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土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取
被引量:
72
1
作者
赵勇
周志华
+3 位作者
李武
刘彬彬
潘迎捷
赵立平
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第5期854-860,共7页
建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限...
建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。
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关键词
土壤DNA提取
DNA质量
PCR扩增
限制性片段长度多态性分析
温度梯度凝胶电泳分析
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职称材料
低温厌氧氨氧化生物滤池群落结构分析
被引量:
7
2
作者
曾涛涛
李冬
+3 位作者
邱文新
曾辉平
刘涛
张杰
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012年第6期6-10,共5页
为了解低温(15.0~16.5℃)稳定运行的厌氧氨氧化生物滤池微生物特征,利用扫描电镜(SEM)、变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)和克隆测序等方法,对低温稳定运行的两个上流式厌氧氨氧化生物滤池进行微生物群落结构分析.SEM结果显示,陶粒填料反应...
为了解低温(15.0~16.5℃)稳定运行的厌氧氨氧化生物滤池微生物特征,利用扫描电镜(SEM)、变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)和克隆测序等方法,对低温稳定运行的两个上流式厌氧氨氧化生物滤池进行微生物群落结构分析.SEM结果显示,陶粒填料反应器(B1)内丝状菌较多,球形细菌分布密度较低,而火山岩填料反应器(B2)没有发现丝状菌,球形细菌分布密集.DGGE结果表明,B1与B2反应器微生物种类有所差别,种群相似性为68.1%,B2反应器内细菌丰度更高,但两反应器内厌氧氨氧化细菌种类相同.通过细菌及ANAMMOX菌16S rRNA克隆测序,鉴定反应器内厌氧氨氧化细菌为Candidatus Kueneniastuttgartiensis.采用火山岩填料生物滤池反应器形式,并富集Candidatus Kuenenia stuttgartiensis,有助于厌氧氨氧化工艺在较低温度(15.0~16.5℃)条件下稳定运行和推广应用.
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关键词
厌氧氨氧化
变性梯度凝胶电泳
生物滤池
低温
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职称材料
分子生物学技术在产甲烷古菌研究中的应用
被引量:
13
3
作者
王刘阳
尹小波
胡国全
《中国沼气》
2008年第1期19-24,共6页
鉴于产甲烷古菌在环境和能源两大方面的特殊作用,对它的研究一直是微生物学研究的焦点之一。现代分子生物学技术的发展与应用,进一步推动了对产甲烷古菌的研究。本文将综述产甲烷古菌基因克隆研究进展以及几项有代表性的分子生物学技术...
鉴于产甲烷古菌在环境和能源两大方面的特殊作用,对它的研究一直是微生物学研究的焦点之一。现代分子生物学技术的发展与应用,进一步推动了对产甲烷古菌的研究。本文将综述产甲烷古菌基因克隆研究进展以及几项有代表性的分子生物学技术在产甲烷古菌研究中的应用。
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关键词
产甲烷古菌
基因克隆
DGGE
tgge
FISH
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职称材料
发酵肉制品菌群的非培养鉴定技术研究进展
被引量:
4
4
作者
王稳航
徐倩倩
+1 位作者
滕安国
刘安军
《肉类研究》
2014年第9期17-21,共5页
随着分子生物学技术的快速发展,以聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)为基础的非培养鉴定技术在发酵肉制品菌群鉴定中得到越来越广泛的应用。其方法主要有种特异性PCR、聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳等。与传统的分离培养鉴...
随着分子生物学技术的快速发展,以聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)为基础的非培养鉴定技术在发酵肉制品菌群鉴定中得到越来越广泛的应用。其方法主要有种特异性PCR、聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳等。与传统的分离培养鉴定方法相比,非培养方法具有直接、快速、准确、实时等优点,但同时也存在一些缺点,如样品复杂程度、DNA(RNA)提取条件、PCR反应过程的差异等均可影响鉴定结果。非培养鉴定技术与传统微生物鉴定技术相结合,能够对发酵肉制品菌群多态性和动态变化做出准确的鉴定。
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关键词
发酵肉制品
菌群
非培养方法
种特异性聚合酶链反应
聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳
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职称材料
题名
土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取
被引量:
72
1
作者
赵勇
周志华
李武
刘彬彬
潘迎捷
赵立平
机构
南京农业大学微生物学系
上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室
上海水产大学食品科学学院
出处
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第5期854-860,共7页
基金
国家863计划(2001AA214131)
上海市农委资助项目(2002-4-4-2
2003-15-2)
文摘
建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。
关键词
土壤DNA提取
DNA质量
PCR扩增
限制性片段长度多态性分析
温度梯度凝胶电泳分析
Keywords
soil DNA extraction
DNA quality
PCR amplification
restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis
temperature
gradient
gel
electrophoresis
(tgge
) analysis
分类号
S151.9 [农业科学—土壤学]
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职称材料
题名
低温厌氧氨氧化生物滤池群落结构分析
被引量:
7
2
作者
曾涛涛
李冬
邱文新
曾辉平
刘涛
张杰
机构
哈尔滨工业大学城市水资源与水环境国家重点实验室
北京工业大学水质科学与水环境恢复工程北京市重点实验室
出处
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012年第6期6-10,共5页
基金
教育部跨世纪优秀人才支持计划(NCET-10-0008)
城市水资源与水环境国这有重点实验室开放基金(QAK201005)
国家重大科技专项水专项(2012ZX07202-005)
文摘
为了解低温(15.0~16.5℃)稳定运行的厌氧氨氧化生物滤池微生物特征,利用扫描电镜(SEM)、变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)和克隆测序等方法,对低温稳定运行的两个上流式厌氧氨氧化生物滤池进行微生物群落结构分析.SEM结果显示,陶粒填料反应器(B1)内丝状菌较多,球形细菌分布密度较低,而火山岩填料反应器(B2)没有发现丝状菌,球形细菌分布密集.DGGE结果表明,B1与B2反应器微生物种类有所差别,种群相似性为68.1%,B2反应器内细菌丰度更高,但两反应器内厌氧氨氧化细菌种类相同.通过细菌及ANAMMOX菌16S rRNA克隆测序,鉴定反应器内厌氧氨氧化细菌为Candidatus Kueneniastuttgartiensis.采用火山岩填料生物滤池反应器形式,并富集Candidatus Kuenenia stuttgartiensis,有助于厌氧氨氧化工艺在较低温度(15.0~16.5℃)条件下稳定运行和推广应用.
