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嗜肺军团菌SBT、PFGE、AFLP分子分型方法的比较 被引量:4
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作者 郭玉梅 周吉坤 +3 位作者 张慧贤 秦丽云 赵冬 剧慧栋 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2014年第1期72-77,共6页
比较SBT、PFGE、AFLP三种分子分型方法在嗜肺军团菌分型研究中的分辨力,探讨SBT方法在嗜肺军团菌分型中的可应用性。收集石家庄市6所医院冷却塔水中分离的32株嗜肺军团菌,对其中的24株血清I型嗜肺军团菌进行SBT分型研究,并与PFGE和AFLP... 比较SBT、PFGE、AFLP三种分子分型方法在嗜肺军团菌分型研究中的分辨力,探讨SBT方法在嗜肺军团菌分型中的可应用性。收集石家庄市6所医院冷却塔水中分离的32株嗜肺军团菌,对其中的24株血清I型嗜肺军团菌进行SBT分型研究,并与PFGE和AFLP分型结果进行了比较。24株LP1型嗜肺军团菌共分为4个ST型,分辨系数为0.239 1。PFGE方法将32株菌株共分为15个PFGE型,分辨系数为0.925 4。AFLP方法将32株菌株分为23个AFLP型,分辨系数为0.973 7。通过比对EWGLI网站SBT数据库,ST1021型和ST345型为本地区独特型别且属于同一克隆系;ST1型为优势型别并在我国长期流行;由于缺失neuA而未分型的嗜肺军团菌株与其他23株菌分属于不同的克隆系。SBT方法的分型能力不及PFGE方法和AFLP方法。但SBT分型方法能够通过全球比对数据库得到更多的关于菌株遗传进化和流行分布的资料,在研究菌株分子流行病学及进化方面优于PFGE和AFLP方法。 展开更多
关键词 嗜肺军团菌 分子分型 sbt PFGE AFLP
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应用二代测序技术排除PCR-SBT零错配的HLA-C基因型 被引量:3
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作者 钟艳平 陈浩 +1 位作者 周丹 邹红岩 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1213-1218,共6页
目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT... 目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT分型结果分别为HLA-C*03:04,HLA-C*12:167;HLA-C*07:291,HLA-C*15:02;HLA-C*01:43,HLA-C*08:16;除HLA-C*03:04、HLA-C*15:02为HLA常见等位基因,其他等位基因均不在中国常见及确认HLA等位基因CWD表(2.3版本)中。NGS全长测序发现3例样本HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,3个新等位基因分别在第6、2、4外显子存在一个碱基突变。新鉴定的等位基因序列已提交给Genbank数据库(MK629722、MK335474、MK641803),被WHO HLA命名委员会正式命名为HLA-C*03:04:74、HLA-C*15:192、HLA-C*08:01:25。3例样本的HLA高分辨分型结果应该为HLA-C*03:04:74,12:03;HLA-C*07:02,15:192;HLA-C*01:02,08:01:25。结论:HLA分型结果中含有罕见等位基因的零错配结果应谨慎对待,须通过NGS或克隆等方法对全长序列加以复核确认。本实验室通过加做NGS最终确认3例PCR-SBT零错配的HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,为临床移植配型提供了准确依据,丰富了人类HLA遗传数据库。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 罕见等位基因 新等位基因 聚合酶链反应-测序分型法 二代测序技术
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MICA基因多态性及其单核苷酸多态性位点与玫瑰痤疮易感性的相关性
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作者 尹湘丽 朱权 +2 位作者 李吉 邹义洲 罗奇志 《中南大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期319-330,共12页
