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黄瓜基于扩增子测序的TILLING技术体系的建立
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作者 厉彦钢 王怡 +1 位作者 张孟茹 娄群峰 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期2305-2311,共7页
定向诱导基因组局部突变(TILLING)技术能够对突变群体中的点突变进行快速筛选,而样品混池深度是影响其效率的主要因素。为提高TILLING的突变检测效率,本研究以甲基磺酸乙酯(EMS)诱变群体构建的突变体库为基础,对其中部分M2代植株进行突... 定向诱导基因组局部突变(TILLING)技术能够对突变群体中的点突变进行快速筛选,而样品混池深度是影响其效率的主要因素。为提高TILLING的突变检测效率,本研究以甲基磺酸乙酯(EMS)诱变群体构建的突变体库为基础,对其中部分M2代植株进行突变性状观察,结果表明表型突变率为10.80%。同时利用已知矮化突变体与野生型进行混池,分别构建96、192、288、384四个不同深度的测序池,使用GATK软件进行突变检测,为对假阳性位点进行有效过滤,候选突变位点分别根据突变类型及归一化深度作为阈值两次进行过滤。结果表明,96~288倍的混池深度均能稳定检出预设的已知突变位点,并与Sanger测序结果相一致。与前人相比,本研究通过优化混池深度与过滤阈值,实现了更高混池深度的突变检测,并在黄瓜中建立了基于扩增子测序的TILLING技术体系,可实现更高通量地对大规模突变群体进行目标突变的鉴定。 展开更多
关键词 黄瓜 扩增子测序 TILLinG 生物信息学 突变检测
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琼脂糖凝胶电泳在水稻EcoTILLING技术中的应用 被引量:6
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作者 张志刚 谢勇 +3 位作者 李成云 陆春明 王云月 朱有勇 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期527-532,共6页
为构建低成本的基于琼脂糖凝胶电泳的EcoTILLING技术体系,用于水稻及其他生物自然群体变异的检测,对基于琼脂糖凝胶的EcoTILLING技术进行了优化。结果表明,从芹菜中提取的CELⅠ核酸酶粗提物结合琼脂糖凝胶电泳检测技术,可以成功地检测... 为构建低成本的基于琼脂糖凝胶电泳的EcoTILLING技术体系,用于水稻及其他生物自然群体变异的检测,对基于琼脂糖凝胶的EcoTILLING技术进行了优化。结果表明,从芹菜中提取的CELⅠ核酸酶粗提物结合琼脂糖凝胶电泳检测技术,可以成功地检测到目的基因位点的突变。利用该技术,在云南地方水稻品种大吊糯中检测到2个SNPs。 展开更多
关键词 定向诱导基因组局部突变 琼脂糖电泳 CEL I核酸酶 突变检测 单核苷酸多戊性
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用于水稻突变体大量筛选的DNA微量快速提取法 被引量:20
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作者 邱福林 王和和 +4 位作者 陈洁 庄杰云 Hei LEUNG 程式华 吴建利 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期329-332,共4页
介绍了一种高通量水稻DNA微量快速抽提法。该方法特别适用于精细作图群体和大型突变体库的筛选鉴定,不仅通量大、速度快,而且可以确保足够的DNA浓度和纯度。DNA质量可以确保一般的PCR扩增,包括SSR检测以及应用于TILLING(targetinginduce... 介绍了一种高通量水稻DNA微量快速抽提法。该方法特别适用于精细作图群体和大型突变体库的筛选鉴定,不仅通量大、速度快,而且可以确保足够的DNA浓度和纯度。DNA质量可以确保一般的PCR扩增,包括SSR检测以及应用于TILLING(targetinginducedlocal lesionin genome)分析。 展开更多
关键词 水稻 点突变检测(TILLinG) DNA提取 聚合酶链式反应
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一种用于水稻点突变检测的PCR引物设计方法 被引量:1
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作者 邱福林 邵国军 +2 位作者 Hei LEUNG 吴建利 程式华 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期215-219,共5页
介绍了一种用于水稻点突变检测的PCR引物设计方法。利用该方法根据12个候选基因序列设计了12对引物,其中10对引物可以正常工作,能从基因组中扩增出特异性条带,合格率为83%,并且成功地在突变体中检测到点突变。这一方法不仅可以用于水稻... 介绍了一种用于水稻点突变检测的PCR引物设计方法。利用该方法根据12个候选基因序列设计了12对引物,其中10对引物可以正常工作,能从基因组中扩增出特异性条带,合格率为83%,并且成功地在突变体中检测到点突变。这一方法不仅可以用于水稻,也可以用于其他动植物。同时,对引物设计过程中常见问题进行了讨论并给出了解决办法。 展开更多
关键词 水稻 定向诱导基因组局部突变 点突变检测 引物设计 聚合酶链式反应
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定向诱导基因组局部突变技术研究及应用进展 被引量:1
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作者 雷伟侠 黄安群 +5 位作者 范志雄 江莹芬 荣松柏 李强生 段晓丽 陈凤祥 《湖北农业科学》 北大核心 2012年第3期445-449,共5页
定向诱导基因组局部突变(TILLING)技术是反向遗传学中研究功能基因的一种全新的方法。TILLING技术借助高通量检测手段,快速有效地从突变群体中鉴定出点突变。系统介绍了TILLING技术的基本原理和技术路线,同时总结了TILLING技术本身有待... 定向诱导基因组局部突变(TILLING)技术是反向遗传学中研究功能基因的一种全新的方法。TILLING技术借助高通量检测手段,快速有效地从突变群体中鉴定出点突变。系统介绍了TILLING技术的基本原理和技术路线,同时总结了TILLING技术本身有待解决的一些问题。 展开更多
关键词 定向诱导基因组局部突变(TILLinG)技术 反向遗传学 点突变 检测
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