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4株新城疫病毒F蛋白和HN蛋白的计算机模建与表面抗原分析
被引量：
4
1
作者
胡思科
席瑞珍
+1 位作者
任涛
廖明
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期87-92,共6页
选取新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)广东分离毒GM株(强毒株)和JM株(弱毒株)以及疫苗毒La-Sota株和标准强毒F48E9株,对其融合蛋白(F)和神经氨酸酶(HN)的编码基因序列进行分析,并利用Insight II软件包(Version 2000)进行F蛋白...
选取新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)广东分离毒GM株(强毒株)和JM株(弱毒株)以及疫苗毒La-Sota株和标准强毒F48E9株,对其融合蛋白(F)和神经氨酸酶(HN)的编码基因序列进行分析,并利用Insight II软件包(Version 2000)进行F蛋白和HN蛋白C端蛋白单体的空间结构模建.结果显示,4个NDV毒株F蛋白单体分子的空间结构极为相似,大致分为3部分,即头部、茎部和柄部.其中头部结构主要由一些折叠股组成,茎部和柄部主要由螺旋结构组成.比较各毒株F蛋白表面蛋白溶剂可及表面积(ASA)后发现,该蛋白有5个线性B细胞表位和8个比较保守的抗原决定簇位点,蛋白头部残基的空间位置随毒株的不同而变异较大.GM株与F48E9株存在36个氨基酸残基的差异,JM株和LaSota株存在20个氨基酸残基的差异.研究结果还表明,4个NDV毒株的HN蛋白C端空间结构较保守,由多个折叠股和4段螺旋结构组成,其抗原决定簇位点也高度保守,只有4个氨基酸残基存在差异.
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关键词
F蛋白
HN蛋白
模建
表面蛋白溶剂可及表面积(
asa
)
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职称材料
基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测
被引量：
1
2
作者
刘阳
张冬宁
+3 位作者
邵建林
沈称意
汤正诠
王翼飞
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第6期593-598,共6页
蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类...
蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%.
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关键词
蛋白质相互作用位点
支持向量机
剖面
可及表面积
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职称材料
蛋白质系统突变分析及系综优化算法的计算机实现
3
作者
沈称意
李冯
+2 位作者
彭新俊
刘祥
王翼飞
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第4期377-382,共6页
蛋白质突变分析是研究蛋白质活性位点、蛋白质相互作用分析及蛋白质功能的重要手段,由于常规的实验方法费时费力,计算机模拟蛋白质位点系统突变,并对突变的效果作合理的评价就显得尤为重要.介绍了计算机模拟蛋白质位点系统突变的实现方...
蛋白质突变分析是研究蛋白质活性位点、蛋白质相互作用分析及蛋白质功能的重要手段,由于常规的实验方法费时费力,计算机模拟蛋白质位点系统突变,并对突变的效果作合理的评价就显得尤为重要.介绍了计算机模拟蛋白质位点系统突变的实现方法,利用系综优化算法对各突变体的自由能进行计算,并提出合理的评估标准.与现有的生物学实验结果相比较,计算机模拟计算的正确率为69.23%,假阳性率为30.77%.
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关键词
自治系综优化
蛋白质系统突变
突变分析
可及表面积
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职称材料
题名
4株新城疫病毒F蛋白和HN蛋白的计算机模建与表面抗原分析
被引量：
4
1
作者
胡思科
席瑞珍
任涛
廖明
机构
华南农业大学兽医学院
河南理工大学资源环境学院
出处
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期87-92,共6页
基金
教育部创新团队项目(IRT0723)
教育部新世纪优秀人才支持计划(NCET-06-0752)
+5 种基金
国家高技术研究发展计划项目(2006AA10A205)
国家科技支撑计划(2006BAD06A16-2)
广东省自然科学基金创新团队项目(5200638)
广东省重大科技计划项目(2005A20401003)
广东省科技计划项目(2006B0152)
广东省教育厅项目(0041101020070521)
文摘
选取新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)广东分离毒GM株(强毒株)和JM株(弱毒株)以及疫苗毒La-Sota株和标准强毒F48E9株,对其融合蛋白(F)和神经氨酸酶(HN)的编码基因序列进行分析,并利用Insight II软件包(Version 2000)进行F蛋白和HN蛋白C端蛋白单体的空间结构模建.结果显示,4个NDV毒株F蛋白单体分子的空间结构极为相似,大致分为3部分,即头部、茎部和柄部.其中头部结构主要由一些折叠股组成,茎部和柄部主要由螺旋结构组成.比较各毒株F蛋白表面蛋白溶剂可及表面积(ASA)后发现,该蛋白有5个线性B细胞表位和8个比较保守的抗原决定簇位点,蛋白头部残基的空间位置随毒株的不同而变异较大.GM株与F48E9株存在36个氨基酸残基的差异,JM株和LaSota株存在20个氨基酸残基的差异.研究结果还表明,4个NDV毒株的HN蛋白C端空间结构较保守,由多个折叠股和4段螺旋结构组成,其抗原决定簇位点也高度保守,只有4个氨基酸残基存在差异.
关键词
F蛋白
HN蛋白
模建
表面蛋白溶剂可及表面积(
asa
)
Keywords
fusion protein
hemagglutinin-neuraminidase protein
homology modeling
solvent-accessible surface area （asa）
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测
被引量：
1
2
作者
刘阳
张冬宁
邵建林
沈称意
汤正诠
王翼飞
机构
上海大学理学院
出处
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第6期593-598,共6页
基金
国家973重大基础研究资助项目(001CB510205)
文摘
蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%.
关键词
蛋白质相互作用位点
支持向量机
剖面
可及表面积
Keywords
protein-protein interaction sites
support vector machines
profile
accessible
surface
area
（asa
）
分类号
O224 [理学—运筹学与控制论]
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职称材料
题名
蛋白质系统突变分析及系综优化算法的计算机实现
3
作者
沈称意
李冯
彭新俊
刘祥
王翼飞
机构
上海大学理学院
出处
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第4期377-382,共6页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)资助项目(2006AA02Z190)
文摘
蛋白质突变分析是研究蛋白质活性位点、蛋白质相互作用分析及蛋白质功能的重要手段,由于常规的实验方法费时费力,计算机模拟蛋白质位点系统突变,并对突变的效果作合理的评价就显得尤为重要.介绍了计算机模拟蛋白质位点系统突变的实现方法,利用系综优化算法对各突变体的自由能进行计算,并提出合理的评估标准.与现有的生物学实验结果相比较,计算机模拟计算的正确率为69.23%,假阳性率为30.77%.
关键词
自治系综优化
蛋白质系统突变
突变分析
可及表面积
Keywords
self-consistent ensemble optimization
protein systematic mutation
mutation analysis
accessible
surface
area
（asa
）
分类号
O224 [理学—运筹学与控制论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
4株新城疫病毒F蛋白和HN蛋白的计算机模建与表面抗原分析
胡思科
席瑞珍
任涛
廖明
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测
刘阳
张冬宁
邵建林
沈称意
汤正诠
王翼飞
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2006
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
蛋白质系统突变分析及系综优化算法的计算机实现
沈称意
李冯
彭新俊
刘祥
王翼飞
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008
0
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职称材料
已选择
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