目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾... 目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾病的发生和发展密切相关。玫瑰痤疮是一种慢性炎症性皮肤病,其发病机制复杂,与遗传、自身免疫异常等因素有关。本研究分析MICA基因多态性及其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与玫瑰痤疮易感性的关系,旨在为玫瑰痤疮的发病机制提供新的见解。方法:收集2017年11月至2019年11月在中南大学湘雅医院皮肤科门诊就诊的84例玫瑰痤疮患者(玫瑰痤疮组)外周血DNA样本,另收集223名健康志愿者(对照组)外周血DNA样本。采用聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction-sequencing-based typing,PCR-SBT)和二代测序(the next-generation sequencing,NGS)技术分析MICA基因多态性分型,并比较2种分型方法的准确性。比较玫瑰痤疮组与对照组MICA等位基因分布频率的差异。对所有MICA多态性分子进行氨基酸聚类分析和SNP位点分析,确定相关连锁SNP位点,并对MICA多态性分子进行分类。比较玫瑰痤疮组与对照组不同分类MICA多态性分子的分布频率差异。结果:玫瑰痤疮患者血生化检测结果以中性粒细胞计数轻度升高为主要特征,淋巴细胞计数无显著变化。PCR-SBT和NGS均能准确地鉴定MICA等位基因分型,其中MICA*010:01、MICA*008:04和MICA*019:01是玫瑰痤疮组最常见的等位基因;玫瑰痤疮组等位基因MICA*002:01、MICA*027分布频率均低于对照组(6.55%vs 18.16%、 1.19%vs 5.38%), MICA*009:01、 MICA*010:01分布频率均高于对照组(7.74%vs 3.36%、 31.55%vs18.61%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。本研究检测到5种短串联重复序列(short tandem repeats,STR)等位基因,其中玫瑰痤疮组MICA-A4、MICA-A9分布频率均低于对照组(16.07%vs 23.32%、7.74%vs 17.26%),MICA-A6分布频率高于对照组(10.12%vs 4.03%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。通过氨基酸序列聚类分析和SNP位点分析发现MICA基因存在6个连锁SNP位点,并据此将MICA多态性分子分为Ⅰ型(C36+M129+K173+G206+W210+S215)和Ⅱ型(Y36+V129+E173+S206+R210+T215)。玫瑰痤疮患者I型MICA多态性分子与玫瑰痤疮易感性密切相关。结论:MICA基因多态性与玫瑰痤疮易感性相关。MICA基因存在6个连锁SNP位点,可据此将MICA多态性分子分为I型和II型,其中I型与玫瑰痤疮发病密切相关。 展开更多
关键词 主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A 人类白细胞抗原 玫瑰痤疮 等位基因 基因多态性 单核苷酸多态性 聚合酶链反应-直接测序法 二代测序 短串联重复序列
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一种以测序为基础的基因分型方法的建立 被引量:5
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作者 刘泽寰 林蒋海 +2 位作者 符志彦 潘德京 徐安龙 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期83-87,共5页
设计了一种自动化的基因分型方法,能够直接利用PCR产物的DNA测序结果作为数据,通过自动化基因分型程序(automatic genotyping program)与一个含有其等位基因序列的数据库进行比较,来完成高精度的... 设计了一种自动化的基因分型方法,能够直接利用PCR产物的DNA测序结果作为数据,通过自动化基因分型程序(automatic genotyping program)与一个含有其等位基因序列的数据库进行比较,来完成高精度的基因分型工作.用这种方法对50个随机挑选的中冈南方人的HLA-DPB1基因进行广基因分型,证明该方法是可行的,并从中发现了2个不明确杂合子以及一个新的等位基因序列.随后对这些样品克隆测序,发现除了2个不明确杂合子得到了进一步的区分外,其它样品都与前面的分型结果一致,显示了96%的精确性.通过以上的研究表明,成功建立了一种高精度的、基于序列的分型(sequence-based typing)方法.既然该方法能成功分型HLA-DPB1基因,预示了该方法同样能应用于其它基因的分型.该AGP程序可以在http:/genome.zsu.edu.cn免费下载. 展开更多
关键词 基因分型 序列 测序 HLA-DPB1 免疫系统