关键词
厌氧氨氧化
变性梯度凝胶电泳
生物滤池
低温
Keywords
anaerobic ammonium oxidation
denaturing
gradient
gel
electrophoresis(
DGGE)
biofilter
low
temperature
分类号
X172 [环境科学与工程—环境科学]
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职称材料
题名
分子生物学技术在产甲烷古菌研究中的应用
被引量:
13
3
作者
王刘阳
尹小波
胡国全
机构
农业部沼气科学研究所
出处
《中国沼气》
2008年第1期19-24,共6页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)(2006AA10Z420)
四川省科技攻关项目(2006207-004-02)
+1 种基金
四川省应用基础研究课题(04JY029-03)
西藏自治区重点科技招标项目
文摘
鉴于产甲烷古菌在环境和能源两大方面的特殊作用,对它的研究一直是微生物学研究的焦点之一。现代分子生物学技术的发展与应用,进一步推动了对产甲烷古菌的研究。本文将综述产甲烷古菌基因克隆研究进展以及几项有代表性的分子生物学技术在产甲烷古菌研究中的应用。
关键词
产甲烷古菌
基因克隆
DGGE
tgge
FISH
Keywords
Methanoarchaea
gene cloning
denaturing
gradient
gel
electrophoresis
(DGGE)
temperature gradient gel electrophoresis(tgge)
florescence in situ hybridization(FISH)
分类号
Q939.9 [生物学—微生物学]
S216.4 [农业科学—农业机械化工程]
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职称材料
题名
发酵肉制品菌群的非培养鉴定技术研究进展
被引量:
4
4
作者
王稳航
徐倩倩
滕安国
刘安军
机构
天津科技大学食品工程与生物技术学院
出处
《肉类研究》
2014年第9期17-21,共5页
基金
天津市科技支撑计划重点项目(08ZCKFNCOO600)
天津科技大学引进人才科研启动基金项目(20070450)
文摘
随着分子生物学技术的快速发展,以聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)为基础的非培养鉴定技术在发酵肉制品菌群鉴定中得到越来越广泛的应用。其方法主要有种特异性PCR、聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳等。与传统的分离培养鉴定方法相比,非培养方法具有直接、快速、准确、实时等优点,但同时也存在一些缺点,如样品复杂程度、DNA(RNA)提取条件、PCR反应过程的差异等均可影响鉴定结果。非培养鉴定技术与传统微生物鉴定技术相结合,能够对发酵肉制品菌群多态性和动态变化做出准确的鉴定。
关键词
发酵肉制品
菌群
非培养方法
种特异性聚合酶链反应
聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳
Keywords
fermented meat
microorganisms
culture independent methods
species specific polymerase chain reaction (SS-PCR)
polymerase chain reaction-denatured
gradient
gel
electrophoresis
/
temperature
gradient
gel
electrophoresis
(PCR-DGGE/
tgge)
分类号
TS251.7 [轻工技术与工程—农产品加工及贮藏工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取
赵勇
周志华
李武
刘彬彬
潘迎捷
赵立平
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005
72
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
低温厌氧氨氧化生物滤池群落结构分析
曾涛涛
李冬
邱文新
曾辉平
刘涛
张杰
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
分子生物学技术在产甲烷古菌研究中的应用
王刘阳
尹小波
胡国全
《中国沼气》
2008
13
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
发酵肉制品菌群的非培养鉴定技术研究进展
王稳航
徐倩倩
滕安国
刘安军
《肉类研究》
2014
4
在线阅读
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职称材料
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