目的 建立基于常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定方法。方法 采用ForenSeq^(TM) DNA Signature Prep试剂盒检测55例配对肿瘤组织样本(肿瘤组织和同一个体正常组织成对)以及75例无关个体全血样本27个常染色体STR基因座的分型情况,并模...目的 建立基于常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定方法。方法 采用ForenSeq^(TM) DNA Signature Prep试剂盒检测55例配对肿瘤组织样本(肿瘤组织和同一个体正常组织成对)以及75例无关个体全血样本27个常染色体STR基因座的分型情况,并模拟55例肿瘤组织的全同胞、亲子对分型数据,统计成对肿瘤(paired carcinoma,PC)、肿瘤-无关个体(tumor-unrelated individual,UI)、肿瘤-全同胞(tumor-simulated full sibling,FS)与肿瘤-亲子(tumor-simulated parent-offspring,PO)的共有等位基因个数(number of total identical alleles,A_n)及状态一致性(identity by state,IBS)评分。以上述统计结果作为参照,建立8个常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定预测模型,并尝试构建一个专用于肿瘤组织身源鉴定的模型。使用另外23例配对肿瘤组织样本的检测结果对鉴定模型的准确性、灵敏度及特异度进行验证与评估。结果 (1)在任一试剂盒中,全不同基因座数量(A_0)在PC组与PO组之间差异无统计学意义。1个相同基因座数量(A_(1))、2个相同基因座数量(A_(2))和IBS评分在PC组与UI、FS、PO组之间差异均有统计学意义。(2)不同STR基因座的A_n与IBS评分在不同组别存在差异,其中,13个STR基因座(CSF1PO、D12S391、D19S433、D20S482、D2S1338、D3S1358、D4S2408、D7S820、D8S1179、FGA、TH01、TPOX、vWA)的A_(2)在PC组均高于其他STR基因座;2个STR基因座(D6S1043、PentaE)的A_(2)在UI组低于其他STR基因座。(3)成功构建了8个常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定预测模型以及15个STR基因座的肿瘤组织身源鉴定模型(15-STRs),灵敏度均达100%,特异度为97.56%~99.88%,准确度为97.59%~99.89%。其中,15-STRs模型的灵敏度为100%,特异度为99.88%,准确率为99.89%,高于常用商业化试剂盒。结论 本研究成功建立了8个常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定方法,拓展了肿瘤组织身源鉴定的应用范围。通过比较不同基因座在肿瘤组织身源鉴定中的差异,筛选出了15个特别适用于肿瘤组织身源鉴定的STR基因座,为未来肿瘤组织溯源的试剂盒构建提供了数据基础。展开更多
目的探讨西南地区雌激素受体α（estrogen receptorα,ERα）基因多态性与原因不明月经过少的关系。方法选择西南地区100例原因不明月经过少患者为实验组,100例正常月经者作为对照组。应用分子生物学的方法分析PvuⅡ、XbaⅠ限制性片段...目的探讨西南地区雌激素受体α（estrogen receptorα,ERα）基因多态性与原因不明月经过少的关系。方法选择西南地区100例原因不明月经过少患者为实验组,100例正常月经者作为对照组。应用分子生物学的方法分析PvuⅡ、XbaⅠ限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism,RFLP）。同时对人雌激素受体基因上游的短串联重复序列（short tandem repeat,STR）进行纯化、克隆和序列分析,观察ERα基因多态性基因型在实验组与对照组中的基因型分布。结果P基因型频率实验组为47.5%,对照组为30.5%,OR值1.810（95%CI=1.113-2.765）,P=0.012。实验组X基因型频率为20.5%,对照组为32.0%,OR值0.641（95%CI=0.361-0.898）,P=0.036；PvuⅡ和XbaⅠ限制性片段长度多态性在两组中均呈多态性分布。病例组TA13等位基因频率高于对照组,差异有显著性（P=0.006）,TA15等位基因频率低于对照组,差异有显著性（P=0.033）。结论ERα基因多态性与原因不明月经过少有关,P等位基因可能是其危险因素,X等位基因可能是其保护因素,TA13等位基因可能是其危险因素,TA15等位基因可能是其保护因素。展开更多
目的以AB、LF、ST(本地短尾,short tail)三个封闭群斑马鱼的基因组DNA为主要研究对象,采用STR(short tandem repeat)引物扩增方法分析不同种群在核酸水平的异同。方法利用5对斑马鱼STR引物和3对剑尾鱼STR引物,优化PCR条件,对不同种群斑...目的以AB、LF、ST(本地短尾,short tail)三个封闭群斑马鱼的基因组DNA为主要研究对象,采用STR(short tandem repeat)引物扩增方法分析不同种群在核酸水平的异同。方法利用5对斑马鱼STR引物和3对剑尾鱼STR引物,优化PCR条件,对不同种群斑马鱼DNA进行扩增。结果Z24、Z9384、Z10508、Z20046这4对引物可扩增出稳定条带。除Z24的3对STR引物在群内和群间均表现出多态性。对扩增不同带型进行统计分析,Z20046群间差异显著(P<0.01),Z9384有群间差异(P<0.05),Z10508扩增结果无统计学差异(P>0.05)。结论鉴于该方法操作简便,通过进一步研究,可为封闭群斑马鱼的遗传质量评价打下基础。展开更多