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MICA新等位基因MICA*002:04的DNA序列鉴定及分析 被引量:2
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作者 谭茵 黄颖烽 +3 位作者 徐秀章 叶欣 魏亚明 古维立 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期434-437,445,共5页
目的:直接测序法及外显子3 DNA片段克隆测序定确认MICA新的等位基因MICA*002:04。方法:用组特异性引物分别扩增MICA基因,采用Sequence Base Typing(SBT)法分型技术及PCR片段克隆测序法对MICA多态性基因的外显子2、3、4、5进行双向测序... 目的:直接测序法及外显子3 DNA片段克隆测序定确认MICA新的等位基因MICA*002:04。方法:用组特异性引物分别扩增MICA基因,采用Sequence Base Typing(SBT)法分型技术及PCR片段克隆测序法对MICA多态性基因的外显子2、3、4、5进行双向测序。结果:发现1个与MICA*002:01序列相近的新等位基因,在外显子3上有1个碱基位置与国际通用MICA数据库不相符。该基因与MICA*002:01相比在外显子3的碱基位置486出现突变(C→A),密码子位置20由GCC→GCA,相应编码氨基酸是同义突变。结论:DNA测序结果表明该基因序列为新的MICA等位基因,已提交GenBank,于2010年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为MICA*002:04。 展开更多
关键词 DNA测序分型 MICA 新等位基因MICA*002
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风成沙丘间沉积成因类型与风成垂向层序——以鄂尔多斯早白垩世内陆古沙漠为例 被引量:7
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作者 李志德 程守田 +2 位作者 蒋磊 李娟 郭秀蓉 《地质科技情报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期30-34,共5页
依据鄂尔多斯早白垩世内陆古沙漠沉积实例,探讨了沙丘间的成因分类,按照沙丘间底床的表面环境,将沙丘间划分为干旱型、潮湿型和覆水型三种沉积类型,并阐明了其沉积和组合特征;在此基础上,提出了风成垂向层序模式;鉴于沙漠同一相带的沙... 依据鄂尔多斯早白垩世内陆古沙漠沉积实例,探讨了沙丘间的成因分类,按照沙丘间底床的表面环境,将沙丘间划分为干旱型、潮湿型和覆水型三种沉积类型,并阐明了其沉积和组合特征;在此基础上,提出了风成垂向层序模式;鉴于沙漠同一相带的沙丘间类型及其沉积组合具有一定的共性特征,进一步建立和阐明了古沙漠分带的风成层序样式。 展开更多
关键词 沙丘间底床环境 沙丘间成因类型 风成垂向层序模式 古沙漠分带风成层序样式
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公共场所冷却塔水嗜肺军团菌的基因序列分型研究 被引量:4
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作者 章乐怡 李毅 +1 位作者 郑文力 马雪莲 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期262-266,273,共6页
目的为了解温州市中央空调冷却塔水中嗜肺军团菌(Legionella pneumophila,LP)基因特征,采用序列分型方法(sequenced-based typing,SBT)对公共场所中央空调冷却塔水中的嗜肺军团菌进行分子分型研究。方法选择嗜肺军团菌的7个管家基因flaA... 目的为了解温州市中央空调冷却塔水中嗜肺军团菌(Legionella pneumophila,LP)基因特征,采用序列分型方法(sequenced-based typing,SBT)对公共场所中央空调冷却塔水中的嗜肺军团菌进行分子分型研究。方法选择嗜肺军团菌的7个管家基因flaA、asd、mip、pilE、mompS、proA和neuA作为目的基因,对温州市公共场所中央空调冷却塔水中分离的31株嗜肺军团菌进行PCR扩增并测序。测序结果上传欧盟军团菌感染工作组(EWGLI)数据库进行比对、分型。运用DNAsp 5.0、Bionumerics5.1及SplitsTree等软件对分型结果进行分析。结果 31株嗜肺军团菌中,11株LP1型被分为2种ST型;17株非LP1型被分为8种ST型,其中7种ST型是新发现的序列型,并新发现1个等位基因;另3株非LP1型因缺少neuA基因未被数据库确认。7个管家基因的核苷酸多态性(Pi)范围为0.00995(mip)~0.02311(flaA)。flaA具有最大的核苷酸多态性(0.02311)。经聚类分析得到本地分离的嗜肺军团菌株的遗传进化关系。结论温州市公共场所冷却塔水中的嗜肺军团菌与国内外其他地区报道的嗜肺军团菌具有一定的亲缘关系,同时也具有地区特异性和遗传多样性。 展开更多
