细菌和氨氧化古菌的amo A基因克隆文库,利用T-RFLP方法研究了5种施肥处理(CK:不施肥;CF:300 kg N·hm-2,120 kg P2O·hm-2,75 kg K2O·hm-2;T4:105 kg N·hm-2,39 kg P2O5·hm-2;T5:210 kg N·hm-2,78 kg P2O5·hm-2;T11:317 kg N·hm-2,117 kg P2O5·hm-2)下土壤中氨氧化细菌及氨氧化古菌的多样性及其群落结构演变。氨氧化细菌T-RFLP结果显示,T5处理土壤中氨氧化细菌的Shannon-Wiener指数(H′)和Pielou指数(E)均最高,T11处理最低,表明T5处理增加了土壤中氨氧化细菌的多样性和丰富度,T11处理一定程度上降低了氨氧化细菌的多样性和丰富度。基于amo A基因建立的系统进化树显示,土壤中氨氧化细菌主要属于Nitrosospira和Nitrosomanas。氨氧化古菌T-RFLP结果显示,T11处理氨氧化古菌Shannon-Wiener指数(H′)、Simpson指数(Ds)和Pielou指数(E)均最高,表明T11处理增加了土壤中氨氧化古菌的多样性和丰富度。氨氧化古菌的系统发育树显示大部分氨氧化古菌amo A序列与Cluster S聚为一类,且占主导地位,少数序列为Unclassified-Archaea(未分类古菌)。最大优势菌与来自中国荷斯坦奶牛瘤胃样品的氨氧化古菌Clone属于同种,推测牛场肥水灌溉增加了土壤的氨氧化古菌的群落多样性。 展开更多
关键词 氨氧化细菌 氨氧化古菌 牛场肥水 群落结构 t-rflp
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牛场肥水灌溉对土壤反硝化细菌nosZ基因组成结构和多样性研究 被引量:2
16
作者 王婷 刘丽丽 高文萱 《天津农业科学》 CAS 2016年第3期11-16,共6页
以河北省徐水县长期定位施肥试验田为研究对象,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析和克隆文库构建,研究了5种施肥处理(清水灌溉CK、无机肥灌溉CF、不同牛场肥水灌溉T4、T5和T11)下土壤中nos Z型反硝化细菌群落多样性及其群落结... 以河北省徐水县长期定位施肥试验田为研究对象,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析和克隆文库构建,研究了5种施肥处理(清水灌溉CK、无机肥灌溉CF、不同牛场肥水灌溉T4、T5和T11)下土壤中nos Z型反硝化细菌群落多样性及其群落结构演变。结果表明,不同施肥处理下nos Z型反硝化细菌群落多样性无显著性差异,施肥条件对nos Z型反硝化细菌的群落结构无明显影响,说明本试验土壤中nos Z型反硝化细菌对施肥不敏感,群落稳定。系统发育分析结果表明,nos Z型反硝化细菌主要与假单胞菌属(Pseudomonas)具有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 NOSZ 反硝化细菌 牛场肥水灌溉 T—RFLP 群落多样性
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分子生态学方法对油藏细菌群落结构分析的比较 被引量:1
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作者 伊丽娜 马原栋 +2 位作者 崔庆锋 俞理 郑文涛 《科学技术与工程》 北大核心 2014年第21期46-51,共6页
目前对油藏细菌群落结构分析方法繁多,为得到准确全面的群落分析结果,必须选取合适的方法。群落分析方法的优劣进行比较分析,选取从新疆陆梁油田注水井筛出的11株单菌,测定其16srDNA序列,制成包含7个菌属、9个菌种的混合菌液。应用基于... 目前对油藏细菌群落结构分析方法繁多,为得到准确全面的群落分析结果,必须选取合适的方法。群落分析方法的优劣进行比较分析,选取从新疆陆梁油田注水井筛出的11株单菌,测定其16srDNA序列,制成包含7个菌属、9个菌种的混合菌液。应用基于PCR扩增的三种分子生态技术DGGE、T-RFLP、建立16SrDNA文库比较和分析了混合菌液细菌多样性。使用PCR-DGGE方法时发现,DGGE方法可灵敏地检测到序列1 bp的变化,能将不同菌株分开,但该方法经过切胶测序后的的目标序列较短,信息量不大且有时有一定误差,较适合用于定性对比;而用于菌群结构的分析时应结合其他方法。T-RFLP法可区分大部分菌属,但数据库不够完整,不能确定细菌群落组成;因此也不适合单独用在细菌群落检测中,可用作多个样品种群多样性的对比或结合其他方法对样品进行系统透彻解析。建立16srDNA克隆文库法成功鉴定到7个菌属8个菌种16SrDNA序列,更适用于油藏细菌群落结构的分析。 展开更多
关键词 油藏 细菌群落结构 分子生物学 16SrDNA基因 变性梯度凝胶电泳(DGGE) 克隆文库t-rflp
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转Bt基因棉花根际细菌与古菌群落结构分析 被引量:7
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作者 唐黎 张永军 吴晓磊 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期717-726,共10页