文摘目的 建立基于常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定方法。方法 采用ForenSeq^(TM) DNA Signature Prep试剂盒检测55例配对肿瘤组织样本(肿瘤组织和同一个体正常组织成对)以及75例无关个体全血样本27个常染色体STR基因座的分型情况,并模拟55例肿瘤组织的全同胞、亲子对分型数据,统计成对肿瘤(paired carcinoma,PC)、肿瘤-无关个体(tumor-unrelated individual,UI)、肿瘤-全同胞(tumor-simulated full sibling,FS)与肿瘤-亲子(tumor-simulated parent-offspring,PO)的共有等位基因个数(number of total identical alleles,A_n)及状态一致性(identity by state,IBS)评分。以上述统计结果作为参照,建立8个常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定预测模型,并尝试构建一个专用于肿瘤组织身源鉴定的模型。使用另外23例配对肿瘤组织样本的检测结果对鉴定模型的准确性、灵敏度及特异度进行验证与评估。结果 (1)在任一试剂盒中,全不同基因座数量(A_0)在PC组与PO组之间差异无统计学意义。1个相同基因座数量(A_(1))、2个相同基因座数量(A_(2))和IBS评分在PC组与UI、FS、PO组之间差异均有统计学意义。(2)不同STR基因座的A_n与IBS评分在不同组别存在差异,其中,13个STR基因座(CSF1PO、D12S391、D19S433、D20S482、D2S1338、D3S1358、D4S2408、D7S820、D8S1179、FGA、TH01、TPOX、vWA)的A_(2)在PC组均高于其他STR基因座;2个STR基因座(D6S1043、PentaE)的A_(2)在UI组低于其他STR基因座。(3)成功构建了8个常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定预测模型以及15个STR基因座的肿瘤组织身源鉴定模型(15-STRs),灵敏度均达100%,特异度为97.56%~99.88%,准确度为97.59%~99.89%。其中,15-STRs模型的灵敏度为100%,特异度为99.88%,准确率为99.89%,高于常用商业化试剂盒。结论 本研究成功建立了8个常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定方法,拓展了肿瘤组织身源鉴定的应用范围。通过比较不同基因座在肿瘤组织身源鉴定中的差异,筛选出了15个特别适用于肿瘤组织身源鉴定的STR基因座,为未来肿瘤组织溯源的试剂盒构建提供了数据基础。
文摘目的探讨西南地区雌激素受体α（estrogen receptorα,ERα）基因多态性与原因不明月经过少的关系。方法选择西南地区100例原因不明月经过少患者为实验组,100例正常月经者作为对照组。应用分子生物学的方法分析PvuⅡ、XbaⅠ限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism,RFLP）。同时对人雌激素受体基因上游的短串联重复序列（short tandem repeat,STR）进行纯化、克隆和序列分析,观察ERα基因多态性基因型在实验组与对照组中的基因型分布。结果P基因型频率实验组为47.5%,对照组为30.5%,OR值1.810（95%CI=1.113-2.765）,P=0.012。实验组X基因型频率为20.5%,对照组为32.0%,OR值0.641（95%CI=0.361-0.898）,P=0.036；PvuⅡ和XbaⅠ限制性片段长度多态性在两组中均呈多态性分布。病例组TA13等位基因频率高于对照组,差异有显著性（P=0.006）,TA15等位基因频率低于对照组,差异有显著性（P=0.033）。结论ERα基因多态性与原因不明月经过少有关,P等位基因可能是其危险因素,X等位基因可能是其保护因素,TA13等位基因可能是其危险因素,TA15等位基因可能是其保护因素。
文摘目的以AB、LF、ST(本地短尾,short tail)三个封闭群斑马鱼的基因组DNA为主要研究对象,采用STR(short tandem repeat)引物扩增方法分析不同种群在核酸水平的异同。方法利用5对斑马鱼STR引物和3对剑尾鱼STR引物,优化PCR条件,对不同种群斑马鱼DNA进行扩增。结果Z24、Z9384、Z10508、Z20046这4对引物可扩增出稳定条带。除Z24的3对STR引物在群内和群间均表现出多态性。对扩增不同带型进行统计分析,Z20046群间差异显著(P<0.01),Z9384有群间差异(P<0.05),Z10508扩增结果无统计学差异(P>0.05)。结论鉴于该方法操作简便,通过进一步研究,可为封闭群斑马鱼的遗传质量评价打下基础。