关键词 嗜肺军团菌 序列分型 聚类分析 管家基因
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百色盆地那读组短期基准面旋回层序分析 被引量:19
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作者 彭军 郑荣才 +2 位作者 陈景山 蔡勋育 韦景春 《沉积学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期203-209,共7页
以高分辨率层序地层学理论和技术方法为指导 ,运用短期基准面旋回界面的识别标志将百色盆地那读组短期基准面旋回层序划分为向上“变深”的非对称型 (A型 )、向上变浅的非对称型 (B型 )、向上变深复变浅的对称型 (C型 )等三种基本结构类... 以高分辨率层序地层学理论和技术方法为指导 ,运用短期基准面旋回界面的识别标志将百色盆地那读组短期基准面旋回层序划分为向上“变深”的非对称型 (A型 )、向上变浅的非对称型 (B型 )、向上变深复变浅的对称型 (C型 )等三种基本结构类型 ,再根据可容纳空间大小和上下两个半旋回的厚度进一步划分为七个亚类型 :即低可容纳空间向上“变深”的非对称型 (A1型 ) ,高可容纳空间向上“变深”的非对称型 (A2 型 ) ,低可容纳空间向上变浅的非对称型(B1型 ) ,高可容纳空间向上变浅的非对称型 (B2 型 ) ,完全—近完全对称型 (C1型 ) ,以上升半旋回为主的不完全对称型 (C2 型 ) ,以下降半旋回为主的不完全对称型 (C3 型 )。文中详细讨论了每个基本类型和亚类型的沉积背景、叠加样式、岩性组成和沉积动力学过程 ,并指出有利储集砂体在每种类型中的发育部位。在此基础上 ,总结了短期基准面旋回层序的变化规律和分布模式 ,指出从陆地向湖盆 ,短期基准面旋回层序类型具有从A1型→A2 型→C2 型→C1型→C3 型→B1型→B2 型的变化规律 ,并简述了短期基准面旋回层序在油气勘探开发中的研究意义。 展开更多
关键词 短期基准面旋回 层序分析 可容纳空间 结构类型 分布模式 那读组 百色盆地
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扇三角洲露头层序演化特征及其对砂岩储集层的控制作用 被引量:13
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作者 贾爱林 何东博 +2 位作者 郭建林 黄石岩 陈亮 《石油勘探与开发》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2004年第B11期103-105,共3页
在对河北省滦平扇三角洲露头储集层砂体类型和分布规律的详细解剖和层序地层学研究中发现,基准面的旋回演化对砂体类型分布和砂体规模的变化有较明显的控制作用,即使对于同一种沉积微相类型的砂体,其厚度和宽厚比也会随着基准面的旋回... 在对河北省滦平扇三角洲露头储集层砂体类型和分布规律的详细解剖和层序地层学研究中发现,基准面的旋回演化对砂体类型分布和砂体规模的变化有较明显的控制作用,即使对于同一种沉积微相类型的砂体,其厚度和宽厚比也会随着基准面的旋回发生有规律的变化,远岸水道砂体在高可容纳空间时期宽厚比变大,在低可容纳空间时期宽厚比变小,厚度增大。在地质建模中引入层序地层学规律和认识作为限制条件,可以更加有效地控制对砂体类型和砂体规模的随机实现,使模拟结果更加符合地质规律和客观实际情况。 展开更多
关键词 扇三角洲露头 储集层 层序地层学 基准面旋回 砂体类型 砂体宽厚比
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黔北务正道地区沉积型铝土矿床层序地层学 被引量:15
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作者 刘辰生 金中国 郭建华 《中国有色金属学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第1期179-189,共11页
对黔北务正道地区铝土矿进行层序地层学分析有利于认识铝土矿分布规律和形成机理,可有效解指导将来铝土矿勘探。通过探槽和取心井岩心观察以及铝土矿含矿层系样品分析化验资料分析认为,研究区梁山组铝土矿含矿层系为海相和陆相环境沉积... 对黔北务正道地区铝土矿进行层序地层学分析有利于认识铝土矿分布规律和形成机理,可有效解指导将来铝土矿勘探。通过探槽和取心井岩心观察以及铝土矿含矿层系样品分析化验资料分析认为,研究区梁山组铝土矿含矿层系为海相和陆相环境沉积,其沉积相类型包括冲积扇、泻湖、湖泊和沼泽。铝土矿含矿层系可划分为3个Ⅰ型层序界面,识别出3个三级层序。每个层序下部的绿泥石岩和铝土岩为海侵体系域沉积,而层序上部的铝土矿则为湖泊相沉积。从含矿层系到栖霞组底部整体为海平面不断上升,沉积相类型也由含矿层系的海相和陆相互层过渡为海相碳酸盐岩沉积。海侵体系域沉积期跨时较短,易于形成冲积扇和泻湖等沉积,岩石类型包括绿泥石岩和铝土岩,而高位体系域跨时较长,绿泥石岩、铝土岩及其风化物能够进行充分的沉积分异作用,从而形成铝土矿,因此,层序格架对铝土矿的形成具有控制作用。 展开更多