在一年内棉花的四个生长时期(苗期,蕾期,花铃期,吐絮期)分别采集转Bt基因抗虫棉GK12和非转基因亲本棉花泗棉3号根际土壤,以及未种植棉花的背景土壤,利用末端标记限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析技术,分析三种土壤中细菌和古菌的16S r... 在一年内棉花的四个生长时期(苗期,蕾期,花铃期,吐絮期)分别采集转Bt基因抗虫棉GK12和非转基因亲本棉花泗棉3号根际土壤,以及未种植棉花的背景土壤,利用末端标记限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析技术,分析三种土壤中细菌和古菌的16S rRNA基因片段多态性,结合克隆文库建立和测序,研究了土壤中细菌和古菌群落结构的变化。结果表明:在棉花生长的各个时期,背景土壤中细菌群落结构发生了明显的变化,生物多样性指数明显降低,古菌群落结构也有一定的变化,说明季节性变化对土壤中微生物群落产生了明显的影响。与背景土壤相比,棉花种植后根际土壤中细菌和古菌群落发生显著的变化。转基因棉花与非转基因棉花相比,根际土壤细菌和古菌的种类和种群大小的分布也发生了明显的改变。克隆文库和测序结果表明土壤中主体微生物为目前未培养的、功能特性未知的细菌和古菌,转基因棉花种植对这些细菌和古菌影响的原因、环境危害和生态风险目前尚不清楚。与古菌群落相比,棉花种植对细菌群落结构的影响较小。 展开更多
关键词 转基因棉花 微生物群落 末端标记限制性片段长度多态性(t-rflp) 生物安全
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城镇污水处理厂A^2O工艺细菌群落结构特征分析 被引量:4
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作者 刘珂 肖慧慧 +2 位作者 段明君 许楠 陈倩 《广西大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期1018-1026,共9页
为了研究细菌群落结构与处理工艺及入水指标的关系,找出影响污水厂细菌群落结构的关键因素,应用限制性片段长度多态性技术(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)分析比较了我国南方5个污水处理厂的5套厌氧-缺氧-... 为了研究细菌群落结构与处理工艺及入水指标的关系,找出影响污水厂细菌群落结构的关键因素,应用限制性片段长度多态性技术(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)分析比较了我国南方5个污水处理厂的5套厌氧-缺氧-好氧(anaerobic-anoxic-oxic,A2 O)污水处理系统好氧单元的污泥细菌多样性,并结合污水处理系统的工艺特点以及入水水质指标的差异,采用聚类分析法和典范对应分析法(CCA)研究了不同环境因素对细菌群落结构特征的影响。为了便于比较,还选择其中一个污水处理厂采用吸附-生物降解(adsorption biodegradation,AB)处理系统进行了类似研究。结果表明,污水处理工艺对污泥细菌群落结构及其群落多样性的影响显著,但好氧段共同片段58、93、203、205 bp所代表的细菌存在于全部污水处理系统中,可能属于变形菌(Proteobacteria)、拟杆菌(Bacteroidetes)、厚壁菌(Firmicutes)和放线菌(Actinobacteria)等类别。对于给定的处理工艺(A2O),其入水水质(如生化需氧量、流量等)及其环境因子(如水温、溶解氧、污泥浓度等)对细菌群落结构有较为显著的影响。 展开更多
关键词 细菌群落结构 污水处理系统 t-rflp 处理工艺 影响因素
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再生水补水对河道底泥细菌群落结构的影响 被引量:10
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作者 马栋山 郭羿宏 +1 位作者 张琼琼 郭逍宇 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第20期6742-6749,共8页
以北京市永定河麻峪湿地再生水补水口附近河道底泥为研究对象,应用末端限制性片段长度多态性(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism,T-RFLP)技术探究再生水补水口附近底泥细菌群落结构的空间差异特征以及环境因子所产生... 以北京市永定河麻峪湿地再生水补水口附近河道底泥为研究对象,应用末端限制性片段长度多态性(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism,T-RFLP)技术探究再生水补水口附近底泥细菌群落结构的空间差异特征以及环境因子所产生的影响,并借助典范对应分析(Canonical Correspondence Analysis,CCA)方法分析麻峪湿地底泥细菌群落结构空间差异特征的形成原因。分析结果表明:河道底泥微生物群落对再生水的净化主要发生在距补水口1200m的范围内,随着再生水与上游来水径向混合净化渐变过程,在补水口2000m处河道底泥微生物群落结构与河道再生水补水口上游趋于相似。基于样点聚类结果的群落结构多样性分析表明随着再生水净化过程的实现微生物综合多样性指数呈现下降的趋势,从均匀度指数的变化趋势看,再生水补水口具有最高均匀度指数,补水口下游1200米处由于非优势菌群所占相对丰度最低以及偶见菌群缺失,导致群落结构比较单一、群落多样性和均匀度指数都最低。CCA方面分析结果表明再生水补水口上游细菌群落与因累积效应形成的重金属有密切关系,补水口出口底泥细菌群落则主要受到总磷和总有机碳的影响较大,而再生水补水与上游来水汇水径向渐变过程可能与氨氮净化具密切关系。研究区的主要优势菌种为假单胞菌属、贪食菌属和芽孢杆菌属,是与再生水中有机碳、氮降解具有密切关系的菌属。 展开更多
关键词 再生水 细菌群落多样性 末端限制性片段长度多态性分析 典范对应分析!
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