被称为第三代测序技术的单分子测序是最近几年发展起来的高通量测序技术。其中,由Pacbio Bio Sciences公司开发的单分子实时测序技术(SMRT)是最先商用的技术。SMRT测序技术通过对模板序列循环测序产生环形一致序列(CCS),成功克服第三代...被称为第三代测序技术的单分子测序是最近几年发展起来的高通量测序技术。其中,由Pacbio Bio Sciences公司开发的单分子实时测序技术(SMRT)是最先商用的技术。SMRT测序技术通过对模板序列循环测序产生环形一致序列(CCS),成功克服第三代测序技术准确率低的弊病。通过SMRT测序技术,科学家可以更深入准确地探究复杂环境微生物的结构和功能。介绍SMRT测序技术在微生物16S rRNA基因测序中的优势和劣势,并就基于SMRT测序技术所得的全长16S rRNA基因序列的质量控制、错误序列排除、聚类和注释分析等重要分析环节进行概述,同时,提出利用SMRT测序技术研究复杂环境微生物可能存在的问题及其解决方法,期望能为研究人员提供参考。展开更多
酒药是传统黄酒酿造过程中重要的动力源,具有糖化和发酵的双重作用,绍兴酒药赋予绍兴酒独特的品质。为探究绍兴地区不同酒厂酒药微生物组成、理化指标及其特性,首先通过单分子实时定量测序技术(single molecule real time sequencing,SM...酒药是传统黄酒酿造过程中重要的动力源,具有糖化和发酵的双重作用,绍兴酒药赋予绍兴酒独特的品质。为探究绍兴地区不同酒厂酒药微生物组成、理化指标及其特性,首先通过单分子实时定量测序技术(single molecule real time sequencing,SMRT-seq)研究酒药的微生物组成,然后测定酒药水分含量、酸度及酶活性等相关理化指标,最后筛选鉴定酒药中核心微生物并研究其功能特性。微生物群落结构分析结果表明,不同酒厂酒药细菌群落种类及相对丰度差异较大,以戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus)、食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)、肠杆菌属为主(Enterococcus);真菌较为稳定,以扣囊复膜酵母(Saccharomycopsis fibuligera)为主。理化指标结果显示,JH酒厂酒药水分含量(14.52%)显著高于其他酒厂样品(P<0.05),TP和JH酒厂的酒药酸度(33.14和35.49 g/kg)和液化力(1.4和1.31 U/g)显著高于其他酒厂样品(P<0.05),SYH酒厂酒药的酸性蛋白酶活力最高,为190.08 U/g(P<0.05)。不同厂区酒药存在一定差异,但在核心功能性微生物组成及特性方面具有一致性,筛选得到71株微生物,功能分析结果显示扣囊复膜酵母对酒药酵母的淀粉酶和蛋白酶活性贡献最大,异常威克汉姆酵母可能是潜在的风味贡献者。该研究为未来酒药机械化生产提供理论依据,筛选获得的功能微生物能够为机械化黄酒风味提升提供菌种。展开更多
文摘被称为第三代测序技术的单分子测序是最近几年发展起来的高通量测序技术。其中,由Pacbio Bio Sciences公司开发的单分子实时测序技术(SMRT)是最先商用的技术。SMRT测序技术通过对模板序列循环测序产生环形一致序列(CCS),成功克服第三代测序技术准确率低的弊病。通过SMRT测序技术,科学家可以更深入准确地探究复杂环境微生物的结构和功能。介绍SMRT测序技术在微生物16S rRNA基因测序中的优势和劣势,并就基于SMRT测序技术所得的全长16S rRNA基因序列的质量控制、错误序列排除、聚类和注释分析等重要分析环节进行概述,同时,提出利用SMRT测序技术研究复杂环境微生物可能存在的问题及其解决方法,期望能为研究人员提供参考。