关键词 沉积型铝土矿 层序地层学 湖泊相 沉积分异 基准面
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2007年浙江丽水地区汉坦病毒的分离与型别鉴定 被引量:2
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作者 姚苹苹 雷永良 +4 位作者 徐芳 朱函坪 梅玲玲 王复甦 朱智勇 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期100-102,106,共4页
目的对2007年从浙江省丽水地区肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)疫区鼠肺分离的汉坦病毒进行型别鉴定和分子生物学特性研究。方法将汉坦病毒抗原阳性的鼠肺标本接种Vero-E6细胞,分离汉坦病毒。提取病毒总RNA... 目的对2007年从浙江省丽水地区肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)疫区鼠肺分离的汉坦病毒进行型别鉴定和分子生物学特性研究。方法将汉坦病毒抗原阳性的鼠肺标本接种Vero-E6细胞,分离汉坦病毒。提取病毒总RNA,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒S基因全片段,克隆入质粒载体,进行核苷酸序列测定及分析,应用DNA STAR软件分析比较,确定病毒型别。结果从疫区7份阳性鼠肺中分离到2株汉坦病毒,经汉坦病毒单克隆直接荧光血清检查和基因序列测定,结果为汉滩型(HTN)病毒,2株病毒与国际标准株76-118(HTN型)和80-39(SEO型)S片段核苷酸的同源性分别为84.7%、84.6%和64.2%、64.0%。结论浙江省丽水地区可能存在以HTN型病毒为主的肾综合征出血热自然疫源地。 展开更多
关键词 肾综合征出血热 汉坦病毒 型别 碱基序列 基因变异
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重复序列PCR与多位点分型技术在白假丝酵母菌基因分型中的比较 被引量:2
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作者 魏冰 刘锦燕 +1 位作者 史册 项明洁 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1445-1448,共4页
目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较... 目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较分析获得REP-PCR分型。选择7对管家基因进行PCR反应并测序,将测序结果与标准序列进行比对,获得由7对管家基因组成的等位基因谱,最终得到相应的序列分型。结果 REP-PCR中Ca22-Ca22引物对得到电泳条带最优,40株白假丝酵母菌共分成7种REP-PCR型;MLST分型得出29种,且均为新型。结论 MLST分辨率较REP-PCR高,但由于REP-PCR分型方法更为快捷、经济,更适用于实验室大量菌株分型和临床分型。MLST则更客观,更适合用于进化学的研究及全球性流行病学的调查研究。 展开更多
关键词 白假丝酵母菌 多位点序列分型技术 重复序列聚合酶链反应 基因分型
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中国南方汉族人群中一个常见型新等位基因HLA-C*08:22的基因频率调查和分析 被引量:3
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作者 鲍自谦 王大明 +1 位作者 邓志辉 徐筠娉 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2011年第6期1493-1495,共3页
本研究调查南方汉族人群中1个常见型的HLA新等位基因C*08:22的基因频率。对163份南方汉族无血缘关系个体血样进行常规的HLA-C基因第2、第3和第4外显子测序分型;对所检出的32份带有C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本,进一步增加HLA-C... 本研究调查南方汉族人群中1个常见型的HLA新等位基因C*08:22的基因频率。对163份南方汉族无血缘关系个体血样进行常规的HLA-C基因第2、第3和第4外显子测序分型;对所检出的32份带有C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本,进一步增加HLA-C基因的第5和第6外显子测序。在C*08:22被发现和获得WHOHLA因子命名委员会认可前,对40例被鉴定携带C*08:01:01等位基因的无血缘关系供/受者进行HLA-C基因外显子2-6再测序。所有的序列均导入Assign 3.5 SBT软件,分析等位基因型。结果表明,32份无血缘关系个体检出C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本中,发现3例样本鉴定为C*08:22,南方汉族无血缘关系个体中C*08:22的基因频率为0.92%。回顾性分析以往40例携带C*08:01:01等位基因的无血缘关系供/受者对发现,其中2对供/受者实际为C*08:22。结论:C*08:22在南方汉族中为常见型的HLA等位基因,当测序分型出现C*08:01:01/08:22模棱两可的结果时,不能轻易视为罕见型等位基因而错误地排除。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 新等位基因 C*08 测序分型 基因频率
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中国壮族群体人类白细胞抗原HLA-Cw基因遗传多态性的测序分型研究 被引量:2
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作者 王大明 高素青 +2 位作者 戎红辉 徐筠娉 邓志辉 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2010年第3期771-775,共5页
本研究探讨壮族人群HLA-Cw基因的遗传多态性。采用自行建立的HLA-Cw基因测序分型方法,对150份壮族非血缘个体血样HLA-Cw基因的第2、3、4外显子进行序列测定;测序反应产物用ABI PrismTM 3730测序仪电泳检测,用Assign3.5分析软件分析结果... 本研究探讨壮族人群HLA-Cw基因的遗传多态性。采用自行建立的HLA-Cw基因测序分型方法,对150份壮族非血缘个体血样HLA-Cw基因的第2、3、4外显子进行序列测定;测序反应产物用ABI PrismTM 3730测序仪电泳检测,用Assign3.5分析软件分析结果。结果表明:经Assign3.5软件分析,能直接分析出明确的HLA-Cw基因型的样本占33.33%;排除罕见等位基因后,可判定HLA-Cw基因型的样本占63.33%;其余的5份样本(3.33%)经PCR-SSP高分辨分型试剂盒检测后,可判定基因型;共检出了16种HLA-Cw等位基因,频率大于10%的4种常见等位基因为Cw*0304>Cw*0102>Cw*0801>Cw*0702,基因多样性(gene diversity,GD)为0.9297。Cw*01,03,07,08,12,14(Cw1组)与Cw*02,04,05,06,15,16,17,18(Cw2组)的频率分别为0.8967和0.1032,与KIR的识别方式以Cw1组等位基因为主。在检出的51种基因型中,纯合子比例占9.33%(14/150),基因型频率的分布符合Hardy-Weinberg定律。结论:本研究所得到的壮族群体HLA-Cw位点的等位基因频率及其分布特点,可为人类学、HLA-Cw基因与疾病关联等研究提供基础数据。 展开更多
关键词 中国壮族 人类白细胞抗原 HLA-Cw位点 测序分型 遗传多态性
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全球副溶血弧菌环境菌株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型 被引量:1
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作者 徐嘉良 杜小莉 卢昕 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第21期95-99,共5页
为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)及肽序列型(peptide sequence type,pST)的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群... 为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)及肽序列型(peptide sequence type,pST)的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群分析和克隆复合体分析,并分别构建了基于ST型和pST型的最小生成树。结果表明,从数据库中共筛选到具有ST型及pST型的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据886条,共含有663个ST型,以ST3型为最多,但也仅含27条菌株信息。其中,有436条菌株数据来自中国(包括大陆、香港和台湾),覆盖了410个ST型,每个ST型含1~4条菌株数据,这436条菌株数据又可分为128个pST型,其中pST1型为最多,达116条菌株数据。利用eBURST软件对数据进行分析,共发现了73个组,483个单体。STRUCTURE软件分析显示来自全球的副溶血弧菌环境菌株的适宜亚群数为4,各亚群内的样品平均距离为0.981 7。综上结果表明,来自全球的副溶血弧菌环境菌株具有高度多态性,可更细分为4个亚群,MLST分型时以ST3型为多,AA-MLST分型时以pST1型为主。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 基于碱基序列的多位点序列分型 基于肽链的多位点序列分型 克隆复合体
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医院感染MRSA的重复序列PCR分型研究 被引量:2
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作者 曹晶晶 袁梁 +4 位作者 王利君 张明新 黄艳飞 王玫 鲁辛辛 《中国感染与化疗杂志》 CAS 2010年第3期200-204,共5页
目的对引起医院感染的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)进行分子流行病学调查。方法根据医院感染诊断标准,选择2008年我院MRSA医院感染患者30例和疑似医院感染患者5例,分离得到MRSA菌株36株。采用Diversilab自动化重复序列(REP)-PCR(repetitive-e... 目的对引起医院感染的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)进行分子流行病学调查。方法根据医院感染诊断标准,选择2008年我院MRSA医院感染患者30例和疑似医院感染患者5例,分离得到MRSA菌株36株。采用Diversilab自动化重复序列(REP)-PCR(repetitive-element sequence-based PCR)分型系统,研究MRSA菌株遗传特征和流行特点。结果 MRSA在我院的3个病房中存在6型REP-PCR指纹图。REP-Ⅰ型为优势分离株,占研究MRSA的64.86%,集中在西区急诊病房、西区呼吸病房和西区外科重症监护病房(SICU)。REP-Ⅲ型菌株全部分离自喉科术后感染患者。结论 REP-Ⅰ型菌株是我院西区MRSA感染的主要型别;MRSA在西区急诊病房的流行是此类医院感染在我院播散的重要环节;Diversilab自动化REP-PCR分型技术系统可成为医院感染病原研究的有效手段。 展开更多
关键词 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 自动化重复序列PCR分型系统 医院感染
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河流相地层的层序地层学与河流类型 被引量:39
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作者 张周良 《地质论评》 CAS CSCD 北大核心 1996年第S1期188-193,共6页
在分析基准面变化对河流沉积作用方式的影响以及鄂尔多斯盆地山西组野外露头观察的基础上,本文探讨了河流相地层层序中的体系域与河流类型之间的关系。低水位体系域主要由辫状河流的砂砾质沉积物组成,河道的彼此切割造成在垂向上互相叠... 在分析基准面变化对河流沉积作用方式的影响以及鄂尔多斯盆地山西组野外露头观察的基础上,本文探讨了河流相地层层序中的体系域与河流类型之间的关系。低水位体系域主要由辫状河流的砂砾质沉积物组成,河道的彼此切割造成在垂向上互相叠覆、横向上连片分布的砂体。低水位的后期可能出现曲流河沉积。水进体系域有利于网状河流沉积,主要由细粒的溢岸沉积物组成,其中夹着一些较窄的带状河道砂体。如果可容纳空间的增长速度远大于沉积物的堆积速度,水进体系域中可能会出现湖泊相或海相夹层。高水位体系域主要是由曲流河沉积物组成,其中也可出现网状河沉积。物源区的构造抬升可能会造成河流相地层中的Ⅱ型层序。 展开更多
关键词 河流相层序地层学 基准面 河流类型
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HLA测序技术在非亲缘性脐血移植应用价值探讨
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作者 廖灿 杨昕 +6 位作者 李焱 黄以宁 许遵鹏 吴洁莹 汤雪薇 陈劲松 吴韶清 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2006年第5期941-944,共4页
1998年6月至2004年7月,广州脐血库向国内21家移植中心54例患者提供了非亲缘性异基因脐血。为了探讨非亲缘性脐血移植供/受者HLA等位基因及其亚型与脐血移植GVHD发生率的关系,对54例非亲缘性脐血移植病例中,半年后有反馈随访资料的48例,... 1998年6月至2004年7月,广州脐血库向国内21家移植中心54例患者提供了非亲缘性异基因脐血。为了探讨非亲缘性脐血移植供/受者HLA等位基因及其亚型与脐血移植GVHD发生率的关系,对54例非亲缘性脐血移植病例中,半年后有反馈随访资料的48例,利用盐析或柱提法提取移植的非亲缘性脐血的DNA及移植病例的全血DNA,采用HLA-SBT方法分别对HLA-A、B、DRB1位点进行了高分辨分型,并与我库脐血收集常规采用的HLA-SSP(HLA-Sequencingspecificprimers)低分辨结果进行了比较分析。结果发现,HLA不合位点不多于2个和HLA不合位点不少于3个的病例GVHD的发生率具有统计学显著性差异(P<0.05)。在对HLA-A、B、DRB1等位基因高分辨单因素分型结果中,HLA-B和HLA-DRB1等位基因匹配全相合的病例GVHD发生率显著低于不完全相合病例GVHD的发生率(P=0.000,P=0.005)。结论:PCR-SBT技术在非亲缘性脐血移植HLA配型方面具有重要的临床应用价值。 展开更多
关键词 非亲缘性脐血移植 HLA配型 HLA测序技术 HLA—sbt 脐血
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用相域迁移法绘制河流基准面变化曲线——以苏里格气田为例
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作者 胡光明 纪友亮 贾爱林 《新疆石油地质》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期577-579,共3页
基准面的升降造成有效可容空间内相系列向陆和向盆迁移。根据这一原理可绘制基准面变化曲线。以苏里格气田二叠系河流相地层为例来阐述这种方法。将目的层段所有准层序按照所代表的不同沉积相和能量级别划分为5种类型。它们沿水流方向... 基准面的升降造成有效可容空间内相系列向陆和向盆迁移。根据这一原理可绘制基准面变化曲线。以苏里格气田二叠系河流相地层为例来阐述这种方法。将目的层段所有准层序按照所代表的不同沉积相和能量级别划分为5种类型。它们沿水流方向形成一个相系列。将研究区划分为上游、中游和下游3个区,分区统计出每个准层序(层)内出现频率最高的准层序类型,以这种类型作为该区、该准层序(层)的准层序代表类型,然后将各区准层序代表类型连接起来,从而分区绘制了基准面变化曲线。最后通过统计全区1m以上砂体的平均厚度在各准层序(层)中的变化趋势来定量验证上述基准面变化曲线。 展开更多
关键词 苏里格气田 河流 基准面 层序 类型
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婴幼儿配方羊乳粉生产环节蜡样芽孢杆菌分离株多位点序列分型分析 被引量:2
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作者 刘阳 葛武鹏 +5 位作者 张静 郭春锋 梁秀珍 王智 张兴吉 王瑞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第14期166-171,共6页
为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、... 为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、gmk、ilvD、pta、pur、pycA、tpi 7个管家基因构建多位点序列分析分型方案,鉴定经随机扩增多态性DNA分型得到的42株Bacillus cereus的序列类型。结果表明:42株B.cereus分为7个序列类型(sequence type,ST),分别为ST-770(4.8%,2/42)、ST-1000(71.4%,30/42)、ST-1084(9.5%,4/42)、ST-1348(2.4%,1/42)、ST-1349(2.4%,1/42)、ST-1350(2.4%,1/42)和ST-1351(7.1%,3/42);所有分离株被识别为205、142、23三个不同克隆谱系,2个单态群(ST-770和ST-1351)和2个独株(ST-1348和ST-1349);发现4个新的ST型和4个新的等位基因,已上传至国际数据库得到新的序列号和等位基因号,分别为ST-1348、ST-1349、ST-1350、ST-1351和glp-253、glp-254、ilv-277、pyc-199。 展开更多
关键词 蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus) 婴幼儿配方羊乳粉 多位点序列分析分型(MLST) 基因序列(ST)
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